讲到这里，当然会发生两个疑问：第一，那时候科学像有新兴的机运，为什么戛然中止？第二，那时候学派潮流很多，为什么后来只偏向考证学一路发展？我现请先解答第一个问题。
学术界最大的障碍物，自然是八股。八股和一切学问都不相容，而科学为尤甚。清初袭用明朝的八股取士，不管他是否有意借此愚民，抑或误认为一种良制度，总之当时功名富贵皆出于此途，有谁肯抛弃这种捷径而去学艰辛迂远的科学呢？我们最可惜的是，以当时康熙帝之热心西方文物，为何不开个学校造就些人材？就算他不是有心窒塞民智，也不能不算他失策。因为这种专门学问，非专门教授不可。他既已好这些学问，为什么不找些传人呢？所以科举制度，我认为是科学不兴的一个原因。
此外还有很重大的原因，是耶稣会内部的分裂。明末清初那一点点科学萌芽，都是从耶稣会教士手中稗贩进来，前文已经说过。该会初期的教士，传教方法很巧妙。他们对于中国人心理研究得极深透。他们知道中国人不喜欢极端迷信的宗教，所以专把中国人所最感缺乏的科学知识来做引线，表面上像把传教变成附属事业，所有信教的人仍许他们拜“中国的天”和祖宗。这种方法，行之数十年，卓著成效。无奈在欧洲的罗马教皇不懂情形，突然发出有名的“1704年康熙四十三年教令”。该教令的内容，现在不必详述。总而言之，是谈前此传教方法之悖谬，勒令他们改变方针，最要的条件是禁拜祖宗。自该教令宣布后，从康熙帝起以至朝野人士都鼓噪愤怒，结果于康熙四十六年（1707年）把教皇派来的公使送到澳门监禁。传教事业固然因此顿挫，并他们传来那些学问也被带累了。
还有一件附带原因，也是教会行动影响到学界。我们都知道康熙末年因各皇子争位闹得乌烟瘴气。这种宫闱私斗，论理该不至影响到学问，殊不知专制政体之宫廷，一举一动，都有牵一发动全身的力量。相传当时耶稣会教徒党于皇太子允礽，喇嘛寺僧党于雍正帝胤祯，双方暗斗，黑幕重重。后来雍正帝获胜，耶稣会势力遂一败涂地。这种史料，现时虽未得有充分证据，然而口碑相传，大致可信。雍正元年，浙闽总督满宝奏请，除在钦天监供职之西洋人外，其余皆驱往澳门看管，不许阑入内地，得旨施行。这件事是否于宫廷阴谋有关，姑且不论。总之康熙五六十年间所延揽的许多欧洲学者，到雍正帝即位之第一年，忽然驱除净尽。中国学界接近欧化的机会从此错过，一搁便搁了二百年了。
其次，要解答“为什么古典考证学独盛”之问题。
明季道学反动，学风自然要由蹈空而变为核实——由主观的推想而变为客观的考察。客观的考察有两条路：一自然界现象方面；二社会文献方面。以康熙间学界形势论，本来有趋重自然科学的可能性，且当时实在也有点这种机兆。然而到底不成功者：其一，如前文所讲，因为种种事故把科学媒介人失掉了；其二，则因中国学者根本习气，看轻了“艺成而下”的学问，所以结果逼着专走文献这条路。但还有个问题，文献所包范围很广，为什么专向古典部分发展，其他多付阙如呢？问到这里，又须拿政治现象来说明。
康熙帝是比较有自由思想的人。他早年虽间兴文字之狱，大抵都是他未亲政以前的事，而且大半由奸民告诉官吏徼功，未必出自朝廷授意。他本身却是阔达大度的人，不独政治上常采宽仁之义，对于学问，亦有宏纳众流气象。试读他所著《庭训格言》，便可以窥见一斑了。所以康熙朝学者，没有什么顾忌，对于各种问题，可以自由研究。到雍正、乾隆两朝却不同了。雍正帝是个极猜忌刻薄的人，而又十分雄鸷。他的地位本从阴谋攘夺而来，不得不立威以自固，屠杀兄弟，诛戮大臣，四处密派侦探，闹得人人战栗。不但待官吏如此，其对于士大夫社会，也极威吓操纵之能事。汪景祺雍正二年、查嗣庭、吕留良俱雍正十四年之狱，都是雍正帝匠心独运罗织出来。尤当注意者，雍正帝学问虽远不及乃翁，他却最爱出风头和别人争辩。他生平有两部最得意的著作，一部是《拣魔辨异录》，专和佛教禅宗底下的一位和尚名弘忍者辩论。一部是《大义觉迷录》，专与吕晚村留良的门生曾静辩论。以一位帝王而亲著几十万字书和一位僧侣、一位儒生打笔墨官司，在中外历史上真算得绝无仅有。从表面看，为研求真理而相辩论，虽帝王也该有这种自由。若仅读他这两部书，我们并不能说他态度不对，而且可以表相当的敬服。但仔细搜求他的行径，他著成《拣魔辨异录》以后，跟着把弘忍的著述尽行焚毁，把弘忍的门徒勒令还俗或改宗。他著成《大义觉迷录》以后，跟着把吕留良剖棺戮尸，全家杀尽，著作也都毁板。像这样子，哪里算得讨论学问，简直是欧洲中世教皇的牌子。在这种主权者之下，学者的思想自由，是剥夺净尽了。他在位仅13年，影响原可以不至甚大，无奈他的儿子乾隆帝，也不是好惹的人。他学问又在乃祖乃父之下，却偏要“附庸风雅”，恃强争胜。他发布禁书令，自乾隆三十九年至四十七年继续烧书24回，烧去的书13862部。直至乾隆五十三年，还有严谕。他一面说提倡文化，一面又抄袭秦始皇的蓝本。所谓“黄金时代”的
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