是只存在于"真心"之中。什么是真心呢？就是童心、初心，最初一念之本心，即不受外界影响的"我"的心。它们是主宰一切，产生诸相的本源，可称作"清净本源"，万事万物、山河大地就在一念之中，只是真心的显现物，是真心的因素和成分，如同水泡和大海中的海水的关系。这种观点，与陆王学派的"吾心便是宇宙，宇宙便是吾心"、禅宗的"万法尽在自心"是一脉相承的。李贽用主观唯心主义作为反对以客观唯心主义为基础的程朱理学的理论武器，势必削弱自身的战斗力。
李贽的认识论是建立在主观唯心主义之上的先验论，主张渊源于佛性的"生知"说。《焚书。答周西岩》一文指出，"天下无一人不生知，无一物不生知，亦无一刻不生知。"人人有生知，人人有佛性。"人皆可以为圣"（《焚书。答耿司寇》）。李贽以"生知"说反对神化孔子，从认识能力、认识来源的角度来否定认识正确与否要以孔子为标准的传统思想，具有解放思想的进步作用，但以"人人生知"反对"圣人生知"说，其认识论方面的局限和缺陷是不可忽视的。
李贽的哲学思想中有不少朴素辩证法的思想。《续焚书。与陶石篑》中说："善与恶对，犹阴与阳对，刚与柔对，男与女对，盖有两则有对。"他承认事物皆有两个方面，在一定程度上揭示了事物内部的矛盾对立和相互转化。受朴素辩证法思想的影响，《焚书》中表现的政治思想为"世无定时，我无定术"（《晁错》），"不蹈故袭，不践往迹"（《与耿司寇告别》）等发展变化的思想。
《焚书》卷6和《续焚书》卷5收集了李贽的很多诗歌，其中不乏精彩的篇章。我们可从中看出他义无反顾的斗争精神，又可察觉出他沉湎于佛经而产生的苦闷徬徨。
《焚书》、《续焚书》是李贽反对封建传统思想的力作。书中对儒家和程朱理学的大胆批判所表现的反传统、反权威、反教条精神，启迪与鼓舞了当时及后来的进步学者，对人们解放思想，摆脱封建传统思想的束缚，产生了极大的影响，因而被统治阶级视为洪水猛兽。李贽也深知其见解为世所不容，故将著作名之为《焚书》，以后也果然于明清二代多次遭焚烧，但却是屡焚屡刻，在民间广为流传。李贽不屈不挠的斗争精神也成为后世之楷模，五四时期进步的思想家把他当作反孔的先驱。"手辟洪蒙破混茫，浪翻古今是非场。通身是胆通身识，死后名多道益彰"（冯元仲《吊李卓吾先生墓诗》），正是对李贽与其思想影响的真实写照。
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