宗藩之间有隔阂，功臣奢侈越制，政教未能确立，文宗要通过朝廷考试，选拔人才，虞集被任命为阅卷官，他先提出以“劝亲亲，体群臣，同一风俗，协和万邦”为试题，帝未采用。集因任侍书学士无事可做，妒忌的人又多，就与大学士忽都鲁都儿迷失等对皇上说“：皇上有独到见解，建立奎章阁，读群书，设学士员作为顾问。我们没有什么能效力，恐有碍您的圣德，请允许我们辞职。”帝说：“从前我的祖宗聪明睿智，对治国之道生而知之，我早年经历过艰难险阻，与祖宗相比，无生而知之的聪慧，对国家的治理，怎能知道得周全呢？所以才建立奎章阁，设置学士员，以求祖宗的教诲，古今治乱的得失，每天都能陈列在我面前，你们把所学到的全部知识，用来帮助我。不要辞职了。”
圣上要收集本朝典故，仿《唐、宋会要》，编《经世大典》，命虞集与中书平章政事赵世延，同任总裁。集说：“礼部尚书马祖常，很懂古典典章；国子司业杨宝瑞，素来懂得天文地理，可以统率经典；翰林修撰谢端、应奉苏天爵、太常李好文、国子助教陈旅、前詹士院照磨宋耿衣、通事舍人王士点，都多见多闻，可以协助撰录。若是这样便能早日成书。”不久世延返乡，由集专负此责，历时两年，书成，共八百帙，进呈皇帝后，因眼疾求解职，帝不允。
御史中丞赵世安乘空为集请求说：“虞伯生长期住京师，家境贫困，又患眼病，恳请给他出京任职的机会，以便就医。”帝怒斥说“：一个虞伯生你们也不能容纳吗？”帝正要专用他从事文学，以他的弘才博识，在任何方面施展，都无不当之处。近来一些重要的典册都出自他的笔下，因此不让他离职。集每受命有所述作时，必以帝王之道分析治理疏忽的缘故，从容恳切地希望皇上有所感悟。如果问他历史上的成败教训，更是委婉地详尽其言。有时因某处问题随时规劝，出宫后也从不告诉别人；有时进谏后帝不能采纳，他回到家中就郁郁不乐。家里人见此情形，也不多问。当时世家子孙因才名被任用的很多，他们担心皇帝过分重用虞集，常想从中离间帝与集的关系，但未见效。于是他们就争相摘录虞集的文辞，指责讥讽，幸天子都能觉察，所以未能中伤虞集。但集却未改变对他们的态度。
谈到推荐人才，一定要先了解其人的修养，不能以笼络人而达到沽名钓誉的目的；至于评论文章，必须要详尽其理，那些对经典进行诡辩的文章虽好也不能取。即使因这些而招致诽谤，也绝不动摇。光人龚伯..，因才智英俊得到马祖常的喜爱，祖常任御史中丞，伯..常到他家与之交往，祖常请虞集引荐，集不允，说：“此人有些小聪明，但不是大器，恐怕将来不会有圆满的结果。”祖常不以为然。一天在家设宴请集，酒过三巡，祖常拿出引荐信，请集签名，集断然拒绝，祖常很不高兴地作罢。
文宗驾崩，集正在休假，计划南归故里，未能实现。幼君宁宗又驾崩，大臣要仿效武宗即位的前例，立妥欢帖穆尔太子为帝，召集老臣赴上都议事，集也在召集之列。祖常派人对集说“：御史有话。”于是集推说有病回临川了。
当初文宗在上都，要立其子阿剌忒纳答剌为皇太子，只因妥欢帖穆尔太子乳母的丈夫说明宗在世时，一向认为太子不是自己的儿子，贬到江南，用急件召翰林学士阿邻帖木儿，奎章阁大学士忽都鲁笃尔实将这件事写在《脱卜赤颜》中。又召虞集草拟诏书，宣告于朝廷内外。当时省、台诸臣，都是文宗平素信用的人，御史不敢斥责这件事，用意在讽劝虞集赶快离开。伯..后因执政败事，招致杀身之祸，当世的人才都佩服虞集能识别人。
元统二年(1334)顺帝遣使，召他回禁林，因病发作，不能启程。至正八年(1448)五月二十三日，病卒，享年七十七岁。诏赠江西行中书省参知政事、护军，封仁寿郡公。
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