以马士英掌兵部事，仍入阁办事；以礼部右侍郎顾锡畴为礼部尚书兼翰林院侍读学士。分应天、苏松为二巡抚。以太常寺少卿左懋第为都察院右佥都御史，巡抚应、安、徽、宁、池、太、广德等处地方，提督军务兼理粮储。甲辰，以忻城伯赵之龙总督京营戎政。以前都察院右佥都御史田仰巡抚淮、扬等处地方，提督军务兼理海防。进封黄得功为靖南侯、左良玉为宁南侯，仍各荫一子锦衣卫千户世袭；封高杰为兴平伯、刘泽清为东平伯、刘良佐为广昌伯。加马士英太子太保，荫一子锦衣卫指挥佥事世袭。乙巳，以大理寺左寺丞祁彪佳为都察院右佥都御史，巡抚苏松等处地方，总督粮储、提督军务。禁北来逃官不许入京。丁未，可法出京督师，给银二十万两。密谕参将王之纲等迎母妃于江北郭家寨。
李自成遣伪制将军董学礼等率兵南下，至宿迁；己酉，总督漕运巡抚凤阳等处地方都察院右佥都御史路振飞遣兵击败之，擒其伪防御使武愫。
张慎言荐前东阁大学士遣戌吴甡，命召之。庚戌朝，刘孔昭廷讦慎言荐误国罪臣，且定策时有二心；声色俱厉。御史王孙蕃等亦劾孔昭，交争于上前。上谕之，乃退。明日，孔昭具疏论劾，慎言乞罢；上两解之。弘图、曰广各上疏乞罢，不许。以万元吉为太仆寺少卿，监江北军。命御史周一敬护送潞王于杭州居住。设勇卫营，以御马监太监李国辅监督。
壬子，进魏国公徐弘基、南和伯方一元、诚意伯刘孔昭、抚宁侯失国弼、安远侯柳祚昌、灵璧侯汤国祚、东宁伯焦梦熊、成安伯郭祚永各官衔二级，岁加禄米五十石；弘基仍进左柱国。赐韩赞周荫弟侄二人、卢九德一人锦衣卫指挥佥事世袭，仍赐蟒衣及银。癸丑，可法奏先帝已封刘泽清伯爵，命加荫一子锦衣卫正千户世袭。甲寅，遣督师大学士史可法祭告祖陵、皇陵，宁南侯左良玉祭告显陵。
先是，贼陷京师，定远总兵官平西伯吴三桂降于清，引之入关，大败自成于一片石，自成走西安；清乃伪称太子，与三桂合军入京。及至，则清九王也；遂据京师，为先帝发丧，传檄河北、山东皆下之。而道路相传以为三桂借兵克复，又言巡抚辽东都察院右副都御史黎玉田与三桂合谋。德州生员谢陛杀贼所署伪防御使吴征文，奉香河知县宗室帅锨为济王，率士民城守；而傅以为前东阁大学士谢升及前御史卢世水，于是可法以闻。己卯，封三桂蓟国公世袭，命发银五万两、漕米十万石馈之。
太常寺少卿李沾劾吏部左侍郎吕大器定策时怀二心。上曰：『朕遭时不造，痛深君父，何心大宝？直以宗社攸关，勉承重任。当日效忠定策诸臣，朕已鉴知，余不必深求』。大器乞罢，不许。
六月庚申，以福府千户常应俊为中军都督府左都督。壬戌，上大行皇帝谥曰「绍天绎道、刚明恪俭、揆文奋武、敦仁懋孝烈皇帝」，庙号「思宗」；大行皇后谥曰「孝节卢肃、渊恭庄毅、奉天靖圣烈皇后」（「思」字，大学士弘图所拟也）。以都督同知杨振宗充总兵官，镇守安庆。癸亥，以右军都督府都督佥事赵光远为都督同知，充总兵官，提督四川、陕西军务。光远时镇守汉中，命未至，已降于贼。甲子，工部尚书程注致仕。丙寅，吏部尚书张慎言致仕。
士英荐前光禄寺卿阮大铖可任枢贰，予冠带召见。户科左给事中罗万象、御史詹兆恒、王孙蕃、陈良弼、应天府丞郭维经等交章言大铖以逆案发配，不宜召；弘图请下九卿议，与士英不合，各疏求去，不许。吕大器遂劾士英以入朝为名，横据国中纵兵劫掠、卖官鬻爵诸罪。御史黄澍入对，廷劾士英。司礼监太监何志孔助澍言之，上怒。士英更为志孔请，得不死。
先是，张献忠自楚入蜀；己巳，陷涪州。
壬申，士英劾从逆诸臣光时亨、龚鼎孳、陈名夏、项煜、周锺等。
先是，周王薨于淮安舟中，命于安吉、孝丰择地卜葬。
丙子，刘泽清劾吕大器前巡抚甘肃，以私忿杀总兵官柴时华及受贿事。大器速疏引疾，致仕。
朝议遣大臣北行使清，访先帝梓宫并赍敕与吴三桂。而士英言有职方司贝外马绍愉者，曾为陈新甲使清；昔之下策，今之上策也。泽清、杰并举前总兵官太子少师左都督陈洪范；召见，以陈洪范提督下江定海水师，驻瓜洲。会左懋第以母丧在山东，请北行；遂定使清之议。
丁丑，张献忠陷重庆府，瑞王遇害。
戊寅，封常应俊襄卫伯，食禄米一千石，世袭。刘宗周在籍自称「草莽孤臣」，上疏请上亲征，又言四镇不宜封；有旨宣付史馆。而宗周复连疏言中外诸臣皆可诛，于是四镇皆怒。己卯，忻城伯赵之龙论先帝庙号「思宗」为下谥；弘图疏辨，上是之。
辛巳，以徐石麒为吏部尚书、工部左侍郎何应瑞为工部尚书。以巡按淮扬御史王幞为都察院右佥都御史，赞理军务、巡抚山东。壬午，以江西按察司副使程世昌为都察院右佥都御史，巡抚应天等处地方。加谢升上柱国少师兼太子太师、礼部尚书，黎玉田兵部尚书，卢世■〈榷，氵代木〉工部右侍郎，俱充山陵使。王幞奏皇太子、定王、永王俱遇害。是日，督师标下总兵官于永绶等兵及浙兵哄于镇江西门，焚居民数百家。
癸未，顾锡畴奏夺故少师兼中极殿大学士温体仁谥。甲申，以□□□□□邱磊充总兵官，镇守山东。大学士高弘图等奏北使事宜：一、于天寿山特立园陵，厝先帝梓宫并太子、二王神榇；一、割山海关外地与清；一、岁币以十万为率；一、清已僭号，势成敌国，或称可汗、或称金国主，前代多有之，乞下廷臣集议；一、洪范给银三万两，为山陵及道里诸费。
秋七月丙戌朔，命鲁王于台州府居住。添设兵部侍郎二员。加张慎言、程注太子太保。
戊子，追尊皇考福恭王曰「贞纯肃哲、圣敬仁毅恭皇帝」，皇妣某氏曰「孝诚端惠、慈顺贞穆皇太后」，皇祖妣贵妃郑氏曰「孝宁温穆、庄惠慈懿、宪天裕圣太皇太后」（皇太后、太皇太后，生称也；没而加之，非名也）。遥上母太妃邹氏尊号曰「恪贞仁寿皇太后」。谥先妃黄氏曰「孝哲懿庄、温贞仁靖皇后」，继妃李氏曰「孝义端仁、肃明贞洁皇后」。追复懿文皇太子庙谥曰「兴宗孝康皇帝」，懿敬皇太子妃常氏曰「孝康皇后」。上建文帝谥曰「嗣天意道、诚懿渊恭、觐文扬武、克纯（一作仁）笃孝让皇帝」，庙号「惠宗」；建文帝后马氏曰「孝愍温贞、哲睿肃烈、襄天弼圣让皇后」。追遵恭仁康定景皇帝谥曰「符天建道、恭仁康定、隆文布武、显德崇孝景皇帝」，庙号「代宗」；贞惠安和景皇后汪氏曰「孝渊肃懿、贞惠安和、辅天恭圣景皇后」。
庚寅，以左懋第为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，经理河北、联络关东军务；马绍愉为太仆寺少卿，兼兵部职方司郎中；加陈洪范太子太傅：往北京。癸巳，以巡按四川御史刘之勃为都察院右佥都御史，巡抚四川。罢贵州总督，以前屯田道参议范■〈金长〉为都察院右佥都御史，巡抚贵州。命田仰仍总漕务，专管江北漕额，并催江北各标应给漕米。甲午，以前兵部尚书丁启睿安抚河南，赐□□□□李际遇、刘洪起各总兵官敕。乙未，依北京更定营制为五军、神机三大营，各一营至十营；以团练总兵官六人分统之。庾子，万寿节。癸卯，命礼部尚书顾锡畴祀海。甲辰，追赐故颍国公傅友德、宋国公冯胜谥。乙已，李自成遣兵至保宁府，降之。庚戌，中旨以吏部右侍郎张有誉为户部尚书；弘图封还争之，不听。辛亥，释高墙罪宗唐王聿键等三百余人。
壬子，谕曰：『朕遭九六之运，车书间阻，方资群策，旋轸故都；乃文武之交争，致异同之日甚。先皇帝神资独断，汇纳众流；天不降康，咎岂在上？尔诸臣尚鉴于前车，精白乃心，匡复王室。若水火不化、戈矛转兴，天下事不堪再坏，且视朕为何如主！祖宗成宪，弗尚姑息，各宜钦承朕言』！不再改正阁衔，以尚书兼大学士。万元吉奏有清平西王吴三桂牌至济宁州，称奉大清摄政王旨，兵将南侵。执政谓款使已行，不以为意。
八月丙辰朔，日食。
戊午，罢偏沅巡抚，以前都察院右佥都御史杨鹗为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督四川、湖广、云南、贵州、广西军务兼理粮饷。辛酉，加可法少保兼太子太保，进武英殿大学士，荫一子锦衣卫指挥佥事世袭；弘图太子少保，进文渊门大学士；曰广太子少保，进文渊阁大学士；士英太子太师，进武英殿大学士；铎太子少保，进文渊阁大学士，改户部尚书：各荫一子中书舍人。以刑部左侍郎贺世寿为户部尚书兼都察院右副都御史，总督仓场；以前蓟辽总督丁魁楚为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督河南、湖广军务，巡抚承德、襄阳等处地方兼理粮饷。癸亥，赠傅友德特进光禄大夫、左柱国、丽江王，冯胜特进光禄大夫、左柱国、宁陵王：祀功臣庙。敕左良玉充提督官，开藩武昌。
甲子，张献忠陷成都府，蜀王遇害。
戊辰，皇太后自仪凤门入宫、遣灵璧侯汤国祚告于南郊。命惠王于广信府居住。壬申，以前宁夏巡抚樊一蘅为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督川、陕等处恢剿军务兼理粮饷；前□□按察司佥事充为事官越其杰为都察院右佥都御史，巡抚河南兼辖颍、亳二州，提督军务。
杰、泽清、良佐各疏劾刘宗周激变军情，动摇圣驾；又与得功合疏言群臣谋危社稷，指大学士姜曰广。会有建安王府镇国中尉朱统甆候考吏部，因奏曰广定策时有异谋，并劾前山东按察司佥事雷演祚、仪制司员外周镳结党乱政；下演祚等狱。于是吏科右给事中熊汝霖劾统甆诬诋大臣，通政使刘士祯、礼科给事中袁彭年劾统甆违制越奏，请究问；不听；曰广求去益力。
癸酉，命修西宫之西花园第一所为皇太后宫。丁丑，赠吴三桂父故□□总兵官吴襄辽国公、母祖氏辽国夫人。戊寅，以前总督蓟辽军务为事官王永吉戴重罪总督山东、河北等处军务。庚辰，命选淑女。辛巳，赐北京死节诸臣工部尚书兼东阁大学士范景文等二十二人赠谥、祭葬有差；建祠鸡鸣山，赐额「旌忠」。癸未，对□□□□□□郑芝龙为南安伯。以前福建布政使司左布政使申绍芳为户部右侍郎兼都察院右佥都御史，督饷江北。以前太子太保礼部尚书兼文渊阁大学士王应熊改兵部尚书，总督川、湖、云、贵等处，专办蜀寇；赐尚方剑一口、便宜行事，仍给银三万两。乙酉，以皇太后至京，加可法少傅兼太子太傅，弘图、曰广各太子太保，士英少保兼太子太师，铎太子少保，诚意伯刘孔昭等、太监韩赞周等各荫升有差。阮大铖入对称旨，疏陈江防甚悉，安远侯柳祚昌复荐之；以为兵部右侍郎，巡阅江务。都察院左都御史刘宗周劾奏，不听。
自李自成败走，山东诸州县并杀其伪防御使，牧令复为明；而朝廷无一官一兵出河北，清遂安置官属，至济、兖以南皆降于清，惟济定州不下。是月，清将杨方兴以兵数千趋济宁，下之。
九月戊子，封皇太后弟千户邹存义为大兴伯。庚寅，以都督佥事张福成充总兵官，前往河北、山东。辛卯，上御经筵。壬辰，裁各布政使司右布政使。甲午，曰广致仕。乙未，宗周致仕。命黄斌卿移屯九江、黄蜚屯芜湖采石、郑鸿逵屯镇江。丁酉，以中军都督府都督同知王之纲充总兵官挂荡寇将军印，镇守河南。
己亥，三法司奏定从逆六等条例。大逆凌迟处死凡五条：凡从贼攻陷京师及为贼毁宗社、易门榜者，凡倡率劝进及为贼草伪诏者，凡部院詹事翰林三品以上大臣从贼受官为之亲信用事者，凡文武封疆大吏如督抚总兵降贼者，凡京堂翰林科道部等官为贼画策规取地方者。以上如本犯不归、归而又逃者，收系其妻子，籍没其资产。斩决不待时凡三条：凡四五品京堂及翰林科道官受贼伪命居要地比原职加崇者，凡方面分巡分守知府等官降贼者，凡文武封疆大吏闻变先逃者。绞凡六条：凡献银献女献婢以媚贼求免者，凡内外衙门官但受伪命者，凡职在巡方遇变而逃者及布按三司分巡分守知府等官遇变逃者，凡被贼夹打不能自回仍受伪官者，凡受伪官为贼疏远者，凡各衙门奉差如管屯管河榷关司饷答官虽无封疆之责而逃者。流凡二条：凡内阁重臣及部院寺三品以上、詹事翰林五品以上、即不从贼、偷生潜逃者，凡既受伪职、后自疏远、先贼未败、脱身南还者。以上斩、绞、流及远戌共十一则，如各犯认非自投，议减本罪一等；如遁归匿形、蓄谋叵测，议
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