都认为可使百姓自己随便贩卖，我等以为，此事若让百姓自己去做，恐紊乱不一，拟于南京、卫辉等路，按户籍收集药材。在蔡州，发售十二万斤官盐，禁止人们私相贸易。”世祖认为可以批准实行。
十二年，阿合马又说：“近来因军兴之后，减免了百姓的赋税，又撤消了转运司官，使各路总管府兼管商税，以致国用入不敷出。我认为，莫如检查户数多少，按远近设立都转运司，酌情增加原来税额，选择廉洁有为的官员分理其事。一应公私鼓铸铁，由政府设局贩卖，并禁诸人私造铜器。如果这样，则民力可不缺而国用也会充实。”因而奏请设立诸路转运司，以亦必烈金、扎马剌丁、张日高、富王圭、蔡德润、纥石烈亨、阿里和者、完颜迪、姜毅、阿老瓦丁、倒剌沙等为转运使。有亦马都丁其人，因欠官银得罪而被免职，死后，所欠数额还很多，中书省奏议裁处，世祖说：“这是财政方面的事情，再和阿合马商量。”
十五年正月，世祖因西京闹饥荒，便以万石粟赈灾。又通知阿合马，要广为贮蓄，以备不足。阿合马奏道：“自今以后，御史台不先报告中书省则不得随便召唤仓库的官吏，亦不得追索钱粮的数额。在中书省开会讨论时，御史台不出席，要办罪。”可见，他打击、贬低御史台到了什么地步。四月，中书左丞崔斌奏告皇上“：以前因为江南冗员多，且委任非人，便命阿里等人前往裁汰，今已有显著成效，但阿合马不上报，这是欺骗皇上。杭州地大，责任不轻，阿合马溺于私爱，以自己的不肖之子抹速忽担任达鲁花赤，佩虎符，这岂是量才授官之道？”又说“：以前阿合马自己要求免除其子弟的职务，但现在，他自己身居平章要职，而其子和侄或做行省参政，或为礼部尚书，或以将作院达鲁花赤领会同馆，全家族人都安置在要害部门。这样自背前言，有损公道。”于是世祖下令罢免了阿合马许多子弟的职务，但始终不将此情作为阿合马本人的罪过来处理。
世祖曾对淮西宣慰使昂吉儿说“，做宰相的人，要明天道、察地理、尽人事。兼有此三条的，才是称职的宰相。阿里海牙、麦..丁等也不能当宰相。回回人中，阿合马才可任宰相。”可见，世祖多么称道阿合马。
十六年四月，中书奏请设立江西榷茶运司及诸路转运盐使司。不久，便以忽辛为中书右丞。十七年，中书省奏：“阿塔海、阿里说，现在设立宣课提举司，官吏达五百余员。左丞陈岩、范文虎等认为这是扰害百姓，且侵盗官钱，要求撤消此机构。”阿合马知道后对皇上说“：前者有旨要登记江南粮数，我们一再去文索取，但无人据实上报。于是便和枢密院、御史台及朝廷诸老商议，认为中央设立运司，官多俸重，只宜在诸路设立提举司，都省、行省各委一人任其事。今行省没有派人，便想撤消此机构，并归罪于臣等。然而我所委任的人，有的到任还只两个月，计其侵用凡一千一百锭，如以他们所管的四年做比较，又当几何？今提举司成立不到三个月，又将它撤消，莫非他担心其奸情败露而先自言以绝其迹吗？我认为，正确的做法不是撤消它，而是令御史台派出能干的人同往审察，凡是有不法行为，要据实上报。”世祖同意阿合马的说法，令台中选人前往。
阿合马曾奏请设立大宗正府。世祖说“：这是朕的事，不是你应当提及的。但宗正之名，朕还不知道，你的意见很好，让我想想。”阿合马欲清算江淮行省平章阿里伯、右丞燕帖木儿自成立行省以来的一切钱粮，奏遣不鲁合答儿、刘思愈等去检查核实。得知其擅自更换朝廷命官八百员，自分左右司官，为他们铸造铜印。他把这些事上报皇帝，世祖问：“阿里伯等怎样说？”阿合马回答道：“他们认为行省过去曾铸了印。臣认为，过去江南未平定，他们还有权决定一切，如今形势不同了，他们又擅自支粮四十七万石，征收钞一万二千锭，还奏请撤消宣课提举司，阻止中书省派官员去清理。”世祖听了阿合马的奏报，便下令将阿里伯、燕帖木儿二人处死。
阿合马在职日久，益肆贪横，于是引用奸党郝祯、耿仁等，迅速提升到与自己同列。阴谋相互联络，蒙蔽皇上。拖欠的赋税也不稍减，民众被迫到处流亡。京兆等路年办税至五万四千锭，还认为没有据实征收。靠近城郊的百姓良田，动辄被他们取为己有。内则贪赃纳贿，外则显示威刑，朝中廷臣敢怒而不敢言，不敢议论其是非。有宿卫士秦长卿，愤慨已极，便向皇帝上书以揭发他的罪恶，竟为阿合马所害，最后死于狱中。此事在《长卿传》中有记载。
十九年三月，世祖在上都，皇太子陪同。有益都千户王著者，平素疾恶如仇，知人心愤恨阿合马，便秘密铸一大铜锤，发誓要以锤击死阿合马。恰好这时有妖僧高和尚，在军中行秘术，王著便与他们合谋，诈称三月十八日皇太子要还都做佛事，聚众八十余人，夜入京城。天将亮，王著和高和尚便派两个僧人到中书省，令他们买斋物，中书省的人对此抱怀疑态度，便审问二僧，没有审出罪状。到中午，著又派遣崔总管假传令旨，要枢密副使张易派一支军队在当天晚上到东宫门前集合，张易并未察觉这旨令是假的，当即使指挥使颜义领兵前往。这时著自己骑马去见阿合马，假称太子将至，要求中书省官员都在宫前迎候。阿合马便派遣右司郎中脱欢察儿等数骑出关，北行十余里，便遇上著、高等伪装是皇太子的一群人，伪太子这时便责备脱欢察儿等无礼，尽杀之。又夺了他们的马，南入健德门。夜晚二更，无人敢问他们是谁。至东宫前，众人皆下马，唯独伪太子立马指挥，呼省中官员至面前，指责阿合马几句后，著把他带走，以铜锤砸碎了他的头，立即毙命。接着又唤左丞郝祯来，又杀之。又囚右丞张惠。枢密院、御史台、留守司官都在远处观望，猜测不出是何缘故。只有尚书张九思从宫中大呼其诈，留守司达鲁花赤博敦拿棍棒冲上前去，把骑在马上的伪太子击倒在地。又以乱箭射击，作乱者们始逃散，多数被擒。高和尚等逃走，王著则挺身请罪。
中丞也先帖木儿迅速派人向世祖报告，世祖当时已在察罕脑儿，听到这个消息，大怒，即日到上都，命枢密副使孛罗、司徒和礼霍孙、参政阿里等骑驿站的马赶至大都，去讨伐作乱的人。三月二十日，在高梁河抓获高和尚。二十一日，孛罗等至京都。二十二日，杀王著、高和尚于市，还把他们剁成肉酱，又杀了张易。著在临刑前大呼道：“王著为天下除害，今日死了，他日必有为我写出此事真象的人。”
阿合马死时，世祖还不深知其奸邪行为，下令中书，不要问他妻子的罪。及向孛罗了解后，乃尽知其罪恶，始大怒，说“：王著杀阿合马，实在是对的。”乃命开墓破棺，戮阿合马尸于通玄门外，放狗去咬其肉。百官士庶，聚观称快。阿合马子侄皆被杀，没收其家属财产。阿合马的妾有名引住者，登记她的财产时，在柜中得到二张熟人皮，两耳都还存在。有一太监专为阿合马掌管箱柜的插关，审问他也不知道此皮是何人，但听他说：“阿合马念咒语时，置神坐其上，应验甚速。”又用绢二幅，画甲骑数重，围守一座篷帐的宫殿，士兵都向帐内张弦挺刃，如击刺之状。画此绢画的人姓陈。又有曹震圭曾推算阿合马的出生年月，王台判妄引图谶，皆有不轨言论。这些情况向世祖报告后，世祖下令剥太监及陈、曹、王等四人之皮示众。
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