也不因此改变自己的态度去迎合他们。大局已定之后，孟上书仁宗说：“执政大臣，应当由天子亲自选定，今天子已在回京途中，孟未见天子旨意，诚不敢冒昧当此重任。”再三辞职，仁宗不准，他便隐退走了，不知在何处。是年五月，武宗即位。有人对武宗说“：内难初定之时，李孟曾劝皇弟自己登基，如果依照孟的话，哪有今日！”武宗察知这是要挑拨他与仁宗的关系，不听，仁宗也不敢再提李孟。
至大二年(1309)，仁宗为皇太子，曾与武宗和太后在内宫饮宴，席间仁宗若有深思。皇帝问道：“吾弟今日不愉快，是在想什么？”仁宗从容回答“：赖天地祖宗神灵的保佑，皇位终有所归，然能使今日我们母子兄弟之欢乐者，李道复的功最多。我正想到这些，不知不觉地显露出来。”武宗对仁宗很友爱，为他的话所感动，即命搜访李孟，终于在许昌陉山找到了，遣使召他入京。
至大三年正月，李孟入见武宗于玉德殿。帝指着孟对执政宰相说“：这人是祖宗派来为朕之师的，速委以重任。”三月，特授孟荣禄大夫、中书平章政事、集贤大学士、同知徽政院事。后仁宗即位，拜中书平章政事，晋升为光禄大夫，并加恩于三代，希望他尽力辅助皇帝料理国事。孟感激皇上的知遇之恩，竭力以国事为己任。贵戚近臣虽感到李孟执政于他们不利，但对他一切出于公心则口服心服。
司空、司徒、太尉为古代三公，自大德年间以来，封拜太多。佛教、道教设官统治，与行政官府抗衡，扰乱政事。孟上书说“：皇帝的权力在于赏与罚，赏一善而鼓励天下人为善，罚一恶而警戒天下人为恶，这样才不失皇帝之大权，如果赏罚不当，则不能起到鼓励与惩戒的作用，又如何治理国家！僧道既为出世人，用不着官府来管。”奏请将冤死者，恢复其官爵，让子孙继承；冒名封爵者，夺其爵位；僧道为官者，罢其官。由于世道太平，风俗逐渐奢侈，在车马服装等方面，违背了等级制度，弄得上下不分。一些近臣，由于受到皇帝恩宠贪求无厌，损公肥私。孟上书请求加以限制，皇帝听从。
李孟在朝廷虽做了许多事，但总感到自己能力有限，请求辞职让贤。仁宗不肯，对他说：“朕在位，卿必须在中书省，朕与卿相始终，以后再不要说辞职的话了。”赐孟为秦国公，亲授印章，还令人为他画像，做赞美之词等等。还为他御书“秋谷”二字。每次召见时必赐坐，且只呼其字，而不呼其名，可以说对他尊重到了极点。仁宗认为，李孟用道德辅佐他，使天下人受惠，又赐他钞十万贯，作为建造府第之用。孟辞谢说“：臣以一介平民受陛下重用，我所希望的不是富贵。”皇庆元年(1312)正月，授孟为翰林学士承旨、知制诰兼修国史，同时仍为中书平章政事。不久，请假归家安葬父母。帝设宴送行，叮嘱说：“丧事办完立即回来，切勿久留，负朕所望！”十二月就回到朝廷，仁宗大喜。孟再次提出辞职，皇帝不许，只命他以平章政事参议中书省事，承旨翰林。皇庆二年夏，三次上书请求归还秦国公印，皇帝只得答应他的请求。仁宗与他讨论用人之道，孟提出：“人才的选拔，固然不只一条途径，然汉、唐、宋，全都是从科举中选拔了大量人材。如今要选拔天下贤能，如采用科举制，要比其他途径好得多。但是实行科举，必须先考察德行经术，然后才是文辞，这样可得到有真才实学的人。”仁宗很同意他的意见，决定恢复科举取士制度。
延..元年(1314)十二月，再度拜为平章政事。二年，命他负责科举的事。七月，进升金紫光禄大夫、上柱国，改封韩国公，其他原职不变。其后，因病不能办理公务，请求解职归乡，仁宗不得已同意他的要求，但仍居翰林学士承旨之职。
延..七年，仁宗崩，英宗即位，以太师铁木迭儿为相。铁木迭儿因孟以前不肯依附于他，对他进行诽谤，收回前后对孟封爵拜官的一切诏令，降为集贤侍讲学士、嘉议大夫。估计孟不肯接受，因此藉口害他。没想到孟欣然接受，连皇帝也不禁感到吃惊，问道：“李道复肯俯就集贤侍讲学士之职？”当时铁木迭儿的儿子八尔吉思在旁，帝对他说：“你们总说他不会接受这官职的，现在怎么样？”铁木迭儿对李孟的暗害不能得逞。孟曾对别人说“：老臣待罪在中书办事，对于国家并没有多大好处，而皇恩宽大，不夺我的俸禄。如今我老了，如何才能报答？”英宗闻知，连连称善。至治元年(1321)卒。御史多次上书为他申辩铁木迭儿对他的诬陷。朝廷诏令恢复李孟原来的官爵。至正八年(1348)，赠旧学同德翊戴辅治功臣、太保、仪同三司、上柱国，追封魏国公，谥“文忠”。
孟气度宏大，才略超人。三入中书省，关于民间利害知无不言，引古论今，言无不当。对于士人，无论贵贱，只要是贤材，他必加提拔。与他交游的人，后来都是知名之士。生活俭朴。文章有奇气，其议论有理有据。上朝廷的奏章，自己不留底稿。皇庆、延..年间，政务中每一点错误，人们都认为是铁木迭儿所造成的；有一点好的地方，都归功于李孟。
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