到，跳舞橫沖。荷蘭愈慌，立陣不住，敗下，死者過半，退守其城。成功揮軍進圍，王死拒之。大砲時打，功亦不敢逼。雖督兵圍困，只鯤身硬路，其餘悉環水，而荷蘭又不時將百餘猛突出打銃，諸軍多被損傷。功令兵士斬竹作籧篨堆土環柵，七鯤身設立門戶，置砲臺以防之，於是軍稍安。
五月，黃安、劉俊、陳瑞、胡靖、顏望忠、陳璋等六鎮統船二十只至臺。功擢黃安為右虎衛。改赤嵌為承天府，楊朝棟為府尹。又設二縣隸之：一天興縣，以祝敬任之；一萬年縣，以莊文烈任之。
適世子經差兵部主事楊榮押送糧餉、軍器暨諸食物到臺，成功聞金廈各島咸寧；惟有謠傳東山蔡祿、郭義暗通黃梧，欲投誠。功隨發密諭，交楊榮回廈門與洪旭，令行單調二鎮帶全師過臺。『若遵令，則無他意；如遲延觀望，急除之』。旭接諭，差人往銅山傳藩令：『著二鎮帶本部兵，配所坐船隻，即往臺灣』。郭義遂整船欲東。蔡祿與其部將陳華、羅棟（華，漳之漳浦人，後投誠，官京口總兵；棟，平和人，後投誠，官重慶）謀曰：『不意藩令來如此之急』。華曰：『事已八九，豈可半途而廢』？棟曰：『恐二爺不允』！祿曰：『二爺是吾事。爾可速差人往海澄公處為要』！華曰：『今夜即去』。祿遂藏羅、陳二將於內，差人請義。義到，祿曰：『國姓信讒，以大兄之故（大兄指萬禮。前禮等同盟，以萬人合心，以萬為姓。萬禮即張禮，死南京。成功回廈，建忠臣廟享諸死者，以甘煇為首，次張萬禮。後有人怨禮，言其非戰死，是逃履水，忙不及去甲，溺死，豈可與陣亡將士齒？成功信之，遂撤去），懷疑我兄弟二人。我業已遣人投誠。我去，汝能保其無恙乎？不如俱去，何如』？義曰：『大兄雖不死於戰而溺於水，實亦沒於王事，非同謀叛者等。與汝我何干，而相疑至此』？祿一時無以答。其兄萬五（禮小功弟，即長林寺僧道宗也）擊榻曰：『君臣不可相疑，疑則必離。今者藩令來召，是疑之漸也。況臺灣新闢，荒涼之地，去者多不服水土；此決不可去。若召而不往，非臣子之禮，勢難兩立。七弟所見甚高，宜從之』。義意尚躊躇。道宗復迫之曰『自古，英雄棄暗投明；若當斷不斷，乃婦人之仁也』。義方決，祿即出陳華、羅棟二將，插刀立誓。即將船收回，聲言槓椇不堅，難以沖過橫洋，停泊修整燀洗。義、祿又將軍器密帶入城，欲謀並銅山，慮忠匡伯張進重兵，難於下手。
六月初一清晨，祿往關帝廟求籤，得第十七首，詩曰：『田園價貴好商量，事到公庭彼此傷。縱使機關圖得勝，定為後世子孫殃』。即喚廟祝張初向前諭曰：『本鎮欲奪一寨，不知此籤詩意，勝負如何？爾可解一解』。初接籤，讀完復曰：『依此籤意，隨去即得。稍遲，則有備無濟矣』。祿聞之，意遂決。傳陳華、羅棟並鍾瑞等率眾鬨說許龍兵上山。義、祿分據四門，劫隆武舉人忠匡伯張進衙（時有隆武丙戌科舉人林沃心在銅山，聞知道宗有「何物釋子壞長城，畏死何堪見乃兄」之句）。乃兄指萬禮也。（評曰：天意既如此，帝心怎奈何？一籤明說破，報應豈蹉跎）。進聞城中鬨，急傳親隨欲出。而門者奔報曰：『萬二、萬七反了！兵已圍城』。進忙懷其印，即從後門登山，向北而走。陳華尾追，進回顧曰：『爾不念夙昔乎？何相逼也』？華曰：『無他意，請本爵安民』。進曰：『吾將印交汝』。華得印便回。進欲越城，見無船隻停步，而祿又差羅棟至，進無奈回見二鎮，說之曰：『吾亦有心久欲投誠，奈無人為引。今既二公舉事，何不預知，使吾蔥忙？今若不棄，願與偕行』。祿、義大喜，隨出牌諭安民。進曰：『凡事尊讓之，可稱交善』。祿、義信以為然。初四日，進託病不出。祿促原察言司薛聯桂至，欲殺之。道宗衛救，祿雖陽許，而心未灰。桂懼，隨道宗住於九仙巖，朝夕不敢離。後同祿、義投誠，授江西督糧道。初六日，呂簇請進曰：『公既與二鎮合心獻城投誠，亦當整備，恐旦夕兵至，去無及矣』。進泣曰：『進海濱一匹夫耳！生逢亂世，受先帝恩重，位至伯爵。復荷藩主深信，共事恢復，委託土地之寄。今日失守，罪不容誅，尚有何面目與之同行再屈膝於他人』？簇曰：『公既如此，即當飛通世子，用計圖之』。進曰：『難矣！二賊用意深久，險阻必周。若他人謀洩，為禍愈慘，為丈夫羞』。簇曰：『然則坐以待斃乎』？進曰：『惟爾義俠可託，吾欲密置火藥數十桶環布臥室，請二賊入內議事，擲火與之偕亡。他兵無主必亂，爾然後按兵請救』。簇跪泣，受計。初七日，簇趨謂祿、義曰：『本爵恐廈門、南澳聞知，合兵前來，則甚費力。何公爺接應，至今未到，心甚憂焉。奈本爵忽染病畏風，尚有機密事不便傳述者，煩二位將軍入內計議』。祿、義聞請即行。將至府門，小鹿忽跳，遂躊躇未前，而請者又至。祿、義愈疑，隨詭答曰：『爾代吾轉覆本爵：原欲入內共商，適有緊急軍情難緩，俟明日來會未遲』。即反步回。簇急將語覆進。進嘆曰：『計不成矣，天也！吾盡吾心而已』。遂冠帶，揮呂簇等左右出。自投火藥，發霹靂如雷，黑煙滿天，而衙焚，忽進屍自天半下落於街。（評曰：開門誤揖盜，共事變為仇。無計堪鋤卻，從容願與休）。
初三日，鄭經接祿、義叛銅山報，即戒嚴，整船。初九日，又接張進賺計不成自焚信，遣黃廷、杜煇、黃元、洪天祐、何義、黃昌、楊來嘉等鎮，下銅山擒祿、義。南澳陳豹聞祿、義變，亦親督舟師會剿。祿、義知二處師動，於八尺門排渡通師過銅山。而海澄公黃梧同右路總兵王進功，督兵駐劄陳埭，令詔安營副將劉進忠帶兵過江接應祿、義（進忠後為潮州總兵）。
十九日，祿、義任眾搶掠，空其城，由八尺門投誠。黃廷合陳豹師登岸，遣將分道追弗及；惟謹守砲臺，安插餘民，飛捷報經。經令黃廷等回廈，陳豹仍歸南澳。以洪天祐同黃元相繼守銅山。
經自監守各島，仁慈儉卹，謙恭愛人；雖好學善射，但嚴毅果敢弗如厥父之風也。經聘尚書唐顯悅長子之女為妻，端莊靜正而不相得，故外多蓄狡童、騷婦為樂。時經四弟之乳母陳氏，年可二十六、七歲，雙眉如遠山淡掃，不施粉黛，光彩可人；且窈窕輕佻，語言丰韻。經見之，魂銷天外。然其母董氏家規嚴肅，未由接語。一日，經入內候母安，適從陳氏臥旁過。陳氏初起未妝，撥朦朧眼，嬌聲曰：『孝哉人子』！經遂停足窗外，曰：『好似睡起海棠初拭目、醉餘楊柳不勝衣』。陳氏嬌語答曰：『未逢恩寵先流盼，恐惹夢魂濕淚斑』？經逼近門首，以手招曰：『人眾非言語所。下午偷空到書院一話，何如』（評曰：野馬一時動，真難收住韁）？經請其母安出，廣稠之際，惟相視以目，傳情而已（評曰：徵笑傾人國，含情惹魂飛）。是日，經心不能主，如痴如醉。陳氏亦沾泥柳絮，欲逐春風，遂素服淡妝，下午託抱弟從眾於中堂，作匿影藏形之戲，互相躲避，各展其巧。陳氏乘便脫空至經處，經屏左右候之，急摟陳氏於懷，撫其背曰：『真可餐也』！藏於寶帳，共赴高唐之夢，恐人覺之急去。後愈狎暱，恍如佳偶；惟瞞成功一人而已。
是年，世祖章皇帝賓天，而今上即位，以明年為康熙元年，大赦天下。諸輔臣以閩疆連年用兵，傾費錢糧，而兩島何其未平？請旨切責總督李率泰與兵部尚書蘇納海。會海澄公黃梧一本，內密陳滅賊五策：『一、金、夏兩島彈丸之區，得延至今日而抗拒者，實由沿海人民走險，糧餉、油、鐵、桅船之物，靡不接濟。若從山東、江、浙、閩、粵沿海居民盡徙入內地，設立邊界，布置防守，則不攻自滅也。二、將所有沿海船隻悉行燒燬，寸板不許下水。凡溪河，豎樁柵。貨物不許越界，時刻瞭望，違者死無赦。如此半載，海賊船隻無可修葺，自然朽爛，賊眾許多，糧草不繼，自然瓦解。此所謂不用戰而坐看其死也。三、其父芝龍羈縻在京，成功賂商賈，南北興販，時通消息。宜速究此輩，嚴加懲治，貨物入官，則交通可絕矣。四、成功墳墓現在各處，叛臣賊子誅及九族，況其祖乎？悉一概遷毀，暴露殄滅。俾其命脈斷，則種類不待誅而自滅也。五、投誠兵官散住各府州縣，虛糜錢糧。倘有作祟，又貽害地方不淺。可將投誠官兵移住各省，分墾荒地，不但可散其黨，以絕後患；且可蕃眾而足國也』。廷議：遣兵部尚書蘇納海來閩勘遷。湖廣道御史李之芳聞之嘆曰：『自古養兵，原以衛疆土；未聞棄疆土以避賊也』。上疏曰：『為冒死條陳，乞俯卹民瘼，以固國家事。山賊、海寇，何代無之？但當制馭有方，使民獲寧宇；未聞堂堂天朝遷民避賊者也。夫遷民，事勢之至不可者，今竊為陛下陳之：聖朝仁政，以得民為本；萬民歸心，以輸納為先。五省沿海一帶，遭逆荼毒，正供、雜派輸將恐後。此足徵順民之大端，而深可憐憫者也。梁惠移粟，孟子短之。今詔諭欲徙五省沿海邊民，何以垂訓後世？此臣所謂不可者，一也。昔日明政不修，逆闖犯闕，北京淪沒。我期興仁義之師，驅除逆黨，救民水火，是以率土歸心，滿、漢一家。今中左彈丸之地，不思征討，遽遷以避，其如天朝體統何？所謂不可者，二也。鄭成功江南大敗，膽破心寒。今已遠遁臺灣，所有餘孽，或剿或撫，呼吸可定；況沿海皆我赤子，一旦遷之，鴻雁興嗟，室家靡定。或浮海而遁，去此歸彼，是以民予敵。所謂不可者，三也。周成王亦有遷頑民於洛邑，當得田宅以優養之、設庠序以教育之，使其民知禮義而無異心。今欲遷沿海一帶，當日出示，諭限數日，官兵一到，遂棄田宅、撤家產、別墳墓，號泣而去，是委民於溝洫也。為民父母，豈忍若是？所謂不可者，四也。江南薄土，一夫受田不滿三畝；一家聚食，尚捕魚買販以補不足。聖諭頒下，欲酌給田宅，安插移民。田宅無所措。當道者未有處置，惟催趕日促，使民而逃。貧者不過數日之糧，富者亦但數月之儲，逼處內地，無家可依，無糧可食。餓寒逼而奸邪生，不為海寇，即為山賊。一夫持竿，四方響應，其若之何？所謂不可者，五也。鄭成功前年欲撫時，求海濱二府駐防，文武官長聽其選擇，稅賦盡輸軍國之用，尚欲納東西二洋船餉數萬；時正以為不可。今五省之民，沿海已居其半，當道者不思制插安民，只欲盡以遷移，能使賊自斃乎？是賊未必能殲滅、未必能盡降；而國家先棄五省之地土、人民。所謂不可者，六也。江南魚鹽，為富強之資。沿海一帶，魚鹽之利何啻數千萬？土產之物，百倍其利。況乃日用之需，鹽更五穀之輔，一日無鹽，物將日腐。且土產年例解京，從此而止。所謂不可者，七也。夫郡縣內地，亦賴邊界以捍禦，故朝廷設邊界為郡縣藩籬，亦以衛民。今兵不守沿海，盡遷其民，移居內地；則賊長驅內地，直抵其城邑，其誰禦之？不如分守內地之兵，撥一半守邊界衛所，聯絡鄉民，以相助戰守，使賊不敢睨視邊界；如是則內地免守。所謂不可者，八也。當道者，不為深謀遠慮，操一朝之權，棄百姓過於反賊。萬一不順，問誰之咎？臣今愚忠，冒陳天聽，稍可濟元元之命，萬死不敢辭。或以臣言為可採，則臣死榮於生；倘以臣言無可用，雖不死何益於國？伏望頒除遷移之令、下哀痛之詔，使民沾恩惠、國享長寧』！疏上，留中（李之芳山東進士。甲寅之變，為浙江總督。江元勳犯衢州，實賴之芳。後拜相國）。
七月，張志、黃明縱管事楊高凌削土番，大肚番阿德狗讓殺高反。成功令楊祖征之。祖與讓戰，中標槍死。其鋒甚熾，欲出援荷蘭。功復令黃安、陳瑞二鎮往征。安設伏誘戰，遂斬阿德狗讓。撫綏餘黨，班師。
八月，揆一王盡出其眾，分水攻赤嵌、陸攻鯤身。功令黃安統眾禦陸，親統陳澤等左右戎旗配船合擊。鏖戰終日，黃昭獲夾板一、小艇三。荷蘭大敗，仍死守其城。
兵部尚書蘇納海至閩，斥棄海島，令黃梧拏諸大商賈，毀鄭氏之祖墳；惟安海「五馬奔江」水葬者，無處尋覓。挖起者，將大杉木鋸開兩邊，中鑿孔相連，將各屍合在內，用鐵箍箍上，外加封皮。沿途遞解，逢郡縣收獄。至福州，因差者橫肆無狀，威喝縣官。縣官惡之，以其未奉旨，通詳中止。
十月，鄭芝龍家人伊大器出首龍與子功不時書信往來，謀為不軌，遂收芝龍。尋而棄龍於燕市，並子弟共十一人。
十一月，成功令宣毅前鎮陳澤同右虎衛左協陳沖，駕小船數十只，內裝硝磺引火諸物，乘北風燒夾板。又令黃安督眾鯤身夾
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