在君在大连休息的时期，大概就是他整理《徐霞客游记》，完成“徐霞客年谱”，并制成“游记地图”的时期。这部最新的《徐霞客游记》，附年谱，附地图，是民国十七年（1928）商务印书馆出版的。宋应星的《天工开物》是前一年已由陶湘先生印行了。
《徐霞客游记》出版的时候，在君本人又在西南作矿产地质的调查了。翁咏霓、黄汲清两先生都曾略记在君广西之行，汲清记的稍详细，他说：
在君先生于民国十七年赴广西考查，所到各处均曾作地质研究。而于广西中部及北部，如南丹、河池、马平、迁江诸县，调查尤为详细。利用军用地形图，填绘地质，同时采集标本化石甚多。其工作性质，除查考南丹、河池锡矿及迁江一带煤田外，特注重地层系统及地质构造。而于马平石灰岩研究尤详。马平石灰岩之驰名，全赖先生之力。（《独立》第一八八期）
五年之后，在君和葛利普先生在第十六届国际地质学会提出论文，题为“中国之二叠纪及其在二叠纪地层分类上的意义”（The Permian ofChina and its Bearing on Permian Classification）。在君在此文中“讨论中国各部二叠纪地层之彼此关系，及其分类。结论谓中国南部二叠纪可分三系：下部二叠纪为马平系，中部为阳新系及乐平系，上部为夜郎系。”（此是用黄汲清先生的提要。）汲清所谓“马平石灰岩之驰名”即是指这种论文。
十七年十月五日，在君从广西写长信给我，信中有一段说：
广西的情形，一言难尽。……他们第一有建设的决心和诚意，第二有建设的能力。所可惜的缺乏真正技术人才给他们帮忙。我到南宁的时候，本无意工作。因为他们的诚意所感动，才“再为冯妇”。现在我仍旧敬信他们，但是广西天产太不丰富了，大发展至难。这不是广西政府的过失。
又有一段说：
……我九月以来，又做了很多的工作，东到富川、贺县，西北到贵州边界的南丹。本来我还想勾留几时，解决一个煤矿的价值。因为两个月前被广西建设厅的一位职员骑的马踢伤左腿，到了桂林似乎完全好了，而近来跑路太多，忽然又肿了起来，行动不方便，故决意不日东归。大约我三四日后由柳州动身，〔十月〕十一二可到梧州——坐民船沿途稍可研究——十五、十六可到香港。再去广州三两天，就预备回到上海。
这信说的很明白，他到广西，本没有做地质调查工作的计划，只因为被广西的几个领袖的诚意感动，才决定旅行全省，做矿产地质的调查工作。他后来因为左腿受伤，行动不方便，才决定回来。他临行时，采集的标本化石几十箱，到梧州上汽船时，梧州的关吏不肯放行。幸亏凌鸿勋先生那时在梧州，正赶到船上送他行，那时离开船只有半小时了，凌先生“为驰赴梧关解释放行。嗣与先生晤及，辄道其当日遑遽之情状！”（《独立》一八八号，页三八）
凌先生又说：
在君先生之赴西南也，铁道部曾托以踏勘川黔出海之路。先生主张由重庆经黔桂以出广州湾，曾著有《川广铁道路线初勘报告》（民国二十年十一月《地质专报》乙种第四号），言其山川里程与国防经济之旨甚详。自后余远处关中，从事于陇海铁路之西展，偶与先生晤及，辄纵谈铁路建设之事，以筑路成本甚重，而国家经济枯竭，必须以最小之资本，先筑经济能力最大之路。先生固地质专家，而因足迹所经，于山川形势，民生情状，了如指掌，自无怪其于铁路经营深感兴趣也。（同上）
在君给我的信里，还谈起他北归后的工作问题，他说：
我这个人完全是一个impulsive的人。兴致勃起则可以一切不顾。兴致过去，又觉得索然无味。学问事业都不容易大有成就，皆是这个原故。所以我的前途，我现在也说不定，且看北归以后兴致何在。如可以安安稳稳住在北京，而且地质调查所这个机关依然存在，可以利用，我或者可以专心研究几年。否则没有法子的了。你要知道，我的研究，非有相当的设备，和相当的技术人员帮忙，是不能做的。要是离开了图书馆和试验室，再没有葛利普同他的学生来帮我鉴定化石，绘图员给我绘图，我绝对无法子可以着手。上海的地质研究所，同两广地质调查所都太幼稚，没法子可以利用的。
十一月初，他果然回到了上海，不久他回到北平去，继续他的地质学研究工作。他这个时期很注意中国的“造山运动”的问题。中国地质学会举他做会长，他的“会长论文”就是《中国造山运动》（英文原题是Orogenic Movements in China，载在《中国地质学会会志》第八卷）。黄汲清先生说：“此文搜集中国各地所得有关造山运动之事实，而作不偏之讨论。”
民国十八年（1929）一月十九日，我回到北平——这是我民国十五年出国远游以后第一次回到北平。我在任叔永家住了三星期，在在君家住了两星期。我那时在上海住家，这一次北去是因为北平协和医学校改组董事会，举了我做董事，我是赴会去的。最主要的一个私人动机，当然是想看看许多位多年没看见的老朋友。当时我听说梁任公先生病重，我很想能见他一面。不料
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