占领昆明和云南大部分地区以后，清廷和前线统军大帅在顺治十六年五、六月间反复研究是否出兵缅甸捉回永历帝朱由榔。由于路途艰险，云南地方破坏很大，筹集粮草非常困难，满洲兵将又不适应当地气候，宁南靖寇大将军罗托、安远靖寇大将军多尼、征南将军赵布泰等都不愿担此重任，希望早日班师回京休息。因此，清廷兵部会商的意见是由多尼下固山额真宜尔德留镇省会昆明，让平西王吴三桂为统帅，以汉军和绿营兵为主，会同固山额真卓罗带领的少数满洲兵一道进军缅甸。六月初二日经清廷批准，命经略洪承畴部署具体进军事宜。
洪承畴接到朝廷谕旨后，深感困惑。他上疏报告粮饷、兵力不敷，云南地方“蹂躏至极，兵火残黎，朝不保夕。粮米腾贵，买备无出，军民饥毙载道，惨难见闻”①。何况，李定国等“逃窜猛猛、孟艮等处”，“而各路土司、伪营残兵各私受定国伪札、伪印，歃血立盟，伺隙起衅，已屡见告。兹若一闻大兵西追，势必共思狂逞，避实突虚，以复窜内地。彼时追剿大兵相隔已远，不能回顾，而云南大兵又以驻扎省城，未能远追，倘致巨逆窜逸，所关匪小”。因此，他建议本年内不出兵缅甸，待明年（顺治十七年）秋收以后八、九月间进兵。至于兵将的安排，洪承畴建议只留部分精锐满兵由卓罗统领驻扎省城，吴三桂的军队则分驻于迤西永昌、顺宁、云州、景东各要害处所，做好稳定云南地方的工作。这就是他针对当时云南情况制定的基本方针：“须先有内安之计，乃可为外剿之图。”②
清政府为了弥补自己在兵力、物力、财力上的不足，还企图通过缅甸当局和云南边境土司之手不战而胜。1659年（顺治十六年）九月，洪承畴奉清朝“皇帝特谕”致书缅甸军民宣慰使司和蛮莫宣抚司，要他们主动交出朱由榔、沐天波和李定国。两件书信的措词颇多类似之处，前半段均云：
照得明运告终，草寇蜂起，逆贼张献忠流毒楚、豫、粤、蜀，屠戮几无噍类，实为祸首。旋致闯贼李自成同时煽乱，破坏明室。我皇上原欲与故明讲和，相安无事。惟因明祚沦亡，生民涂炭，不忍置之膜外，乃顺天应人，歼灭群凶，复故明之仇，雪普天之恨。不两年间，统一区宇，臣服中外，殊方绝俗，罔不慕义向风，梯航稽首。惟献贼遗孽李定国自知罪恶滔天，神人共愤，鼠窜云南，假借永历伪号，蛊惑愚民。不知定国既已破坏明朝全盛之天下，安肯复扶明朝疏远之宗支，不过挟制以自专，实图乘衅而自立，横肆暴虐，荼毒生灵，汉土民人，肝脑涂地，实难堪命。……倘或不审时势，有昧事机，匿留中国罪人，不惟自贻虎狼吞噬之患，我大兵除恶务尽，势必寻踪追剿，直捣区薮，彼时玉石难分，后悔无及。①
在给缅甸当局的信中有一段说：“至闻永历随沐天波避入缅境，想永历为故明宗枝，群逆破坏明室，义不共天，乃为其挟制簸弄，势非得已。今我皇上除李自成、张献忠、李定国，为明复不世之仇，永历若知感德，及时归命，必荷皇恩，彷古三恪，受福无穷。若永历与天波执迷不悟，该宣慰司历事中朝，明权达变，审顺逆之机，早为送出，当照擒逆之功，不靳封赏。不然留匿一人，累及合属疆土，智者必不为也。”②给蛮莫土司札中则云：“凡土司有能擒缚定国解献军前，则奇功伟绩，本阁部立奏上闻，必蒙皇上优加升赏，传之子孙。”①
洪承畴采取的措施，逐步巩固了清朝对西南的统治，为最终结束永历政权奠定了基础。他本人则因老病昏花，于顺治十六年十月间经清廷批准解除了经略职务，动身返回北京调理②。
1660年（顺治十七年，永历十四年），清廷命吴三桂留镇云南，总管该省军民事务③。吴三桂大权在握，一心想继承明代沐氏家族世镇云南的地位。据说，他在经略洪承畴回朝复命之前曾经请教“自固之策”，承畴回答道：“不可使滇一日无事也。”“三桂顿首受教”④。吴三桂既以“云南王”自居，就极力主张用兵扫灭逃入缅甸的永历帝和南明在云南一带的残余势力。清廷本意认为永历帝逃入缅甸，李定国、白文选等避入边境土司，不过是爝火余烬，无妨大局，可以任其自生自灭。特别是连年用兵，财政困难（在顺治十八年甚至背弃诺言重新征收明末加派的“三饷”），要想出动大批军队征讨边远地区，兵员、粮饷都难以为继，因此并不热心。吴三桂出于自身利益考虑，一再上疏力主用兵。顺治十七年二月二十日奏本充分表达了他的意图，疏中说：
臣三桂请进缅，奉旨一则曰：“若势有不可行，慎勿强行。”再则曰：“斟酌而行。”臣窃以为逆渠李定国挟永历逃命出边，是滇土虽收，而滇局未结，边患一日不息，兵马一日不宁。军费益繁，睿虑益切。巨荷恩深重，叨列维藩，职守谓何？忍以此贻忧君父。顾臣向请暂停进缅者，盖谓南服新经开辟，人心向背难知，粮草不充，事多牵系，在当日内重而外轻也。乃拜疏之后，果有元江之事，土司遍地动摇，仗我皇上威灵，一举扫荡，由此蓄谋观望之辈始知逆天之法难逃，人心稍觉贴然。然逆渠在边，终为隐祸。在今日内缓而外急也。臣恭承上谕，一则曰：若势不可行，慎勿强行。再则曰：务必筹画斟酌
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