太庙举行祭祀大典。十八日，敕令顺天府的张柔、东平府的严忠济、河间府的马总管、济南府的张林、太原府的石抹总管等人属下的户籍改属于民户。统军抄不花、万户怀都部下士兵所俘虏的九十三名宋人，由官府出钱赎出为民。私自越过禁界抢来的四十五个人，允许让亲属前来和他们团聚，并在内地种田。二十三日，诏令曾经进入南面边界的随路私商，据实自首的，免罪充军。
十一月初二，从东平征召李昶。初七，赐予诸侯王只必帖木儿二万五千两白银、一千锭钱钞。十九日，因战功而赏予杨文安五十两黄金，赏给他的部下六百两白银及数量不等的各种绢帛。三十日，诏令因生活贫困不能应征服役的人户，以两户或三户合出正军一名，其中人力具备而人数稀少的，允许其雇人代替应征。
十二月初五，减少、合并州县共二百二十余处。初六，宋子贞上奏说：“朝廷台省的政令，不应该一边执行一边更改。另外，刑部所执掌的事务关系到人命，刑部尚书严忠范年纪还轻，应当挑选在司法刑事方面富有经验的人担当。”又请求撤销北京行中书省，另外设立宣慰司，以控制东北的各州郡。皇上全部允从。禁止中书省官员互相告发、攻讦以平息争讼。初七，因为诸侯王也速不花戍守西蕃的部队屡次立下战功，赏给白银三百两。初九，从真定征召张德辉，从卫州征召徒单公履。十三日，下诏谕给高丽，赐予至元三年的历书。十九日，赐予刘秉忠黄金五十两。二十日，赐予伯颜、宋子贞、杨诚白银一千两、钱钞六十锭。二十三日，敕令挑选各军年富力强、聪明勇敢的士兵一万名充任侍卫亲军。二十五日，渎山大玉海制成，敕令放置在广寒殿。
这一年，全国共一百五十九万七千六百零一户，产丝九十八万六千二百八十八斤，包银税钱五万七千六百八十二锭。按每年常例赐给诸侯王黄金、白银、钱币、绢帛。彰德、大名、南京、河南府、济南、淄莱、太原、弘州等地降下冰雹，西京、北京、益都、真定、东平、顺德、河间、徐州、宿州、邳州等地发生蝗灾和旱灾。太原发生霜灾。全年判处死刑的罪犯四十二人。
至元三年(1266)春，正月初一，高丽国王王礻直派遣使臣前来恭贺新年。十二日，派遣朵端、赵璧携带诏书前去抚慰四川的将吏军民。十八日，设置制国用使司，派阿合马担任使司使。十九日，挑选二千名女真士兵为侍卫亲军。四川行枢密院谋划攻取嘉定，请求增派军队，朝廷命令朵端、赵璧从各营蒙古军、汉军中选取六千人交付给他们。
二月初二，廉希宪、宋子贞担任同平章事，张文谦重新担任中书省左丞，史天泽担任枢密院副使。初九，建置沈州以安置高丽归降的百姓。十八日，平阳路的僧官以妖言蛊惑百姓，被处死。派中书省右丞张易参与执掌制国用使司事务，参知政事张惠担任制国用使司副使。十九日，皇上的车驾临幸上都。二十日，撤销西夏行省，设立宣慰司。开始制作太常寺礼乐工的冠服。建立东京、广宁、懿州、开元、恤品、合懒、婆娑等路的宣抚司。二十一日，免除中都今年包银税的四分之一。下诏依据法制判决阿术部下所俘获的人口、牲畜，以及他们的草地牧场被百姓侵占耕种的事。把制国用使司制定的条款谕示朝廷内外的官吏。
三月辛巳日，把卫辉路划为亲王玉龙答失的封地。初五，赈济水达达部族百姓的饥荒。二十六日，王晋以及侍中和哲斯、济南益都转运使王明因为隐瞒盐税被处死。
夏季，四月初四，五山珍御榻制成，安放在琼花岛上的广寒殿。亳州水军千户胡进等率领骑兵渡过淝水，越过荆山，与宋军接战，斩杀、俘虏了很多宋军士兵，朝廷给予他们数量不同的钞币作为奖赏。初七，敕命僧侣、道士在中都的寺庙、道观中祈求福祚。下诏以僧人机担任总统，居住在庆寿寺。十六日，严申禁止临海地区贩卖私盐。敕命宫烛不得用彩色绘制。
五月初三，派遣使臣到各路讯问判决囚犯的情况。初八，敕命由太医院管理各路的医户和利惠百姓的药局。初九，用黄金装饰浑天仪。十四日，疏浚西夏中兴府汉延渠、唐来渠等河道。凡是被僧侣占据的良田，听任蒙古人分取开垦。二十四日，撤销益都行省。免除平滦、益都的藩属和军将子弟组成的质子军军户赋税的一半。
六月初六，晋封皇子南木合为北平王，授予他印信。初十，把归化来的百姓迁移到清州兴济县去屯田，由官府供给耕牛农具。十一日，赐给刘整京师畿辅之内的土地五十顷。十二日，因为千户札剌儿是为王事而死，赐给他的妻子白银二百五十两。十五日，设立漕运司。十七日，因陕西行省平章政事赛典赤等人的政务修明、治平，赐给白银五千两。命令山东统军副使王仲仁在汴州督造战船。严申陕西、河南禁止伐竹。设立拱卫司。
秋季，七月初五，撤销息州安抚司。十一日，诏命上都路总管府，遇到皇上到外地巡视，就暂时掌管留守司的事务，待皇帝的车驾返回，再恢复原来的职司。十五日，派遣使臣祭祀五岳(泰山、华山、嵩山、恒山、衡山)四渎(长江、黄河、淮河、济水)。二十三日，增添京内外巡兵。外路每一百户选一名中等财产的人充当，原来应纳的赋税由其他的民户代为交纳；京师增加武卫军四百名。二十八日，把崞州、代州、坚州、台州等四州隶属于忻州。下诏，令西夏逃避战乱的百姓返回原籍；成都新归附的百姓被豪民家所庇护的，全部让他们返回州县。下诏招集逃亡的士兵，限一百天之内到所属的地方呈报自首，赦免他们的罪过，贫困户两户合选一人应征服役。
八月初三，赐予丞相伯颜宅第一所。初七，派遣兵部侍郎黑的、礼部侍郎殷弘出使日本，赐给书信说：“大元皇帝奉上书信给日本国王：我想自古以来，小国的国君，只要领土相连，尚且要讲求信义，修治和睦，何况我祖先承受皇天的明命，据有中国。远方异域畏惧我邦的威力、感戴吾国的恩德者数都数不清。当我即位之初，因为高丽无辜的百姓久被战争所苦，便命令罢兵停战，归还他们的疆土，让他们的老幼百姓返回家园。高丽国的君臣感恩戴德地前来朝见，按照大义虽说是君臣关系，而彼此的欢洽却情同父子一般。估计贵国君臣也都已经知道了。高丽国是我国东边的藩属。日本与高丽关系密切，地域相近，自从开国以来，时时与中国相通。至于我，却还没有一个使臣与贵国沟通和睦友好关系，还担心贵国对这情况知道得不够仔细，因此特地派遣使臣带着信件通报我的心意，希望从今以后沟通音讯，结成友好，以做到互相亲善和睦。再说圣人以四海为一家，互相不沟通友好，难道是一家之理么？至于用兵打仗，谁高兴呢？希望国王盘算一下吧！”又下诏，令高丽引导出使的人到达那个国家。二十八日，高丽国王王礻直派遣他的大将军朴琪前来恭贺皇上的寿诞佳节。阿术占领蕲州、黄州，俘获敌人数以万计。
九月二十九日，皇上的车驾从上都到达。
冬季，十月初一，把德兴府降格为奉圣州，初四，高丽使臣返国，因为王礻直患病，皇上诏令配药赐给他。十八日，把平阳经籍所迁移到京师。改换旧式书版。太庙落成，丞相安童、伯颜说“：祖宗传代的数目，他们的尊号、谥号、庙号，增入庙祭的四代祖宗，各个庙室祭祀的神主，配祭的功臣、礼服、祭器等事情，都应该做出决定。”皇帝命令平章政事赵璧等召集群臣商议，确定太庙中设立八个祭室。申令禁止在京畿地区狩猎。二十三日，命令制国用使司制造神臂弓一千张、箭六万支。
十一月初三，开始发给京师、府、州、县、司的官员俸禄和做俸禄的职分田。初十，滨临御河建立漕运粮食的粮仓。十九日，严申禁止屠宰牛马。宋子贞离职退休。二十三日，任命忽都答儿为中书省左丞相。诏令禁止天象、图谶之类的书籍。二十八日，千户散竹带因为好酒贪杯致使大良平失守，罪当处死。审察其原来的功劳，免除其死罪，命令他前往东川军前效力。诏令建都，令其重新回归朝廷。又诏令嘉定等府沿江一带的城堡及早投降。又诏令四川行枢密院派人前去告谕江州、汉州、庸州、蜀州等地的官民归顺朝廷以自效，列具官吏的姓名，按原来的官品改授相应的官职，有功的升迁，有才的任用；失去生计的百姓用衣服粮食赈济他们，愿意移居内地的给予田地房屋，不让他们流离失所。
十二月初二，赐给诸侯王合必赤执行军令的印信。初三，诏令把四川行枢密院改为行中书省，任命赛典赤、也速带儿等执掌行中书省事务。初六，建立诸路洞冶所。因为梁成生擒宋军的总辖官，授予他开州同知，佩戴金符。减少辉州的竹税，原先，官府收取十分之六，这时减少其中两成。二十九日，下诏令安肃公张柔，暂署工部尚书段天..等共同掌管工部的事务，修筑宫城。把太府监合并入宣徽院，并以宣徽院使专门管领太府监事务。下诏赐给高丽至元四年的历书，并慰问勉励他们。在上都修建大安阁。开凿金口以引导卢沟的水运输西山的木材石料。敕令“：把所有偷越边界的私商和间谍，以及伪造假钞的，都押送到京师审查。”
这一年，全国共有一百六十万零九千九百零三户。东平路、济南路、益都路、平滦路、真定路、氵名磁路、顺天路、中都路、河间路、北京路发生蝗灾，京兆府、凤翔府发生旱灾。全年判处死刑的罪犯为九十六人。按每年的常例赐给诸侯王黄金、白银、钱钞、绢帛。
至元四年(1267)春，正月初六，陕西行省因为开州刚刚占领又重新失守，请求增兵，皇上敕令平阳、延安等发民兵三千人，山东、河南、怀孟、潼关调兵七千人前往增援。初九，申令严禁平阳等地贩运私盐。十四日，建立茶速秃水驿站十四处。十五日，敕令修建曲阜宣圣孔子庙。十七日，百济派遣其使臣梁浩前来朝见，皇上赐给他们数目不等的锦绣。禁止僧官侵权受理民事诉讼。二十三日，晋封安肃公张柔为蔡国公。任命赵璧为枢密院副使。设立诸路洞冶都总管府。二十五日，敕命封昔木土山为武定山，其山神封为武定公，其泉封为灵渊，其神封为灵渊侯。签征蒙古军，每户有两名或三名男丁的出一人为兵，四名或五名男丁出二人为兵，六名或七名男丁出三人为兵。二十七日，高丽国王王礻直派遣使臣前来朝见，皇上下诏对其安抚慰问。三十日，建立提点宫城所。分出上都的隆兴府自成一路，执掌总管府事务。设立开元等路转运司。修筑大都城垣。
二月初二，恢复粘合南合的平章政事之职，阿里重新担任中书省右丞。初九，把经籍所改为弘文院，以马天昭掌管院务。二十九日，统计西夏的民田，征收其赋税。皇帝的车驾临幸上都。诏令陕西行省招降宋人。下诏令嘉定、泸州、重庆、夔府、涪州、忠州、万州以及钓鱼、礼义、大良等处的官吏军民，有能够率领部下前来降顺的，从优给予奖励升迁。
三月初二，再次任命耶律铸为中书省左丞相。初四，在潼关和蕲县之间设置八名渡河官，以便审察作奸犯法的事。初八，敕命中都路建立习乐堂，把乐工的业务隶属于其中。十二日，赐给皇子燕王、忙阿剌、那没罕、忽哥赤白银三万两。十四日，夏津县发生大雨雹。十五日，安童上奏说：“近来中书省官员的人数，平章政事、左丞各一人，如今丞相为五人，向来没有这样的先例。臣等商议，打算设置两名丞相，臣等蒙古人共三人，希望由陛下决定。”皇上下诏，以安童为首，史天泽其次，其余的蒙古人、汉人，根据具体情况任用，不要使任用的员额人数太多。又诏令应该用姚枢等老成持重的一两个人一起商议中书省政务。三十日，耶律铸制成宫悬乐，皇上下诏赐名为《大成乐》。
夏季，四月初七，重新修筑宫城。十四日，派遣使臣祭祀五岳(泰山、华山、嵩山、恒山、衡山)四渎(长江、黄河、淮河、济水)。
五月初一，发生日食。敕命上都重新修建孔子庙。初九，应州发生大水。初十，威州山后大番族弄麻等十一个部族前来归顺，皇上赐给加盖玺印的诏书和金、银符牌。二十三日，猎户总管因伪造银符牌被处死。二十六日，敕令各路官吏的俸禄，由交纳包银税的民户，每四两税增交一两给予官吏。三十日，分出东平府的博州等五城另外组成一路。
六月初六，因为中都、顺天、东平等地蚕病成灾，不同程度地减免民户的丝税银。初九，再度任命史天泽为中书左丞相，忽都答儿、耶律铸
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