两个朝廷的并存
弘光时期，给许多从北方到南方来避难的明藩王指定了新的居住地点。鲁王朱以海从山东迁到浙江东南部；唐王朱聿键的封地在河南，当南京陷落时，他正经过苏州去广西。［1］ 唐王曾继续南行。当杭州陷落时，他在一个正在撤退的将领郑鸿逵的保护下，退到钱塘江上游。［2］ 在连续接到礼部尚书黄道周的三封劝说信后，他于1645年7月10日在衢州宣布即监国位的决定。然后他继续沿浙江福建之间的陆路南行，穿过江西的东北角，翻越仙霞岭，沿途为建立他的朝廷制定具体计划。
他在7月26日到达福州郊外。三天后，他进城正式即监国位。这时发生了一次常见的争论，一些人认为唐王暂即监国位比较慎重，待他恢复了福建以外相当一部分疆土后再即皇帝位，而另一些人则认为，在如此混乱的情况下，只有皇帝的号召力才能振奋人民精神，组织起他们的支持。后一种意见占了上风，1645年8月18日，唐王在福州成了隆武皇帝。
同时，清先遣人员和新派的地方官员已经迅速进入通常称为浙东的富庶地区。［3］ 人民对这种霸占权力和当地许多掌权者轻易屈服的反感，7月31日在余姚爆发成为起义。在乡绅领袖的领导下，撤换了地方官吏，几天内，明官军将领和邻近地区均起而响应。清的官员和与之勾结的人被处死或监禁；建立起各种民军；清军被赶回钱塘江西岸。这些起义的领袖立即支持台州的起义领袖们，他们正要求鲁王在浙东就监国位以鼓舞人民的抵抗。鲁王爽快地接受这个要求，于8月下旬在绍兴正式成为监国。［4］
虽然鲁王的支持者中有几个人当大臣颇有经验，但他的政权的主要人物实际上全是浙东本地人。还有一些人受到重视，是因为他们发起并领导地区的志愿组织和民军，激发他们的是对乡土的骄傲与关心。这种乡土观念有很大的作用。它说明这个地区人民对鲁王政权的支持为什么高于其他任何南明政权所得到的支持。它还使他们能够迅速部署战斗人员到关键性的防御地点；他们熟悉本地情况，因而占了上风。他们以值得称赞的敏捷，沿钱塘江东岸和杭州湾南岸建立起一条弧形防线。他们还努力与浙江北部、西部和长江三角洲河湖地区的抵抗活动取得联系。然而，他们很少考虑扩大朝廷的影响，使其超出这个小小的地区。
隆武政权的管辖范围比鲁王政权大，这本是福建即位者的优势所在。朝廷中最著名的人物大学士黄道周是福建人；在天启和崇祯朝，他作为“正义”事业直言不讳的辩护者远近闻名。此外，隆武皇帝特别注重从福建以外招徕人才。他很有抱负，想同浙江、江西、湖广以及大别山区几百个据点的抗清领袖取得联系并授与他们头衔。［5］ 他希望广东和广西的文武官员服从他，期待从四川那么远的地方来的报告。但是，福建在经济和地形上的限制，加上大多数隆武朝的重要支持者只图自保，阻挠了对其他省份的实际控制；持自保观点的代表人物是郑鸿逵和郑芝龙兄弟，他们的利益仅限于福建省。
郑芝龙（当时外国人称他为尼古拉斯·伊昆）起初在中日海外贸易中充当翻译和助手。尽管两国政府有种种限制，他仍逐渐成为中国东南沿海港口和这一带水域的霸主。他最初以一个不寻常的强盗而著名，具有出色的组织与训练才能，极欲充当社会领袖，愿意不时地与政府当局合作。1628年，明朝政府争取到他的投降。此后，在明朝军事机构的庇护下，他扩大了势力，最后升到总兵的职位。［6］
弘光皇帝封郑芝龙为伯爵；隆武皇帝封郑鸿逵和郑芝龙为侯爵，以报答他们帮助他建立朝廷。此外，鉴于郑芝龙实际上控制了福建的财政，皇帝授予他广泛的权力，让他兼户、工、兵三部尚书。起初，隆武皇帝庆幸得到这样一个人的支持，容许他把自己的许多亲戚朋友安插在重要部门。由于没有孩子，皇帝甚至过继郑芝龙的长子郑森为己子，赐姓朱，取名成功，号称“国姓爷”，仪同驸马都尉。隆武皇帝和这位“国姓爷”（即中国历史上著名的郑成功）的亲密关系，对南明事业有深远的影响。
合作失败
直到1645年10月，隆武朝廷才知道在浙江建立了另一个朝廷。立即派出一个使臣带着隆武皇帝的诏书去绍兴。他在10月下旬到达，他的到来在鲁王的大臣中引起了分裂。起初，鲁王愿意退位，支持他在福建的“皇叔父”。几个素有重望的人也力劝他以大局为重，受隆武皇帝节制。但大学士兼兵部尚书张国维激烈反对，说福州“鞭长莫及”；如果监国退位，浙东脆弱的抵抗运动就会瓦解；在这个时候改换朝廷，将使君臣之间失去信任。
鲁王听信了这些话。其他的官员被迫对抵制隆武朝廷表示一致同意，于是遣回使臣，并带去一封按照张国维的意见写的回书。结果，虽然鲁王的许多文武官员秘密地请求或接受了隆武皇帝的任命和封号，但鲁王朝廷根本不想与隆武朝廷合作，于是，两个朝廷之间的关系变成了“水火不相容”。
1646年2月，隆武皇帝曾给他的“皇侄”送去一封令人感动的信，恳求他为了中兴事业进行合作，并发誓不同室操戈。他诚恳地说明他要求最高
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