征。如指出"鸟产于林，故羽似叶；兽产于山，故毛似草"，又说："毛合四时，色合五方"，这都正确地掌握了禽兽对环境之适应以求保护的变异特点。在动物相关变异方面，该书正确指出："乌骨鸡但验舌黑"即可知其骨黑的鉴别方法。《本草纲目》在有关药物的论述上，还强调了生物受到人工方法的干预而在生活习性方面产生改变的特性。如记述的动物变野生为人工驯养，家种植物可以优于野生等，说明当时对生物之遗传特征已有一些知识。
在制药化学和实验研究方面，《本草纲目》较以前也有着突出的成就。所载制药化学包括有蒸馏、蒸发、升华、重结晶、风化、沉淀、干燥、烧灼、倾泻等许多化学反应的方法。
所制取的醋酸铅（铅霜）；利用消石与矾石分解和氧化作用制取铅丹；以浓茶煎熬五倍子，使其产生沉淀；经曲菌发酵水解而析出没食子酸的白色结晶，都达到了较高的科学水平，甚至是最早的记录。在科学实验方面，作者不但亲自验证了罗勒子治疗眼翳和自服蔓陀罗花以观察其治疗效果和麻醉作用外，还对若干药物的药理作用等进行了动物实验。他观察大豆、鸡肠草等之药理作用，他解剖鲮鲤、蛇等多种低等动物，以证实其解剖结构上的异同，进行了若干比较研究。这些方法在当时科学界也可以称得上是一个创举。
当然，未知或知之甚少在当时更是普遍的，在当时条件下不可知者也非少见。因此，作者对若干药物的记述客观地指出"未审然否"，或谓："亦无所询证，姑附于此，以俟博识"，足可证明其实事求是的科学态度。
《本草纲目》问世后其影响面之广而深远是创记录的。明万历十八年（1590年）由金陵（今南京）胡承龙首次刊刻，世称"金陵本"，至今尚存有极少几部，除日、美、德均有收藏外，我国仅存两部。1603年由夏良心等刊行于江西刻本《本草纲目》，世称"江西本"，为仅次于金陵本之善本，现存于世者尚多。此后，重刻《本草纲目》者逐渐增多，如湖北本（1606年）、石渠阁本、立达堂本等，均刻于明末之前。清代刻本以张朝璘本（1657年）、太和堂本（1655）等为最早，其后刻刊者甚多。据现存国内之刻印本统计，截止1949年约有70余版次。继《本草纲目》之后，我国药物学之发展在此基础上虽不如其广博，然在发挥、深化认识上和吸收外来药物上取得了不断的进步，如赵学敏撰《本草纲目拾遗》（1765年）等，几乎都是在其直接或间接影响下完成的。
《本草纲目》不但在国内有着如此深广的影响，早在公元1606年即传至日本。据统计，日本在1637-1714年间先后出现了《本草纲目》的8种刻本，此后还先后出版了日文节译和全译本多种。日本学者研究《本草纲目》并有著作者多达30余种。《本草纲目》在朝鲜、越南等也有较大的影响。大约从18世纪开始，《本草纲目》即传至欧洲，英国大英博物馆、剑桥大学图书馆、牛津大学图书馆、法国国民图书馆等都收藏有《本草纲目》的多种明刻本或清刻本。德国皇家图书馆收藏有金陵本。此外，在俄国（前苏联）、意大利、丹麦等也都有收藏。美国国会图书馆也收藏有金陵本和江西本等。据英国李约瑟博士考证，1732年法国医生范德蒙德曾将《本草纲目》中部分内容译为法文，几经周折于百余年后在巴黎发表，引起著名化学家和化学史学者的注目。据研究，《本草纲目》早在18世纪及以后的年代曾被部分摘译成法文、英文、德文和俄文，欧洲在19世纪对研究《本草纲目》与中国本学产生兴趣，并由此而获得博士学位者。英国伟大的生物学家达尔文在奠定进化论、论证人工选择原理的过程中，即曾参阅了《古代中国百科全书》，其内容即《本草纲目》之内容。
如达尔文在《变异》中谈到鸡的变种、金鱼家化史等，均吸取和引用了《本草纲目》的内容。李约瑟博士在评价《本草纲目》时写道："毫无疑问，明代最伟大的科学成就，是李时珍那部在本草书中登峰造极的著作《本草纲目》。""李时珍作为科学家，达到了同伽里略、维萨里的科学活动隔绝的任何人所能达到的最高水平。""中国博物学家中’无冕之王’李时珍写的《本草纲目》，至今这部伟大著作仍然是研究中国文化史的化学史和其他各门科学史的一个取之不尽的知识源泉。"
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