河堤岸时，梁武帝寄信招降他。宝夤把这些信表送朝廷，揭发梁朝的毒计。他一心一意想报仇雪恨，恢复故国，多次请求驻守边境。
神龟年间，被任为都督、徐州刺史、车骑大将军。他便在清河东侧建造学馆，朔望日接见当地百姓的子弟，他和颜悦色地对待他们，并一起讨论各种经义。他勤于处理政务，深得属吏和州人的敬爱。
正光二年(521)，朝廷召回任尚书左仆射。他善于治理政事，很有名声。正光四年，他表奏朝廷说：
“我私下以为，在文治武功方面都成名，也就是做人的最高成就了；在品德和行为方面受到称赞，也就是人生中最重要的方面。忠贞的美名，是立身朝廷的声誉；仁义的雅号，是处世的根本。虽然职非三公六卿，任当四岳重臣，皇帝授职时说：‘你去谐和万方’，臣下辞别而说：“是的，我听命前往！”那么又根据什么能够得到高名，享有盛誉？自近以来，官无高低，人无贵贱，都以虚美之辞，相互称誉举荐，求之者不能估量其多少，给予者不能核查其是非，于是而冠履变易，名实皆失。名为考功，实同虚进，纷纷漫漫，岂能尽言！
“又，在京官员，积数年而一考，期间，或所侍奉主官，更换数次；或所服侍的国君，身亡废绝。虽当时各种文簿，记其功绩之高低上下，但日久天长，散失已尽。多年之后，再求追访，无不相互吹嘘，结为唇齿之交，掩饰过错，妄加增色。只求多得品阶而已，无所顾惜事之真伪。而贤达君子，则难免深感忧患，中庸之道已不被遵行，还有什么可说的呢！官以求取而得，身以请托而立，上下相互欺骗，没有比这事更加过分的了。
“又勤政体恤民众之隐哀，都是州官县令的职责，责任重大，然而对他们的考察以六年为期，期满后替回，再经六年才得到奖叙，因而须经十二年才能晋升一阶。可是东西两省的文武闲职，公府中的闲散佐官，没有什么事做的多余官员，或者几十天才值一次班，或者在朔望日里才暂时朝见一次。可是他们考察时间，却以四年为限。这样，十二年间，便可晋升三级。守令辛劳而责任重大，但升迁之路十分艰难；闲职冗官只挂虚名，而晋升之途非常容易，何以内外之悬殊，造成待遇厚薄相差如此之大！
“孟子说：‘仁义忠信，是天然而成的爵位；公卿大夫，是人为封赠的爵位。古代人注意修天爵而人爵也就随之而至。’所以虽然外表与内质因时而异，宠幸与受辱因世而殊，却无不珍惜这种爵号，不肯轻易给别人。所以赏罚等级，应当持正公平。这是因为赏罚出现偏差，便难以进行惩处或勉励；公正的法则一旦废止，怀有侥幸心理的人便想法欺骗。所以一定要十分谨慎十分珍惜。何况现在这些人不是肺腑之亲，也不是才华横溢的人；既没单身出使敌国，也无立过汗马之劳，更无陈说兴利除弊之功，却终身享受官员的俸禄。他们都在虚张声势、毫无寸功；乱加指点，争说赢益，轻易得到几级官职，藉以成为显耀的贵人。于是巧诈之计萌生，奸伪之论四起，千思万虑以求荣，千方百计而争利。要加以约束而流弊已久，要加以引导又有何规矩？
“琴瑟必求音声相和，改弦更张以得合适的音调。过去的东西已难以追回，未来的事情却还能改正。据《周官》载：太宰的职责，每年底，便令官府各自端正职责，接受总计，听取汇报然后上报于国王。三年便总算一次所有官员的政绩而进行奖惩。我认为今后可以大体依照这种办法。凡是为官的人，每年底，由本部门写清楚他任职的日期，具体考核其才能和品行的好坏，弄清实际才干，注明上下等级，虚辞滥语一概不要。将名字列好，上报尚书，由尚书再次核实。如果发现谬误，立即加以纠正并给予处罚，不允许将责任推委下属，容许他们自由进退。在确定优劣和善恶之后，上奏朝廷，再由考功曹将这些情况分别书写在黄纸和油帛上。一份由本部尚书加盖印章，留在门下；一份则由侍中黄门盖印，由尚书省掌管。必须严加保密，不得打开。考绩的时候，再最终加以确定。所有内外考核标准，裁定其可用与不可用，要广泛征求意见，使标准统一。如果有特殊的谋略或奇特的计策，事情关系到国家的兴亡，为远近所传知，没有人提出不同意见的，当然可以临时根据情况加以斟酌，不要拘于常规。至于像援引同流的说法，贪图荣誉以求晋级的请求，如果不用条件加以限制，任其随意大开方便之门的话，以后就像蔓草滋生蔓延，难以铲除了。小小细流积成大河，就会破坏规章制度，挠乱国家大典，因此我认为应当明令加以禁止，以保证形成良好的风气。”
皇帝传旨将这份奏章交百官们广泛讨论，并以此作为永久实行的标准。最后也没有对其内容作任何更改。
这时，梁武帝弟弟的儿子西丰侯萧正德前来归降。萧宝夤上表说“：萧正德既然不能和亲属亲近，又怎么能够和外人亲近？假如容许这样的丑类也封给爵位，百官们都以此为榜样，那么还有什么人才能够上杀头的罪名呢？微臣和南梁仇隙深重，痛入骨髓，如今日暮途穷，报仇无日，岂在乎这样一位区区小人！只是虽为平庸之才，而身居门下重职，忠心一片，敢不申说？”萧正德到京城之后，朝廷待他十分轻薄，一年多后，他又叛变回梁。
起初，秦州城里人薛伯珍、刘庆、杜迁等反叛朝廷，抓了刺史李彦，推举莫折大提当首领，自称秦王。莫折大提不久死去，他的第四位儿子莫折念生自号为皇帝，年号天建。他设置了文武百官，以儿子阿胡为太子，阿胡的哥哥阿倪为西河王，弟弟天生为高阳王，伯珍为东郡王，安保为平阳王。天生带领军队出陇东，攻打雍州，屯兵于黑水。朝廷为此十分忧虑，便任萧宝夤为开府、西道行台、大都督，领兵西征。明帝亲自在明堂设宴为他饯行。萧宝夤和另一位大都督崔延伯合击天生，把他打得大败，直追赶到小陇。又进讨高平的贼寇统率万俟丑奴，在安定大战，双方互有胜负。
当时有天水人吕伯度兄弟，原来和莫折念生一起反叛朝廷，可是他后来和哥哥吕众保在显亲一带聚合许多人马讨伐念生，被念生打败，奔逃到胡琛那里。胡琛任命吕伯度为大都督、秦王，并又给他一部分兵马，让他再攻秦州。吕伯度大破莫折念生的部将杜粲于成纪，又在水洛城大败念生部的金城王莫折普贤，进军至显亲。莫折念生亲自领兵和吕伯度作战，被吕伯度击败。吕伯度便背着胡琛，派他哥哥的儿子忻和带领骑兵到东面引来萧宝夤的大军。莫折念生感到事情不妙，只得假装向萧宝夤投降。朝廷嘉奖吕伯度起义而立下的大功，任命他为泾州刺史、平秦郡公。可是这时大都督元..义、高聿把军队留驻陇口，而吕伯度又被万俟丑奴所杀害，这样，敌军气势大增，萧宝夤难以制服。
孝昌二年(526)，萧宝夤被授为侍中、骠骑大将军、仪同三司、假大将军、尚书令，并给予前后部鼓吹仪仗。萧宝夤起初从黑水进军，终于打到平凉，和叛贼对阵，年年进攻，贼军也很害怕他。关中得到保全，全仗萧宝夤的力量。孝昌三年正月，改授司空公。由于他出征日久，兵将都十分疲惫，所以在这个月被敌人打得大败，退回雍州。有关部门认为萧宝夤应当处死，但皇帝下诏从宽处置，削职成为编户民。但四月间，又任他为征西将军，雍州刺史、开府，西讨大都督，所有关西军队，全部听从他的调遣。九月，莫折念生被他的部属常山王杜粲杀死，全家被杀尽。杜粲向萧宝夤投降。十月，朝廷授给他尚书令，恢复原来的封爵。
这时，山东、关西一带，到处都是贼寇，朝廷出兵多次打败仗，士气低落。萧宝夤连年出征，耗费巨大，一旦被打败，心里十分担心受到猜疑和斥责，常常心中不安。朝廷这时也已对他产生了怀疑，并设障碍。当朝廷委派御史中尉郦道元当关中大使时，萧宝夤怀疑是朝廷准备暗中除掉自己，所以便另有打算。他把想法问河东柳楷，柳楷说：“大王原是齐明帝的儿子，正天下原来就应属您所有。所以您今日的作法，正符合人们的愿望。况且近来有民谣传唱说‘：鸾生十子九子歹段，一子不歹段关中乱。’武王有十位乱臣，所谓‘乱’，就是理的意思，这是说大王应当治理关中，您还有什么可以怀疑的呢？”
当郦道元走到阴盘驿时，萧宝夤派遣部将郭子恢等人秘密地杀掉了他，然后诡称前往收埋郦道元的尸体，上表朝廷，假称是被贼人所杀害。于是，萧宝夤叛变了，他另立旗帜，大赦其部内众人，称为隆绪元年，封百官。朝廷派尚书仆射、行台长孙承业前去讨伐。当时北地的毛鸿宾和他哥哥遐纠合民间义军，准备讨伐萧宝夤。萧宝夤派将军侯终德前去攻打毛遐。但侯终德却回兵打萧宝夤，当军队到达白门时，萧宝夤才发觉。他和侯终德作战，兵败，便带着公主和小儿子以及部下一百多骑从后门出走，投奔万俟丑奴。万俟丑奴任命他为太傅。
尔朱天光派遣贺拔岳等人在安定大败万俟丑奴军，并追捕了万俟丑奴和萧宝夤，把他们送回京城。皇帝传旨的把萧宝夤绑在阊阖门外的大街上，让京城的男女百姓围观，共有三天时间。吏部尚书李神亻隽、黄门侍郎高道穆历来和萧宝夤有交情，两人帮他在庄帝的面前说好话，并讲萧宝夤背叛朝廷的事情是在前朝时发生的，希望能够救他免去死罪。这时正好应诏王道习从外面进来，庄帝问他在外面听见什么没有？王道习说：“只是听说陛下不准备杀萧宝夤，人们都说李尚书、高黄门和萧宝夤交情深厚，两人又都是能在皇上面前进言的要人，一定能够救他。”接着，王道习又说：“如果说萧宝夤背叛朝廷是前朝发生的事情，就可以赦免的话，那么他这次在长安兵败时，任万俟丑奴的太傅，难道不是陛下登基后发生的事情？贼臣不除，法律又怎么实行呢？”庄帝同意他的看法，便传旨将萧宝夤带到太仆驼牛署赐死。临刑前，李神亻隽带着酒食来看望萧宝夤，并重叙旧日的友情，他伤心地流下泪来。可是萧宝夤神色坦然，一点也没有愁苦恐惧的模样，只是说这是上天的旨意和自己命该如此，自恨没有能始终保全作为臣子的节操。公主带着他的儿女来向萧宝夤诀别，伤心地大哭不已，而萧宝夤依然神色不变。
萧宝夤有三个儿子，都是公主所生，全是平庸而低劣的人品。大儿子萧烈，娶孝明帝的妹妹建德公主，官封驸马都尉，因萧宝夤反叛而受牵连被杀。次子萧权和小儿子萧凯互相用箭对射游戏，萧凯的箭快而强劲，射中了萧权，萧权死去。萧凯的妻子是长孙承业的女儿，为人十分轻薄又不懂礼貌，公主时常责备她。萧凯为此而怀恨在心，他的妻子也不断地在他面前说坏话。天平年间，萧凯派奴仆害死公主。依照法律萧凯被判以车裂的刑法，死于东市，他的妻子也被斩首，全家因而灭绝。萧宝夤的哥哥有个儿子叫萧赞。
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