清军占领浙东、福建，郑芝龙降清以后，原先唐、鲁对立的局势随着发生了很大的变化。隆武朝廷既然已经不复存在，一些不愿投降清朝的文官改奉鲁监国。清政府以为把郑氏集团的头子郑芝龙控制在自己手里就可以使福建诸将听命于己，这个目的也只部分地达到，如施福、洪习山、黄廷、施郎等人归附了清朝。郑氏集团内反对降清的势力也大有人在，郑芝龙被诓骗挟往北京更使他们心怀疑惧。在群龙无首的情况下，郑系将领一时分崩离析，自寻出路。郑芝龙的老部将林察在福州即将失守时率兵保护续封唐王朱聿■乘船逃往广州，成为绍武政权的主要军事支柱。郑芝龙的弟弟郑鸿逵、长子郑成功当时实力和地盘都很小，却志不稍减，致力于招兵置船，恢复海上雄风，他们打的旗号是业已被清军俘杀的隆武帝。郑芝龙的旁系势力郑彩、郑联、杨耿等人则转而改奉鲁监国。
1646年（顺治三年，鲁监国元年）六月，鲁监国朱以海在张名振等保护下乘船渡海到达舟山。驻守在这里的肃虏侯黄斌卿借口自己是隆武朝廷所封，不承认鲁监国的合法性，拒绝朱以海进城。鲁监国在舟山群岛上借住了两三个月，大学士孙嘉绩就病死在这里①。九月间，据守金门、厦门一带的永胜伯郑彩、定波将军周瑞带领舟师四百艘来到舟山，见朱以海处境困难，决定把他迎往福建。十月二十五日从舟山出发，十一月二十四日到达厦门①。这时，郑芝龙已经由安海赴福州博洛军前投降，派人通知郑彩献出鲁监国向清廷请赏。郑彩不愿降清，他担心鲁监国的安全，就把朱以海藏起来，另找一个相貌类似的人充当替身，叮嘱部将如果郑芝龙命人来抓鲁监国，就把这冒充的人缢死，蒙混过去。幸好，郑芝龙到福州后很快就被清军胁迫北上，顾不上捉拿鲁监国，朱以海才得以在郑彩军驻地安顿下来。
从1647年（顺治四年，永历元年、鲁监国二年）开始，尽管东南沿海抗清武装中还有郑鸿逵、郑成功、黄斌卿等人以尊奉业已不存在的隆武朝廷为名，拒不接受鲁监国的领导，但大多数文官武将和浙江、福建绅民都以鲁监国作为抗清复明的旗帜。当时，清军满洲主力博洛已率部返回北京，东南兵力薄弱；抗清运动在鲁监国领导下风起云涌，取得了一系列胜利。这年正月，鲁监国在长垣誓师，“提督杨耿、总兵郑联皆以兵来会。进郑彩为建国公、张名振为定西侯，封杨耿为同安伯、郑联为定远伯、周瑞为闽安伯、周鹤芝为平夷伯、阮进为荡胡伯”②；“加东阁大学士熊汝霖太子太傅，司票拟”③。朝政军伍初步就绪后，即着手收复失地。正月内，周鹤芝部收复海口，派参谋林龠舞、总兵赵牧防守。二月初一日攻克海澄，次日攻漳平，失利；初三日清方援兵来到海澄，明军退至海上。初五日，攻克漳浦县，任命洪有文为知县；五天后，清兵来攻，漳浦失守，洪有文死难。四月，清兵攻陷海口，林龠舞、赵牧战死，周鹤芝引兵退保火烧岙。六月，明军攻漳州，再度失利。
七月，鲁监国亲征，号召各地绅民起义，一时远近响应，义军飙发。七月初四日郧西王朱常湖、王祁、李长蛟等人带领义军攻克建宁府，击毙清朝总兵李应宗、副将曹胤吉，擒杀清知府高简等人。①这支义军连克建阳、崇安、松溪、政和、寿宁等县。清浙江福建总督张存仁接到建宁失守的消息，向朝廷报告福建“遍海满山，在在皆贼”，他惟恐闽浙路断，于七月下旬带领马步官兵一千名星夜兼程赶赴扼据浙闽咽喉的浦城。八月初九日明军进攻浦城，被张存仁部击败，义军首领李长蛟和兵部右侍郎杨东晟，总兵谢君聘、王印海、张明等阵亡。②
但是，福建各地反清复明的烈火仍在不断蔓延。八月，明军攻克连江；十月，收复长乐、永福、闽清、罗源、宁德等县。①隆武朝大学士刘中藻也在原籍福安县起兵，攻克县城②。十月十三日，另一枝义军首领王祁“受伪鲁王伪职，称监国鲁三年号，纠集乡兵”与“伪太师冯生舜”以及陈文达、朱锋等部围攻福宁州，“四面环绕，阅九个月米盐不通”③。清分巡福宁道潘映娄见城中粮尽，“士民饿殍过半”，被迫在1648年（顺治五年，鲁监国三年、永历二年）二月初五日出城“讲和”。“有伪巡按吴明中赍鲁王敕印入城，升涂登华为振威伯，潘映娄为太仆寺少卿，章云飞为桓武军门，宋若苏为兵部员外，在各官衙门开读。王公哲疑各官受职，随遣伪标官陈功、赖天成带贼三百余人进城探听，本夜被涂登华、章云飞召至察院前假言犒赏，一时尽杀。西路贼首陈文达等见王公哲贼众被杀，遂往福安请刘中藻主盟。中藻与生舜俱至江边地方扎营，称隆武四年号。城内各官分守四门。章云飞出城打仗，云飞兵败，在松山地方下船，张时任被刘中藻获剐，方国庆被杀。四月初五日，涂登华兵寡粮尽，开南门走至南屏地方为中藻追获，收在衙门内；潘映娄亦从南门出城，兵阻复回，至太平台被西路贼首卢守谱兵捆获，解到冯生舜营，亦收入衙内。……”①明军遂占领福宁州。
1647年七月，明同安伯杨耿领兵一度收复平海卫。清朝援军赶到后，杨耿兵主动撤退，平海卫的老百姓惨遭屠杀。与此同时，兴化府（府治在莆田县）绅民王继忠、王时华
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