起麟等領兵至鹽水港，將回諸羅，佳里興巡檢邵宗堯因麻豆失守，賊人圖鹽水港益亟，稟請留師駐港中。柴大紀從之。由是鹽水港始為重鎮矣。
黃喬發郡城之先一日，常青檄令總兵普吉保發兵會勦林爽文。普吉保遲疑不決。常青又連檄促之。不得已始領兵三千人南下。五月丁卯朔，至土庫。柴大紀後至，普吉保大怒，謂柴大紀失期約。維時林爽文聞官兵至，亦自牛稠山回大里杙。普吉保既詢知林爽文已去，益怒，謂為柴大紀所賣，爭執不已，各令師馳歸。署鹿港同知黃嘉訓密稟常青曰：『普總戎于四月二十七日興師，迂途繞道，由二林沿海而行，致賊人聞信先回大里杙。普總戎于五月初一日在土庫地方與柴總戎會合，意見不同，語言搶白，悻悻而散。初六日領兵仍回鹿港，沿途經過村莊，攀留大兵者充途塞道，乃徑行不顧，決意回港。是行也，不見一賊，不折一矢，而職等承辦人夫車仗，費帑至三千餘兩，僅供兩總戎一場口角。自初八日以來，普總戎經過地方，溪墘厝、二林、貓仔千等處，賊人焚毀略盡，傷亡鄉勇數百人，又不發兵救應，致離港二十里外盡為賊有，警息一日數聞，民心惶懼，無不唾罵』！常青聞之，駭愕，移檄切責之，普吉保亦抗書自辨，不伏罪。而諸羅北路阻絕，實自此始矣。
當是時，常青意在先靖南路，屢遣人偵莊大田所在。
先是莊錫舍既投誠歸鳳山，為莊大田所得，大田欲誅之。其黨許光來等皆泉人，為錫舍左袒，言『錫舍實無降意，為人罣誤，今既歸，不宜自傷羽翼，快敵人心』。大田亦以泉人多，恐殺錫舍，人心變。因留錫舍居左右，每行與偕。錫舍請自效，皆不許。頃之，林爽文寇諸羅，乞眾于大田。大田遣陳靈光、張基光等率眾往助爽文，自與錫舍居南潭。錫舍乘機遣心腹赴埤頭取家屬，由海道抵郡，而別遣人密報常青，言大田在南潭，眾賊皆赴北路，宜乘其無備取之。
五月戊寅（十二日），常青督將士三千人親赴南潭，莊大田聞風先遁。常青擒番婦金娘、賊目林紅以歸。金娘，下淡水番婦，習符咒，為人治病。莊錫舍攻鳳山時，請為軍師，臨陣令其誦符咒祈神祐，軍中皆稱曰「仙姑」。鳳山破，皆推仙姑之功。林爽文偽封一品柱國夫人。林紅者，無他技能，與番婦私，每迎敵，隨番婦左右而已。莊錫舍既投誠，番婦歸大田。是時大田遁走，錫舍誘之同行，遂擒之以獻常青，檻送京師，伏法。
五月乙酉（十九日），參贊恆瑞至臺灣，總兵梁朝桂、魏大斌等亦先後至。大兵齊集，常青將興師，因賊勢蔓延，大張文告，曉諭百姓曰：『林爽文罪孽滔天，莊大田同惡相濟。本將軍奉命督師，掃除元惡。憐爾無辜百姓，受其誑惑。凡茲脅從，咸與惟新。有能倒戈效順者，概原不問。或能擒獻渠兇，更當宥罪論賞』。
五月辛巳（十五日），將軍常青、參贊恆瑞以總兵梁朝桂、魏大斌為前鋒，副將謝廷選、蔡攀龍為左右翼，副將官福貴林、參將特克什布為翼長，投誠賊目莊錫舍為響導，統領福州駐防協領、佐領、驍騎校、並福建、廣東、浙江、綠營將弁四百三十七員，滿漢征兵五千五百人，出大北門較場，登壇誓師，殺賊目高番祭纛啟行。聞賊目莊大田屯南潭，遣總兵梁朝桂往捕，不利。大兵屯關帝廳，會日暮，營壘未立，將士露宿。夜半，軍中驚擾，達旦乃定。壬午（十六日），遣莊錫舍往探賊情，久之，言賊目莊大田聞大兵至，先糾集大武隴賊目許尚、陳聘、本縣莊、布袋尾賊目謝檜、陳靈光等，率眾數千人，在南潭掘濠樹柵，阻我師。請以大兵全力赴之。癸巳（二十七日），常青、恆瑞悉師攻南潭。賊出三路迎敵，官兵退據嵌頂。賊亦退。守備林士春率眾逐賊，賊逼之，官兵不能救。守備林士春、千總謝元、把總劉茂貴、外委盧鳳皆戰死，陣亡兵丁數十人。于是常青、恆瑞飛章以聞，再請添調大兵萬人，以資勦捕。而賊人知官兵惟在自守，益往來大武隴、南潭，不復有所忌憚矣。
常青出劄關帝廳之日，參贊藍元枚與賊戰于田中央，敗績。五月乙亥（初九日），藍元枚統領浙江兵二千名至鹿港，謂普吉保曰：『賊自猖獗以來，歷七月餘，屢經官兵勦捕，而賊益肆，非與賊決一死戰，何以完事』？辛巳（十五日），藍元枚檄普吉保領遊擊海亮、都司陳邦光、守備丁士偉率兵千人防八卦山，派守備張奉廷率兵三百人防大肚溪。藍元枚自率遊擊琢靈阿、穆騰額、守備唐昌宗、潘國材，直抵柴坑仔。行至彰化縣北門，賊目陳泮、林琴率眾張左右翼迎官兵。賊皆赤體或襤褸被身。藍元枚易之，命勿施鎗砲，曰：『此等皆難民，為賊脅從耳』。令前騎招之降，無應者。須臾，賊擁至，短兵接，賊益增。藍元枚令穆騰額、唐昌宗當其左，自率琢靈阿、潘國材當其右。時雨後溝圳水皆滿，賊人赤足。泥濘中往來如飛，而官兵徒涉或蹶躓。唐昌宗率把總羅洪燦、外委潘健、吉兆等大呼犯溪流直衝賊中堅，賊皆披靡。使後騎招穆騰額以兵接應，穆騰額遲疑不肯前。會藍元枚見賊勢盛，收兵回營。穆騰額亦馳歸。賊人知援師不繼，更率眾逼官兵。唐昌宗揮刀奮擊，不能脫。賊人用鉤鐮鉤其足仆地，亂攢之死。千總魏際榮、把總羅洪燦、外委潘建、吉兆。兵丁一百餘人，皆死之。于是藍元枚知賊勢猖獗，非現兵所能辦，亦飛章請添兵作後圖矣。
當是時，南北賊眾益輕官兵，肆焚掠。鄉民知官兵不足恃，從賊者亦日眾。而諸羅當南北道路之中，賊擾尤甚。
初，莊大田寇郡城，使人說林爽文合力。林爽文將從之。其黨董喜不可，曰：『我往攻郡城，柴大紀必躡我之後，且或乘虛搗我巢穴。巢穴一失，大事去矣。今用兵當自諸羅始』。林爽文然之，而諸羅始無寧日矣。
先是上聞賊擾諸羅亟，柴大紀戰屢勝。且四月丁未（初十日）諸羅東門之戰，能立斬怯陣之外委劉欽及掠財兵陳恩成以徇，因是益嘉其知兵，遂詔柴大紀暫署陸路提督，旋予實補，兼管臺灣鎮總兵事，恩賚稠疊。以藍元枚轉補水師提督。然柴大紀每戰小衄，皆以捷聞，有識者為之寒心，知其不克終矣。
五月癸未（十七日），柴大紀以賊攻鹽水港日亟，遣千總陳邦材、把總施必得帶兵二百人守鹿仔草，遊擊邱能成帶兵四百往來鹽水港、鹿仔草一路巡哨。丙申（三十日），遣把總陳國忠帶兵二百至鹽水港易李隆兵五百人，撤笨港駐劄兵，皆回縣城。六月丁酉朔，賊陷笨港。丙午（初十日）賊目蔡福、李七、葉省率眾三千人攻鹿仔草。義民首陳宗器赴縣告急。柴大紀遣遊擊李隆率兵五百人援。賊聞信，去鹿仔草，散伏竹仔腳、田洋。李隆等領兵將至竹仔腳，未成陣，賊眾陡起驚官兵。官兵發大砲，砲裂。賊益逼。李隆急收兵回縣，兵爭退不可止。陣亡把總郭得勝、李松、外委蕭富、許飛鳳、陳威，兵丁陳亡者一百三十餘人，陣亡義民陳乾等七十餘人。遊擊邱能成聞警，自鹿仔草馳兵往救，會李隆敗，兵乃收回鹿仔草。至是竹仔腳、大崙、倒店皆賊巢，而鹽水港、鹿仔草始與諸羅阻絕矣。己酉（十三日），柴大紀蠟書告急。
先是，賊目蔡福等，自三月以來，日擾諸羅。柴大紀部分將弁劄營四門外，又自鹽水港運鉎顉砲二十餘環列以禦，賊不敢近。有為賊獻計者，令其先收附近民莊，斷餉道，絕援兵，以困諸羅。于是攻麻豆，陷笨港。自李隆喪師于竹仔腳，而諸羅之兵不能出城門；儲備空虛，兵民岌岌動矣。
辛亥（十五日），總兵魏大斌、副將詹殿擢、守備姚國泰領浙江弁兵六百餘人，都司劉振唐領廣東弁兵四百餘人，效力革職都司羅光炤領鳳山潰回弁兵五百餘人，發關帝廳，由海道赴援諸羅。癸丑（十七日），魏大斌至鹿仔草，遊擊邱能成迎見，備言諸羅望兵狀，勸大斌亟進。甲寅（十八日），魏大斌自鹿仔草進兵，遊擊邱能成、義民首陳宗器皆從。出鹿仔草東十里，至大崙，賊目蔡福糾眾阻我兵。魏大斌所領皆浙江孱民，而鳳山潰兵五百餘尤疲瘵，見賊即驚潰，陣亡把總麥逢春、武成烈、劉映陞、又陣亡兵丁六十餘人，散失千總、把總黃殿臣、陳世棟、陳劇等三人，無著兵丁二百餘人。遊擊邱能成、千總蔡國忠皆負重傷。魏大斌收殘卒回鹿仔草。楊起麟在鹽水港，將率師往救，聞魏大斌已敗，乃止。
六月乙卯（十九日），三等侍衛希明至臺灣，將軍常青之子也。上念常青年老，出師海外，特授其子筆帖式希明三等侍衛，賫恩御用搬指、荷包、香扇、紗葛赴軍前省其親。澎湖遊擊蔡攀龍以保守府城超擢臺灣協北路副將，又賞戴花翎，以旌其功。詔授守備銜莊錫舍以實缺補用，賞擒番婦之功也；常青又請賞給藍翎以獎勵之。臺防同知楊廷理率義民隨軍，常青以聞，賞戴花翎。
初，常青至臺灣，鳳山新喪師，賊兵臨城下，常青獎勵兵民，乘城固守，風采隱然，軍民翕然向之。無何，有廣東肇慶協副將官福者，自言曾出師金川，善用兵。常青信之。官福中恇怯而多機械，意在養寇觀變，凡將弁請用兵者，無不百計沮之。由是軍心始懈。
溫州總兵魏大斌之敗于大崙也，賊眾攻諸羅益急。諸羅守城兵民死亡相繼，柴大紀不能支，募人由閒道至鹿仔草催魏大斌進兵。而魏大斌兵新衄，不能振，乞師于常青。常青遣福寧遊擊田藍玉、督標參將張萬魁率師援之。
初，常青出劄關帝廳，失利，請添兵。總督李侍堯先調督標、提標兵二千人，檄參將張萬魁、遊擊田藍玉領之駐廈門，而兩廣總督孫士毅只挑備粵兵二千名在潮州備策應。至是聞常青需兵急，總督李侍堯即移會孫士毅亟發潮州策應兵，而以所備閩兵二千檄令先往。于是有旨調廣東、浙江駐防兵各千五百人，又調廣東綠營兵四千赴臺灣。又以藍元枚請兵，諭分粵兵二千渡鹿仔港。
先是藍元枚請調閩兵二千，總督李侍堯以本省兵徵調略盡，惟漳州兵先因賊首原籍，防牽連未徵發；藍元枚漳州人，領漳州兵當無事，因調漳州兵二千渡鹿仔港。
六月乙卯（十九日），福寧遊擊田藍玉、海壇守備林士元、千總、把總、外委十四人，領兵千人至關帝廳。戊午（二十二日），督標參將張萬魁、提標守備哈景泰、千總、把總、外委十人，領兵千名繼至。壬戌（二十六日），田藍玉發關帝廳，由海道赴援諸羅。七月癸酉（初八日），張萬魁發關帝廳，亦由海道赴援諸羅。張萬魁之赴援諸羅也，常青又派健銳營章京官保德成額、參將特克什布、都司邵振綱帶福寧並下淡水汛兵三百人同往。邵振綱者，下淡水都司；鳳山既陷，隨參將瑚圖里守汛地。既而下淡水粵莊義民首周敦紀等請隨大軍自效，常青許之。周敦紀等率義民一千二百人由內門山間道至關帝廳，參將瑚圖里、都司邵振綱亦領弁兵六百餘人隨義民赴軍前。常青奏賞周敦紀等九人六品頂戴，曾秀等十三人八品頂戴，其餘義民賞銀各有差。即命瑚圖里協守府城，而分邵振綱所領兵往援諸羅。官保德成額，即常青所請派赴軍前之巴圖魯侍衛也。巴圖魯侍衛烏什哈、達嗒恩、哈雅爾、疆阿果爾、敏色、岱森保、富克精額、官保德成額，凡八人，軍中號稱驍勇。以諸羅賊勢橫，特遣官保等同行。特克什布，亦常青所請賞戴花翎者。
魏大斌往援諸羅，所領皆孱兵，及敗，軍中皆訾議兵將非其人。是行也，官兵皆擇而遣之。
七月丙寅朔，田藍玉至鹿仔草。戊辰（初三日），與魏大斌進兵至半天厝，不利。丙子（十一日），張萬魁等亦帶兵至。于是鹿仔草駐劄諸羅援兵四千餘人矣。
柴大紀致書魏大斌曰：『公等究於何日進兵？頃賊目蔡福、葉省攻諸羅，受重傷，葉省回至牛稠山斃命，賊勢亦稍衰。若不乘時進兵通道路，將重圍終不解矣。公等若來，我聞砲聲，當出援』。
七月戊寅（十三日），總兵魏大斌、參將特克什布、張萬魁、遊擊田藍玉等將進兵，謀所出，招莊民問之，曰：『由倒店、半天厝大路至諸羅，較近而賊眾；由後寮至諸羅，賊少而路較遠。』皆曰：『由大路便』。魏大斌即盡留輜重鹿仔草，留守備林士元分兵守之，以所領兵分三隊進。藥鉛糧餉居中，權命遊擊邱能成帶守鹿仔草兵四百人護之。以義民黃奠邦、藍應舉、陳宗器為向道。至湯丸店，邱能成辭回鹿仔草兵。更前，道益狹，官兵魚貫行。左右皆山，山內布竹簽，兵行益惴恐。日午至倒店，將近諸羅，官兵皆喜。賊忽吶喊齊至，前後擊官兵。官兵不能當，棄械走，糧餉藥鉛皆失。陣亡千總鍾川暘、黃國恩、陳忠耀、
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