他为副相国。董卓后来入关，留朱俊守洛阳，朱俊与山东诸将通谋为内应。后来害怕被董卓偷袭，于是弃官跑到荆州去了。
董卓任弘农杨懿为河南尹，守洛阳。朱俊听说了，又进兵洛阳，杨懿跑了。朱俊认为河南残破没有什么可以倚靠的，于是东去驻军中牟，通告州郡，请出师讨伐董卓。徐州刺史陶谦出精兵三千，其余各州郡都给了一些，陶谦上书举朱俊行车骑将军。董卓知道了，派他的将李莈、郭汜等几万人驻河南抵拒朱俊。朱俊迎击，被李莈、郭汜打败。朱俊自己知道不能敌，留在关下不敢再前进。董卓被诛以后，李莈、郭汜作乱，这时朱俊还在中牟。陶谦认为朱俊是名臣，又累有战功，可任以大事，于是与众豪杰共同推朱俊为太师，通告牧伯，同讨李莈等，奉迎天子。因奏记朱俊说：“徐州刺史陶谦、前扬州刺史周乾、琅笽相阴德、东海相刘馗、彭城相汲廉、北海相孔融、沛相袁忠、太山太守应劭、汝南太守徐趚、前九江太守服虔、博士郑玄等，敢言之行车骑将军河南尹幕府“：国家遭董卓之祸以后，又加上李莈、郭汜之乱，幼主被劫持，忠良遭到残杀，长安隔绝，不知吉凶如何。所以作官治人，有识的士大夫，没有不忧惧的。认为如果不是明哲有雄才大略的人，哪里能够制止祸乱！自从起兵以来，现在已经三年了。州郡互相观望，没有出击的功劳，只互相挟私争斗，互不信任。谦等共同商讨，要消除困难，都说：‘将军君侯，有文有武，应时代而出，所有正直的人，没有不抬头瞻望的。’所以彼此鼓励，挑选精悍的部队，能够深入敌军，直指咸阳。物资粮食不少，足足可以支持半年。
同心同德，托于元帅。”值李莈用太尉周忠、尚书贾诩的计策，征召朱俊入朝。军队官吏都怕入关，想响应陶谦等人。朱俊说“：用天子的命令召臣子，应当不等车子就要去，何况是天子的诏命呢？且李莈、郭汜是奸乱小人，樊稠是平庸无用的人，无别的什么远大的谋略，又势力相等，变乱必作。我乘他们的不备，突然行动，大事可为。”于是辞陶谦而赴李莈的征召。再为太仆，陶谦等人就没有干了。
初平四年(193)，朱俊代周忠为太尉，兼尚书事。第二年秋天，因日食免官，再行骠骑将军事，持天子节镇守关东。没有出发，值李莈杀樊稠，郭汜又自生疑惑，与李莈打起来，长安中乱，所以朱俊不去镇守关东，留在朝廷任大司农。献帝诏令朱俊与太尉杨彪等十余人劝郭汜，使他与李莈和解。郭汜不肯，因把朱俊等人作为人质扣留起来。朱俊性情素来刚烈，当天发病去世。朱俊的儿子朱皓，也有才略德行，官至豫章太守。
史官评论说：皇甫嵩、朱俊都因有上将的才略，受命于国家祸乱的时候。功成师克，威名满天下。值弱主受辱，恶贼抗命，这真是叶公子高奋袂而起，翟义举兵诛王莽的时候，所以梁衍献规，山东连盟，不去干正天的大业，而去践匹夫的小信，结果狼狈虎口，被有识的人所耻笑。难道是老天要助长这种叛乱吗？为什么智勇之士不能有始有终到这种地步呢？前史晋平原华峤，说他的父亲光禄大夫华表经常说他的祖父魏太尉华歆称“：时人说皇甫嵩不以功劳自居，汝豫一役，把功归于朱俊，打败张角，是靠了卢植，论名论功，说自己没有。大抵功名，是世所最看得重的，真正不争天下的所最重，那么，怨祸就不会深啊！”如皇甫公的处危乱之际，却能够保全姓命富贵，他的高风亮节不是很难能可贵吗？所以颜子以不夸耀自己的善行为先，这也许是立身的要道啊。
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