尚之兄弟。桓玄、殷仲堪以为王恭此战必胜，一时便起兵响应。殷仲堪分五千人给桓玄，与杨亻全期一起同为先锋。到达湓口，王愉便奔逃到临川，桓玄派偏将捕俘了他。桓玄、杨亻全期到达石头城，殷仲堪到了芜湖。王恭的部将刘牢之背叛王恭归顺了朝廷。王恭死后，庾楷战败了，也投奔了桓玄的军队。不久，朝廷下诏，任命桓玄为江州刺史，殷仲堪等人都被撤换改任他处。于是便各自掉转船头，向西驻军在当阳，互相结约，共推桓玄为盟主。桓玄刚一得志，就联名上疏为王恭申诉，请求诛杀司马尚之和刘牢之等人。朝廷也畏惧桓玄，便免掉了桓修，并让殷仲堪复职来相和解。
起初，桓玄在荆州豪纵一方，士庶害怕他，超过了害怕州牧。殷仲堪的亲朋党羽劝殷仲堪杀了他，殷仲堪没有听从。等回到当阳，桓玄凭着自己的声望，所以被推为盟主，于是也就愈发骄纵矜持。杨亻全期为人骄悍，常常自以为是豪门之后，江东无人可比，可桓玄每每把他放到寒士一类去品鉴，因此杨亻全期很遗憾，就想在祭坛附近袭击桓玄。殷仲堪讨厌杨亻全期兄弟的骁勇，担心他们打败了桓玄之后危害自己，便苦苦劝阻杨亻全期。于是便各自奉诏令退还镇守地。桓玄也知道杨亻全期有异心，暗生吞并杨亻全期的计划，于是便驻军夏口。
隆安年间(397～401)，朝廷诏令桓玄都督荆州四郡，让其兄桓伟做辅国将军、南蛮校尉。殷仲堪忧虑桓玄骄横跋扈，于是便与杨亻全期结为婚姻，互相为援。起初，桓玄和殷仲堪、杨亻全期有矛盾，经常担心受到突然袭击，便请求朝廷扩大自己的辖区。朝廷也想加剧他们的矛盾，所以把杨亻全期辖治的四郡分给桓玄，杨亻全期非常气愤。正好碰上姚兴侵扰洛阳，杨亻全期便打起旗号，声明援助洛阳，暗地里却与殷仲堪联兵，袭击桓玄。殷仲堪虽表面上与杨亻全期联合，但内心却充满疑惑，于是，便拒绝联兵，并且还考虑到不能阻止杨亻全期。杨亻全期既不能单独成事，又不知殷仲堪的本意，于是罢兵。南蛮校尉杨广，是杨亻全期的兄长，他想抵抗桓伟，殷仲堪不许，却让杨广出任宜都建、平二郡太守，并加封征虏将军。杨亻全期的弟弟杨孜敬起先做江夏相，桓玄派兵袭击之后征召他。到了军营之后，任命杨孜敬做谘议参军。桓玄于是兴兵西征，也声言救援洛阳，并写信给殷仲堪说：杨亻全期蒙受国恩，却抛弃卫护祖陵的责任，应该共同去诛讨惩罚。如今自己亲率大军，直逼金墉，让殷仲堪收捕杨广，如果不这样作，便无法互相信任。殷仲堪本想求得两全，收到桓玄的信后，料知势在难免，便说：“请你从沔水行军，不能有一人经过我所驻扎的江段。”桓玄无计可图，便息兵了。
后来荆州发生大水灾，殷仲堪开仓赈济饥民，使得府库空虚。桓玄乘虚讨伐他，首先派兵袭击巴陵。梁州刺史郭铨正要赴任，路经夏口，桓玄声言朝廷派郭铨做自己的先锋，便将江夏军队授权交他指挥，派他督促各军齐头并进，同时报密信给他兄长桓伟，让他做内应。桓伟惶惶不知所措，便将信亲自送给殷仲堪看。殷仲堪便逮捕桓伟，让他作为人质，并命他写信给桓玄，信中言语甚是凄苦。桓玄说：“殷仲堪为人不能专断果决，常常为成败反复计议，又为他儿子考虑，我的兄长必定会没有危险。”
桓玄大军进到巴陵，殷仲堪派部队来抵抗，被桓玄打败。桓玄又前进到杨口，又打败了殷仲堪的弟弟殷道护，再乘胜攻到零口，距离江陵只有二十里，殷仲堪派出数支军队来抵抗，杨亻全期从襄阳赴援，同他兄长杨广一道进击桓玄，桓玄畏惧他们的锐势，退军到马头。杨亻全期等追击桓玄苦战，被桓玄打败，逃回襄阳，殷仲堪逃到赞阝城，桓玄派将军冯该追击杨亻全期，捕捉了他。杨广也被人绑缚，送交桓玄，同杨亻全期一起被杀了。殷仲堪听说杨亻全期已死，便带领数百人投奔姚兴处，到达冠军城时，却被冯该捕获，桓玄命令斩杀他。
从此，桓玄便平定了荆、雍二州，于是就上表朝廷，请求担任江、荆二州刺史。朝廷则下诏让桓玄为都督，荆、司、雍、秦、梁、益、宁七州都督后将军、荆州刺史、假节，封桓修为江州刺史。桓玄上疏，执意争做江州刺史，于是又增加为八州，外加扬州、豫州八郡，又领江州刺史。桓玄又奏请命桓伟为冠军将军、雍州刺史。当时贼寇未平，朝廷难违他的意志，便答应下来。桓玄从此便培养心腹，兵马日盛，屡次上疏请求讨伐孙恩，朝廷降诏不许。后来，孙恩威逼京都，桓玄乘机竖起将旗，召集部众，对外托口勤王，实际上却是妄图乘机进军京师，所以又上书请求讨伐孙恩。碰上孙恩已逃走，桓玄又只得奉诏解散集结的大军。他又派桓伟做江州刺史，镇守夏口；司马刁畅为辅国将军，督辖八郡，镇守襄阳；派遣桓振、皇甫敷、冯该等人防守湓口。把沮漳两地二千户蛮民迁徙到江南，并设立武宁郡，又召集流亡的百姓，设立绥安郡，同时设置了各郡的郡丞。朝廷诏令征调广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，桓玄都强留而不派遣。认为天下三分，自己拥有二分，料想也是天运所致，所以屡次上报吉祥物来显示自己的瑞兆。
起初，庾楷投归到桓玄处，桓玄讨伐孙恩时，派他做右将军。桓玄罢兵之后，庾楷也解除了任职。庾楷以为桓玄正在与朝廷结怨，恐怕事情不成功，必将株连自己，于是，便暗中与后将军司马元显联络，答应做为司马元显的内应。元兴初年(402)，司马元显自称奉诏讨伐桓玄，桓玄从弟桓石生当时正做太傅长史，便秘密报告桓玄。桓玄原本以为扬州遍地饥荒，加之孙恩未被消灭，朝廷一定没有精力讨伐自己，自己可以乘机积蓄力量，聚集人众，静观时变。一听说司马元显将讨伐自己，非常担忧恐惧，只想保住江陵。长史卞范之劝桓玄说：“主公英明威猛扬名天下，而司马元显口中乳臭未干，刘牢之又没有威望，如果我们大军逼近京都，并示以威赏，那么，京都土崩瓦解之势可翘首立待，哪里有让敌人深入境内自取削弱的道理呢？”桓玄大喜，便派兄长桓伟镇守江陵，上表严辞指斥司马元显，自己亲率大军，沿江而下，直到当阳，转交檄文，历诉司马元显罪状。檄文传到京师，司马元显恐惧异常，亲自下到战船而不令进军。桓玄既失人心，又是兴师犯上，担忧部众不会为他效力，便不时有回师撤军的想法。已过当阳，仍不见王师，桓玄和部众顿时军心大振。庾楷阴谋败露，被收捕。到姑孰，桓玄派部将冯该、苻宏、皇甫敷、索元等先行进攻谯王司马尚之，司马尚之军败。刘牢之派遣他的儿子刘敬宣投降归附桓玄。
桓玄到新亭，司马元显不攻自溃。桓玄进入京师，假传诏命说：“天下义旗云集，罪在司马元显。太傅另有惩处，立即解除戒严，停止战火，以此宽慰天下义心。”又假传诏命，加封自己为总百揆，侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，又加赐假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人，置左右长史、司马、从事中郎四人，带着二百人的仪仗队上朝。桓玄列表上举太傅司马道子和司马元显的罪恶，然后把司马道子放逐到安成郡，在大街上杀了司马元显。于是，桓玄入居太傅府，杀害了太傅中郎毛泰、毛泰的弟弟游击将军毛邃、太傅参军荀逊、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、谯王司马尚之等，并把司马尚之的弟弟丹杨尹司马恢之、广晋伯司马允之、骠骑长史王诞、太傅主簿毛遁等流放到交州、广州各郡，不久，在路上追杀了司马恢之和司马允之。让兄长桓伟做安西将军、荆州刺史、领南蛮校尉，堂兄桓谦为左仆射、加中军将军、领选，堂兄桓修为右将军、徐兖二州刺史，长史卞范之为建武将军、丹杨尹，王谧为中书令、领军将军。大赦天下，改元为大亨。桓玄让出丞相一职，自封为太尉、领平西将军、豫州刺史。又加赐兖冕之服，绿绶带，增加班剑为六十人，佩剑穿履上殿，入朝不行拜见之礼，奏请时也不必申报姓名。
桓玄准备出居姑孰，向众人征询意见，王谧对答说：“《公羊传》上说，周公为什么不到鲁国？是因为要维护周朝的统一。希望您也能以国家太平为本，以周公的心愿为心愿。”桓玄赞赏他的对答，却不能接受。于是便在姑孰大筑城府，楼台山池莫不壮丽，完工以后，便出镇居守在那里。到了姑孰，坚意辞去录尚书事，诏令准许，但大政方针都还征询他的意见，小政则让桓谦、卞范之定夺。
自从祸乱屡兴，干戈不停，百姓渴盼太平，天下思归一统。当桓玄初到京师时，罢黜庸凡小人，提拔贤俊豪杰，君子之道初成规模，京师上下群情振奋。后来却凌侮朝廷，私自撤换放逐国家重臣，豪奢纵欲，役使百姓，于是朝野失望，人不安业。当时会稽饥荒，桓玄下令救济。百姓流散在江湖以采木吕充饥，内史王愉召令他们全部回乡。请求发米，米却不多，官吏又不及时发放，饥民饿死道路的十有八九。桓玄又杀害吴兴太守高素、辅国将军竺谦之，以及竺谦之的堂兄高平相竺郎之、辅国将军刘袭以及刘袭的弟弟彭城内史刘季武、冠军将军孙无终等，这些人都是刘牢之的同党，北府军的旧将。刘袭的兄长冀州刺史刘轨及宁朔将军高雅之、刘牢之的儿子刘敬宣，同时投奔慕容德。桓玄暗示朝廷以平伏司马元显的功劳，封自己为豫章公，食安成郡方圆二百二十五里的土地，封邑七千五百户；因为平定殷仲堪、杨亻全期的功劳，又封为桂阳郡公，食土地方圆七十五里，封邑二千五百户，原来的封地南郡不动。桓玄把豫章公改封给儿子桓升，把桂阳郡公赐给兄长的儿子桓..，降为西道县公。朝中又发诏为桓温避讳，有姓名与桓温相同的，一律改掉，赐他母亲为豫章公太夫人。
元兴二年(403)，桓玄假意上表请求平伏姚兴，又暗示朝廷下诏，不许。桓玄原本缺乏资质能力，却好说大话，既办不了这大事，却说朝廷不允许。开始想作作北伐的样子，没有什么好安排，便让先作轻舟，满载衣服玩好，以及书画等物。有人劝止他，桓玄说：“书画玩好本来就应该经常带在身边，再说，兵荒马乱，一旦稍有不测，便可轻便易运。”众人都笑他。
这年(404)，桓玄的兄长桓伟死，朝廷赐号开府、骠骑将军等职，并让桓修代替桓伟。从事中郎曹靖之劝谏桓玄说，桓修兄弟职居朝廷内外，恐怕权倾天下，桓玄接纳了这个意见，便让南郡相桓石康为西中郎将、荆州刺史。桓伟之丧因公而除，桓玄便开始作乐。开始奏乐时，桓玄抚节恸哭，一会儿之后便尽情欢乐。桓玄所亲近和依仗的只有桓伟，桓伟一死，桓玄便陷入了孤危之境。可不臣的篡权野心已经暴露，自知怨满天下，便想尽快造成篡逆的现实，而殷仲文、卞范之之辈又共同催促他，于是先从改授群司开始。解除琅王牙王司徒之职，迁太宰，加殊礼，以桓谦为侍中、卫将军、开府、录尚书事，王谧为散骑常侍、中书监、领司徒，桓胤为中书令，加封桓修为散骑常侍、抚军大将军。置学官，教授二品子弟数百人。又假传诏命加封自己为相国、总百揆，封南郡、南平、宜都、天门、零陵、营阳、桂阳、衡阳、义阳、建平十郡为楚王，先前扬州牧领平西将军、豫州刺史如故，加九锡大礼，楚国设置百官，丞相以下，全遵旧典。又暗示天子亲自驾临前殿去策授。桓玄屡次辞让，天子诏令百官劝请，桓玄又说：“只有天子亲降车辇才受命。”假传诏命赐父亲桓温为楚王，南康公主为楚王后。让平西长史刘瑾为尚书，刁逵为中领军，王嘏为太常，殷叔文为左卫，皇甫敷为右卫，众官总共六十余人，为楚王属官。桓玄解去平西将军、豫州刺史二职，把平西将军的文武官员充配给相国府。
新野人庾仄听说桓玄接受了九锡之礼，便带领义兵在襄阳袭击冯该，并赶走了冯该。庾仄有士卒七千，在城南设祭坛，祭祖宗七庙。南蛮参军庚彬，安西参军杨道护、江安令邓襄子谋划联盟作为内应。庾仄本来是殷仲堪的同党，桓伟刚死，而桓石康又未到，所以乘机发难，一时间江陵震动。桓济的儿子在罗县起兵，自号平南将军、汀州刺史，以讨伐庾仄为名。南蛮校尉羊僧寿与桓石康共同进攻襄阳。庾仄之众逃散，投奔了姚兴，庾彬等人都遇害，长沙相陶延寿看到桓亮乘乱起兵，派人制伏了他。桓玄将桓亮远遣到衡阳，杀了同谋桓奥等人。
桓玄假意上表请求归藩国，然后又自己下诏书挽留自己，派“使者”宣读“圣旨”，桓玄又上表执意请求，同时暗示天子亲手作诏书坚
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