昌夺情入阁，帝怒甚，亲召至平台诘责，下狱遣戍（事具「明史」）。
南渡，起吏部右侍郎。道周不欲出，马士英遣人讽之曰：『人望在公，公而不起，岂欲从史可法拥立潞王乎』？道周不得已，乃趋朝；至则陈进取九策。九月，升礼部尚书，掌詹事府事。寻以祭告禹陵出。临行上言：『今欲东收兖济、北略漳河、西取应安，然后问洛阳之钟簴、扫承德之松楸，上规天寿：此旷日持久，其道诚难。必如臣愚计，得一沉鸷之将，简士三万、赍粮百日，出赣榆、韦桥，东踰破车，度临朐，历博兴，直上盐山，抵沧州。此间千四百里皆荒旷如升虚邑，惟临朐、安邱、乐安、阳信之间稍有屯聚，可因粮而食。尽七昼夜至武清，渡白沟，出其不意，从天而下。然后致陛下哀痛之意，祭告洒扫于十二陵，与长安士民拭泪而觐九庙。还则兵分两道：一下临清，以收兖济；一下邯郸，以收彰卫。其用力甚少，奏功甚钜。此耿弇所发愤于祝阿、刘裕所欢呼于大岘也』。
南京溃，唐王建号福州；以本官兼武英殿大学士，参赞机务。王素重其学行，礼敬备至。时何吾驺、蒋德璟等未至，道周为首辅。会赐宴，郑芝龙以侯爵欲居第一；道周谓『祖制武职无班文臣右者』。芝龙辞绌。由是文武不和。有诸生上书诋道周迂，不可居相位；王知出芝龙意，下督学御史挞之。然是时国势衰微，兵食俱乏，政归郑氏；诸大帅选观望。
道周见芝龙殊无经略之志，愤激请督师自效。请兵请粮，芝龙皆不应。乃以七月二十二日启行，仅赍一月粮以虚声鼓动忠义士，旬日间得九千余人。亲写札副奖语给为公赏，得之者荣于诰敕。而应募者多不练之兵，不能应敌。由广信抵衢州；婺源令某，其门人也，伪致降书，道周信之，决计深入。曰：『国家养士数百年，士民岂无人心；传檄自归命耳』。十二月，至婺源明堂里，大兵猝至，一军歼焉，道周知为令所卖。比从者俱遁，曰：『吾死此矣』！遂被执。幕下士兵部职方主事福建赵士超，字渊卿；中书赖维谨，字敬儒；蔡春溶，字时培：皆漳州人。道周妻弟通判毛玉洁，字去水，六合人。四人俱从之。道周绝粒七日，不死。至徽州，元旦张灯甚盛，为鱼龙曼衍诸戏；乃与士超等怅然赋诗。是夜，雷雨大作，统行三昼夜不止；训导吴士绣呼其子祺生曰：『皇天震怒，殆为黄先生乎』！不食而卒。道周至江宁，洪承畴其乡人也；遣使来言：『幸毋自苦，我可以保先生不死』。道周詈之曰：『承畴死久矣！松山之败，先帝痛其死，亲自祭哭，焉得尚存？此无藉小人冒其名耳』。承畴馆而礼之，上疏乞贷死；朝旨不许。道周在馆，与门人讲习吟咏如常，着诗文数卷。素善书翰，都人争求之，终日握管不辞也。三月七日赴市，书绝命词于衣带间；过东华门坐不起，曰：『此与高皇帝陵寝近，可死也』！既见市有竖福建门牌者，指曰：『福建吾君在焉，死于此可也』！南向再拜，遂受刑；士超等四人皆从死。唐王闻之大哭，迫赠文明伯，谥「忠烈」。
道周诗文敏捷，精天文、历数、皇极诸书。所着「三易洞诠」、「革象新书」，学者穷年不能通其说；而道周以之推验治乱，其说多中。自推行年终于六十三岁丙戌，书之小册；始知其能前知也。
「勘本」曰：石斋先生为翰林时，补经筵展书官；故事：必膝行以前。先生独否；魏忠贤目慑之。后救故相钱龙锡，疏凡三上；钱得减死。及召对平台，帝问：『郑鄤，激父杖母者也。尔自言不如，何邪』？对曰：『匡章见弃通国，孟子不失礼貌。臣言文章不如，且众恶之必察也』。论列久之（语详「明史」）。既而曰：『臣今日不尽言，则臣欺陛下；陛下今日杀臣，则陛下负臣』。帝怒，下之狱，寻即遣戌。时有涂仲吉者，漳浦诸生；以论救受廷杖，遂终身事之无怨言。先生所至，学者云集，讲论无倦。所居铜山在孤岛中，有石室，自幼坐卧其中；故门下士称为石斋先生。讲学禹航时，爱大涤山川之胜；尝曰：『大涤，吾墓田也』。后之人有为之立祠祀焉者。其传道弟子，曰禹航何羲兆（瑞图）、曰绍兴吕汉■〈常上心下〉（叔伦）。先生正命，门人星散；惟二君抱其遗书入山，终身不出，以逸民终，其节最高。他如甬上董次公（守谕），少即受业，而讲学于大涤山房为最久；江东司饟，几至杀身。其所着「易学」，则犹是漳海绪言也。
右是卷，专为儒臣二周先生传。原本简略过半；如子刘子门下尽属有光残局者也，特于「书后」表出诸，以证一时忠义之盛云。
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