训练他的意想，……用经验来指示他的直觉。
这就是科学的方法，也就是科学的精神。这就是赫胥黎说的人类的常识的推理方法，也可以说是“受约束的常识的推理方法”。破除成见是约束，平心静气是约束；拿论理（论理本身是常识）来训练想像力，用经验来指导直觉，也都是约束。科学的方法不过如此。
所以在君说：
科学方法和近三百年经学大师治学的方法是一样的。
他又说：
……梁任公讲历史研究法，胡适之讲《红楼梦》，也是科学。
这都是在君用浅近的话，用平常经验而不用科学术语来说明科学方法，所以我说是“非正式的”（Informal）说法。
这些话都是在君和我们几个老朋友在那个时期（民国八年到十二年）常常说的。我在《清代学者的治学方法》一篇长文里，曾详细列举顾炎武、钱大昕、戴震、王念孙诸公治古音学、训诂学、校勘学的许多实例，来说明这些经学大师的治学方法都有科学的精神，都合于科学的方法。我在我的《红楼梦考证》的结尾，也曾指出我的考证方法是：“处处想撇开先入的成见，处处存一个搜求证据的目的，处处尊重证据，让证据做向导，引我到相当的结论上去。”在君和我都是最爱读赫胥黎讲科学方法的论文。赫胥黎在1880年曾有一篇讲古生物学方法的通俗论文，题目叫做“沙狄的方法”（On the Method ofZadig）。沙狄是伏尔泰（Voltaire）小说里一个古代巴比仑的学者，他能从沙上石上的痕迹和路傍树枝树叶的情形，推断一匹曾经跑过的马身高五尺，尾长三尺半，嘴衔勒上带有二十三“开”金子的饰品。赫胥黎说，一切所谓“历史的科学”——历史学、考古学、地质学、古生物学，以及那上推千万年下推千万年的天文学——用的方法都只是“沙狄的方法”。翻成中国话，这就是“考据”的方法。丁在君是终身做地质学和古生物学工作的人，所以他完全能够了解“近三百年经学大师治学的方法”就是科学的方法，也能够了解“胡适之讲《红楼梦》也是科学”。
但这一“枝叶”引起了许多从来不曾做科学工作又不曾做过严格的考据的人们的抗议，于是“官司又打到别处去了”。直到十多年之后，张东荪先生还发表了一篇《考据方法是科学方法吗？》（民国二十三年二月十二日天津《益世报》附刊《社会思想》第六十六期），还一板正经的摆出“三段论式”来证明胡适之的《红楼梦考证》不是科学。
在君又曾“正式的”说明科学方法是什么。他说：
我们所谓科学方法，不外将世界上的事实分起类来，求他们的秩序，等到分类秩序弄明白了，我们再想出一句最简单明白的话来概括这许多事实，这〔概括的话〕叫做科学的公例。
他还有同样的说法：
科学的方法是辨别事实的真伪，把真事实取出来详细的分类，然后求他们的秩序关系，想一种最简单明了的话来概括他们。
这两条界说都用了科学的术语，故可以说是正式的给科学方法下定义。他的态度是很谦虚的，他的立场是依据最近几十年中科学理论的立场，把所谓“科学公例”只看作“用一种最简单明了的话来概括某些事实的秩序关系”，并不看作什么“绝对的真理”或“绝对的定律”。而且在这个定义里，科学公例所概括的，只不过是某些事实的“秩序关系”，并不说是一定不变的因果关系。
在君的说法实在太新了，太谦虚了，太不武断了，所以许多人感觉失望，许多人不认得在君说的是“科学”！他们说，“这就是科学吗？科学怎么只是‘分类与秩序’呢？怎么没有那‘牢固不拔’、‘一成不变’的公例呢？”
于是张君劢先生就抬出翁特（Wundt）来，分科学为“确实科学”与“精神科学”两大类，而君劢自己则坚持“物质科学”与“精神科学”的分别，他说，“精神科学，依严格之科学定义，已不能认为科学，则即此标准（即‘确实’与否）已足以证之。”于是他费了一万多字来证明生物学、心理学等都够不上“确实科学”。他说：
以我所确认者，凡关于物质者必有公例可求，有公例则自可以成为科
学。……而生物学之为科学之价值，其视物理学如何，又可见矣。……心理学岂特不能比确实科学？亦视生物学又下一等矣。
于是在君也就不得不向这些先生们说明：
君劢对于科学的最大误解是以为严正的科学（所谓“确实科学”）是“牢固不拔”的，公例是“一成不变”的。……其实近代讲科学的人，从牛顿起，从没有这种不科学的观念。牛顿说，发现科学的公例，有四个原则：
一、如果一个因足以说明观察的果，不必再添设其他的因。
二、凡相似的果，应该归到相似的因。
三、凡可以观察的物质所有的性质，不妨类推于一切的〔没有观察到的〕物质。
四、凡根据于许多事实得到的科学观念，应该假定他是真的，等到发现新事实不能适用的时候，再修正他。
牛顿这种精神，真是科学的精神。……科学上所谓公例，是说明我们现在所观察的事实的方法，若是不适用于新发现的事实，随时可以变更。马哈同皮耳生都不承认科学的公例有必然性，就是这个意思。……
君劢再三的拿物理学来比生物学同心理学，想证明物理学已经成了科学，不是生物学心理学所能希望的——好像科学是同神仙一样，有“上八洞”和“下八洞”的分别。研究物理学的人决不敢如此武断。因为物理学上的公例时常在那里变迁。……“力”同“原子”都是理化学上根本的概念，尚且有如此变动。试问君劢所谓一成不变的公例，物理学上找得出，找不出？（《答张君劢》）
张君劢之外，还有好几位讨论在君的科学方法定义。如张东荪先生就在在君已发表了《答张君劢》的长文之后，还提出这样的质问：
我以为“分类以求其秩序”只是科学的一方面。若谓以此足以包括无余，实使我不信。……丁先生……对于科学〔的定义〕亦不能使我们满意，便不能不有些失望了。……
据我所见，科学乃是对于杂乱无章的经验以求其中的“不变的关系”，这个即名为法式或法则（即许是暂定的）。……至于得了这个“不变的关系”的定式，使用一个简单明白的符号以表示之，但这却不是“概括这些许多事实”。
于是官司又这样打到别处去了。
在君的《玄学与科学》是民国十二年四月十五日、二十二日发表的。他的《玄学与科学——答张君劢》是五月二十七日、六月三日发表的。在六月十日，他还发表了《玄学与科学的讨论的余兴》，此文分两部分，一是“答林宰平”，一是“参考的书目”。在“答林宰平”的短文里，他曾给“玄学”下这样一个定义：
广义的玄学是从不可证明的假设上推论出来的规律。
宰平是学佛法的人，所以在君说：
学佛的人同学科学的人对于玄学的态度，当然是不能相同的。这种绝对不能相容的讨论，大半是辞费。……
他岂不知道他和君劢的讨论也是“绝对不能相容的讨论”，也是“辞费”？但他开头早已说过，他的目的不是要救张君劢，是“要提醒没有给玄学鬼附上身的青年学生”。他后来也有点厌倦了，对于许多人的讨论（有些人，如唐钱先生，是出力支持他的），他都不答辩了。他的“余兴”里，引了哥仑比亚大学史学教授鲁滨孙（J.H.Robinson）的话作个解嘲的结束：
许多人崇拜玄学，说他是我们求最高真理的最高尚的努力。许多人鄙夷玄学，说他是我们最愚蠢的盲动。在我看起来，玄学同烟草一样，是对于他性情相近的人的一种最快心的嗜好。当他一种嗜好看，是比较的无害的。
在君最嗜好雪茄烟，他引这几句话时，定不免捻髭微笑，他觉悟了，不再“辞费”了。
我写在君的传记，不能不重读当年他的一篇文章引起来的几十万字的论战文章。（这些文字有两种汇辑本。亚东图书馆的辑本题作《科学与人生观》，有陈独秀序，胡适序，胡序附注《答陈独秀论唯物的历史观是完全真理》，独秀又有《答适之》——我们在序文里又打起仗来了！另一辑是泰东书局的《人生观之论战》，有张君劢序，序里多驳胡适序中所提出的一个“自然主义的人生观”，又是序文里打起仗来了！）现在我已把在君原文的两个主题叙述过了，我觉得还有两个论点，虽然像是枝叶，其实与主题有关，并且有传记上的趣味，所以值得补叙在这里。这两点是：一点是在君对于所谓“中国精神文明”的态度，一点是他对于宗教的态度。
先说他在《玄学与科学》里讨论君劢所谓“中国的精神文明”的话：
张君劢说：“自孔孟以至宋元明之理学家侧重内心生活之修养，其结果为精神文明。”我们试拿历史来看看这种精神文明的结果。
提倡内功的理学家，宋朝不止一个，最明显的是陆象山一派。……我们看南渡时士大夫的没有能力，没有常识，已经令人骇怪。其结果叫我们受蒙古人统治了一百年，江南的人被他们屠割了数百万，汉族的文化几乎绝了种。
……到了明末，陆王学派风行天下，他们比南宋的人更要退化：读书是玩物丧志，治事是有伤风雅。所以顾亭林说他们“聚宾客门人之学者数十百人……与之言心言性，舍‘多学而识’以求‘一贯’之方，置四海困穷不言，而终日讲危微精一之说”。士大夫不知古又不知今，……有起事来，如痴子一般，毫无办法。陕西的两个流贼居然做了满洲人的前驱。单是张献忠在四川杀死的人，比这一次欧战死的人已经多了一倍以上，不要说起满洲人在南几省作的孽了。
我们平心想想，这种精神文明有什么价值？配不配拿来做招牌攻击科学？……
懒惰的人，不细心研究历史的实际，不肯睁眼看所谓“精神文明”究竟在什么地方，不肯想想世上可有单靠内心修养造成的“精神文明”！他们不肯承认所谓“经济史观”，也还罢了，难道他们也忘记了那“衣食足而后知礼节，仓廪实而后知荣辱”的老话吗？
言心言性的玄学，“内心生活之修养”，所以能这样哄动一般人，都因为这种玄谈最合懒人的心理，一切都靠内心，可以否认事实，可以否认论理与分析。顾亭林说的好，“……以其袭而取之易也。”
这是君劢原文的一个主题，所以在君也很严重的批评他。君劢一面攻击科学造成物质文明，结果是空前的大战，一面又歌颂理学侧重内心生活之修养，结果是精神文明，这是一贯的。在君承认近三百年的汉学家治学的方法是科学方法，又斥责宋明提倡内心生活的理学，他绝对否认专靠内心修养可以造成精神文明，这也是一贯的。
但在君的激昂议论终是白费了的。张君劢的答辩竟是痛哭陈词了：
在君知之乎？当此人欲横流之际，……又岂碎义逃难之汉学家所得而矫正之乎？诚欲求发聋振聩之药，惟在新宋学之复活。……
今之当局者，不知礼节，不知荣辱，……国事鼎沸，纲纪凌夷之日，则治乱之真理，应将管子之言而颠倒之，曰：
知礼节而后衣食足，
知荣辱而后仓廪实。
吾之所以欲提倡宋学者，其微意在此。
玄学鬼这样痛哭陈词，科学家只好不再答辩了。
最后，我要指出在君在《答张君劢》一篇文字里曾表示他自己对于宗教的见解，并且很明白的叙述他自己的宗教信念。这都可以说是他的人生观的一个重要部分，所以值得记载在他的传记里。
他说：
我岂但不反对美术，并且不反对宗教，不过我不承认神学是宗教。十二年前，我作《动物学教科书》，说蚁类优胜的理由：“所谓优胜者，就蚁之种系言则然耳。……合至愚之蚁为群，而蚁之种乃优胜，何哉？曰，牺牲个体之利益以图一群之利益也，牺牲一群一时之利益以图一种万世之利益也，言群学者可以鉴矣。”（页一一八至一一九）论天演的末节，我又说：“综观动物生活之景象以及天演流行之方法，而知所谓优胜劣败者，不关于个体而关于全种，不关于一时而关于万世。然个体一时之利害往往与全种万世之利害相冲突，故天演之结果，凡各动物皆有为全种万世而牺牲个体一时之天性，盖不如是不足以生存也。人为万物之灵，……当上古智识初开之时，有有宗教心者，有无宗教心者，有者为优，无者为劣，故无者灭而有者存。迭世聚积而成今日宗教之大观。然则宗教者，亦天演之产物也，所谓神道设教者非也。”所以我的宗教的定义是为全种万世而牺牲个
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