巡视救济灾民。
六年春正月，大赦罪人。司空、下邳王司马晃死。以中书监张华为司空，太尉、陇西王司马泰为尚书令，卫将军、梁王司马肜为太子太保。二十二日，地震。
三月，东海郡下霜，伤害桑树与麦苗。彭城吕县地上有流血，东西长百余步。
夏四月，起大风。
五月，荆、扬二州发大水。匈奴郝散之弟度元率领冯翊、北地一带的马兰羌及卢水胡人反叛，攻北地，北地太守战死。冯翊太守欧阳建与度元交战，欧阳建大败。召征西大将军、赵王司马伦为车骑将军，以太子太保、梁王司马肜为征西大将军，都督雍、梁二州诸军事，镇守关中。
秋八月，雍州刺史解系又被度元打败。秦雍一带的氐人、羌人都反叛，推举氐族统帅齐万年僭号称帝，围攻泾阳。
冬十月十四日，特赦雍、凉二州。
十一月二十六日，派遣安西将军夏侯骏、建威将军周处等讨伐齐万年，梁王司马肜屯兵好..。关中发生饥荒和瘟疫。
七年春正月初四，周处与齐万年在六陌交战，晋军大败，周处战死。
夏五月，鲁国下冰雹。
秋七月，雍州、梁州发生瘟疫。大旱，下霜，毁坏秋庄稼。关中饥荒，米每斛一万钱，皇帝下诏，允许卖儿卖女。丁丑，京陵公王浑死。
九月，以尚书右仆射王戎为司徒，太子太师何劭为尚书左仆射。
八年春正月十三，地震。皇帝下诏开仓救济雍州饥民。
三月十九日，大赦罪人。
夏五月，京郊祭礻某神的石案破裂为二。
秋九月，荆、豫、扬、徐、冀五州发大水。雍州庄稼丰收。
九年春正月，左积弩将军孟观讨伐叛乱的氐人，在中亭交战，大破氐人，俘获齐万年。召征西大将军、梁王司马肜录尚书事。以北中郎将、河间王司马..为镇西将军，镇守关中；成都王司马颖为镇北大将军，镇守邺城。
夏四月，邺人张承基等妖言惑众，设署置官，聚集党徒数千人。郡县加以逮捕，都被处死。
六月初三，太尉陇西王司马泰死。
秋八月，以尚书裴危页为尚书仆射。
冬十一月初一，日蚀。京师刮大风，掀翻屋顶，折断树木。
十二月三十日，皇太子司马睶被废为平民，连同他的三个儿子，一起被幽禁在金墉城，杀了太子的母亲谢氏。
永康元年(300)正月初一，大赦罪人，改年号。十七日，日蚀。十四日，皇孙司马磗死。
二月初六，刮大风，扬起沙砾，拔起树木。
三月，尉氏县从天上落血，妖星出现于南方。二十二日，贾后假借皇帝诏令在许昌害死被废太子司马睶。
夏四月初一，日蚀。初三，梁王司马肜、赵王司马伦假借皇帝诏命废贾后为平民，司空张华、尚书仆射裴危页同时遇害，侍中贾谧及其党羽数十人都被处死。初四，司马伦假借皇帝诏命实行大赦，自封为相国、都督中外诸军事，地位如魏时的司马懿，恢复故皇太子的位号。初七，以梁王司马肜为太宰，左光禄大夫何劭为司徒，右光禄大夫刘萛为司空，淮南王司马允为骠骑将军。初九，赵王司马伦假借皇帝诏命在金墉城杀死被废的贾后。
五月初九，立皇孙司马臧为皇太孙，司马尚为襄阳王。
六月十三日，将愍怀太子安葬于显平陵。抚军将军、清河王司马遐死。十四日，雷击崇阳陵陵顶。
秋八月，淮南王司马允举兵讨伐司马伦，没有取胜，司马允及其二子秦王司马郁、汉王司马迪都遇害。特赦洛阳囚犯。平东将军、彭城王司马植死。改封吴王司马晏为宾徒县王。以齐王司马..为平东将军，镇守许昌；光禄大夫陈准为太尉、录尚书事。
九月，改司徒为丞相，使梁王司马肜任此职。冬十月，黄雾四处弥漫。
十一月初一，大风扬起沙石，刮了六天才止息。初七，立皇后羊氏，大赦天下罪人，特许民间宴会三日以示庆贺。
十二月，彗星出现于东方。益州刺史赵貵与略阳流人李庠杀害成都内史耿胜、犍为太守李密、汶山太守霍固、西夷校尉陈总，占据成都反叛。
永宁元年(301)正月初九，赵王司马伦篡帝位。初十，将惠帝迁到金墉城，号称太上皇，改金墉叫永昌宫。废皇太孙司马臧为濮阳王。五颗星在天上流动，纵横无常。十七日，司马伦杀害濮阳王司马臧。略阳流人李特杀赵貵，首级传到京师。
三月，平东将军、齐王司马礒起兵讨伐司马伦，檄文传到各州郡，屯军于阳翟。征北大将军、成都王司马颖，征西大将军、河间王司马..，常山王司马磖，豫州刺史李毅，兖州刺史王彦，南中郎将、新野公司马歆，都举兵响应齐王司马礒，各路军共数十万。司马伦派遣其将领闾和出兵伊阙，张泓孙辅出兵..坂以抗击司马礒，孙会、士猗、许超出兵黄桥以抗拒司马颖，与司马颖将领赵骧、石超在溴水交战，孙会等大败，弃军而逃。
闰三月初一，日蚀。
夏四月，岁星在白天出现。司马礒的部将何勖、卢播在阳翟大破张泓军，斩孙辅等。初七，左卫将军王舆与尚书淮陵王司马氵崔率兵入宫，捉住了司马伦的党羽孙秀、孙会、许超、士猗、骆休等，都被斩首。把司马伦赶回自己的府第。当天惠帝反正即帝位。群臣叩头谢罪，惠帝说：“这不是诸卿的过错。”
初九，惠帝下诏说：“朕作为一个无德之人，继承皇位，远不能兴隆大业，安抚四方，近不能严明刑威，禁止奸人，至使逆臣孙秀放肆作恶，伺机离间王室，遂奉赵王司马伦窃据帝位。镇东大将军、齐王礒，征北大将军、成都王颖，征西大将军、河间王..，皆有明德，又是王室宗亲，忠于国家，行为允当，首倡讨逆大计，匡救国难。尚书氵崔共同参与谋划，左卫将军王舆与群公卿士，协同谋划，亲自指挥本营士卒，斩了孙秀及其二子。前赵王司马伦为孙秀所误，与其子等已到金墉幽宫迎朕复位，岂止是我一个人值得庆幸，宗庙社稷也赖此以存。”于是实行大赦，改年号，孤寡无靠者每人赐谷五斛，让民间宴会五日。杀了赵王司马伦、义阳王司马威、九门侯质等，以及司马伦的党羽。
五月，立襄阳王司马尚为皇太孙。
六月十五日，大赦罪人，官吏增位二级，宾徒王司马晏复封为吴王。十七日，东莱王司马蕤、左卫将军王舆谋划废黜齐王司马礒，阴谋泄露，司马蕤废为平民，王舆处死，夷灭三族。二十一日，以齐王司马礒为大司马、都督中外诸军事，成都王司马颖为大将军、录尚书事，河间王司马..为太尉。撤销丞相，恢复司徒官。二十六日，以梁王司马肜为太宰，兼领司徒职。封齐王司马礒的功臣葛旗为牟平公，路季为小黄公，卫毅为平阴公，刘真为安乡公，韩泰为封丘公。
秋七月十一日，立吴王司马晏的儿子为汉王，常山王司马磖恢复为长沙王。
八月，实行大赦。十六日，宽免徙边之民。益州刺史罗尚讨伐并击破羌人。十七日，徙南平王司马祥为宜都王。下邳王司马韦华死。以东平王司马懋为平东将军，都督徐州诸军事。
九月，追复东安王司马繇的爵位。丁丑，封楚王司马玮的儿子司马范为襄阳王。
冬十月，流人李特据蜀叛乱。
十二月，司空何劭死。封齐王司马礒的儿子司马冰为乐安王，司马英为济阳王，司马超为淮南王。
这一年，十二个郡国发生旱灾，六个郡国发生蝗灾。
太安元年(302)正月二十日，安东将军谯王司马随死。
三月二十四日，赦司、冀、兖、豫四州囚犯。皇太孙司马尚死。
夏四月，彗星在白天出现。
五月初七，侍中、太宰、领司徒、梁王司马肜死。以右光禄大夫刘实为太傅。太尉、河间王司马..派遣部将衙博入蜀攻李特，被李特打败。李特随即攻陷梓潼、巴西，杀死广汉太守张微，自号大将军。二十五日，以清河王司马遐的儿子司马覃为皇太子，赐给孤寡无靠者布帛，使民宴会五日。以齐王司马礒为太师，东海王司马越为司空。
秋七月，兖、豫、徐、冀四州大雨成灾。
冬十月，地震。
十二月二十二日，河间王司马..向皇帝上表，说齐王司马礒欲伺机篡权，心中无君，与成都王司马颖、新野王司马歆、范阳王司马羉会集洛阳，请求皇帝废黜司马礒，使之归还府第。长沙王司马磖裹挟皇帝屯兵南止车门，攻击司马礒并杀了他，将司马礒的几个儿子幽禁在金墉城，废掉司马礒之弟北海王司马实。实行大赦，改年号。以长沙王司马磖为太尉、都督中外诸军事。封东莱王司马蕤之子司马火召为齐王。
二年春正月初一，赦免五年以下的罪犯。
三月，李特攻陷益州。荆州刺史宋岱进击李特，李特被杀，首级传往京师。
夏四月，李特之子李雄又占据益州。
五月，义阳蛮人张昌举兵反叛，推山都人丘沈为君主，改姓刘，伪号汉，年号为神凤，攻破郡县，南阳太守刘彬，平南将军羊伊，镇南大将军新野王司马歆一起遇害。
六月，派遣荆州刺史刘弘等讨伐张昌，攻方城，晋军大败。
秋七月，中书令卞粹，侍中冯荪、河南尹李含等对司马磖产生二心，司马磖也猜疑他们而把他们杀害。
张昌攻陷江南诸郡，武陵太守贾隆、零陵太守孔..、豫章太守阎济、武昌太守刘根都被杀害。张昌部将石冰侵犯扬州，刺史陈徽迎战，大败，扬州诸郡都被石冰占领。临淮人封云举兵响应张昌，从阜陵出发，进犯徐州。
八月，河间王司马..，成都王司马颖举兵讨伐长沙王司马磖，惠帝以司马磖为大都督，率兵抵抗。
十九日刘弘与张昌在清水交战，张昌被杀。
司马..派遣部将张方，司马颖派遣部将陆机、牵秀、石超等进逼京师。二十四日，惠帝亲临十三里桥，派遣将军皇甫商在宜阳抗拒张方。二十八日，惠帝回到宣武场。二十九日，在石楼住宿。天的正中出现一道裂缝，天空无云而有雷声。
九月初六惠帝转移到河桥。十一日，皇甫商被张方打败。十三日，惠帝驻军于芒山。十六日，到达偃师。二十日，宿于豆田。二十二日，尚书右仆射兴晋侯羊玄之死，惠帝转回城东。二十五日，进军缑氏，攻击牵秀并把他赶出。大赦罪犯。张方进入京师，烧清明、开阳二门，被烧杀而死的以万计。石超在缑氏威逼惠帝。
冬十月初二，惠帝回到宫中。石超焚烧缑氏，衣物车马等全部烧毁。初七，在东阳门外大破牵秀及范阳王司马九虎。初八，在建春门打败陆机，石超败逃。斩其大将贾崇等十六人，人头悬于铜驼街示众。张方退驻十三里桥。
十一月十一日，有星白日坠落，响声如雷。王师进攻张方的营垒，未获胜。张方挖开名叫千金土曷的水堰，舂米磨面的水碓都无水。于是征发王公及奴婢以手舂米供应军粮，一品以下的官员未从军出征者以及十三岁以上的男子，都服此劳役，又征发奴隶补充军队，号称四部司马。公家和私人都十分穷困，米一石一万钱。皇帝下的诏命，只能在京城有效。
十二月初三夜里，一股赤色气体上冲天际，发出声音隐约可闻。十七日，地震。二十四日，东海王司马越逮捕长沙王司马磖，囚禁在金墉城，不久被张方杀害。二十五日，实行大赦，二十七日，扬州秀才周王己、前南平内史王矩，前吴兴内史顾礻必组建义军以讨伐石冰，石冰退走，自临淮奔寿阳。征东将军刘准派遣广陵度支陈敏进击石冰。李雄从郫城攻益州刺史罗尚，罗尚弃城而逃，李雄全部占据成都一带。朝廷封鲜卑人段勿尘为辽西公。
永兴元年(304)正月初八，尚书令乐广死。成都王司马颖从邺上奏建议实行大赦，改年号为永安。惠帝受河间王司马..胁迫，秘密下诏令雍州刺史刘沈、秦州刺史皇甫重讨伐司马..。刘沈发兵攻长安，被司马..打败。张方在洛阳大肆抢掠，然后还长安。当时军民无粮，人相杀而食。朝廷以成都王司马颖为丞相。司马颖派遣从事中郎成夔等率兵五万屯守十二个城门，平时被司马颖所忌恨的朝臣，都被司马颖杀害，以三部兵代替宫中宿卫。
二月十七日，废皇后羊氏，幽禁于金墉城，黜退皇太子司马覃为清河王。
三月，陈敏攻石冰，石冰被杀，扬、徐二州平定。
河间王司马..上表请立成都王司马颖为皇太弟。十一日，惠帝下诏说：“朕以无德之人，继承皇位，至今已十五年。祸乱滔天，奸人逆贼接连而起，
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