屯水北，烧毁朱雀桥以挫其锋。明帝亲率六军，驻扎在南皇堂。初二夜晚，招募壮士，派遣将军段秀、中军司马曹浑、左卫参军陈嵩、钟寅等甲士千人渡水，趁叛军扎营未毕时进行突袭。黎明，在越城接战，大破贼军，斩贼军前锋将何康。王敦气愤而死。前任宗正虞潭在会稽兴义师反王敦。沈充率万余人与王含等会合，初九，在陵口筑垒。十六日，刘遐、苏峻等率精兵一万人到达京师，明帝连夜接见慰劳他们，赏赐将士各有差等。义兴人周蹇杀了王敦所任命的太守刘芳，平西将军祖约将王敦任命的淮南太守任台驱逐出寿春。二十四日，贼军渡水来攻，护军将军应詹率领建威将军赵胤等拒战，未能取胜。贼军到达宣阳门，北中郎将刘遐、苏峻等从南塘横向截击，大破贼军。刘遐又在青溪击破沈充。二十五日，贼军烧毁营垒连夜逃走。
二十六日，明帝回宫，实行大赦，惟不赦王敦党徒。于是分别派遣诸将追剿王敦党羽残余势力，将其全部平息。封司徒王导为始兴郡公，食邑三千户，赐绢九千匹；丹杨尹温峤为建宁县公，尚书卞壶为建兴县公，中书监庾亮为永昌县公，北中郎将刘遐为泉陵县公，奋武将军苏峻为邵陵县公，食邑各一千八百户，绢各五千四百匹；尚书令郗鉴为高平县侯，护军将军应詹为观阳县侯，食邑各一千六百户，绢各四千八百匹；建威将军赵胤为湘南县侯，右将军卞敦为益阳县侯，食邑各一千六百户，绢各三千二百匹。其余将士封赏各有差等。
冬十月，以司徒王导为太保，兼领司徒，太宰、西阳王司马..兼领太尉，应詹为平南将军、都督江州都军事、江州刺史，刘遐为监淮北诸军事、徐州刺史，庾亮为护军将军。下诏申明，对王敦叛乱的胁从者一律不再追究。此时，石勒部将石生屯驻洛阳，豫州刺史祖约退保寿阳。
十二月十五日，明帝拜谒元帝建平陵，举行两周年的大祥之礼。梁水太守爨亮、益州太守李襲占据兴古反叛，投降李雄。沈充故将顾..在武康谋反，攻掠焚烧城邑，被当地州县派兵讨平斩杀。
三年春二月戊辰，恢复灭三族的刑法，只是不涉及妇女。
三月，幽州刺史段末波死，以其弟段牙嗣位。初二，立皇子司马衍为皇太子，实行大赦，增文武官位二等，让天下百姓饮宴三日，鳏寡孤独者每人赐帛二匹。二十七日，征召处士临海人任旭、会稽人虞喜为博士。
夏四月，下诏说：“国家大事初定，应该改革维新，现令太宰司徒以下大臣，到议政厅参议政事，各方面的继承和改革，务求完全适中。”又下诏说：“接受正直之言，引拔贞亮之士，想来群贤是理解我这种胸怀的。我有违章背理的言行，你们就加以纠正，尧与舜是互为君臣的。我虽虚弱昏暗，然而还不会拒绝逆耳之言。稷契这样的重任，就由诸君担当了。希望与大家共勉。”初四，下冰雹。石勒部将石良侵犯兖州，刺史檀斌贝奋力迎战，阵亡。将军李矩等因军队溃散而回京都，石勒全部攻占司、兖、豫三州之地。
五月，以征南大将军陶侃为征西大将军、都督荆湘雍梁四州诸军事、荆州刺史；王舒为安南将军、都督广州诸军事、广州刺史。
六月，石勒部将石季龙在新安攻击刘曜部将刘岳，攻陷新安城。以广州刺史王舒为都督湘州诸军事、湘州刺史，湘州刺史刘岂页为平越中郎将，都督广州诸军事、广州刺史。大旱，从正月到六月未下雨。
秋七月初七，以尚书令郗鉴为车骑将军、都督青兖二州诸军事、假节、镇守广陵，领军将军卞壶为尚书令。下诏说：“封赐前朝贤王的后代，是历代在位者所重视的；兴灭国，继绝世，是治国行道首先应该考虑的。宗室贤王在大晋受命之际有功勋者，开国功臣，大德名贤，与创业三祖共谋大事，并立国封土誓同山河者，今皆废绝，祭祀无人，使人甚为伤怀。主持此事者应详细议论那些应该立后嗣的人上报。”又下诏说：“在京郊祭祀天地，是帝王的大事。自晋中兴以来，只举行南郊祭礼，未曾祭北郊，古代四时五郊之祀都未曾恢复，五岳、四渎、名山、大川，在祀典中有记载应该按等级望祭者，都废弃而未曾举行。主持此事的人可以依照旧典详细提出处理意见。”
八月，下诏说：“昔日周武王灭商，封比干之墓；汉高祖过赵，录用乐毅之后，显耀以往的贤者，可以激励将来的人。孙吴时将相名贤的后代，有能继承先祖家训，忠孝仁义，修身养性，不为时人所知者，州郡中正官尽快报名单来，不要有遗漏。”
闰月，以尚书左仆射荀崧为光禄大夫、录尚书事，尚书邓攸为尚书左仆射。十九日，明帝健康状况不佳，召太宰、西阳王司马..，司徒王导，尚书令卞壶，车骑将军郗鉴，护军将军庾亮，领军将军陆晔，丹杨尹温峤，一起接受遗诏，辅助太子。二十四日，下诏说：“自古至今人人有死，圣贤也不例外，寿命长短，仕途穷达，最后都归一死，死又何足痛惜呢！朕卧病已久，常忧虑会忽然而逝。念及祖宗大业，未能构建完备，大耻未雪，百姓涂炭，所以心中慷慨难平。去世之日，以时服入殓，遵守以前制度，务从简约，烦劳众人，崇尚虚饰的事都不要做。太子衍年幼体弱，负国家重任，当赖诸位忠臣贤士，训导使之成器。昔日周公匡辅成王，霍光拥育昭帝，大义载于前代典籍，功德为两朝之冠，这不是宗室大臣应行之道吗？诸位公卿，都是当今德高望重之人，应敬听遗命，肩负所托重任，同心协力，为王室谋划。各地征镇将领，刺史太守，都是捍卫皇家的长城，在外操持军务，虽事有内外之分，目标是一致的。所以没有在外从军的人，谁来保护百姓的平安生活！内外之职譬如唇齿相依，表里互用。应协力同心，如符契相合，思美中之美，以成就大事为目的。百官卿士，皆归总听于宰相，共同保护幼主，渡过艰难时刻，长令祖宗之灵，安宁于九天之上，则朕死后于黄泉下也无遗憾了。”
二十五日，明帝在东堂去世，终年二十七岁，葬在武平陵，庙号肃祖。明帝聪明敏捷能随机断事，尤其精通物理。在位期间兵乱连年，饥荒不断，死于饥荒战乱瘟疫者过人口之半，国家空虚社会凋敝十分严重，国事极端艰难。又值王敦挟兵威而震慑人主，将欲窃夺神器。明帝虚与周旋，养成其恶，以弱制强，潜心谋划，当机独断，肃清大凶。又调整荆、湘等四州将领，以分散长江上游地方势力，拨乱反正，加强根本而削弱枝叶，虽在位短暂，对安定国家大局，影响是深远的。
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