克萨，经额尔古纳河，返回俄国，另有巴什里等45名俄兵不愿回国，要求留在中国。
随清军回到瑷珲。
托尔布金从雅克萨退到尼布楚，但侵略中国的野心不死，仍想卷土重来。这时，由彼顿率领的600名援军到达尼布楚，俄军的力量增加了。同时，他们打听到，清军战胜后已全部撤回瑷珲，并没有在雅克萨留兵驻守。因此，托尔布金和彼顿立即率军重新占据雅克萨，并全力构筑城堡工事，筹集粮草，妄图负隅顽抗。
俄军再占雅克萨，清政府不得不再次出兵。1686年3月，康熙帝下令：今俄军复回雅克萨筑城盘踞，若不速行扑剿，势必积粮坚守，图之不易。令将军萨布素等，率所部2000人，攻取雅克萨城。7月，萨布素奉命率所部2000余人及福建藤牌兵400人进抵雅克萨，随即围城进攻。经过两个多月的攻城和围困，俄军损失惨重。9月底，俄国头目托尔布金被击毙，城中俄军大多战死或病死，800多俄军最后只剩66人，粮食弹药也消耗殆尽，困守雅克萨的俄军只有坐以待毙。
康熙帝为了彻底解决沙俄侵略黑龙江流域的问题，以求得边界上稳定的和平，多次写信给沙皇，谴责俄国对中国的侵略，建议他撤回侵略军，派使议界。1686年9月，清政府又委托从北京回国的荷兰使臣宾显巴志带信给俄国沙皇，建议两国休兵，举行谈判，共同议定边界。
1686年11月，正当雅克萨围城旦夕可下的时候，一批俄国信使，由文纽科夫和法沃罗夫率领，从莫斯科来到了北京，递交沙皇要求解除雅克萨的包围和派使臣戈洛文来华议定边界的信件。康熙帝同意了俄国沙皇的请求，下令停止战斗，解除对雅克萨的包围，并实现单方面撤军。11月底，清军停止进攻。1687年5月，清军撤离雅克萨返回瑷珲，等待俄国使团的到来。进行两年多的雅克萨战争至此结束。
这场战争，是中国人民和清政府反击沙俄侵略，驱逐入侵者，收复被侵占领土而进行的一次自卫的正义战争。
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