霧四合，颶風大作，狂濤疊至，橫湧沖擊。琅等舟師不能成■〈舟宗〉，各飄散靡定。天明，周全斌、陳煇、鄭纘緒諸船，或漂碣石、甲子、南澳、銅山者不一。斯役也，失船雖少，損壞甚多。琅等陸續仍收回廈門。具文申報，請藩、督院會題再請寬限：俟修葺船隻，然後興師。
五月，琅等悉回海澄。顏望忠列船澎湖，後偵知琅等船隻被颶風打散仍收回廈門，申文寬限；亦即報經。六月，經馳令薛進思同林陞守澎湖各島。調顏望忠所帶諸軍與戴捷等船隻班師回臺灣。經大犒賞。令勇衛、侍衛之半旅仍歸伍。其各鎮調撥之三者，仍歸屯所耕作。劉國軒、何祐等陸師亦令其回。
七月，勇衛黃安病故。經大悲慟，厚葬之，以其子為婿。
八月，以諮議參軍陳永華為勇衛（永華，浯洲人，陳鼎之子，同安學弟子員）。初，兵部侍郎王忠孝與談時事，大有經濟，遂薦於成功。功用之。迨至敗兩島，退守銅山，遁回臺灣。患難之際，與洪旭籌畫相從，剖心不貳。故鄭經毋論大小，悉諮之。其舉止翩翩，有輕裘緩帶之風。迨授任勇衛，益加心思，不惜勞苦。親歷南、北二路各社，勸諸鎮開墾：栽種五穀，蓄積糧糗；插蔗煮糖，廣備興販。於是年大豐熟，民亦殷足。又設立圍柵，嚴禁賭博。教匠取土燒瓦，往山伐木斬竹，起蓋廬舍，與民休息。以煎鹽苦澀難堪，就瀨口地方，修築坵埕，潑海水為鹵，暴晒作鹽；上可裕課，下資民食。華見諸凡頗定，啟經曰：『開闢業已就緒，屯墾略有成法，當速建聖廟、立學校』。經曰：『荒服新創，不但地方侷促，而且人民稀少，姑暫待之將來』。永華曰：『非此之謂也。昔成湯以百里而王、文王以七十里而興，豈關地方廣闊？實在國君好賢，能求人材以相佐理耳。今臺灣沃野數千里，遠濱海外，且其俗醇；使國君能舉賢以助理，則十年生長、十年教養、十年成聚，三十年真可與中原相甲乙。何愁侷促稀少哉？今既足食，則當教之。使逸居無教，何畏禽獸？須擇地建立聖廟、設學校，以收人材。庶國有賢士，邦本自固；而世運日昌矣』。經大悅，允陳永華所請。令擇地興建聖廟，設學校。於承天府鬼仔埔上，鳩工築豎基址，大興土木起蓋。
康熙五年丙午（附永曆二十年）正月，建立先師聖廟成（今臺灣府府學是也），旁置明倫堂。又各社令設學校延師，令子弟讀書。議兩州三年兩試，照科、歲例開試儒童。州試有名送府，府試有名送院；院試取中，準充入太學，仍按月月課。三年取中式者，補六官內都事，擢用陞轉。
三月，經以陳永華為學院、葉亨為國子監助教，教之養之。自此臺人始知學。
六月，謠傳水師提督施琅船隻修葺完備，業已咨請靖藩耿繼茂、總督李率泰，又欲出師進攻澎湖。鄭經令林陞遣偵探入內地細查飛報，以便備禦。
七月，偵報：『水師出船，日期無定』。忠振伯洪旭（字念藎）曰：『南風將過，西風迅烈，今歲決未敢東顧。但諸島失守，幸得東來。雖土荒蕪，賴復甫材幹，勤督開墾，集眾煮海，調度井井，業已就緒。茲又建聖廟、設學校，大興文教。將來之昌盛，可指日而待也。但文事武備，兩者不可缺一。慎勿以天塹足恃，遂爾偷安忘戰！況琅素抱韜略，心懷怨恨，加之周全斌兩次過臺，水務地方諳熟，必能自請東征。當勤訓練操演，一旦有警，便可禦敵』。經曰：『念藎言出金石，自當銘佩』！隨通行各鎮營：『凡農隙時，務教習武藝弓矢。春秋操演陣法』。旭曰：『地方已定，船隻第一緊要。況東來已有數載，諸熕船、戰艦悉將朽爛。速當修茸堅牢，以備不虞』。經是之，即檄南北路各鎮，著屯兵入深山窮谷中，採辦桅舵含檀，令匠補茸修造。旭又別遣商船前往各港，多價購船料，載到臺灣，興造洋艘、鳥船，裝白糖、鹿皮等物，上通日本；製造銅熕、倭刀、盔甲，並鑄永曆錢，下販暹羅、交趾、東京各處以富國。從此臺灣日盛，田疇市肆不讓內地。
八月，呂宋國王遣巴禮僧至臺貢問。經令賓客司禮待之，以柔遠人。巴禮僧求就臺起院設教（即天主教）。陳永華曰：『巴禮原名化人，全用詐術陰謀人國，決不可許之設教』。經笑曰：『彼能化人，本藩獨能化彼』。賜以衣冠，令巴禮僧去本俗服飾，穿戴進見；如違，梟首。巴禮僧更衣入，行臣禮。經諭：『凡洋船到爾地交易，不許生端勒擾。年當納船進貢，或舵或桅一。苟背約，立遣師問罪』。巴禮僧叩首唯唯，不敢提設教事。遣之歸。
忠振伯洪旭偶沾寒疾，經令醫調治，朝夕巡視。奈年老，憂勞過度，遂不起。大慟曰：『經何不幸，喪此元老』！親為治喪祭奠，擇葬盡禮。以其子磊為吏官、永華之姪繩武為兵官、楊英為戶官、葉亨為禮官、柯平為刑官、謝賢為工官、馮錫范為侍衛、劉國軒為左武衛；薛進思為右武衛、柯祐為左虎衛。
九月，陳永華安插已定，船隻整備，又加年豐；但寸帛尺布，值價甚高，皆由設法未稠，故不流通。啟經曰：『諸島沿邊，遷移業已三載；清朝亦知我們株守而無西意。然臺灣遠隔汪洋，貨物難周，以致興販維艱。當令一旅駐劄廈門，勿得騷擾沿邊百姓，善與內地邊將交，便可接濟，並無偵探邊事。且澎湖不用重兵把守，只留一鎮汛防，飛報可矣』。經曰：『此論誠是。第未知差撥何將』？華曰：『撥將即當撥兵，今日兩衛之軍，不可移動；分屯之眾，恐失農時。前有鎮海太武山江勝（乳名欽，漳浦人。紫面長鬚，勇略可人），聚集數百人，曾差親信江棟來納款，未曾啟請。藩主可用此人，令鎮廈門交通，庶免撥將調兵之煩』。鄭經允請，即以江勝為水師一鎮，駐劄廈門。勝接印劄，隨整船到廈。
時廈門有陳白骨、水牛忠等，招納亡命千人，侵掠沿邊內地。勝令人招之，不從。督兵與戰，勝失利，遁泊銅山。思難與敵，聞粵東之潮陽人邱煇（綽號「臭紅肉」），年少猛勇，糾眾出踞達濠，結茅為屋；造八槳船、■〈舟古〉艚，與蛋家（蛋家即同庚船）漁船交好，引港搶掠潮陽、揭陽、惠來、海豐、澄海、饒平一帶地方，乘潮往來，出沒無常，官軍莫禦，人眾強盛。遂率船往達濠依煇，訴告戰敗，請助一旅。煇曰：『當如命，安敢辭』？勝拜謝煇。朝夕盤桓，情誼相契，結為兒女姻。
十月，邱煇整船同勝師至廈門。勝從崎尾登岸，水牛忠、陳白骨共敵勝。戰未幾合，忽邱煇大隊就水仙宮登岸，突出圍擊。白骨同水牛忠大敗，搶船遁去。勝收其眾，大謝煇；煇仍回達濠。勝踞廈門，斬茅為市；禁止擄掠，平價交易。凡沿海內地窮民，乘夜竊負貨物入界，雖兒童無欺。自是，內外相安，邊疆無釁。其達濠貨物，聚而流通臺灣。因此而物價平，洋販愈興。
十二月，經撤守澎湖薛進思等兵回臺灣開墾。
康熙六年丁未（附稱永曆二十一年）正月，有河南人總兵孔元章在京候補，陳情願往臺灣招撫立功。奉旨：『準其馳驛入閩，與藩、院商配招撫』。
五月，元章至福建。航船過臺，傳宣朝廷德意招撫。經厚待元章，以『臺灣遠在海外，非中國版圖。先王在日，亦只差「薙髮」二字。若照朝鮮事例，則可』。元章回，水師提督施琅憤甚，上疏曰：『為邊患宜靖，逆賊難容，謹陳蕩平機宜，以效忠款，以奠永安事。竊照鄭賊負嵎海上，久阻聲教，致干剿討。遁竄臺灣絕島，恃險負固。雖戢翼斂跡；而蜂蠆有毒，沿邊將為不軌。堂堂天朝，萬國賓服，豈容餘灰以滋蔓患？日者朝廷廣開鴻仁，遣官招徠，德至寬大。茲總兵孔元章招撫回歸，只稱有「的確公議」。臣密詢押船官林元勳，渡載孔元章往臺灣，探賊中情形，未必歸誠實意。使果傾心向化，則海靖邊寧，無庸計論。今使命兩次到彼，並無的當偽官同來輸誠；惟聽口傳，豈可憑信？倘復頑梗如故，似難中止。臣荷恩深重，與賊仇不共戴，視此逆賊跳梁，能無扼腕！雖躬履險阻，身歷波濤，亦必滅此朝食。伏思賊黨盤踞於臺灣，沃野千里，糧食匪缺。上通日本，下達呂宋、廣南等處，火藥軍器之需、布帛服用之物，貿易備具。兼彼處林木叢深，堪於採造舟楫，以致窮島一隅，有煩南顧。為今之計：順則撫之，逆則剿之。若恣其生聚教訓，恐養廱為患！且此時經制船隻，尚堪遠駕過洋，舵梢現有可選。遲之數年，船隻久壞，再造則損內帑之金；舵梢撥散，召募安得慣洋之人？萬一蠢動，實費驅除。以臣愚見，不如乘便進取，以杜後患。夫興師所難，在於招兵、措餉、製器、造船。今欲大舉，所不庸計慮者。閩省水師官兵共一萬有奇，經制陸師及投誠閒曠官兵，為數不少，皆為防海而多設也；就水師中選撥精銳者，可得六七千；海澄公臣黃梧標下慣海並壯練者，可擇選二千有奇；乘投誠尚未撥散，內多有慣海舵梢及精銳者，可選擇數千。此數若未敷足用，就與陸師中酌選，湊共二萬，便可為勁旅，兵在精不在多也。閩省全轄，大小戈船共二百只，選撥一百七十只；小快哨一百只，選撥七十只；其餘留為防汛及載糧糈、傳報往來軍情之用。應再造大水艍船十餘只，以充前鋒；另造渡馬船二十餘只，便於配載。計此新造三十餘只之船，為費不多。其經制大小戈船，現在題請例應大修。伏乞敕部給此應修銀兩，發付修茸。不用溢額增加，舟楫業已堅牢。將豫備之兵糧船器，充東征之戰勝攻取，無煩徵召，不事蕩費。戮力討平，海甸永清，誠長便之舉也！惟是航海遠征，後先抵岸，各兵湊集，非親征訓練，臨時難以信恃。兵額既定，分撥八千為水，在船以接戰；一萬二千為陸，登岸以進取。臣將此二萬之師分為水陸，躬督擇練。加之數月，將得兵心；兵知將意，方可渡海遠征。至於選任將領，疇堪前矛？疇堪後勁？必其經歷戰功，身先士卒，夙有成效者，乃堪委任。臣於閩中經制及投誠將領，稔知有素。另俟命下之日，會議選撥定數，具冊報聞。臣矢志報國，敢遺餘力？第思任維艱而責綦重，伏乞皇上賜臣稍以便宜，得於軍中申嚴號令，庶膚功克奏。當密敕督、撫、提諸臣，會商妥確：催督修造戰船，備足糧餉，選調官兵，付臣整練完備，相機進取。居者行者各盡其力，則動出萬全。前次東征，兩阻風濤之險，逆賊雖未撲滅，人謀亦未允臧。投誠官兵眷口多在彼處，新附人心，參差未一。鳩烏合之眾以事敻海之表，其未至誤公者，誠賴國家之福。臣奉有成命，勉應擊楫，固逆知其難也。今臣思選撥將士，修茸船隻，操練習熟，紀律嚴明，成算在胸，故敢慮勝而動。蓋澎湖為臺灣四達之咽喉、外衛之藩屏。先取澎湖，勝勢已居其半。是役也，當剿撫並用。舟師進發，若據澎湖以扼其吭，大兵壓近，賊膽必寒，遣員先宣朝廷德意。如大憝勢窮，革心歸命；抑黨羽離叛，望風趨附，則善為渡過安插，可不勞而定。倘執迷不悟，甘自殄絕，乃提師進發，次第攻克，端可一鼓而收全局矣。但遠征外島，風信靡常，當假以歲月，不可限以定期。臣整備舟師，枕戈待時，或急據以掩襲，或慎重以制勝。奏捷遲速，雖難預定；然滿腔血誠，賊一日未滅，臣一日未安。籌度時勢，定當掃餘氛而拯黎元，義不可以賊遺君父之憂。且數年以來，沿邊江、浙、閩、粵，多設水陸官兵，布置錢糧動費倍增，皆為殘孽未靖之故。如臺灣一平，防兵亦可裁減；地方益廣，歲賦可望，民生得寧，邊疆永安。誠一時之勞，萬世之逸也。若以臣言可採，伏乞皇上敕部議覆施行。
十月，孔元章至京復命，以其無定局而中止。
十一月十六日，施琅「請剿疏」上。
康熙七年戊申（附稱永曆二十二年）正月初十日，奉旨：『渡海進剿臺灣逆賊，關系重大，不便遙定。著施琅作速來京，面行奏明所見，以便定奪。並召鄭鴻駿、鄭纘緒、周全斌、何義等入京，分陳煇、黃廷、楊富、陳蟒、楊來嘉等於各省屯田』。施琅接報，即欲登程；第分撥未定，志切進剿，又盡陳所見，密奏一疏曰：『密奏為遵旨盡陳所見，緣系克取海上情形面奏難盡，謹詳瀝披陳，仰祈睿鑑事。竊照鄭成功倡亂二十有年，恃海島為險，蔓延鴟張，荼毒生靈，故當時不得不從權折地，絕其派取之路。嗣而皇上廣開德意，招徠撫綏，漸散其黨。鄭成功疑懼，乃遁臺灣，以為兔窟。又幸天心厭絕，遂促其亡。康熙元年間，兵部郎中党古里往閩公幹，臣備將逆島可取之勢，面悉代復上疏密陳。荷蒙俞旨，仰藉天威，數島果一鼓而平。逆孽鄭經竄逃臺灣，負嵎恃固。去歲期廷遣官前往招
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