。聖祖乃趣琅進兵。
琅既奉專征俞旨，遂剋期進剿。先聚米作地勢示諸將曰：「如此入港，如此泊船，如此進擊；不用命者必按軍法」！因大書諸將姓名於各船飛篷之上，以便進退。六月十四日乙酉，由銅山進發，丙戍奪貓嶼、花嶼，晚泊八罩。逆賊偽侯劉國軒偵知我兵將乘南風進剿，傾巢而來，堅守澎湖。凡沿海之處、小船可以登岸者，盡築短牆，安置腰銃，添築砲城十餘座，蜂集大小戰船於天妃宮上下。丁亥，琅率舟師進發。先鋒署右營遊擊藍理等以鳥船首先攻敵。時值南潮正發，舳艫乘疾流逼壓賊壘，被賊圍困。琅親駕樓船，衝殺入圍。賊望見旌麾，皆環迫鉤舟接戰。琅傷目，以帕漬血示無恙。諸將校皆奮勇擊殺，賊敗退。興化鎮臣吳英繼後夾攻，焚殺偽將軍沈誠等大小賊目七十餘員，賊■〈舟宗〉兵三千餘名。戊子，全■〈舟宗〉復收八罩。已丑，取虎井、桶盤嶼。癸已，遣兵官陳蟒、魏明等領船五十隻為奇兵，直入雞籠嶼、四角山夾攻；又遣隨征總官兵董義、康玉等駕船五十隻為疑兵，直入牛心灣牽制；又將大鳥船五十六隻居中，分為八隊，每隊駕船七隻，各作三疊；留船八十隻為後勁。琅居中指揮督率，直進撲剿。賊舟四路齊出迎戰。砲矢雨集，煙焰蔽天。我師奮勇，呼聲震撼波濤。總兵官林賢、朱天貴等繼進夾擊。自辰至申鏖戰。賊被焚殺，浮屍滿海。擊沉大小賊船一百九十四隻，焚殺偽官三百餘員，賊兵一萬二千有奇，獵樓櫓甲仗不計。劉國軒力不能支，乘快船從吼門潛遁。偽將軍楊德等一百六十五員率賊兵四千八百餘名倒戈投降。報捷疏至，言是役以七晝夜破數十年盤踞之賊。抵澎之後，海不揚波，進師之時，潮漲四尺，以佐成功，此皆天威所致云。
琅不念舊仇，盡釋所俘放歸臺灣。逆渠鄭克塽勢已窮蹙，又覘無屠戮意，七月丙申，遣偽官鄭平英等齎降表至琅軍前。總督姚啟聖奏請招撫。聖祖命撰敕發姚啟聖同琅酌行。八月甲寅，琅奏言：「七月十五日，鄭克塽遣偽官馮錫珪等，偽侯劉國軒、偽伯馮錫範遣其弟偽副使劉國昌、馮錫韓等齎降表文稿詣臣軍前，請繳偽印冊，率眾登岸，以求安插。臣隨遣侍衛吳啟爵、筆貼式常在同馮錫圭等持榜示往臺灣曉諭偽官兵民，驗視薙髮。即令鄭克塽等繕寫降表，並偽冊印一並齎送，以便代奏。至臺灣雖在海外，地方千餘里，戶口數十萬，或棄或守，仰候聖裁」。得旨：「海洋遠徼，盡入版圖，積年逋寇，悉皆向化，具見卿等籌畫周詳，剿撫並用，克奏膚功，朕心深為嘉悅。在事有功人員，該部從優一並議敘。會議政王大臣會議以聞」。尋議政王大臣等議：「臺灣應棄應守，俟鄭克塽率眾登岸，令侍郎蘇拜與該督撫提督會同酌議具奏」。己已，琅疏言：「臣於八月十一日率領官兵自澎湖進發，十三日入鹿耳門至臺灣。十八日，鄭克塽偽文武官俱已薙髮，宣讀赦詔，鄭克塽等歡呼踴躍，望闕叩頭謝恩。所有鄭成功之子偽輔政公鄭聰等六人、鄭錦之子鄭克塽及其弟偽恭謹侯鄭克舉等九人、偽武平侯劉國軒、偽忠誠伯馮錫範等子弟、及明裔朱桓等十七人，並續順公下官兵家口、海澄公家口，俱撥船配載官兵陸續護送移入內地，並移咨侍郎蘇拜及督撫聽其安插。其餘偽文武官員家口，現在趣會起行。兵丁有願入伍及歸農者，聽其自便。至於江、浙、閩、粵各省被獲男婦，仰體聖主仁恩，悉令回籍。其偽冊印劄付已次第追繳，倉庫人民戶口冊籍、船艘、軍器，俱令巡海道線一信等查收」。先是報捷疏至，適值中秋令節，聖祖大悅，即解賜是日所御袍，並褒以詩。至是疏至，親灑宸翰賜之。
九月戊寅，聖祖特諭吏兵二都：「向來海寇竄踞臺灣，出沒島嶼，窺伺內地，擾害生民，雖屢經剿撫，餘孽猶存，沿海地方，烽煙時警。邇者滇黔平定，逆賊削平，惟海外一隅，尚梗王化。爰以進剿方略，咨詢廷議，鹹謂海洋險遠，風濤莫測，長驅制勝，難計萬全。朕念海氛不靖，則沿海兵民，未獲休息，特簡施琅為福建水師提督，前往相度機宜，整兵進征。該提督忠勇性成，韜鈐夙裕，兼能洞悉海外形勢，力任克期可奏蕩平。遂訓練水師，整頓戰艦，揚帆冒險，直抵澎湖，鏖戰力攻，大敗賊眾，克取要地，立奏膚功。餘眾潰遁臺灣，懾服兵威，乞降請命，已經納土登岸，聽候安插。自明朝以來，逋誅寇賊，始克殄滅，瀕海遠疆，自茲寧謚。此皆該提督矢忠報國，大展壯猷，籌畫周詳，布置允當，建茲偉伐，宜沛殊恩。施琅可授靖海將軍，封靖海侯，世襲罔替，以示酬庸。前進剿雲南官員曾各加一級，兵丁賞賚一次，頃因該提督所統官兵，出海進剿，勤勞堪念，已經照雲南例加級賞賚；復思官兵遠抵海疆，冒險剿寇，非滇黔陸地可比，在事官員，可再加一級，兵丁再賞一次，以示特加優渥至意」。
臺灣既定，因與部臣會議棄留利害來決，特疏奏陳，言：「臺灣地方，北連吳會，南接粵嶠，延袤數千里，山川峻峭，港道紆回，乃江、浙、閩、粵四省之左護，隔離澎湖一大洋，水道三更餘遙。查明季設水澎標於金門所，出汛至澎湖而止，水道亦有七更餘遙。臺灣一地，原屬化外，土番雜處，未入版圖。然其時中國之民潛至，生聚於其間者，已不下萬人。鄭芝龍為海寇時，以為巢穴。及崇禎元年就撫，將此地稅與紅毛為互市之所，紅毛遂連絡土番，招納內地人民，成一海外之國，漸作邊患。至順治十八年，為海逆鄭成功攻破，盤踞其地，糾集亡命，挾誘土番，荼毒海疆，窺伺南北，侵犯江浙。傳及其孫克塽，六十餘年，無時不仰廑宸衷。昨奉旨征討，親至其地，備見沃野土膏，物產利溥，耕桑並耦，魚鹽滋生，滿山皆屬茂樹，遍處俱植修竹，硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需，無所不有。向之所少者布帛耳，茲則木棉盛出，經織不乏。且舟帆四達，絲縷踵至，飭禁雖嚴，終難杜絕。實肥饒之區、險阻之域。逆孽乃一旦凜天威，懷聖德，納土歸命，此誠天以未闢之方輿，資東南之保障，永絕邊海之禍患，豈人力所能致？夫地方既入版圖，土番人民，均屬赤子，善後之計，尤宜周詳。此地若棄為荒陬，復置度外，則今臺灣人居稠密，戶口繁息，農工商賈各遂其生，一行徙棄，安土重遷，失業流離，殊費經營，實非長策。況以有限之船，渡無限之民，非閱數年，難以報竣。使渡載不盡，苟且塞責，則該地之深山窮谷，竄伏潛匿者，實繁有徒。和同土番，從而嘯聚，假以內地之逃車閃民，急則走險，糾黨為祟，造舟制器，剽掠濱海。此所謂藉寇兵而齎盜糧，固昭然較著者。甚至此地原為紅毛住處，無時不在涎貪，亦必乘隙以圖。一為紅毛所有，則彼性狡黠，所到之處，善能鼓惑人心。重以夾板船隻，精壯堅大，從來乃海外所不敵。未有土地可以托足，尚無伎倆，若以數千里之膏腴，復付依泊，必合黨夥，竊窺邊場，迫近門庭，此乃種禍後來，沿海諸省，斷難晏然無慮。異時復動師遠征，兩涉大洋，波濤不測，恐未易再建成效。如僅守澎湖而棄臺灣，則澎湖孤懸汪洋之中，土地單薄，界於臺灣，遠隔金廈，豈不受制於彼，烏能久居哉？守臺灣所以固澎湖。臺灣澎湖，一守兼之，沿邊水師，汛防嚴密，各相犄粗，聲氣關通，應援易及，可以寧息。況昔日鄭逆所以得負抗逋誅者，以臺灣為老巢，以澎湖為門戶，四通八達，遊移肆虐，任其所之。我之舟師，往來有阻。今地方既為我得，在在官兵，星羅棋佈，風期順利，片帆可至，雖有奸萌，不敢復發。臣業與部臣蘇拜、撫臣金鋐等會議。緣部臣、撫臣未履其地，去留未決。臣閱視周詳，不敢遽議輕棄。伏思聖祖建極以來，仁風遐揚，威聲遠播，四海賓貢，萬國咸寧，日月所照，霜露所墜，凡有血氣，莫不臣服。以斯方拓之土，奚難設守，以為東南數省之藩籬。且海氛既靖，內地溢設之官兵，盡可陸續汰減，以之分防臺灣澎湖兩處。臺灣設總兵一員、水師副將一員、陸師參將二員、兵八千名，澎湖水師副將一員、兵二千名，通共計兵一萬名，足以固守，又無添兵增餉之費。其防守總兵副參遊等官，定以三年或二年轉陞內地，無致久任，永為成例。又地方初闢，該地正賦雜餉，殊宜蠲豁。見在一萬之兵食，權行全給，三年後開徵，寓兵於農，亦能濟用，無庸盡資內地之轉輸。蓋籌天下之形勢，必求萬全。臺灣一地，雖屬外島，實關四省之要害。無論彼中耕種，能資兵食，固當議留，即為不毛荒壤，必藉內地輓運，亦斷斷乎其不可棄。去留之際，利害攸系，恐有知而不言。如我朝兵力，比於前代，何等強盛，當時封疆大臣，無經國遠猷，矢志圖賊，狃於目前苟安為計，畫遷五省邊地以避寇患，致賊勢愈熾，而生民顧沛。往事不臧，禍延至今，重遺朝廷宵旰之憂。臣仰荷洪恩，天高地厚。行年六十有餘，衰老浮生，頻慮報稱末由。熟審該地形勢，不敢不言。至於後來萬或滋蔓難圖，竊恐責臣以緘默之罪，臣又焉所自逭？是以敢於會議具疏之外，不避冒瀆，以其利害自行詳細披陳。外臺灣地圖一張，附馬塘遞進御覽」。
二十三年九月，以臺灣賦額，壤地初闢，宜沛皇仁，以廣治化，前會疏未為盡善，獨疏陳請，言：「臣准兵部密咨為謹陳善後末議以贊一統無外之宏規事內開覆奉聖旨，臺灣應得錢糧數目若干，白糖鹿皮可否興販，著部臣蘇拜及督撫提再議。該臣欽遵於本年七月十六日就廈門登舟，乘東南風而赴省城，會議浹月，未得適合。臣想漳泉為下游地方，兼見在渡載安設臺灣文武官員兵丁及班回征師，臣與提臣萬正色不便皆久住省城，姑於八月十九日乘北風由舟先回廈門料理。其臺灣應得錢糧數目，及白糖鹿皮可否興販之處，部臣及督撫二臣復議明白，至九月初八日移送會題疏稿，與臣畫題矣。然臣更有不得不披陳者：臺灣沃野千里，則壤成賦，因地為糧，宜稱富足；但僻處汪洋之中，化阻聲教之外，彌山遍谷，多屬土番，雖知懷服，習性未馴，射獵是事，徵供無幾。其安於耕桑可得按戶而問賦者，皆中國之人，於數十年前，生聚乎其間。及鄭逆擁眾盤踞，兵即為農，農即為兵。兼沿海數省地方人民，有為所掠去者，有趨而附之者，非習於漁，則與為佃。自臣去歲奉旨蕩平，偽藩、偽文武官員、丁卒與各省難民相率還籍殆半。人去業荒，勢所必有。今部臣蘇拜等所議錢糧數目，較偽藩鄭克塽所報之額相差不遠。在鄭逆當日僭稱一國，自為一國之用度，因其人地，取其餉賦，未免加重。茲部臣等奉有再議之旨，不得不以此數目覆議。臣竊見此地自天地開闢以來，未入版圖；今其人民既歸天朝，均屬赤子，聖主視民如傷，率土咸被，伏乞沛以格外之澤，減以應需之賦，則恩出朝廷，不在臣下；使海外諸國，既懾天威，益慕聖德。且鄭逆向時所徵者時銀，今之所定者紋銀，紋之與時，更有加等。劉國軒、馮錫範見在京師，敕部一詢即知。彼遐陬初化之人，原非孝子順孫，萬一以煩重為苦，輸將不前，保無釀成地方之禍？至於動兵，為費更甚。何惜減此一二萬之錢糧哉？且臣前議宜守此土者，非因其地可以加賦，蓋熟察該地屬在東南險遠海外之區，關係數省地方安危，既設官分治，撥兵汛防，則善後之計，宜加周詳。今所調守兵一萬，乃就閩省經制水陸兵丁六萬五千七百五十名數內抽調前去，兵無廣額，餉無加增。就此議定錢糧數目，蠲減於寇虐之後，使有司得以仰體聖主德意，留心安集，至數年後人戶繁盛，田疇既易，賦稅自充，斯時有增無減，豈待按數而徵哉？至於興販東洋白糖一項，歲定二萬石，不足之數，聽其在本省之內採買。夫本省之去臺灣，已隔兩重汪洋，以臺灣所產白糖配臺灣興販船數，固為安便，若就本省湊買白糖，涉重洋而至臺灣，方興販東洋，則今四方蕩定，六合為一，在臺灣可以興販東洋，豈本省不可興販，必藉臺灣之名買白糖赴彼哉？此皆部臣蘇拜等慮彼中之錢糧不敷，婉為籌度，可知臺灣錢糧一時未能裕足。然在部臣及督撫二臣未至其地，不知情形，雖留心區畫，難以曲盡。以臣躬親履勘，民風土俗，安危利害，無不詳悉。荷恩深重，故敢知無不言，言無不盡」。聖祖可其奏，乃減舊額賦十之四。
時海禁初開，洋船出入縱橫，琅念海疆底定，更宜加慎，以埀永安。二十四年三月復具疏言：「慮事必計其久遠，防患在圖於未然。聖主深念海宇既靖，生靈塗炭多年，故大開四省海禁，特設官差定稅，聽商民貿捕，群生感沛澤之均沾，國家獲泉流之至計，實冠從古帝王之丕謨矣。顧臣思
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