，形成所谓方氏独创的"中五说"和"公因反因说"。
顺治十二年（公元一六五五年）方孔炤在桐城去世，方以智破关奔丧，按照儒家礼节，"衰绖成服，受吊如仪"，而且结庐墓侧，称为栾庐。说明他虽穿上和尚的大布衲，在思想上还是一个"儒者"。
这时方以智编定了方孔炤的《周易时论》十五卷，方以智同时自著《周易图象几表》八卷。两书合称《周易时论合编》共二十三卷，著录于《四库提要?易类存目二》。《周易时论》一书对方以智思想体系的形成起了主要作用。
方以智北归后，生活比较安定。从顺治十年至十七年（公元1653年到1660年），写成《药地炮庄》。
从一六六四年，方以智五十四岁起，由于吉安人士和庐陵县令于藻的邀请，成为吉安青原山净居寺主持，一直到康熙十年（公元一六七一年）因粤难去世，在青原山度过了最后的七年。这时期曾著《禅乐府》，并有《愚者智语录》，而主要的成就是继续啸峰大然编成《青原志略》。这儿应指出，在江西西部，赣江东岸的这个青原山，除了是佛教胜地相传是所谓七祖道场（七祖指唐开元时的弘济禅师）外，又是明代王学江右学派理学家讲学的中心。山中有"五贤祠"，所祀就是王守仁、邹守益（东廓）、聂豹、欧阳德、罗洪先（念庵）等五人。
这一时期，除了潜心著作以外，与各方面往还也很密切。魏禧对方以智晚年交游太广，社会关系较复杂，提出了婉转的讽喻。在方以智遭难去世前四年，康熙六年（公元一六六七年）魏僖在《与木大师（方以智借名墨历，又名木立）书》中所提出的一些问题，比较真实地反映出方当时的活动，是探索方以智晚年思想行动的史料，摘引如下：
"迩者道誉日盛，内怀忧谗畏讥之心，外遭士大夫（指官吏），群衲（指僧众）之推举，于是接纳不得不广，干谒不得不与，辞受不得不宽。形迹所居，志气渐移。"
与魏禧所记稍有出入，可以互相参证的是王夫之的记录：
"乃披缁以后，密翁虽住青原，而所延接者皆清孤不屈之士。且复兴书院，修邹、聂诸先生之遗绪。门无兜鍪之客。其谈说借庄、释，而欲檠之以正，又不屑遣徒众四出觅财。"（《船山遗书?搔首问》）
肖伯升在《研邻偶存》中记载他待人接物的态度是"行处则乎实，待人则春风"。
尽管学佛在深山古寺，但仍是与各方面诗文往还。虽然交游广泛，但"门无兜鍪之客，......又不遣徒众四处觅财"。这些说明他一如既往，不结交权贵，而忠实于自己的学术与理想。一方面无可奈何，静耽禅说，一方面广通声气，壮志犹存，这就是他晚年生活的矛盾。
他一生的著作有：
早期：从明末到甲申以后在两广避难时期（约公元1640年-1650年）：
《物理小识》、《通雅》、《浮山文集》（前编，全本藏北京图书馆）、《博依集》（此书北京图书馆有残本，北京大学有全本）、《膝寓信笔》（此书多通行本）。
中期：避地两广后以至北归桐城、南京等地时期（公元1644年-1652年）：《东西均》（此书现有中华书局一九六二年新印校点本）、《岭外稿》（在编排上属于《浮山文前编》的后半部，现均藏北京图书馆）、《浮山文后编》。
晚期：从两广北归后到康熙十年在江西逝世止（公元1652年-1671年）：《易余》（全书共约十二万字。现存当时抄本）、《药地炮庄》（有康熙萧刻本及民国二十一年（公元1932年）成都美学林排印本。美学林本删去了大量序言和前记）、《易图》（又名《寂历图》）、《鼎薪》（到现在为止，我们尚未得到此书存在的消息）、《青原志略》、《愚者智禅师语录》（有《嘉兴藏》本，分四卷，约三万字）；《一贯问答》、《冬灰录》、《五位纲宗》、《性故》（即《古今性说合编》）均有抄本；《禅乐府》（有一九三五年其后人方鸿寿铅印本）、《诸子燔痏》（方以智论诸子的著作，尚未发现）
此外尚有有关医药，音韵，及论诗词的著作，有存有佚，不再列举，待编辑其著作时，再作考证。
尚有《向言》，刻入《方氏七代遗书》中，《两粤新书》收入《海甸野史》中，都不是方氏的著作。应当注意。容肇祖先生发现钱谦益《初学记》卷二十三《响言》二卷与《七件遗书》本《向言》全同，经考证，确定系钱谦益所著。至于《两粤行书》非方氏之作，朱希祖在该书跋中有详细论断。
方以智逝世以来，他的著作在社会上流通而为人们熟悉的是《通雅》、《物理小识》和《药地炮庄》三书，《通雅》、《物理小识》不乏被人引用，如袁枚的笔记，陆耀的《切问斋文集》中都有零星引证，周中孚的《郑堂读书记》有对《通雅》的著录和评论。乾隆时日本三浦晋所著《赘语》中，多次引用《物理小识》。
《药地炮庄》尽管流传下来，但由于非常难懂，钱澄之曾说方以智"其所著书，好作禅语，而会通以庄、易之旨，学者骤读之多不可解"（见《通雅》序）．目前所知，清代尚未有人加以研究和论列。
方的其他著作，重要的如《易余》，《东西均》，《青原志略》等，有的迄未刊印，有的孤本流传。感谢三百年来的收藏保存者，方以智著作大部分尚有完整的刊本或稿本遗留，将是进一步研究方以智的有用资料。
○方中通
方中通，字位伯，安徽桐城人。故明翰林方以智子。
初，以智著《通雅》五十二卷，于训诂名物皆有征实。君少传父业稽古，有机思，喜量圭黍察仪漏；以古九章法仅存条目，鲜能寻绎其义；乃据御制《数理精蕴》推阐之，复列数原律衍几何约珠算笔算筹算尺算诸法，辑诸家说，制取其长，制为一书，名《数度衍》，凡二十四卷，附录一卷。谓："九章皆出于勾股。环矩以为圆，合矩以为方。方数为典，以方出圆，勾股之所生也。少广，方圆所出也。方田商功，皆少广所出。一方一圆，其间不齐。始出差分而均输对差分之数盈朒借差求均。又差分均输所出，而以方程齐其穷。度量衡原出黄钟粟布出焉。黄钟出于方圆者也。"又谓："古法用竹径一寸长六分二百七十一而成六觚为一握，后世有珠算，而古法亡矣。泰西之笔算筹算，皆出九九尺算，即比例规，出三角。乘莫善于筹，除莫善于笔，加减莫善于珠，比例莫善于尺。"时广昌揭暄亦明算术，与君论难日轮大小得光肥影瘦之故，及古今岁差之不同，须测算消长以齐之，别录为一书，曰《揭方问答》。他著有《物理小识》十二卷，及《浮山文集》。
○冯登府
冯登府（？～？1840），字柳东，浙江嘉兴人。
嘉庆戊寅举顺天乡试，庚辰成进士，选庶吉士。改官江西将乐县知县。不两月，以亲病解绶去。服阕，教授宁波，大吏重其才，拟荐之，力辞。
幼即能作韵文，中年治经，深得汉儒家法。兼通金石文字。阮元、徐士芬、李泰交皆订至契。著《石经补考》十二卷，于汉魏蜀石经以备古今文之异同，于唐石经并正亭林某字误写之非。《三家诗异文疏证》六卷，《补遗》三卷，《论语异文疏证》十卷，搜讨详备，辨证亦极精当。又集古彝器暨砖瓦遗文拓本为《金屑录》四卷、《石金录》四卷。仿元潘氏、明王氏为《金石综例》四卷。聚所见浙省古砖，加以考辨，为《浙江砖录》四卷。其余尚有《唐宋词科题名》一卷，《酌史岩摭谭》十卷，《玉台书史补》六卷，《梵雅》一卷。
性好游，工诗。归田后，家贫弗能具山资。以东诸侯之招，重客三山，佐修通志。更撰《福建盐法志》三十卷、《闽中金石志》十四卷，名震海峤。诗宗金风亭长，有异世神交之雅。坐咏勺园，寒缸暑簟，或吟辔所至，兼善倚声。诗文为《石经阁文集》八卷，《拜竹龛待存》十卷，续集二卷，《种芸仙馆词》四卷，《钓船笛话》一卷。而所编者犹有《曝书亭外集》八卷，《冯氏清芬集》八卷，《邝砚倡酬集》一卷，《梅里词辑》六卷。
○冯桂芬
冯桂芬（1809-1874）字林一，号景庭，江苏吴县人。
弱冠补县学生。道光壬辰举于乡。庚子，中一甲二名进士，授编修。文宗御极，大臣疏举人才，以之与林文忠同荐。旋丁忧归。比服阕，而太平军已陷金陵。承诏劝捐输练乡团，事办，叙克夏诸城劳，晋五品衔，特旨擢中允。有间之者，因告归，不复出。向、张师溃，太平军攻吴郡，群议赴皖乞曾公援军，虑不遽应，推先生具草。乃为陈危急情状，并时局利钝，及用兵先后所宜，语甚详挚。曾许之，令李鸿章率水陆诸营东下，遂成平吴之功。吴平，李公开府苏省，数就先生谘访郡县利病。如苏、松减漕额，长、元、吴三县减佃租，数百年积重难返之弊，一旦顿除。先后主讲惜阴、敬业、紫阳、正谊各书院，为诸生讲论学术，成材甚众。卒年六十六。
先生于书无所不读，师事李申耆、李尚之两先生，说经宗汉儒，亦不废宋。精研小学，兼嗜畴人家言。著有《说文段往考正》，《校邠庐逸笺三种》，《弧矢算术细草图解》，《西算新法直解》，《校正李氏恒星图》，《测定咸丰纪元恒星表》，《丈田绘图章程》，《使粤行记》。与修《两淮盐法志》、《苏州府志》。尤务为经世有用之学，凡水利农田盐漕兵刑诸大政，莫不了然于胸中。作《抗议》四十篇，均关系于民生国命，亭林所谓"若果见之行事，不难跻斯世于治古之隆"者，仲长统《昌言》、荀悦《申鉴》，未足比也。《显志堂稿》十二卷，并长于治事，不为浮词云。
○凤韶
凤韶，字德隆，江苏江阴人。
岁贡生。所居滨江，邨巷僻陋，聚生徒谋糈以为食。与惠、戴诸先生隔绝，不能遍见其所著书；顾能深思独造，治经精密。著述盈笥，皆随笔条记，羼杂无次序。其门人始辑其说之涉四书者刊之，曰《四书补考》。又松江吴氏刊于《艺海珠尘》中者，曰《读书琐记》，更仅寥寥数条，均非其全。卒年七十余。后九年，武进李兆洛，总辑遗稿为《凤氏经说》三卷，于是君之学乃表曝于世。
○傅山
傅山字青主（明万历三十五年，公元16O7 年-清康熙二十三年，公元1684年）山西省阳曲县人（今太原市），明诸生，少聪颖，读书过目成诵，性任侠，见天下且丧乱，诸号为荐绅先生者，多腐恶不足道，愤之，乃坚苦持节，不肯少与时相周旋。时山西提学袁继贤为巡按张孙振所诬，孙故奄党也，先生乃伏阙陈情，袁竟得雪，先生以是名闻天下。明亡，变服黄冠居土室。天下大定后，始以黄冠出与客接，间有问学者，则曰本学庄列，于仁义事实羞道之，即强言之亦不工，形同遁世，但志在济世，不屑为空言。明清之际，深怀民族意识，不甘臣服于清，改其行，或作万里游，或雌伏不出者，南有序林，北有青主，是以自叹曰，"弯强跃马之骨而以占毕朽之．是则埋吾骨千年而碧不可灭者矣"。
明中叶后本为王学的天下，泰州学派兴，末流遂入于狂禅，于是蔑仁义弃礼乐，形成反对传统儒家思想之异军，青主的思想行为亦与之合流，而行纵放诞，颇类于魏晋风流，他的《上谷元旦》诗曰：
"秉烛起长叹，吁嗟行路难，资粮惟曲蘖，礼乐看蹒跚。景物家家别，风光岁岁阑。此生须荷锸，倒地即为棺。"（《霜红龛集》卷五《五律》）
志在前明，不得已而消极放诞，衷心则倾倒于"夥涉"为王，推倒强秦者，看他歌颂："夥涉真高兴，留侯太有情，篇章想不死，蜩蟪定长生。剑术一人敌，杯中万虑冥。悠然篱菊老，可不咏荆卿。"（《霜集》卷五《五律》）陈涉、张良、项羽皆反抗强秦的英雄，但剑术一人敌耳，无济于世，于是诗酒风流，老于篱菊，但仍咏荆卿，志在亡秦！青主一生在矛盾中，形为黄冠而志在红尘，不得已资粮曲蘖，倒地为棺，但心雄万夫，入世而作出世装，此其所以有"桃原直处忘情士，处士多情奈若何"（《霜集?杂著》卷十八）之歌，处士而多情，悲夫！
青主实主王学，而近于泰州，虽末流入狂禅，但蔑弃礼法，随寓而安，弃德从道，他曾经解"礼"，"......夫世儒之所谓礼者治世之衣冠，而乱世之疮也，不知劀其根而以膏药涂之，又厚涂之曰，治疮之礼也"。（《霜集?杂文》卷十四《礼解》）以礼为乱世之疮疤，治世之衣冠，是在治世礼不过门面，在乱世，礼实在是疮疤，以疮疤为礼，见于禅宗和尚语录矣。因之形成随遇而安的人生观
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