人下狱，由是余党渐息。
二年正月初八日，董文忠、李隆上其事。以为：“许铭自渡河西，每行酷刑，打死西宁范百户等。又行文各司查审，不分久近商人号为流民，纳银公用。又抽减商人纳过粮草原价，又将此银纳豆者，每石加增三斗。革除夜不收月粮，审取三等九则，人户办纳银两，滥受革前词讼，良善惊疑，一次写匿名帖子绑在箭上射入都察院，一次帖于臣门，言地方事情不便，要将三堂改正。臣等闻之，甚为寒心，累次劝谏，未蒙听允。似此酷克，致生此变。即今变乱已平，内患已缉，边境获安。实仰仗我皇上威福所致，臣等不职之罪责亦难辞。乞敕兵部计议，将臣等提获。余党亦照例问拟如律，以示将来。”
于是陕西巡按御史喻茂坚疏曰：“都御史乃朝大臣，亲承上命，巡抚一方，任用非轻。及查许铭条约俱系除革宿敝，报国筹边至计。但锐意坚执，不无大急。夫何各军倚恃平素骄横，辄肆穷凶，聚至千数，肆行残杀，焚其尸首，极其惨毒。劫去库银，擅放狱囚，悖逆已极，大骇人心。及照李总兵、董太监各操统率军马之权，岂有不能救正之理。况彼时会议同在一处，乃任其作变，束手先避，罪岂容逭！及戕害已极之余，虽称擒获为首四名，为从三十余人，未审是否真正原谋同恶之人？虑恐尚有主使，元恶未获，冤愤何由而泄，国法何由而彰！乞速选风力老成练达都御史一员，星驰前去，巡抚与同镇守总兵官同寅协恭戮力边务，庶重镇无不制之兵，而衅孽可弭矣。”
陕西御史许翔疏曰：“甘肃为西陲臣镇，人杂，夷虏少知礼义之化。数年以来，上下剥削诛求，军民困苦已极。许铭锐意事功，除奸清敝，惊骇人心。不无太急，一时无知小民有不堪者，讹言繁兴，遂相媒孽，构成大患。其首从恶逆死有余辜。镇守总兵将领等官，亦有不得辞其责者也。”事俱下兵部议，乃会推九畴为甘肃巡抚。
兵部尚书彭泽疏称：“镇守董文忠、总兵李隆统领官军在彼，既不能设法调度，为预防于未然，又不能极力拯救，消祸乱于临事，顾乃假以劝谕为名，以致怨归巡抚，自脱罪愆。迹其所由，固许铭欲振肃风纪于初任，而未免抚驭少恩，亦缘切禁总镇官员沿集之宿弊，而寅恭未洽，各官虽无故纵主使之情，难免嫁祸苟全之罪。其副总兵李义、陕西行都司并各卫等官，平时既已失军士之心而无约束，临难又疾视长上之死而不救，援论法通合拿解来京，追究重治，但地方缺官，干碍人众，请行彼处巡按会勘拟奏发落。其总兵太监乞降敕切责，令各戴罪管事，务要与新任巡抚同心协力，修举边务。不许仍分彼此，失机误事，贻患地方，自取重罪。”上从其议。诏有罪人犯着巡按御史会同守巡兵备等官从公查审，拟议情罪。其余军士人等不曾同入帮恶，情有可原，俱免追究。许铭着以礼棺殓，照例祭葬，并伊家小差官护送还家。
时三边传报紧急声息。兵部尚书彭泽请设总制官以御虏患。上乃命侍郎李越兼都御史巡视经略，遇有达贼侵犯，即便调兵防御剿杀。陕西三边镇巡等官俱听节制，京营大宁等处官军不必带去，宣大、山西官军有警，急调应援，事宁具奏回京。越既拜命，即上疏曰：“御戎之道，守备为本，守备所资，钱粮为急。陕西三边地方广阔，年来将不择人，守备全废。兼以剥削日甚，索取百出，以致衣粮不得给散，军士因而逃亡。缺伍粮草，托故扣除，马匹因而瘦损倒伤，积弊之极，言不能尽。各该镇巡总兵等官连章奏主讨拖欠年例等项银两，虽已经户部奏准辏解应用，但所解之数不能尽偿所负，及已解去计今亦恐费尽。臣品识凡庸，当此巡视经略之责，敢不罄竭心力，仰副简命。念惟事须预图，庶克有济。臣即日起程前去，到彼之日，贼尚住牧在套，必须调度人马分布要害，先为防守。仓卒应变，钱粮最为紧急，若不早为计处，临期方行奏讨，不无缓不及事。乞敕户部于太仓及内府抄没犯银内动支三十万两，兵部于太仆寺常盈库动支马价银一十万两，各委的当官员管解军前，听臣分派各镇籴买粮料草束，买补征骑。”
事下兵部议。彭韶上疏曰：“陕西三边地方十余年来，虏患侵扰不时，债帅贪官剥削尤甚。京运民运之粮银拖欠数多，修边买马之劳费徵派未息，甚至月粮布花经年不得关支。祗因贫苦之极，遂萌悖逆之谋，将巡抚重臣杀害。虽其逆理戕上，自取极刑，而饥寒困迫亦当轸念。且延绥巡抚姚镆奏要修理边墙；宁夏巡抚王时中奏要招募军士，用银不下十万，俱未给发。所据见差巡视经略李越奏讨粮饷马价银两，殊不可缺。请行太仆寺常盈库及敕户部于内府抄银并太仓收贮银两俱如数给发，以救三边倒悬之苦，用舒皇上西顾之虑。所属应解各边民运粮料本色折色及布花一应拖欠侵盗之数，一并查究，督发施行。其户部并本部累次解去粮料马价银两支销出入的确数目，行李越逐一清查明白。甘肃见监并未获人犯仍咨行巡按御史从公勘问，查议明白，奏请。”上乃命动支内府并太仓银两各十万两，前去支用马价。太仆寺动支十万两。甘肃勘问罪人、各边清查钱粮等项事情，俱依拟行。新任巡抚陈九畴着上紧去。
御史王应鹏疏曰：“朝廷之所恃以控制海内者惟威与福耳。威福不行，则朝廷不尊，不尊则人心不葺。于是有畔涣不轨者，无忌而肆行矣。今天下承平日久，言治者每病其恩之多、威之不足也。近见甘肃都御史许铭被旗军杀死，何以有此？往年闽阃作乱，其祸起于镇守太监罗钥，未几钥亦不免。盖乱不可启，祸不可长，可以犯彼则可以犯此矣。固理势之必至也，李隆等独不鉴欤！《易》曰：‘履霜坚冰。’至若今日之事，则可以言冰不可以言霜矣。切恐天下之强军捍卒闻而效尤，斯不为之寒心耶！”
兵科都给事中许复礼疏曰：“唐臣兵部侍郎许孟容上宪宗之言曰：‘自古未有大臣横死路隅而盗不获者，此朝廷之辱也。’宋太宗亦谓宰臣曰：‘五代诸侯跋扈，有枉法杀人者，朝廷置而不问，姑息当如是耶！’我国家自正德以来，政教号令不大行于天下，而姑息苟且之政足以废法度而?攵纲常。况甘肃穷荒极鄙之隅，亦常有需求征调之扰，人心玩揭，思变久矣。请以往事陈之：昔年都御史才宽被害不明，竟未查究；都御史安惟学被乱军杀死，未正典刑；”都御史屈锐被军众因禁，亦未伸法。至于福建效尤福州卫，则拥入布政司打碎屏风，要将布政伍符杀害；郡武卫则群呼攘闹，将教谕洪鼐捉锁遂行；建宁卫则将通判张鸿乱打辱骂；宣府则于三堂教场演武，传示呐喊，无一人应之，几至成变。此皆以缺粮为由，倡乱梗化，目中已无法度矣。而地方之官常隐忍而不报，朝廷之上每每视为泛常。但以招抚为名，反加酬劳之典，养其骗横狂悖之气，良可慨也。故曰封建非能弱周，周自弱也；藩镇非能亡唐，唐白亡也。臣等读董文忠、李隆等章奏，反覆玩味，事有可疑。都御史、太监、总兵号称三堂，同功一体之人也。古称将相调和，则士豫附。今都堂受害，而太监、总兵安全无恙，有是理乎？为各官者正宜引罪自责，以俟朝廷之处分为当。且罗织事端，妄行参效，欲脱己罪而归咎于人，末复称变乱已平，内患已弭，夸张自是，不以为罪，而反以为功。盖谓天高可欺，诚诬罔也。伏望痛惩往事之愆，大奋乾刚之断。乞敕该部议处选差三法司堂上官各一员，前去甘州地方从公查勘，追究根由，细分等第，奏请处治。以剪削渠魁，屈此群丑，以伸朝廷之法，以泄九原之冤。
六月二十六日，达贼一万七千余骑自平凉府一带泾河、阳保二州原拥进。尘土蔽天，直抵窑店等处地方扎营。三日至七月朔起营，通共五日联接老营五十余里，四散锁牵汉人指引掏挖抢杀。陕西巡按俞茂坚疏称：“宁夏中路住扎小盐池参将杨义、陕西住扎固原卫总兵官刘淮胆丧魄夺，百千生灵被其糜烂而官军不闻有一矢之或遗，此其故何哉？实由亏折官军，难于回护，则各将之罪难逃。杀抢人民，难以查考，则各将之罪易掩。故为将者每每坐视，宁杀万姓，不折一军。夫民以供军，而民反为军而死。军以卫民，而军却倚将而生。吾民何辜，一至此极！乞敕将杨义等提问如律。”
御史黎贯等疏称：“陕西总兵官刘淮、延绥副总兵朱銮、宁夏副总兵刘玉、宁夏游击周尚文、固原游击陶文丧师辱国，巡抚陕西都御史王?羽、镇守陕西太监晏宏、总制陕西、延宁、甘肃侍郎李钺覆将败军。乞敕兵部议拟，即将失事将官刘淮、神揖等拿解来京，从重治罪。王?羽、晏宏取回究治。李钺亦乞降敕严加戒责，令其戴罪备御。”或者又谓：“临敌易将，兵家所忌，只宜姑记其罪。然赵用廉颇而易之以赵括则败；秦用王?羽而易之以白起则胜。盖临敌易将顾所易何如耳！”上诏：“这套贼为患，先因守土官员调度失宜，堤备不谨，彼此推托，节次误事。朝廷特简素有才望大臣前去总制军务，各该镇巡等官不行协谋共济，合兵追剿，以致虏寇深入，肆行杀掠。本当拿解来京，从重治罪，但有事之际，刘玉、朱銮、神揖、周尚文、陶文、时陈，且着戴罪杀贼。着巡按御史查勘有无后功，并各官失事情罪，明白奏来定夺。各该巡抚镇守宫都着从实回将话来。刘淮革回原卫，带俸还。写敕与李钺，着展布四体，加意规画，先事如何遏截，临事如何追剿，查照你部里节次题奉事宜，议拨方略，处置停当，严督各属同心戮力，以责后效。再有互相观望阻坏军情的，指实奏来处治。”
五月，大同镇城军士因出教场演试武艺，各军虑恐生疏比较，张的祥等遂以边粮修边为词，哄然呐喊。回到四牌楼将卖米蒋彪等在市粮米或抢或撤，拥众到于巡抚门首。时都御史杨志学因病不曾开门，各军呐喊嗔言，不与主张及不讨粮，将告示牌面打毁。又到管粮郎中巡按御史门首，因见各官闭门，将门前照壁折取砖瓦抛打门外，排栅告示牌面俱各打毁。提督侍郎臧凤上其事。上诏：“张的祥等骄纵狂悖，渐不可长。著臧凤再审为首及情重的，即于军前斩首示众。为从的调发极边卫分常川哨守。其余旗军人还出榜晓谕，令各安心护守城池，再有违犯，不饶。镇巡官节制欠严，张钦简阅欠处，本当究问，且都饶这遭。”
御史俞集疏曰：“宣府乃京师巨蔽，大同亦西藩。先帝往来巡幸，而江彬诸党席宠怙权，颐指抚臣殆若下吏，下之人见宁呆辈忍耻屈辱，遂有轻亵抚臣之心，滋寝成俗。虽有巡抚都御史如杨志学之镇静养士，李铎之振起颓弊，风犹未殄。伏望特降中敕，得以专断外阃。人或干纪，许以军法从事。使人皆知抚臣之威，凛然有不可犯。朝廷之势，隐然日益以尊，岂非所以?奸宄之心乎！两镇频岁荒歉，而权家势要耗损边储，军士衣粮亏欠，未支者约有数十余万之多。伏望轸恤穷军，诞敷渥泽。旧欠者将臣等查出银两照数追补，新支者悉得以按月关给，无令乏匮。否则宣大之患不在夷虏之远，而在镇城之近矣。宣府地方有屯田团种地亩等，粮岁不下十余万石。有椿朋尖丁团种马价等银，岁不下五万两。郎中总粮储，分巡理刑名，固未遑于催督也。例该属之都司。往者甯杲侵渔数多，悉焚都司案卷，以致漫无稽考，侵克蠹费。伏望该部议处，添设分守参议一员，专以督司各项出纳，庶事体归一。宣府一镇分东西南北中五路，大同一镇分东西中三路，其土：马之供应，钱谷之出入，责皆萃于郎中也。迩来拘于资格，往往多不得人。且以正德年来郎中观之，宣府仅有解经一人操守，深为可称人才，诚为难得。今后差遣总理母得拘泥常资，郎中乏人，即于员外内选差，员外乏人，即于主事内委用。取其操履清修，而不在年限之深浅。求其才识端敏，而不在爵序之崇卑可也。”
老营堡地方旧规，游击将军俱在本堡住扎。窦钅訇畏惧边境，擅自呈请回关，扇摇各军。后在教场操练，有管队步军四千余人执旗，齐声说称先年拖欠月粮通未补给，去年五月至今，虽每月阙支银陆钱，米价腾贵，止买米三斗，父母妻子不能相顾。一齐拥入，要赴巡抚衙门诉告。镇守山西太监张景昌、提督都御史胡锭各参称：“窦钅訇回家旬余，各军未应便迫于饥苦，当放军点卯之际，即为下操溃乱之举，纵军虏掠，事殊狂悖。夫指缺粮为由，倡乱胁逼之事，其来已久。自福建军士打入布政司，要将伍符杀害，七卫同风相继而起。在先朝姑示薄罚，未及议处，是以前日又有甘州之变。甘州杀害抚臣，宜早正典刑，以辑人心，迄今未见归结。
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