命下，授鳴駿遵義侯、緒昌慕恩伯，其大小文武各職有差。
七月，經以黃廷子為煇為思明知州。
八月，遷沿海居民入內地。
九月，臺灣揆一王欲在海外再覓一島安身，希圖恢復；但浪游載餘，無處可以托足。後聞成功死，通事李瑞獻策曰：『國姓已死，諸人不足畏；將船駕入福州港投清朝，請兵報仇，回復臺灣』。王大喜，聽其謀，將船悉入福州港，見耿繼茂、李率泰，哭訴始末，願為前矛，引攻諸島，然後借大師之力，共復臺灣故址。茂與泰許之，即調一應投誠官兵，會同紅毛夾板，平諸島。黃梧、施琅在石碼、海澄督造戰艦；馬得功、鄭鳴駿、陳煇、鄭緒昌、楊富、何義、楊來嘉等在泉港收拾戰船，以待會師進剿。
時有左右逢迎馬得功者語得功，以鄭侯海上簡練打造自己坐駕，桅舵航蓆，堅牢好駛。得功遂蓄懷中。將欲出軍之日，得功會鳴駿於船廠，大誇獎鳴駿坐駕不去口。駿會意曰：『若不棄鄙陋，奉讓何如』？得功謝之，將自己坐駕船與鳴駿換。得功遂先坐其船，往同安港巡視提調。
鄭經因鳴駿率其文武投誠，一時乏人。忽內地（時已遷斥，業設界限，故曰內地）偵報：『紅毛入福州港投靖藩、總督，願為先鋒引攻兩島，然後代彼攻臺灣各港；業整船隻，不日興師合擊』。經集洪旭、周全斌、黃廷、王秀奇等商議退敵之策。全斌曰：『紅毛在臺灣，當時先藩施德不殺，放彼歸國。今投耿藩，借兵報仇，亦是傷弓之鳥。斌願領熕船前往破之』。旭曰：『當此勁敵，非斌不可』。經令全斌督諸鎮分禦。斌曰：『不可。當差人入內地，探各港分配船隻，帶兵何人。然後設計禦之』。經遂從斌請，隨差偵者入漳、泉打聽。不數日，偵者回報：『紅毛已出福州港。提督自坐一號大坐駕，尾樓後寫「澄清海宇」四大金字；鄭鳴駿坐一號大熕船，尾樓後寫「雄鎮金湯」四大金字；楊來嘉坐二號大鳥船，尾樓後寫「寧海」二大金字；楊富坐一號大趕繒，尾樓後寫「海晏河清」四大金字；其餘各鎮營，悉分配船隻，即出泉州港。漳州、海澄之師系總督同黃梧、施琅統出』。經問全賦、洪旭：『如此各港齊出，當分兵禦之』？全斌曰：『海澄之師，必猶豫未敢前。泉州是會夾板合■〈舟宗〉而來，其勢雄銳。若破了泉州師，海澄各港自退。斌願領熕船二十只分配各鎮，敵夾板會泉州之師』。經令正兵鎮陳昇守高崎陸路；又令黃廷帶船二十只泊南山邊，禦海澄之海門；林順領船十只，在高崎一帶遊颺接應；楊祥領船十只，在遼羅一帶接應。旭曰：『昔先王破達素，悉空廈門，背城一戰。今亦當仿先王遺法』。經然之。以陳永華、馮錫范二人保護董夫人並諸宗室、鄉紳暨提鎮兵民眷船，悉於浯嶼灣泊。經與洪旭、王秀奇等率舟師在大擔、烈嶼觀敵、接應。
十月十九日，相遇於金門烏沙港。全斌以紅毛船大，必在深港。督其舟師，由邊而進，互相攻擊。忽楊富諸船至，斌首先直沖■〈舟宗〉內，富與戰，少怯。斌喝曰：『楊富叛賊，今日是汝死日』！逼之，富眾傷死殆盡。情急，從舵後扳肚帶下水（肚帶即船下勒肚）。馬得功見楊富船被奪，隨轉船來援。全斌望其尾樓後寫是「雄鎮金湯」四字，發令曰：『前面一船，乃是鄭開的，當為吾擒之』（開系鳴駿乳名，全斌曾受鳴駿誹，心恨之。今既對敵，欲報宿怨，故發令圍攻。不知駿船於出征時被馬得功換坐，是以馬得功遭難）。遂揮船合攻。得功四面受敵，火罐、藥矢咸盡，兵士傷死，僅存二、三；度不能免，恐遭擒受辱，遂投海死。全斌過船，問降卒，方知是得功。嘆曰：『何報者誤也！吾欲擒獐，乃中一虎。是此賊之未該死』。遂反船趕與夾板攻打。守高崎將陳昇遣人密獻款於黃梧、施琅，琅、梧許之，整舟師以待。琅謂梧曰『潮落矣，可督眾船出』！梧曰：『然』。琅將船百只先行，梧繼其後。黃廷見琅船出雞嶼，亦起碇帆發斗頭熕迎敵，矢石如雨，姻焰蔽天。奈風與水俱不順，即退。琅得勝，率其眾奪廈門；飛報李率泰，大隊接應。徐而守高崎陳昇亦至。林順正在高崎一帶禦敵同安各港船，忽快哨飛報『黃廷敗陣、陳昇投誠，廈門失守』，無心戀戰，出與全斌合■〈舟宗〉。
經見黃廷船失勢坐遁，欲令王秀奇督熕船往救。而水正退，風又逆。旭曰：『且浮碇；看水轉，必有風，方可進兵』。未幾，快哨報：『高崎守將陳昇投誠，廈門已失』！秀奇曰：『如此，即有風潮，亦徒費其勞。且暫退銅山，再作商量』。旭亦勸經下銅山。經從二人議，遂率諸船下銅山。而陳永華、馮錫范保護董夫人暨諸宗親、紳矜兵民眷口，亦到。獨全斌一旅敵住夾板、泉州、同安諸師，至，日將暮，二十船無一失者。知廈門失守，全軍從容退泊浯嶼。林順寄灣鎮海，金門亦破。夾板與諸船集廈門港，率泰方知得功陣亡，大慟哭。紅毛登岸，凡庵觀廟宇神佛諸像俱被損壞，以為鬼也；惟有達摩存之（東旭曰：莫訝人民遭難，豈知神佛依然！失意必定如是，地理故致播遷）。
二十六日，黃梧勸率泰，乘得勝，令夾板為前導，引大隊攻銅山，則鄭經可擒。率泰曰：『雖金、廈已破，奈昨日之役，提督新喪，彼師無傷。況「窮寇勿追」，追之則逸臺灣。諒彼此時人心風鶴，可差人到銅山，宣布朝廷德意，並四處招降，以散其黨羽。倘計窮受撫，亦免士卒勞苦；如再頑抗，移師未遲』。將所有夾板船隻盡停廈門，令梧與琅差人往鎮海、銅山招降。
鄭經知全斌擒得功，船又無失。遣鄭斌齎銀牌幣帛，往浯嶼犒賞，大加褒獎。令其暫守浯嶼，相機恢復廈門。耿繼茂、李率泰差官咸至銅山，傳宣朝廷德意招撫。又密通忠振伯洪旭，若生擒鄭經，許請封為同安侯，鎮守泉州，如海澄公樣。旭笑而郤之。經仍執高麗事例；若欲削髮登岸，雖死不允。送其差還。
康熙三年甲辰（附永曆十八年）正月，援剿右鎮林順原與施琅善，琅差蔡（徐？）媽持書招之。順統全鎮從鎮海投誠。
二月，忽報守南澳護衛左鎮杜煇勾通潮州鎮海將軍王國化從揭陽港投誠。洪旭見日報諸將叛去，謂經曰：『金、廈新破，人心不一，銅山必難保守。況王、院差官僕僕前來，非為招撫，實窺探以敵人心。今各鎮紛紛離叛，日報無寧晷。當速過臺灣！苟遷移時日，恐變起肘腋，悔無及矣』！經是之。令陳永華、馮錫范送董夫人眷口先行。然後請宗室暨鄉紳商議：如欲相從過臺者，速當收拾，撥船護送；若不願相從者，聽之。時有寧靖王、瀘溪王、魯王世子、巴東王諸宗室等同鄉紳王忠孝、辜朝薦、沈佺期、郭貞一、盧若騰、李茂春，悉扁舟從行；惟徐孚遠駕船歸華亭。馮澄世船至東碇外，有僕利其財，謀眾船，逼澄世赴水死，入泉州投誠（後甲寅之變，鄭經入據泉州，其僕尚在，被錫范所獲。范親剖其心肝，奠祭澄世）。
三月初二日，盧若騰至澎湖有微恙，不二日死。遺命題其墓曰「自許先生」。後人有詩吊之曰：『世外孤崖托老身，從來自許漢朝臣。十年後死非無意，三代完名信有真！避地寧為浮海計？絕周不作採薇人。殘黎在在同聲哭，想像閒時舊角巾』。經馳令周全斌、黃廷二人斷後。
經同洪旭、楊祥等初六夜放洋。初七日午，到澎湖。聞鄉紳盧若騰死，親往哭祭。遂與洪旭踏勘諸島。旭曰：『澎湖乃臺灣門戶，上至浙江、遼東、日本，下通廣東、交趾、暹羅必由之路，當設重鎮鎮守，不可苟且。倘被占踞，則臺灣難以措手足』。經然其議，就媽祖宮設立營壘，左右峙中置煙墩、砲臺，令薛進思、戴捷、林陞等守之，以四閱月更代。初十日，經率大隊過臺灣。
全斌接經諭：『同黃廷斷後』，思與廷、旭有宿嫌，恐過臺為其所嫉，遂遣心腹將沈吉送其子周智與率泰為質，泰許封伯爵。吉復命，斌統眾從漳浦鎮海衛投誠（吉字世貞，漳之詔安人。後征雲貴功，官河南參將）。黃廷在銅山接黃梧差陳克竣密書，虞臺灣新闢荒陬，水土不服，亦於是日從漳浦雲霄投誠。耿繼茂、李率泰合疏題請，封周全斌承恩伯、黃廷慕恩伯。
率泰知鄭經已遁臺灣，即移舟師到銅山。馳令各島暨沿邊百姓，盡移入內地。逢山開溝二丈餘深，二丈餘闊，名為「界溝」。又溝內築牆，厚四尺餘，高八尺（一丈），名為「界牆」。逢溪河，用大木樁柵。五里相望，於高阜處置砲臺，臺外二煙墩。二（三）十里設一大營盤，營將、千、把總率眾守護其間。日則瞭望，夜則伏路；如逢有警，一臺煙起，左右各相應，營將各揮眾合圍攻擊。五省沿邊如是。時守界弁兵最有威權：賄之者，縱其出入不問；有睚眥者，拖出界牆外殺之。官不問，民含冤莫訴。人民失業，號泣之聲載道；鄉井流離，顛沛之慘非常！背夫、棄子，失父、離妻，老稚填於溝壑，骸骨暴於荒野（有詩為證：東旭曰：『堂空野鶴呼群立，門蹋城狐引子蹲。墜鈿莫思悲婦女，路隅何處泣王孫』？『盜殘兵慘頻相連，一旦徒移意外傳。鳥雀啄場農事少，麥黃生土主人遷』。『屋殘鬼亦無家哭，煙冷鴉應忍饑過；計卻當年籌畫者，書生無淚代悲歌』。附紀：為書遷移本者泉人張雲章也。不三月，兩目遂盲）。
六月，荷蘭揆一王見諸島既平，徙百姓於內地，嚴立界限以守；而總督又班師回省，是無意渡海攻臺。一時情急，領諸夾板盡入福州港，謁耿繼茂、李率泰，陳其有功前導，用力爭戰，原約合師代彼恢復臺灣。今諸島既平，何不合師？便爾回兵，豈不失信？茂與率泰咸覆以『平諸島，原議合師；但進兵大事，出在朝廷，非我二人敢專也。前曾有約，自當代爾合疏題請。俟命下之日，然後可興師』以慰之。水師提督施琅以『鄭經遁臺灣，若不早為撲滅，使其生聚教訓，而兩島必復為竊據。當乘其民心未固、軍情尚虛，進攻澎湖、直搗臺灣。庶四海歸一，邊民無患』，詳請耿繼茂、李率泰。泰與繼茂見琅詳議妥確，籌畫有方；兼之紅毛又議其不合攻臺灣爽信，遂合疏請題進剿。
七月，鄭經分配諸鎮荒地，寓兵於農。又在承天府起蓋房屋，安插諸宗室暨鄉紳等。
八月，改東都為東寧，天興、萬年二縣為州。
揆一王守候無期，仍率夾板盡上浙江。順次普陀，登山入寺。見觀音菩薩、羅漢金相，詫曰：『鬼也』！開拔所佩劍砍壞。群居於內。十月，揆一王引諸夾板欲去舟山。船將出港，忽天昏地黑，雷電閃爍，暴風震雨，波濤淜湃，海中突出「鐵蓮花」，將荷蘭所有夾板刺沈於海，死無遺類（今鐵蓮花遺蹟尚存）。
十一月，部文到，允水師提督施琅統諸投誠官鄭鳴駿、鄭纘緒、黃廷、周全斌、楊富、陳蟒、楊來嘉、林順等進攻澎湖。琅差快哨，於海外尋揆一王夾板為先鋒。
十二月，北路土番阿狗讓反。鄭經遣勇衛黃安平復。
康熙四年乙巳（附永曆十九年）正月，鄭經率文武朝賀永曆於安平鎮。
偵哨回復施琅云：『夾板因上普陀山，獲戾觀音菩薩。菩薩顯聖，於出港日，突出鐵蓮花刺沈夾板，盡沒於海』。琅聞，嗟異之。遂在泉州、海澄二港，修造船隻，擇日興師。
二月，偵報：『施琅將船欲出攻澎湖』。鄭經會洪旭、黃安、陳永華、顏望忠、馮錫范、楊祥等商議。旭曰：『前者紅毛失守，因恃其港路紆迴，砲臺可恃，而不把守澎湖，致先王一鼓而下。今日紅毛已沒，諸將未曾經到此地；獨周全斌兩次進剿，暗曉情形。可速將赤嵌密築砲臺，設大熕船十只把守鹿耳門。再令一將，督舟師往澎湖禦之。澎湖固守，則東寧可以高枕』。錫范曰：『督熕船守鹿耳門者，非楊祥不可』。經從錫范請。第出禦澎湖，未有其人。顏望忠曰：『望忠受恩兩世，當此危急之際，敢惜微驅而不向前乎』？經大悅，撫忠背曰：『今日得公前去，余復何慮？到澎，當相地擇險，據要設備以待』！忠領命。經令洪旭抽各鎮屯田者十之三，又撥勇衛、侍衛各半旅，共萬有餘人，分配大熕船二十只、鳥船、趕繒各十只，合戴捷、薛進思、林陞、林應等舟師禦敵。又令劉國軒帶一旅守雞籠山，何祐帶一旅守大線頭。
三月，顏望忠至澎湖，就娘媽宮屯設大營；於左右峙各整砲臺，令戴捷、林陞二鎮守之。
四月，施琅見船隻已備，遂會藩、院，調諸投誠官鄭鳴駿、黃廷、鄭纘緒、何義、陳煇、楊來嘉、陳蟒、林順、楊富等兵分配，飛題報出師日期，將大隊舟師出銅山。十五日，開洋。是夜三更，至清水墘（即澎湖港），忽煙
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