当明-汉之战的决定性阶段正要见分晓的时候，张士诚仍然是明军的死敌，但是在明军主力部队在别处作战之际，他却没有充分利用一再出现的天赐良机。1362年和1363年吴的半心半意的攻势没有给对方造成重大的伤害。不清楚张士诚在什么时候才认识到明军在鄱阳湖的胜利的规模，但从他后来的行动中显然可知，他认为陈友谅的垮台是他和朱元璋摊牌的序幕。现在，和1356年大不相同，张士诚无意要和朱元璋搞好关系。张士诚终止了向元大都输送粮食的漕运，声言他自己需要这些粮食，同时在11月5日他自称吴王，这是直接向朱元璋挑战，所以朱元璋的回答是在新年（1364年2月4日）也自称吴王。
其他二等地方割据者对明军胜利的反应则各不相同。陈友定很积极地与朱元璋作对，并且从福建入侵浙江；明玉珍则从四川来信，建议与朱元璋缔盟。方国珍对于胜利者是礼让三分，给他进贡，但朱元璋接受贡品时却有条件：在明军夺取杭州以后，他应在规定的日子内俯首称臣。
明之并灭汉，1364—1365年
1364到1365年之间，朱元璋主要致力于逐一并灭陈友谅以前在江西和湖广的土地。他之能达到这个目的主要是因为扩廓帖木儿和张士诚这两个最强大的地方割据人物不能有效地联合起来反对他。新土地被并入他的权力基地，使得朱元璋控制的人口约两倍于任何其他对手所控制的人口。仅仅是这种数量上的优势而不是质量上的优势，就是明军以后赢得一系列胜利的主要因素，它终于像滚雪球那样使它最后征服了全中国。
1363年10月23日，在鄱阳湖之战胜利结束的两个星期之后，朱元璋又把他的水军开向上游，这一次是开向武昌。他围困武昌两个月而迄无成效，于是返回南京，把兵权交给常遇春。这是系统地征服汉军从前领土的开端。1364年3月22日张定边投降的前两天他回到了武昌。此后，湖南、湖北余下的州府望风归降。朱元璋这时并未占领它们，他留下杨靖守武昌，自己率余军驶向下游。5月15日，徐达和常遇春重新围攻庐州；左君弼逃往安丰，和扩廓帖木儿合兵一处，但是庐州在左君弼部下的防守下顶到8月15日。庐州和武昌曾经是态度鲜明地抗拒明军的两个中心，拿下了它们就是进行下一阶段用军事实际上占领江西和湖广已经投降或正在动摇的重要城市的开端。
徐达进军湖广。徐达严于治军，他的名声可以说服汉军从前城市的守将们和平地大开城门归顺明军。很显然，只要此时据报明军有一个地方失控，其余城市便会相率反抗。1364年10月末，徐达的军队未遇上事故就进入了江陵、夷陵和长沙。自此以后，汉军的多数将领和土著酋长都开门迎降，毫无抵抗，因此他在1365年4月回到南京的时候能够报告说，湖广已经平定。
常遇春的军队首先开进南昌，他在这里与邓俞的部队和一部分守军会合。常遇春的任务是征服江西的中部和南部。最南端的那些城防守备无一人投降；其他地方的守备已在1361年屈服，但他们在1363年对明军并没有什么帮助。常遇春和邓俞在1364年9月3日攻破了吉安，然后循赣江而上，包围了熊天瑞控制下的赣州。熊天瑞从来没有真正受制于汉军，但他一直在利用他的继续附汉作为他进攻那些在1361年投降明军的城防守将的借口。当明-汉打完主力战的时候，他把他的控制从江西南部扩大到了广东北部。他现在顽强地抗拒明军，赣州直到1365年2月才落入明军之手。使朱元璋大感吃惊的是，常遇春占领赣州时是兵不血刃，秩序良好。
与此同时，江西中部爆发了一次亲汉军的叛乱，朱文正已从南昌派兵去实行镇压。这一事件为明军进行大改组提供了机会。朱元璋命令自1357年就守备常州的、他所信任的汤和带领他自己的某些军队开往江西，帮助镇压叛乱。1365年2月16日当汤和的军队抵达南昌时，朱元璋也突然出现在南昌，马上罢免了他的侄子朱文正的一切军事职务。朱文正被指控强抢和奸污妇女，用龙凤装饰他的内室，并且企图投降张士诚。这些指责有些是生活细故，有些是莫须有的罪名。朱文正很得军心；其他将领代为求情，最后被处以监管流放。朱元璋显然对他的侄儿有所畏忌，这从他精心准备的这次突发行动可以看出，但他真正关心的是什么，却不见于现存的史料。邓俞接手担任南昌守将（江西行省参政）。
朱元璋携徐达和常遇春于4月23日返抵南京，他们计划下一阶段的战役。常遇春在6月中旬攻克了汉水上的安陆和襄阳。由于汉水源出陕西南部，明军现在能够与陕西省内扩廓帖木儿的敌人合作了。扩廓由于企图重新组合察罕帖木儿的一切权力结构而未果，所以他没有能力阻止明军的进一步扩张；这一次明军的扩张就要以张士诚为目标了。
到了1365年夏末，所有从前汉军的土地都已被明军所控制，余下的汉军士兵也已被明军收编。各地城防部队都被忠实可靠的明军所取代，同时也把汉军中投降的士兵作为预备队，以便将来组成远征军。军队做出这样的调整需要改组明的军事制度，每个部队还必须查点士兵名
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