菌便会乘虚而入，迅速发生。因此，在日常管理工作中，尽可能创造适宜于香菇菌生长发育的环境条件也是一项很重要的预防措施。
（8）减少菌丝未愈合时发生霉菌，采取将门窗关好（定量开窗通风几次），除去覆盖的薄膜，待控制霉菌后再盖上的措施。若个别栽培块发生霉菌，不要急于处理，待菌丝愈合后再作处理，但需增加掀动薄膜的次数，并加强栽培室通风换气和降温减湿。
（9）霉菌发生在栽培块或菌筒表面，尚未入料，一般可以采用pH8～10的石灰清水洗净其上的霉菌，改变酸碱度，抑制霉菌生长。若霉菌严重，已伸入料内，可把霉菌挖干净，然后补上栽培种。霉菌特别严重的栽培块或菌筒，可拿到室外，用清水把霉菌冲洗干净，晾干2～3天后，再喷洒0.5%过氧乙酸（CH3COOH）可收到显著的防治效果。
（10）加强检查在气温较高季节，培养室内菌袋排放不宜过高过密，以免因高温菌丝停止生长或烫伤，影响成品率。发菌5～6天后，结合翻堆要逐袋认真检查，发现污染菌袋随即取出。对污染轻的菌袋，可用20%甲醛或5%石碳酸或95%酒精注射于污染部位，再贴上消毒胶布。
对青霉、木霉污染严重的菌袋，添加适量新料后重新灭菌接种；污染链孢霉的菌袋，及时深埋。此外，要防鼠灭鼠，避免老鼠间接污染，对污染废弃的菌袋要集中处理，千万不能到处乱扔，以免造成重复感染。
（11）袋料栽培中危害香菇的害虫主要为螨类和线虫。菌筒室内培养期间主要是螨的危害，后期主要为线虫。培养室或栽培场发生害虫危害可喷高效低毒农药，1∶1200～1500倍的特杀螨，1∶50倍的杀虫乳剂和1∶500倍的马拉松乳剂防治线虫可收到良好效果。
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