忧患水道险阻不通，运粮艰难，便采纳督护闻人..的建议，筑土坝拦截吕梁之水，树立栅栏，合七埭为一支流，承接两岸的流水，以利于漕运，从此公私两便。又进军讨伐青州之敌，所以将这一工程称之为青州派。遣淮陵太守高素率三千人马出击广固，迫使苻坚的青州刺史苻朗投降归顺。又进军讨伐冀州之敌，遣龙骧将军刘牢之、济北太守丁匡据守..石敖，济阳太守郭满据守滑台，奋武将军颜雄渡过黄河建造营垒。苻坚之子苻丕遣部将桑据进驻黎阳。谢玄命刘袭夜袭桑据，桑据逃走。苻丕惶恐不安，打算降晋，谢玄答应请求。苻丕告饥，谢玄送给苻丕二千斛军粮。又遣晋陵太守滕恬之渡过黄河据守黎阳，三魏之地皆归降东晋。朝廷因兖、青、司、豫四州均已收复，便任命谢玄都督徐、兖、青、司、冀、幽、并七州军事。谢玄上疏朝廷，认为刚平定河北之地，幽州冀州必须专设总督，司州辽远，应归豫州统管。朝廷论功封谢玄为康乐县公。谢玄请求把他先前所封东兴侯的爵位赐予侄儿谢玩，朝廷许可，并加封谢玩为豫宁伯。谢玄又遣宁远将军竂演讨伐占据魏郡的申凯，击败了申凯。谢玄打算让豫州刺史朱序镇守梁国，自己坐镇彭城，北可以巩固河北之地，西可以援救洛阳，内可以捍卫朝廷。朝臣议论认为征战已久，应当设置戍守边关，然后休兵养息，派谢玄回镇淮阴，朱序镇守寿阳。适逢翟辽叛乱，占据黎阳，拘捕滕恬之，又加上泰山太守张愿率全郡反叛，河北之地骚动不安。谢玄自认为处置不当，便上疏朝廷，奉还符节，请求解除全部职务。朝廷下诏慰劳谢玄，命令他暂且回镇淮阴，以朱序代镇彭城。
谢玄回到淮阴后，患上疾病，又上疏请求解除职务，诏令不许。谢玄又自陈述，说既然不能履行职责，恐怕会荒废军务。诏令又让他移镇东阳城。谢玄便奉命上路，途中病重，上疏朝廷申述报国之忠心及壮志未酬的遗恨，并以病重恳求解职(原文略)。
朝廷为谢玄派了一名医术高明的医士，并让他好自调养休息，又让他回京口治病。
谢玄奉诏回京口，病长期不见好转，又上疏道：“臣兄弟七人，都先后凋谢殒灭，惟有臣一人，孑然独存。经历的艰难困苦，谁可与臣相比！臣之所以含悲忍痛，希求继续苟活人世，是因为满怀无穷忠心，欲上报朝廷恩德，或许能恢复康健，便可以完成此志。况且臣家中遗孤甚多，想起他们，心中就不胜悲伤，为此求生之心，不能即刻付与尘土。臣一片勤恳之情，实可哀怜。恳求陛下怜悯臣的忠诉，霈然降恩，不使臣含恨九泉。”所上奏疏被扣住不予答复。谢玄前后上了十余道奏疏，过了好久，朝廷才改任谢玄为散骑常侍、左将军、会稽内史。当时吴兴太守晋宁侯张玄之也以才学显名，从吏部尚书任上与谢玄同年到会稽郡做官，而张玄之的名望亚于谢玄，时人称为“南北二玄”，论者以此予以美誉。
谢玄抱病登车去会稽郡任职，十三年后，死于任职上，终年四十六岁。朝廷追赠为车骑将军、开府仪同三司，谥号为献武。
谢玄之子谢王奂承袭封爵，官至秘书郎，早死。谢王奂之子谢灵运承袭爵位。谢王奂从小就显得不聪慧，而谢灵运文辞艳丽气势纵横，谢玄曾赞赏道：“我即生了愚笨的谢王奂，愚笨的谢王奂怎么会生出聪明的灵运呢！”永初年间(420～422)，谢灵运为刘裕太子左卫率。
最初跟随谢玄东征西伐的有何谦、戴..等。何谦字恭子，东海人。戴..字安丘，隐士戴逵之弟，骁勇果断多谋略。戴逵贞静有操行，隐居东山，而戴..以武勇显名。谢安曾对戴..说：“你们兄弟二人志趣为何如此不同？”戴..说：“下官不堪国家之忧，家兄不改隐逸之乐。”戴..以军功封为广信侯，官至大司农。
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