初设红剥船六百艘，每船给田四十顷，收租赡船，免其徵科。近畿州县距河甚远，恆雇觅民船，河干游民藉之邀利，及接运漕粮，往往有盗卖攙和之弊，甚有盗卖将尽，故倾覆其船，逮运官查明，仍责地户赔偿，倾家荡业。又领船船户例受天津钞关部差管辖，每岁河冰未泮之日，部差催促过堂守候，莫不有费，苦累实甚。三十九年，裁红剥船，依原收租数分派各省，于漕粮项下编徵，解粮道库支发。乾隆二年，定每船给红剥银二两，由随帮千总领发，漕船遇浅，由运军自雇民船，坐粮?酌定雇价。十三年，增设★船六十艘，造船及用具夫役工食，均于红剥银内支用，馀仍分给运军。南粮入北河后，官为雇船剥运，粮艘未到，剥船先期预备，守候累日，且有妨商盐挽运。五十年，谕令另造剥船，南粮抵北河，即剥运赴通，嗣后毋得封固民船，致滋扰累，违者罪之。寻议定官备剥船千二百艘，发交附近沿河天津等十八州县收管，如有商货盐斤，许其揽载，四月以后，调赴水次，毋得远离。翌年复添造三百只，交江西、湖广成造，运送天津，与原设剥船在杨村更番备剥。豫、东二省，因水浅阻滞，定造剥船三百艘，交德州、恩、武城、夏津、临清五州县分管。
清初沿明卫所之制，以屯田给军分佃，罢其杂徭。寻改卫军为屯丁，毋得窜入民籍，五年一编审，粮道掌之。康熙初，定各省卫所额设运丁十名。三十五年，定漕船出运，每船佥丁一名，馀九名以谙练驾驭之水手充之。凡佥选运丁，佥责在粮道，举报责卫守备，用舍责运弁，保结责通帮各丁。寻佥本军子弟一人为副军。雍正初，免文学生员佥运。先是江苏按察使胡文伯以江、安十卫去苏、松水次遥远，遇有应更换之丁，运官赴卫查佥，往返须时，请预佥备丁，造册送粮道，转送总漕备案。经户部议准。漕督杨锡绂上疏争之，略言：“预佥閒丁，其不必者有二，不便者有二。各省卫帮，贫富不等。殷富之帮，本无俟閒丁预备；贫乏之帮，遇有应换之丁，百计搜查，求一二殷丁且不可得，安有数十閒丁可以预备？其不必一也。又殷实军丁，生计粗裕，猝遇收成歉薄，一二年或即转为贫乏，今既佥选註册矣，设需用之时，已经贫乏，是仍以疲丁应选，其不必二也。至送粮道点验，仆仆道途，废时失业，不便一也。卫所州县书吏，喜于有事，富者贿脱，贫者受佥，不便二也。请停止预选閒丁註册。”从之。
旧制漕船旗丁十名，丁地五顷。其后丁地半归民户，运丁生计贫乏，经户部行文清查，不许民间侵占。乾隆初，巡漕御史王兴吾奏：“屯田籍册年久散失，无可稽考。亦有册籍仅存而界址难于徵实，或军丁典佃于民，而展转相售、屡易其主者。清田归运，徒滋扰累。盖津贴之举已成通例，民出费以赡丁，丁得项以承运，相沿既久，无碍于漕。况丁得田不能自耕，势必召佃收租，是与未赎时之津贴同一得项承运，未见有益也。”二十五年，锡绂奏：“漕运之有疲帮，实缘运丁债负为累。浙江之金、衢、严、温、处、绍、台、嘉等帮，江南之江、淮、兴、武、凤阳、大河等帮，债欠尤多，帮疲益甚。欲除私负之累，莫若出借官帑。请于浙江江、安道库各提银六万两，专备疲帮领借。每岁督运道员，查按沿途及抵通需用银数，提交押运，至期散给，于次年新运应领项下扣还，俟疲帮渐起，奏明停止。各省州县卫帮承佥运丁，均以奉文派佥日起，限两月佥解，并查明田地房产，造册送总漕存案。设有亏短挂欠，令其赔补。若佥派后实系卖富差贫，或弃船脱逃，或重佥已革之丁，以及徇情出结、将军丁改入民籍者，承佥之员降二级调用，不准抵销。其上司照失察例议处。从漕督毓奇请也。道光十三年，给事中金应麟奏：“江、浙内河一带漕船，讹诈商民，有买渡、排帮等名目。州县以兑米畏其挑剔，置若罔闻，滞运扰民，为害甚大。”诏林则徐、富呢扬阿严行查禁。
运军往来淮、通，终岁勤苦，屯田所入有限，于是别给行月钱粮资用，其数各省不一。江南运军每名支行粮二石四斗至二石八斗，月粮八石至十二石。浙江、江西、湖广行粮三石，月粮九石六斗。山东行粮二石四斗，月粮九石六斗。其通、津等卫协运河南漕船运丁行月之数，与山东同。各省领运千总等官，于廪俸外多有兼支行粮者。行月二粮，旧时本少折多，且折价每石不过三四五钱，各处官丁常有偏枯之控。诏令漕督议定查照岁支行月旧额本折各半，折色照漕欠每石银一两四钱，永著为令。康熙二十九年，行月钱粮设立易知由单，列明应给各项钱粮，丁各一纸，照款支给。如官役剋扣婪索，许本丁将事由载单内，于过淮时陈控。
雍正元年，覆准运船到次，先将本色行月钱粮于三日内给发折色银，由卫守备出具印领受，领运千总钤章，解道验明，以半给军，半封固，粮道赉淮，由总漕监发，愆期迟延者罪之。乾隆五年，议定运丁于解淮验给一半钱粮内，酌留回空费用，数多者扣留三之一，少者酌扣八两，令粮道另行封兑，于过淮时交随运官弁收领，俟抵通交粮后，给发各丁。缘各省漕船回空，每因资斧缺乏，不能及时抵次也。十年，漕督顾琮上言：“粮道所押帮船，多少不同，兑开复有迟早，必俟最后之帮
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