成绩颇为高兴，于是厚赏负责建设的官员。1421年2月，工部郎中蔡信被提升为工部侍郎，对低级官员和所有各类建设劳工也给以适当的提升和奖赏。［57］
1420年10月28日，北京正式被定为帝国的主要都城。从1421年2月起，所有的文献都称北京而不称南京为帝国的京师。在其间的3个月中，中央政府被彻底改组。但是在1421年，一场大火烧毁了紫禁城中三个主要朝觐大殿，永乐帝为了遵守古代的先例，不得不号召对他的统治进行直率的批评。有些御史和翰林学士——有名的有李时勉（1374—1450年）和邹缉（死于1422年）——谴责了经济困难、时弊和迁都北京引起的巨大不便等情况。最为直言不讳的批评者为主事萧仪，他的陈述甚至很刻薄，以致永乐帝把他处死。［58］ 这使所有的批评者为之震惊，于是都缄口不言。当然，永乐帝在此之前早就对这件事下了决心。主要建设工程已经完成，所有机构的重新调整已经作出；一切准备已就绪，此时再也没有任何反对意见能改变他的决定了。
中央政府的改组影响了北京和南京的文武编制。首先，政府的官印要重新铸造。在1421年之前，北京的官署印鉴上有“行在”二字，但当北京被正式定为帝国首都时，这两个前缀字被取消了。南京所有的官署都被发给上有“南京”这两个前缀字的印鉴，以表示它们此时的从属地位。［59］ 这些命名的变化旨在反映政治现实。但是，当永乐帝的继承者在1425年决定把首都迁回南京时，所有新名称都被废除；他恢复了以前的名称。但在1425年后期他去世时，迁回南京的活动停止。事情依然悬而未决。当宣德帝再次确定北京为京师时，它的官署继续使用“行在”二字。直到1441年，“行在”二字才最后从北京所有的政府机构的名称中抹掉。
南京的官署成了它们北京的对应官署的分支机构。例如，设在北京的南京后军都督府分署将档案移交给北京的后军都督府，并将其印鉴送礼部销毁。有关新首都安全的一切活动改由中军都督府负责。就军队而言，统一的指挥结构一分为二：13个卫归南京指挥，13个则归北京。归五军都督府管辖的五个卫同样被平分，在两京各组成五个新卫。
文官的组织也经历了类似的、但更加复杂的改组。处理北京事务的各部被撤销，其人员被重新分配，户部和刑部的北京分署被并入户部和刑部。同样，都察院分院也并入都察院的北京道。另一方面，兵部和工部则北迁，而国子监则干脆去掉了“北京”二字。同时，原归一个部的分署管辖的北直隶各州府，此时则直接受京师各部节制。1425年，明帝重新设置了各部的北京分署和后军都督府分府。于是地方官府与中央各部或都督府打交道时必须通过这些机构的渠道。但是，这个程序证明过于麻烦，所以这些分署在1428年解散，管辖权于是又转归正规的部和都督府。
皇帝已在北京建了一个雄伟的首都，这个首都远比元代的首都豪华，甚至与南京一样壮观。“两京制”的时期——在此期间北京和南京充当了相辅相成的行政中心——在1441年结束，当时北直隶和南直隶的行政划归中央政府统一管辖。从此，作为留都的南京大大地丧失了它的政治重要性；它再也不归皇室控制，它的宫殿和宗庙被废弃。它的主要行政职能保持不变，但是除了洪熙帝统治时一段短暂和未遂的返都期外，它的的各部通常只由有职无权的侍郎任职。
迁都北京之举在军事和经济组织方面产生了意义深远的变化，这些变化与新的行政要求以及边境各地区的防务有关。这一宏伟的都市远离供应它的经济源泉，迁都和维持这一中心所用的人力和物力在明代灭亡和在帝国时代结束之前，一直消耗着政府的收入和人民的财富。
军事和经济的改组
军队的调动和新机构
永乐帝统治时期军事组织在武装力量的结构方面经历了四大变化。第一个变化是取消了护卫。第二个变化是把大部分驻在南京的京卫调到北方，并把某些北方的部队提到亲军的地位，这就使驻北京的京卫成为帝国中最大的一支部队。第三个是在京师设营，士兵们通过营定期从地方部队轮换去边境防线服役或进行征战，并在营中操练和受训。第四个大变化包括在长城沿线组织边防的镇；这个措施是永乐帝对付这条边界以北的游牧入侵者的新战略的组成部分。［60］
永乐帝取消藩王护卫的愿望是很容易理解的；在洪武统治时期建立的分封制下，亲王具有广泛的权力。永乐帝曾经利用这种权力建立了自己的军队；这个经验促使他解散护卫，并让他自己的儿子们离开军镇。在内战期间，他的长子和次子都参加过战役。但是在他登基后，当他在外征战时，他让长子当摄政；次子则因策划反对其兄长而在1417年被捕。［61］ 同时，像建文帝做过的那样，永乐帝也感到非削弱其他亲王——都是他的弟兄——的权力不可；许多亲王被指控有罪而遭到清洗，他们的护卫被解散。
因此，到永乐帝统治结束时，在原来洪武帝建立的30支藩王护卫部队中，只有4支完整地保留下来。［62］ 永乐帝原来为燕王时属于他的3支护卫部队，即
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