張崇之守石頭，輔國將軍劉襲柵斷淮口，丹楊尹司馬恢之戍南岸，冠軍將軍桓謙、輔國將軍司馬允之、游擊將軍毛邃備白石，左衛將軍王嘏、領軍將軍孔安國屯中皇堂。徵豫州刺史、譙王尚之衛京師。寧朔將軍高雅之擊孫恩于廣陵之郁洲，為賊所執。
秋七月，段璣弒慕容盛，〔一四〕盛叔父熙盡誅段氏，因僭稱尊號。
九月，呂隆降于姚興。
冬十月，姚興帥師侵魏，大敗而旋。
是歲，饑，禁酒。
元興元年春正月庚午朔，大赦，改元。以後將軍元顯為驃騎大將軍、征討大都督，鎮北將軍劉牢之為元顯前鋒，前將軍、譙王尚之為後部，以討桓玄。
二月丙午，帝戎服餞元顯于西池。丁巳，遣兼侍中、齊王柔之以騶虞幡宣告荊、江二州。丁卯，桓玄敗王師于姑孰，譙王尚之、齊王柔之並死之。以右將軍吳隱之為都督交廣二州諸軍事、廣州刺史。
三月己巳，劉牢之叛降于桓玄。辛未，王師敗績于新亭，驃騎大將軍、會稽王世子元顯，東海王彥璋，冠軍將軍毛泰，游擊將軍毛邃並遇害。壬申，桓玄自為侍中、丞相、錄尚書事，以桓謙為尚書僕射，〔一五〕遷太傅、會稽王道子于安城。玄俄又自稱太尉、揚州牧，總百揆，以琅邪王德文為太宰。
臨海太守辛景擊孫恩，〔一六〕斬之。是月，禿髮利鹿孤死，弟傉檀嗣偽位。
秋七月乙亥，新蔡王崇為其奴所害。
八月庚子，尚書下舍災。
冬十月，冀州刺史劉軌叛奔于慕容德。
十二月庚申，會稽王道子為桓玄所害。曲赦廣陵、彭城大逆以下。
二年春二月辛丑，建威將軍劉裕破徐道覆于東陽。乙卯，桓玄自稱大將軍。丁巳，冀州刺史孫無終為桓玄所害。
夏四月癸巳朔，日有蝕之。
秋八月，玄又自號相國、楚王。
九月，南陽太守庾仄起義兵，為玄所敗。
冬十一月壬午，玄遷帝于永安宮。癸未，移太廟神主于琅邪國。
十二月壬辰，玄篡位，以帝為平固王。辛亥，帝蒙塵于尋陽。
三年春二月，帝在尋陽。庚寅夜，濤水入石頭，漂殺人戶。乙卯，建武將軍劉裕帥沛國劉毅、東海何無忌等舉義兵。丙辰，斬桓玄所署徐州刺史桓修于京口，青州刺史桓弘于廣陵。丁巳，義師濟江。
三月戊午，劉裕斬玄將吳甫之于江乘，斬皇甫敷於羅落。己未，玄眾潰而逃。庚申，劉裕置留臺，具百官。壬戌，桓玄司徒王謐推劉裕行鎮軍將軍、徐州刺史、都督揚徐兗豫青冀幽并八州諸軍事、假節。劉裕以謐領揚州刺史、錄尚書事。辛酉，劉裕誅尚書左僕射王愉、愉子荊州刺史綏、〔一七〕司州刺史溫詳。辛未，桓玄逼帝西上。丙戌，密詔以幽逼於玄，萬機虛曠，令武陵王遵依舊典，承制總百官行事，加侍中，餘如故。并大赦謀反大逆已下，惟桓玄一祖之後不宥。
夏四月己丑，大將軍、武陵王遵稱制，總萬機。庚寅，帝至江陵。庚戌。輔國將軍何無忌、振武將軍劉道規及桓玄將庾稚、〔一八〕何澹之戰于湓口，大破之。玄復逼帝東下。
五月癸酉，冠軍將軍劉毅及桓玄戰于崢嶸洲，又破之。己卯，帝復幸江陵。辛巳，荊州別駕王康產、南郡太守王騰之奉帝居于南郡。壬午，督護馮遷斬桓玄於貊盤洲。〔一九〕乘輿反正于江陵。甲申，詔曰：「姦兇篡逆，自古有之。朕不能式遏杜漸，以致播越。賴鎮軍將軍裕英略奮發，忠勇絕世，冠軍將軍毅等誠心宿著，協同嘉謀。義聲既振，士庶效節，社稷載安，四海齊慶。其大赦，凡諸畏逼事屈逆命者，一無所問。」戊寅，〔二０〕奉神主入于太廟。
閏月己丑，桓玄故將揚武將軍桓振陷江陵，劉毅、何無忌退守尋陽，帝復蒙塵于賊營。
六月，益州刺史毛璩討偽梁州刺史桓希，斬之。
秋七月戊申，永安皇后何氏崩。
八月癸酉，祔葬穆帝章皇后于永平陵。
九月，前給事中刁騁、祕書丞王邁之謀反，伏誅。
冬十月，盧循寇廣州，刺史吳隱之為循所敗。執始興相阮腆之而還。〔二一〕慕容德死，兄子超嗣偽位。
義熙元年春正月，帝在江陵。南陽太守魯宗之起義兵，襲破襄陽。己丑，劉毅次于馬頭。桓振以帝屯于江津。辛卯，宗之破振將溫楷于柞溪，進次紀南，為振所敗。振武將軍劉道規擊桓謙，走之。乘輿反正，帝與琅邪王幸道規舟。戊戌，詔曰：「朕以寡德，夙纂洪緒。不能緝熙遐邇，式遏姦宄。逆臣桓玄乘釁肆亂，乃誣罔天人，篡據極位。朕躬播越，淪胥荒裔，宣皇之基，眇焉以墜。賴鎮軍將軍裕忠武英斷，誠冠終古。運謀機始，貞賢協其契，抆淚誓眾，義士感其心。故霜戈一揮，巨猾奔迸，三率棱威，大憝授首。而孽振猖狂，嗣凶荊郢。幸天祚社稷，義旗載捷，狡徒沮潰，朕獲反正。斯實宗廟之靈，勤王之勳。豈朕一人，獨享伊祜，思與億兆，幸茲更始。其大赦，改元，唯玄振一祖及同黨不在原例。賜百官爵二級，〔二二〕鰥寡孤獨穀人五斛，大酺五日。」
二月丁巳，留臺備乘輿法駕，迎帝於江陵。弘農太守戴寧之、建威主簿徐惠子等謀反，伏誅。平西參軍譙縱害平西將軍、益州刺史毛璩，以蜀叛。
三月，桓振復襲江陵，荊州刺史司馬休之奔于襄陽。建威將軍劉懷肅討振，斬之。帝至自江陵。乙未，百官詣闕請罪。詔曰：「此非諸卿之過，其還率職。」戊戌，舉章皇后哀三日，臨于西堂。劉裕及何無忌等抗表遜位，不許。庚子，以琅邪王德文為大司馬，武陵王遵為太保，加鎮軍將軍劉裕為侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事。甲辰，詔曰：「自頃國難之後，人物彫殘，常所供奉，猶不改舊，豈所以視人如傷，禹湯歸過之誡哉！可籌量減省。」
夏四月，劉裕旋鎮京口。戊辰，餞于東堂。
五月癸未，禁絹扇及摴蒲。游擊將軍、章武王秀，益州刺史司馬軌之謀反，伏誅。桓玄故將桓亮、苻宏、刁預寇湘州，守將擊走之。
秋八月甲子，封臨川王子脩之為會稽王。
冬十一月，乞伏乾歸伐仇池，仇池公楊盛大破之。
是歲，涼武昭王玄盛遣使奉表稱藩。
二年春正月，益州刺史司馬榮期擊譙縱將譙子明于白帝，破之。
夏五月，封高密王子法蓮為高陽王。
秋七月，梁州刺史楊孜敬有罪，伏誅。
冬十月，論匡復之功，封車騎將軍劉裕為豫章郡公，撫軍將軍劉毅南平郡公，右將軍何無忌安成郡公，自餘封賞各有差。乙亥，以左將軍孔安國為尚書左僕射。
十二月，盜殺零陵太守阮野。
三年春二月己酉，車騎將軍劉裕來朝。誅東陽太守殷仲文、南蠻校尉殷叔文、晉陵太守殷道叔、永嘉太守駱球。己丑，〔二三〕大赦，除酒禁。
夏五月，大水。
六月，姚興將赫連勃勃僭稱天王于朔方，國號夏。
秋七月戊戌朔，日有蝕之。汝南王遵之有罪，伏誅。
八月，遣冠軍將軍劉敬宣持節監征蜀諸軍事。
冬十一月，赫連勃勃大敗禿髮傉檀，傉檀奔于南山。
是歲，高雲、馮跋殺慕容熙，雲僭即帝位。
四年春正月甲辰，以琅邪王德文領司徒，車騎將軍劉裕為揚州刺史、錄尚書事。庚申，侍中、太保、武陵王遵薨。
夏四月，散騎常侍、尚書左僕射孔安國卒。甲午，加吏部尚書孟昶尚書左僕射。
冬十一月癸丑，〔二四〕雷。梁州刺史楊思平有罪，棄市。辛卯，大風拔樹。是月。禿髮傉檀僭即涼王位。
十二月，陳留王曹靈誕薨。
五年春正月辛卯，大赦。庚戌，以撫軍將軍劉毅為衛將軍、開府儀同三司，加輔國將軍何無忌鎮南將軍。戊戌，尋陽地震。
二月，慕容超將慕容興宗寇宿豫，陽平太守劉千載、南陽太守趙元並為賊所執。〔二五〕
三月己亥，大雪，〔二六〕平地數尺。車騎將軍劉裕帥師伐慕容超。
夏六月丙寅，震于太廟。劉裕大破慕容超于臨朐。
秋七月，姚興將乞伏乾歸僭稱西秦王於苑川。
九月戊辰，離班弒高雲，雲將馮跋攻班，殺之。〔二七〕跋僭即王位，仍號燕。
冬十月，魏清河王紹弒其主珪。
六年春二月丁亥，劉裕攻慕容超，克之，齊地悉平。是月，廣州刺史盧循反，寇江州。
三月，禿髮傉檀及沮渠蒙遜戰于窮泉，傉檀敗績。壬申，鎮南將軍、江州刺史何無忌及循戰于豫章，王師敗績，無忌死之。
夏四月，青州刺史諸葛長民、兗州刺史劉藩、〔二八〕并州刺史劉道憐乃入衛京師。
五月丙子，大風，拔木。〔二九〕戊子，衛將軍劉毅及盧循戰于桑落洲，〔三０〕王師敗績。尚書左僕射孟昶懼，自殺。己未，大赦。乙丑，循至淮口，內外戒嚴。大司馬、琅邪王德文都督宮城諸軍事，次中皇堂，太尉劉裕次石頭，梁王珍之屯南掖門，冠軍將軍劉敬宣屯北郊，輔國將軍孟懷玉屯南岸，建武將軍王仲德屯越城，廣武將軍劉懷默屯建陽門，淮口築柤浦、藥園、廷尉三壘以距之。丙寅，震太廟鴟尾。〔三一〕
秋七月庚申，盧循遁走。甲子，使輔國將軍王仲德、廣川太守劉鍾、河間內史蒯恩等帥眾追之。是月，盧循寇荊州，刺史劉道規、雍州刺史魯宗之等敗之。又破徐道覆于華容，賊復走尋陽。
八月，姚興將桓謙寇江陵，〔三二〕劉道規敗之。
冬十一月，蜀賊譙縱陷巴東，守將溫祚、時延袓死之。
十二月壬辰，劉裕破盧循于豫章。
七年春二月壬午，右將軍劉藩斬徐道覆于始興，傳首京師。
夏四月，盧循走交州，刺史杜慧度斬之。
秋七月丁卯，以荊州刺史劉道規為征西大將軍、開府儀同三司。
冬十月，袓渠蒙遜伐涼，涼武昭王玄盛與戰，敗之。
八年春二月丙子，以吳興太守孔靖為尚書右僕射。
三月甲寅，山陰地陷四尺，有聲如雷。
夏五月，乞伏公府弒乞伏乾歸，乾歸子熾盤誅公府，〔三三〕僭即偽位。
六月，以平北將軍魯宗之為鎮北將軍。
秋七月甲午，武陵王季度薨。庚子，〔三四〕征西大將軍劉道規卒。
八月，皇后王氏崩。辛亥，高密王純之薨。
九月癸酉，葬僖皇后于休平陵。己卯，太尉劉裕害右將軍兗州刺史劉藩、尚書左僕射謝混。庚辰，裕矯詔曰：「劉毅苞藏禍心，構逆南夏，藩、混助亂，志肆姦宄。賴寧輔玄鑒，撫機挫銳，凶黨即戮，社稷乂安。夫好生之德，所因者本，肆眚覃仁，實資玄澤。況事興大憝，禍自元凶。其大赦天下，唯劉毅不在其例。普增文武位一等。孝順忠義，隱滯遺逸，必令聞達。」己丑，劉裕帥師討毅。裕參軍王鎮惡陷江陵城，毅自殺。
冬十一月，沮渠蒙遜僭號河西王。
十二月，以西陵太守朱齡石為建威將軍、〔三五〕益州刺史，帥師伐蜀，分荊州十郡置湘州。
是歲，廬陵、南康地四震。
九年春三月丙寅，劉裕害前將軍諸葛長民及其弟輔國大將軍黎民、從弟寧朔將軍秀之。戊寅，〔三六〕加劉裕鎮西將軍、豫州刺史。林邑范胡達寇九真，〔三七〕交州刺史杜慧度斬之。
夏四月壬戌，罷臨沂、湖熟皇后脂澤田四十頃，以賜貧人，弛湖池之禁。封鎮北將軍魯宗之為南陽郡公。
秋七月，朱齡石克成都，斬譙縱，益州平。
九月，封劉裕次子義真為桂楊公。
冬十二月，安平王球之薨。〔三八〕
是歲，高句麗、倭國及西南夷銅頭大師並獻方物。
十年春三月戊寅，地震。
夏六月，乞伏熾盤帥師伐禿髮傉檀，滅之。
秋七月，淮北大風，壞廬舍。
九月丁巳朔，日有蝕之。林邑遣使來獻方物。
是歲，城東府。
十一年春正月，荊州刺史司馬休之、雍州刺史魯宗之並舉兵貳於劉裕，裕帥師討之。庚午，大赦。丁丑，以吏部尚書謝裕為尚書左僕射。
二月丁未，姚興死，子泓嗣偽位。〔三九〕
三月辛巳，淮陵王蘊薨。壬午，劉裕及休之戰于江津，休之敗，奔襄陽。
夏四月乙卯，青、冀二州刺史劉敬宣為其參軍司馬道賜所害。
五月甲申，彗星二見。甲午，休之、宗之出奔于姚泓。〔四０〕論平蜀功，封劉裕子義隆彭城公，朱齡石豐城公。己酉，霍山崩，出銅鍾六枚。
秋七月丙戌，京師大水，
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