计算化学：从理论化学到分子模拟

序

前言

符号说明

绪言

参考文献

基本原理篇

　第1章 体系的经典力学描述

　 1.1 基本概念

　 1.2 经典力学

　　　1.2.1 最小作用量原理和Lagrange方程

　　　1.2.2 Hamilton E则方程

　　　1.2.3 最小作用量原理与：Hamilton正则方程

　　　1.2.4 Hamilton—Jacobi方程

参考文献

　第2章 势能面

　 2.1 Hohenberg-Kohn第一定理

　 2.2 分子结构文件表达方法

　　　2.2.1 直角坐标表达法

　　　2.2.2 内坐标法

　 2.3 势能面及其特征

　 2.4 力场方法

　　　2.4.1 力场方法的势能表达形式

　　　2.4.2 力场方法的本质和改进

　 2.5 能量极小化

　　　2.5.1 单纯形法

　　　2.5.2 最速下降法

　　　2.5.3 共轭梯度法

　　　2.5.4 Newton-Raphson法

　2.6 寻找过渡态

　　　2.6.1 过渡态附近的势能面特征

　　　2.6.2 势能梯度的模方

参考文献

　第3章 分子动力学方法

　 3.1　初等分子动力学原理

　　　3.1.1　Verlet法

　　　3.1.2　蛙跳法

　　　3.1.3　速度Verlet法

　　　3.1.4　位置Verlet法

　　　3.1.5　Beeman法

　　　3.1.6　Gear法.

　3.2　随机动力学模拟

　　　3 2.1 Langovin方程及其形式解

　　　3.2.2　随机动力学中的蛙跳法

　3.3　限制性和约束性分子动力学模拟

　　　3.3.1　限制性分子动力学模拟.

　　　3.3.2　约束性分子动力学模拟——SHAKE法

　3.4　恒压体系的模拟

　　　3.4.1　标度变换恒压法

　　　3.4.2 (NpH)系综的恒压扩展法(Andersen法）

　　　3.4.3 晶胞可变的(NpH)系综的模拟——Parrinello-Rahman法

　3.5　恒温体系的模拟

　　　3.5.1 Woodcock变标度恒温法

　　　3.5.2 Berendsen变标度恒温法.

　　　3.5.3 Andersen热浴法

　　　3.5.4　恒温扩展法——Nose动力学

　　　3.5.5　Hoover动力学

　3.6　经典力学及其算符方法

　　　3.6.1　概率密度分布函数、Liouville方程

　　　3.6.2　经典Liouville算符、力学量的时间演化

　　　3.6.3　经典演化算符、时间反演对称性

　　　3.6.4　Trotter定理和经典演化算符的因子化

　 3.7　多重时间尺度积分的分子动力学模拟

　 3.8　Hamilton体系的辛算法

　　　3.8.1　Hamilton力学的辛结构.

　　　3.8.2　正则变换的辛结构.

　　　3.8.3　线性Hamilton体系

　　　3.8.4 线性Hamilton体系的基于Pade逼近的辛格式

　　　3.8.5　非线性Hamilton体系的Euler中点辛格式

　　　3.8.6　辛算法实例

　3.9　Poincae回归定理与分子动力学模拟

　　　3.9.1　Poincare回归定理

　　……

　第4章 Monte Carlo模拟

　第5章 相关函数

　第6章 近平衡态的量子统计理论

应用篇

　第7章 热化学

　第8章 输运性质

　第9章 分子光谱的模拟

　第10章 固体材料

　第11章 统计数学在药物、材料设计上的应用

附录

索引