家孙思邈列为"凡欲为大医，必须读《素问》、《甲乙》……等诸部经方"，定为医学生必须学习熟读的基本功。而且在唐代、宋代官方的医学教育中，也明确规定其为医学校学习必修课，并设针博士、针助教、针师等进行授课和据以指导临床实习。在此之后，不论是宋王唯一创制针灸铜人、著书和刻石以广针灸之正确流传，或是明、清诸针灸学者编撰针灸书籍，几乎无不以之为主要依据。
《针灸甲乙经》成书后，为历代医学家、针灸学家所重视，传抄者颇多，自北宋校正医书局校正后始成今之传本。在国内现仅存若干明刊本，日本珍藏有我国宋刊本。现国内所收藏者有明刊本之后历代刊刻出版者计约20种。
《针灸甲乙经》对国外发展中国针灸也产生了极为广泛的影响。公元七八世纪，日本、朝鲜在引进中国医学的同时，均在其医学教育中明确规定以《针灸甲乙经》为教材，还明确规定了学习日数。日本的《大同类聚方》等也都较多地引用了《甲乙经》的内容。其后，日本不但收藏中国宋版之《黄帝针灸甲乙经》，并多有中国历代之版本，近年他们影印了宋版在日本和国际上流传。欧美学者学习中国针灸虽然较晚，虽然并非始于《针灸甲乙经》，但该书在19世纪末、20世纪初在欧美产生影响，为欧美一些大图书馆所收藏，特别在法国影响更大。据知，法国现代学者正在翻译《针灸甲乙经》。
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