到厦门，从而结束了他的北伐的第一个阶段。
第二阶段时间最短。1655年夏末在福建为搜集给养进行袭击之后，郑成功直接扬帆北上，进入浙江的灵江口。他于10月初轻易攻下台州。但这时闽安为清军所袭。郑成功迅即回救，但为时已晚；11月，他再度回到厦门，遣散了远征军，准备过冬。第二年春天，他开始一个新的训练计划，第一次创立了著名的“铁人”军——披铠的壮士。
1658年6月中旬，郑成功再度进入浙江。温州被围困了一些时日，但在搜集了足够的给养之后，郑成功即把舰队带往舟山，这时的舟山已被清军撤退一空。当他北去长江口的崇明岛时，他的舰队中途停在羊山岛，在这里遇上猛烈的台风，损失惨重。仅在一只船上，就有230名郑氏亲属和家人牺牲。战士的士气十分低落，舰队的残余部分回到浙江东南沿海休整。1658年12月，郑成功占据温州附近的瓯江口，把军队分散到沿岸的管辖地过冬。尽管郑成功这时处境不好，但清军未能将他逐出温州地区，使他能够驻在那里直到1659年6月。
然后，郑成功开始了他的第四次也是最后一个阶段的北伐。他首先在宁波取得物资，并使附近定海的清水师失去战斗力。7 月7日，他的舰队到达崇明岛南面的沙岸。他让舰队把守长江宽阔的外口，在这个月剩下的时间里，对附近的乡村进行有限的但必要的劫掠。
郑成功通常对他的谋略守口如瓶，因此，他对这次出征长江毫无掩饰之意是值得注意的。从1653年起，他的水师就在他的命令下骚扰长江口，从1655年起，他不只一次直截了当地告诉清廷，他想进攻南京地区。现在，他在沿江而上之前拖延了21天，随后又采取了较慢的行动方针，似乎不在乎给清军以结集防御力量的时间。
这样做的原因，大概是郑成功太自信了。他想进行一场尽可能的大规模战斗，这样，他的胜利将在汉族人民和满族领导层中产生相应的心理影响。他在前几次征战中也都坚持这一战略；但将它用于江南时，由于过分自恃而遭到失败。首先，清廷在别处的控制并不像他所想的那样已经崩溃，而南京在任何情况下都驻有重兵，不像沿海的州县。此外，近几年来张名振和其他人一再威胁长江三角洲地带，使清军有了经验，促使他们采取特别的措施阻止敌船通过镇江。郑成功来得太晚，如在一年以前，当清军的主要力量在西南各省作战时，他可能获得成功。但当他在1659年夏天到达时，这些远征军的大部分正陆续回到南京。
然而郑成功拥有重要的军事手段以及广为传播的名声。他的兵力强大——约2000只大小船只，运载约名训练有素的战士——他的军官富有经验，如果对生疏的长江地区略感不安，那也是微不足道的。此外，在这次战役中郑成功依靠一个对长江具有宝贵经验的人，一个一心一意献身明朝中兴的人。张煌言在监国鲁王和永历两个朝廷都担任兵部尚书之职。自从1646年浙江和福建沦陷后，他就积极参加进沿海的抗清运动，他曾长期担任张名振的助手。［26］
因此，当郑成功终于进军长江时，张煌言率所部先行。他的英勇行动，使郑成功能在1659年8月4日占领瓜洲。然后张煌言带领一支水军沿江而上，郑成功则进攻镇江，这座城市在8月10日投降。接着他围南京，他的大军于14天后即8月24日到达。
郑成功把他的军队驻扎在南京城外西北角，不去阻止清军增援部队进入城内。虽然有惊人之多的地方派代表向郑成功和张煌言表示拥护，［27］ 但既无一个现成的政治计划又无一批行政官员去对这种表示作出任何有组织的回答。张煌言深信地方父老同仇敌忾的精神能够改变事件的进程，而郑成功只寄希望于他的战士和赢得胜利，这使张煌言十分惊愕。
郑成功的战略是等待敌人完全作好准备，然后给他们彻底一击。这明显地把主动权交给了对方，同时使郑成功的军队松弛下来。结果郑成功中了敌人的计谋，被优势的清骑兵和步兵击败。9月8日清军开始进攻，接着在第二天发生激烈战斗，郑成功失去几个他最得力的将领。他的军队伤亡惨重。
幸好水师没有受到损伤，得以把郑成功和剩下的人运到镇江，然后去崇明。张煌言被困在上游，被一支清水师所败。郑成功进攻崇明驻军，同时向清廷提出新的和议。但他的军队士气太差，打得不好，而清廷拒绝了谈判。因此，当张煌言从江南西南部经陆路拚死逃至浙江沿海时，郑成功从海路回到厦门，时为1659年秋。
退到台湾
回到厦门不久，郑成功开始准备对付清军的一次大规模进攻。当1659年8月，他侵入江南的消息传到北京时，清廷遣将军达素率领援军南下。当达素于1660年2月到达福州时，郑成功召集他的仍然不算少的军队和水师保卫他家乡的岛屿。但是，尽管他的兵力仍很强大，信心却因南京的失败而动摇了。
6月，达素从泉州和漳州发动对厦门和金门岛的进攻。像以前那样，清舰队被击败，但这时郑成功没有理由庆祝胜利。因为清军的准备工作给他的印象太深了，而他自己的战士的表现则不能使他满意。他还知道，清军此时已在其他
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