是倒退了一大步，是从高拱和张居正所采取的立场的重大的退却。
但是在16世纪晚期，正统的儒家道德价值具有的吸引力比我们可能或乐意了解的要大得多。在注重实行方面，它们弥补了体制上的缺陷。孔子本人曾经详细阐明这样的原则，一个有修养的君子应当为了仁爱随时准备献出生命。孟子曾经要求个人放弃自身利益以服从公共福利。经史中不懈地提出的、农村塾师和更高层次的学官不断重复的对于自我牺牲和坚毅的号召，被这些正统的儒家认为提供了令人畏惧的蓄积起来的精神力量，比任何体制的或正在使用的力量都强。热心公益的精神，当其由承担了领导任务的学者-官员的核心指导时，就会做出惊人的成就。它保证黄河溃决的堤堰将被修复，边境游牧部落的入侵将被击退，无论有无所需的人力和财政资源。在皇帝面前苦谏的官员们的拚死的正直，是明代所特有的，表明了对人生目的的同样理想化了的态度。宋代的新儒家学者已经解释过，所有这种道德上的训导和实践都和他们所认为的天理是一致的。赴义所隐含的吸引力满足了那些东林追随者，他们喜欢这个在失败和挫折的时代不公正地被迫害的高尚的运动。
此外，儒家对亲属关系和家长权威的崇敬已被吸收进法典，把明代的国家和社会紧密地结合在一起。东林支持者对这些原则的紧密依附，带来了这样的希望：统治方式的实践和理论彼此可能更接近一些——这种一致是张居正执政以来所缺少的。地方政府直到这时是作为间接的、防范性的管理机构而发挥作用。农村精英在引导未受教育的群众在社会习俗的范围内谋生方面，其有效性对于这种最低限度的管理的成功是必不可少的。在这样一种体制下，技术的效力是不相干的；法律和命令必须置根于男人的无上权威、对长者的尊敬，以及对社会差别的严格遵守。整个行政机构都建立在这些前提上。当中央政府将其重点转移到征税和刑事诉讼时，它造成了一种不能再被简单地叫做儒家和法家之间的学术争论的局面；倒不如说是，上层建筑以一种下部基础不能跟上的方式重新认定它的活动方向。农村村社从来不能提供所需人员和专门技术的支持来实现像张居正当政时所宣布的那种改革。
张试图严格管理帝国的徒劳无益，东林领袖们甚至在他们把注意力转向道德和精神问题之前已经预见到。1581年，当仍在张的管理之下时，户部尚书张学颜曾上呈皇帝《万历会计录》，这是到那为止关于帝国资源的最全面的会计概要，编辑这部概要占用了14个工作人员，费时两年多。可是它表明，承认了很多有所改变的财务单位和特殊的会计手续，暴露出可悲的现实，即整个帝国普遍存在的差异决不可能全部并入一种统一的管理制度。这一著作的编辑者中有顾宪成、赵南星和李三才，他们当时都是户部资历不深的成员，但后来都是著名的东林党人。在他们生涯的这样一个早期阶段曾被给予这样一个少有的观察高层管理的机会，这就很难理解为什么他们在后来的年代里行事如此不同。看来他们似乎已经确信，通过抽象的道德劝勉比依靠所有层次上的查账，更能符合帝国的利益。［1］
从1953年京察到东林书院的建立
研究这段时期的学者面临难以克服的困难，因为这个范围的原始资料都偏向东林集团。道德问题在很大程度上扭曲了同时代作者的观察力，以致他们的记述变成了为各自的目的而利用事实和争端的评论、辩解和攻击。在这些记述中能够发现某些错误和矛盾。例如，《实录》无疑认定万历皇帝大约在1587年之前曾试图实施他的个人统治；朝廷那时做出的重大决定都出自他自己，包括贬谪未来的东林创始人顾宪成在内。但是《明史》却明确地谴责申时行干了这件事。据说这位大学士让他个人的好恶支配朝廷的选择。
把个人道德等同于行政才能的习惯，由于过分强调官吏的品性而流行开来。赞成这种看法的较早的历史学家们，倾向于把那些比关心道德的纯洁性更关心政府正常发挥作用的人评述为品格低下，乃至邪恶和无耻。大学士王锡爵当他断言后来成为东林集团一个最受尊崇的领导人邹元标是“朴愿书生，无他奇略”时，无疑损害了他在道德方面的名声。［2］ 同样，给事中刘道隆（1586年前后）不能洗清他那谄媚者的形象，因为他讥讽地评论说，靠反对首辅（张居正）可以博得盛名和令誉；靠拥护他，即使他说的只是不加渲染的实情，也会赢得不朽的恶名。［3］
当东林运动的成员决意卷入朝廷的人员考核过程时，他们明显地暴露了他们运动的狭隘而有偏见的性质。他们只希望除去那些在他们心目中品性有缺陷的官员。张居正早已利用考核过程来实现他的个人目的。1557年，由于他没有为他的父亲服丧，面临朝中有组织的反对，他以皇帝的名义发布了一道命令，要求在常例六年一次检查之外进行一次额外的人员专核。结果，51名官员被解除职务。预定的下一次考核于1581年进行，以京师的264名官员和南京的67名官员降级或免职而结束。这两次清洗据说引起了许多朝臣的对抗。
1587年，当首辅申时行应当进行张居正去位后的第一次考核时，他进行得很谨慎。在他的指导下，只有33名进士被降级或免职，同时没有一人属于吏部、翰林院或科道机构——通常引起党派性争论的三个部门。但是在编制了名单以后，科道官员还是按传统被给予权力在考察拾遗名目下提出另外的批评案件。这时他们乘机要求曾和张居正保持密切关系的工部尚书何起鸣去职。批评显然是党派性的。皇帝被激怒，因为他只在一个月前委任何这个职务。因此，当何从行政机构被罢免时，都御史也被命令退职。四个对这起诉讼负有责任的御史被调任地方职务。
两个给事中以御史职务的豁免权利受到侵犯为理由上疏皇帝，表面上为御史说话，实际上却提出各自的抗议。皇帝的诏书反过来在短期停俸之外又给予他们每一人以申斥。没有卷入考核过程的吏部司官顾宪成，由于进一步为御史们和都御史辩护向皇帝上疏而出了名。万历皇帝很烦恼，召来三个大学士面谈。商谈以后，顾在调任地方职务以前被贬三级。这一事件实际上标志了最高的制度上的权力和威信斗争中的一个僵局。当皇帝和官僚们双方各自维护其权力——给予惩罚的皇权和御史弹劾的职权——时，并不存在能够阻止这种带来消极影响的有害论争的制度化了的机制。
六年以后，在1593年的考核期间，这种冲突以更激烈的程度再次开始。到了这时，内阁直接受到了牵连；而当骚动平静下来时，东林党人的命运也是如此，因为1593年的检查过程被利用来消除内阁在人事安排上的影响。这一过程计划得很好。当吏部尚书孙■负责时，他的主要助手正是顾宪成，他在六年期间设法从放逐中回到了吏部考功员外郎的职位。此外，考功郎中是顾的亲密的老友赵南星。为了突出这次检查公正无私，孙■指定免去他自己侄子的职务。考功郎中赵南星也牺牲了因婚姻关系而和他有联系的一个给事中。但是名单中指定从行政机构中免职的官员大多是那些与大学士们保持关系的人，包括次辅赵志皋的兄弟。
这份名单有一个深一层的目的。1593年早期，王锡爵刚被召回，成为首辅。在他到达时，皇帝向他透露，他打算同等地授予他的三个儿子以王的称号。王锡爵相信任何情况也要比继位问题上的僵局好，不适当地表示愿意接受这一安排，虽然他强调必须加上一个正式的声明：指导皇位继承的长子继承原则不因这一行动而受到损害。这受到皇帝和王锡爵的同僚们的拒绝。皇帝撤回了提议。在此期间，朝臣推测王锡爵一定是把这一新的职位当作一种贿赂来接受的；同时授予三个皇子以王的称号被看作一种巧妙的摒弃长子资格的办法。于是在舆论反对他的同时，他的追随者的免职此刻便意味着，既可作为对皇帝的抗议，也可作为对王锡爵的警告。
王锡爵不能完全改变考核过程，要安排或指导这一过程，他自己回朝太晚。但是没有什么能阻止他进行报复。据说他曾策划考察拾遗调查。吏部的确曾把对三个官员提出的批评搁置起来，他们和考核官们接近。当这个案件重新提出时，吏部的答复只能使情况更加恶化。当都御史为考核官们进行调解时，皇帝在他的奏疏上写道，这三个被批评的官员，和考功郎中赵南星一道，都应免职。几个中、低级朝臣针对皇帝裁决的规谏使规谏者遭到了贬黜。他们当中有些是江苏太湖周围地区的人，包括顾宪成的兄弟顾允成。所有这些人后来都成了东林书院的共同创立者。
顾宪成本人经受住了这次争论。他于1594年由于另外的原因被免去行政机构的职务，并再也没有担任官职。高攀龙（一个低级官员，他后来终于成为东林书院的领袖）也因这个争端而被降级。高与赵南星和顾宪成都接近，又是顾的家乡无锡人，他于1593年晚期返回京师。他立即为他的朋友的案件辩解。他被贬到一个县政府的添注典史的职位上，在他返回家乡参加东林集团之前，在这个职位上供职三个月。在顾宪成于1612年去世后，他成为东林书院的山长。
这样，在1594年夏季之前，所有具有这个运动的特点的要素都已经显露出来：可能的成员，领导人物，蔑视迫害的高尚理想和思想论战的才干。富饶的长江三角洲为学者的聚集提供了极好的环境。有几个上面提到的人物出身于富裕家庭。他们无疑并不缺少敬慕者和赞助者。原始资料除了提到顾宪成在他被迫退职的第一年病重以外，从没有清楚地解释为什么他们在建立这个书院之前等待了10年。但是官方记载表明，1594年早期一份报告引起了皇帝的警惕，报告说：“江南豪荡之子暗相号召，包藏祸心。”［4］ 似乎这种公开的攻击足以威胁顾和他的支持者，使他们延缓他们的更大的计划。
同时，北京的领导能力继续降低。1593年以后，中低级官职的委派由掣签决定。高级职位（包括内阁）的补缺人选通常是在朝廷上由公开推荐决定，实际上是要出席外廷的最高机构九卿会议的每一个人提名一人来决定。皇帝然后从他们的名单中挑选一人。由于那些对行政自主叫得最凶的鼓动者已经离开朝廷，1599年的人员考核没有引起任何严重的派系争论便结束了。但是由于继位顺序未定和被贬谪的东林支持者集团势不两立，那种坏人在北京当权的确信并没有减弱。相反，当万历皇帝派遣太监到各地当税监时这种确信增强了。
1604年东林书院的建立标志了朝廷上持续很久的权力斗争的另一个阶段，这种权力斗争其组织者从未放弃。这种权力斗争还集中注意力于根本不同的一些地方的讲学团体，在此期间，这些团体已经吸引了顾宪成等人。所有长江下游地区的学者都被邀请的三天集会标志了东林书院的建立。这次集会采纳了支持儒家正统的政纲。集会的学者按协议保证通过修养、正直的生活和正确的研究支持这个政纲。他们没有虚伪地说他们论及的问题与政治无关；他们的最终目的是救世。因为书院的创立人被赶出帝国朝廷以来已经过去了10年，这次集会这时没有被看作是颠覆性的。事实上，知县和当地知府以公款资助了书院房屋的建造。后来巡抚还莅临了一次这样的集会。
这个书院事实上起学术机构的作用，但它也充当公开的讲坛。每月为期三天的讲会吸引了广大地区感兴趣的学者们。此外，顾宪成在附属的学校中经常讲课。年度的集会通常在秋季举行，其记录是公开的。哲学方面的讲演很少不触及当时的事件。顾作为主要的讲演者，习惯于评介个别官员的品性。他在北京朝廷的年青官员中尤其有影响。回顾起来，20年以后对领导书院的人物的控告并不意外。顾宪成和他的友人们进行的直率而公开的批评，对于皇帝和他的顾问们的确是难以忍受的。
政治斗争中的东林
直到万历统治时期结束，没有与东林书院有联系的主要人物曾经重新进入政府机关。1608年曾提出给予顾宪成一个在南京的荣誉职务，他拒绝了。但是在多年讲学和写作之后，他已在政府中聚集了一批支持者。他们和其他支持者一道被看作东林党人，即使他们和书院没有直接联系。他们终于和反东林的势力进行了一系列激烈的斗争。
斗争于1605年从一次关于人员考核结果的小对抗开始。首辅沈一贯是独立自主的，但独立自主还不足以公然反抗皇
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