孝愍皇帝名邺，字彦旗，是武帝司马炎之孙，吴孝王司马晏的儿子。出继给后伯父秦献王司马柬，袭位封秦王。
永嘉二年(308)，拜为散骑常侍、抚军将军。洛阳陷落后，到荥阳密县避难，与舅父荀藩、荀组相遇，自密县南走许颍。豫州刺史阎鼎与前抚军长史王毗、司徒长史刘畴、中书郎李昕及荀藩、荀组等共同谋划送愍帝回长安，刘畴等中途叛变，阎鼎追上把他杀了，荀藩、荀组幸免于难。阎鼎即裹挟愍帝，乘坐牛车，经宛奔武关，多次遇到山贼拦截，士卒逃散，停留在蓝田。阎鼎告知雍州刺史贾疋，贾疋立即派州兵迎接护卫，到达长安，又使辅国将军梁综帮助守长安。当时霸水出现玉龟，长安城南有神马鸣叫。
永嘉六年(312)九月初三，阎鼎等拥戴秦王为皇太子，登坛祭天，建立宗庙社稷，实行大赦。给贾疋加上征西大将军称号，以秦州刺史南阳王司马保为大司马。贾疋讨伐贼张连，被张连杀害，众人推举始平太守麴允兼雍州刺史，做盟主，按照朝廷制度，选拔设置官员。
建兴元年(313)夏四月初一，得到怀帝被害的音讯，举行哀悼祭奠之礼。二十七日，愍帝即位，实行大赦，改年号。以卫将军梁芬为司徒，雍州刺史麴允为使持节、领军将军、录尚书事，京兆太守索纟林为尚书右仆射。石勒在上白进攻龙骧将军李恽，李恽战败被杀。
五月十八日，以镇东大将军琅王牙王司马睿为侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，大司马、南阳王司马保为右丞相、大都督陕西诸军事。又给南阳王、琅王牙王下诏说：“天灾人祸，虽在明君盛世，有时也会遇到。朕因年幼，继承大业，凭祖宗之灵和群公义士之力，欲扫除凶寇，拯救故都宗庙，瞻望前途，未能顺心如愿，心肝为之碎裂，西周时周公召公分陕而治，姬氏得以兴隆；周平王东迁，得到晋国郑国有力的辅助。今左右丞相高德可与圣贤媲美，又是王室近亲，国家当仰仗二公，扫除巨寇，奉迎怀帝灵柩，克复故土，使王业中兴。令幽、并两州将领率兵三十万，直捣平阳。左丞相应率秦、凉、梁、雍四州劲旅三十万，进军长安。右丞相率自己所属精兵二十万，直指洛阳。并分别派遣前锋，作为幽、并军的后继。各路军克期赴敌，为国家建立大功。”
又给琅王牙王下诏说：“朕因年幼昏昧，继承大业，未能扫平凶逆，奉迎先帝灵柩，枕戈待时，心肝碎裂，前日得到魏浚上表，知道公率领三军，已经占据寿春，并传檄文于诸侯，共振国威，想来大军继续前进，已达洛阳。凉州刺史张轨，一心振兴王室，军旅在途，连绵万里，已经到达氵开陇；梁州刺史张光，也派遣巴汉士卒，屯驻骆谷；秦川的骁勇将士，也会集如林。不久前派出的使者已经回来，得知平阳方面的确实消息，说是幽并二州兵力强盛，残余的胡人已经衰败，然而还在恃险顽抗，应当大举剿灭。不知公当前在何处，因而其他各军都休养士卒，砺兵秣马，尚未大举进军。今公军已至何处，应当来信告知，朕便御驾亲征，会师中原，扫除群凶。公应思献宏大之计，长远之略，使先帝陵墓得迁还旧都，四海赖以安宁。故派遣殿中都尉刘蜀、苏马等前往宣示朕意。公德高望重，为王室亲属，兴隆东方，安定天下，非公而谁能当此任！但洛阳为陵墓宗庙所在，不可空虚，公应镇守洛阳，以安抚山东百姓。右丞相当辅助朝政，仿效周公召公，以使中兴事业得以隆盛。”
六月，石勒杀害兖州刺史田徽。此时，崤山以东的郡县，相继被石勒攻陷。
秋八月二十日，刘蜀等到达扬州。把建邺改为建康，把邺城改为临漳。杜..侵扰武昌，焚烧城邑。杜..的别将王真袭击沌阳，荆州刺史周岂页逃到建康。
九月，司空荀藩死于荥阳。刘聪进犯河南，河南尹张髦战死。
冬十月，荆州刺史陶侃在石城讨伐杜..的党羽杜曾，被杜曾打败。二十七日，下大冰雹。二十八日，下大雪。
十二月，河东地震，下雨时空中落肉。
二年春正月初一，出现黑雾，沾到人身上像墨一样，连夜不止，五天以后才消散。初三辰时，东升的太阳坠落于地。又有三个太阳相继出现于西方而向东运行。初九，实行大赦。杨武在汉中大肆掠夺，然后投奔李雄。
二月初二，以司空王浚为大司马，卫将军荀组为司空，凉州刺史张轨为太尉，封为西平郡公，并州刺史刘琨为大将军。
三月初四，石勒攻陷幽州，杀死侍中、大司马、幽州牧、博陵公王浚，焚烧城邑，死者万余人，杜..别帅王真在林鄣袭击荆州刺史陶侃，陶侃逃奔滠中。
夏四月初五，地震。
五月二十三日，太尉、领护羌校尉、凉州刺史、西平公张轨死。
六月，刘曜、赵冉进犯新丰等县，安东将军索纟林讨伐并击破了他们。
秋七月刘曜、赵冉等又进逼京都，被领军将军麴允击破，赵冉中流矢而死。
九月，北中郎将刘演收复顿丘，杀了石勒所任命的太守邵攀。十九日，麟出现于襄平。单于代公猗卢派使者来献马。蒲子有马生人。
三年春正月，盗贼杀了晋昌太守赵..。吴兴人徐馥杀害吴兴太守袁..。以侍中宋哲为平东将军，驻军华阴。
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