改设外务部，“班列六部之首”。
1902年2月24日裁河东河道总督，其事务改归河南巡抚兼办。3月6日裁詹事府及通司。1903年9月7日设商部。1904年12月12日裁云南、湖北两省巡抚，由云贵总督、湖广总督兼管。1905年9月4日裁奉天府尹，由巡抚兼管；裁奉天府丞，改为东三省学政。10月8日设巡警部。12月6日设学部，裁国子监。
除裁并增设行政机构外，清政府还下令“停捐纳”、“裁陋规”、“定公费”。
1901年9月19日，清政府宣布停止报捐实官。1905年7月18日宣布停止捐纳武职。
清政府推行“新政”，原想缓和国内矛盾，维持和巩固其封建统治，适应帝国主义的侵略要求，拉拢上层资产阶级分子。但实行的结果却适得其反。首先，由于举办“新政”，清政府允许地方自行筹款，每年要向各省摊派2300万两，这些都以捐税的名目直接或间接转嫁到广大人民群众身上，人民不胜负担，自发斗争更为广泛。有的地方由“抗洋捐”、“反赔款”发展到武装起义，使整个社会动荡不安。其次，“新政”虽然裁撤了一些中央和地方的衙门，裁汰了一些冗吏，但又出现了新旧机构重迭，如军机处和督办政务处、户部和财政处并存等。1905年7月的上谕也承认，实施新政“数年以来，规模虽俱，而实效未彰”。（《光绪朝东华录》第5册，第5364页）再次，由于“新政”
的目的与施行后出现的新生力量的发展要求背道而驰，引起了新旧势力之间以及旧势力内部对待新势力不同态度的派系之间的种种纷争。这就加剧了统治阶级和被统治阶级之间的矛盲、激化了统治阶级内部各政治派别之间的斗争。在“新政”推行期间，袁世凯抓住“练兵”、“筹饷”两项要政，奏请拨款100万两，编成北洋六镇。同时，还担任参预政务、督办关内铁路等要职，羽翼遍布朝廷内外，死党分据要津，成为声势显赫，左右朝政，继曾国藩、李鸿章而起的又一权臣。
但清末“新政”在政治上增设了一些适应近代化的机构，修改了《大清刑律》，废除酷刑峻法，注入了一些资产阶级人道主义的原则；在经济上，允许和奖励私人资本主义的自由发展，承担保护资本主义工商业的责任，提高民族资产阶级的政治和社会地位；在文化教育上，给西学以合法地位，允许学习和传播资本主义的自然科学和资产阶级的社会政治学说；在军事上，采用西方资本主义建军理论和原则，使古老的封建专制制度发生了一些变革，促进了中国社会近代化的进程。
总的来看，清末“新政”属于半殖民地半封建性质，当时民主革命的高潮已经到来，而清末“新政”的某些措施客观上有利于民主革命思想和文化的传播（如兴学堂），或客观上有利于民族资本的发展（如奖励工商），因而也有利于辛亥革命的到来，加速了清王朝的最终覆灭。
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