、謝際榮、蔡連陞，把總鄭飛鵬、官廷梅、黃振辰、徐得陞、蔡江、蕭世結，外委熊發得、孫進、柯連陞、蘇安武、藍志純、許國忠，武舉陳恆壁。兵丁陣亡者一千一百餘人。陣亡義民二百餘人。外委段昭明、沈賢賫柴大紀回摺皇賞隨大兵赴諸羅，亦被害。參將張萬魁棄馬馳至三苞竹，足蹶臥田間，義民鄭乃生負之，得免。柴大紀聞警，帶兵出援，賊始退。然自是賊益輕官兵，日夜圖諸羅矣。事聞，總兵魏大斌坐革職。魏大斌既至諸羅，柴大紀收拾殘敗，分駐四門。責問諸將失事狀，田藍玉與柴大紀抗。大紀列揭常青。常青以聞。奉旨革職枷示諸羅，以柴大紀揭其臨陣時故緩行違軍令也。
魏大斌初進兵，邱能成以鹿仔草兵單乞師。常青遣浙江遊擊董秉璨帶兵四百人，往守鹿仔草。七月庚午（初五日），廣東惠州副將伍達色、督標守備衛覲光、肇慶協守備陳世泰、千總、把總、外委十人，廣東督標兵千名，提標參將周世佐、增城守備馬大雄、左翼遊擊林起鳳、中營守備方淇、千總、把總十五人，提標左翼、鎮標增城各營兵千人，至關帝廳。戊子（二十三日），惠來營遊擊馬文龍、達濠營守備周應朝、督標守備鐵金彪、千總、把總十四人，惠來、增城督標兵千人，至關帝廳。無何，魏大斌敗問至。甲午（二十九日），常青檄副將貴林、蔡攀龍、參將孫全謀、都司杭富、守備馬大雄帶廣東澎湖兵千六百名援諸羅。
自六月以來，南北賊眾合勢擾諸羅，郡城得以休息。賊雖暫至，然無幾何。聞官兵出，即退避。故大小十餘戰，無不以捷聞。副將貴林、謝廷選、參將特克什布、協領海興阿、都司杭富，皆以功先後獎戴花翎。外委王國志以隨臺灣道永福禦賊，獎戴藍翎，超擢千總。而常青亦奉旨賞戴雙眼花翎。至臺灣道永福、知府楊廷樺賞戴花翎。皆禦賊之功也。
翼長官福幸郡城無劇賊，而常青御將寬，或因為奸利。凡諸將有功，官福意為高下以侔利。又慫恿常青奏獎義民七百餘人，官福之客盧雲翼亦與焉。物議頗不平。常青又為官福奏請巴圖魯名號，軍中益思倖進，憚遠役。副將貴林與官福隙，官福稱于常青，令統兵北援，實構之也。貴林憤憤領兵至海口，三日始登舟，又值風雨，其隨行安平牌兵覆舟鹿耳門，溺死者數十人。識者知其不詳矣。
八月辛丑（初六日），福建按察使李永祺至臺灣。先是常青、恆瑞以軍需旁午，臺灣道府勢不能兼理，奏請派大臣渡海督其事。巡撫徐嗣曾自請往，上不許，特命李永祺膺是役焉。
軍中疫癘大起，副將林天洛、參將廖光宇、遊擊雙德、易連、守備王雄、鐵金彪、方淇，先後沒于軍。弁兵死者日數十人。八月辛丑（初六日），臺灣府知府楊廷樺卒。
癸丑（十八日），藍元枚卒于鹿仔港。
田中央之敗，藍元枚知力不足辦賊，密戒將領普吉保、格繃額等固守馬鳴山、埔心各營壘，以待添兵之至。維時賊焚搶西螺莊。二林義民首陳大用等赴鹿港乞師，令都司張奉廷帶兵四百人守二林。而大甲義民亦請兵，又遣守備潘國材帶兵六百人往。自六月以來，劇賊皆赴諸羅，鹿港少休息。于是藍元枚令武生陳大用、鍾奇英等招安賊莊。
有藍啟能者，元枚從姪也，世居漳浦寮，距大里杙賊巢甚近，或為賊用。聞元枚至，率男婦七十餘人至鹿港。元枚以聞，詔特原無所問。上遇元枚特加恩，與常青同賞雙眼花翎。元枚思圖奇功以報。
有漳浦監生何從龍者，元枚戚屬也；在大里杙，為林爽文所信任。元枚遣人賫諭往，欲令誆林爽文出降，且以富貴動之。久之無成功，元枚愧憤，疾作，至是卒于軍。詔贈元枚太子太保，賞銀千兩。
副將貴林等之統兵援諸羅也，在海上幾兩旬，始達鹽水港。而諸羅自七月以來，糧餉藥鉛皆盡，賊圍之數重，情形幾不可終日。而貴林等絕無進兵信息。常青既憂之，又奉到諭旨，益嚴切。
七月十五日，上諭常青曰：『林爽文牽綴北路，莊大田牽綴南路，使我兵奔走不暇，而賊勢轉得聯絡。常青等為其所愚，擊東應東，擊西應西；譬之奕棋，賊人著著占先，而官兵止辦接應。何時方克竣事』？
七月十八日，上諭常青曰：『常青等應當統領大兵，直趨北路，不可徒為賊所牽綴，坐失事機』！
七月二十一日，上諭常青曰：『汝等坐守郡城，成何事體？惟有遵照節次諭旨，會南趨北，使渠魁就獲，則餘黨自不攻而潰。此朕與爾等以救過之路，不可不懼。朕于用兵，賞罰嚴明，爾等雖未經軍旅，豈無聞見，不可不知也，慎之』！常青益憂懼不知所為。
總督李侍堯又致書常青曰：『諸羅若失，將軍豈能任此重大』？于是下令軍中，擇于八月乙巳（初十日），親統大兵北征。既上聞矣，翼長官福乃日夕切諫，撓其行。計中變。于是謀之參贊恆瑞，令統兵赴援諸羅。常青仍駐關帝廳。
八月，江寧將軍永慶率協領愛隆阿、花沙布、清泰，佐領糾金保、五十八、納海保寧、六十五、富昌，防禦色成、費揚阿、成揆、伊克坦布、常甲保，驍騎校十五員，領催甲兵一千五百名；廣州副都統博清額率協領伊清阿、瑪什布、葉集鳳，佐領札爾虎、敏太、王南炳、陳世俊，防禦達春太、蘇志仁、常恩、永安、松福、文明、王宗藩、蕭永林、楊沛，驍騎校十四員，領催甲兵一千五百名；先後至關帝廳。丁巳（二十二日），參贊恆瑞統領廣東福州駐防、閩粵綠營兵三千，由海道赴援諸羅。領兵官：侍衛二人--富克精額、岱森保，協領三人--色普興額、海興阿、葉集鳳，佐領二人--奇成額、王南炳，防禦五人--音党、阿札魯、王宗璠、蕭永林、楊沛，副將一人--謝廷選，遊擊二人--林起鳳、劉越，都司一人--麥瑞，守備三人--李自昌、方淇、邱榮，驍騎校十人，千總、把總以下二十六人，分領征兵，先後發關帝廳。
先是，諸羅圍益急，柴大紀檄調防守鹽水港遊擊楊起麟、防守鹿仔草遊擊邱能成等帶所領兵赴諸羅。會貴林等統援兵至鹽水港，遊擊楊起麟乃謀與貴林等同進。八月癸丑（十八日），貴林、蔡攀龍、孫全謀留老弱弁兵百人，隨守備黃象新駐鹽水港，盡選精銳前發，至鹿仔草。甲寅（十九日），楊起麟亦留守備黃象新兵七百人守鹽水港，領兵六百名至鹿仔草，與邱能成合兵。乙卯（二十日），貴林、蔡攀龍、孫全謀、楊起麟、邱能成共帶兵二千一百餘人，分三隊進至半天厝。賊分三路來拒官兵。官兵擊之，賊稍退。聞大崙莊為賊巢穴，貴林、杭富、馬大雄等復率眾攻之。及被圍，楊起麟又率兵往援。無何，大雨如注，溪水陡漲。官兵陣亂。倒店、竹仔腳賊皆出乘官兵。官兵首尾不相救。貴林、楊起麟、杭富、馬大雄皆戰死。又陣亡千總以下林玉得、楊振鳳、李振明、苗承霖、劉文全、吳紹玠、姚瑞麟、劉鳳騰、胥獻珪、陳淮、孫文元、葉文郁、佘應標、任贊元、陳元生、汪應麟、陳邦材、陳洪猷等十八人。陣亡兵丁七百餘人。而義民陣亡者亦不下百人。蔡攀龍、孫全謀等雖至諸羅，器械、糧餉，盡為賊有。賊勢猖獗如舊。
有義民許品、黃鳳者，隨蔡攀龍進兵，至竹仔腳散失，逃回鹽水港，言官兵已入城，副將蔡攀龍又帶兵逐賊，接應餘兵入城。佳里興巡檢邵宗堯聞其言，大喜，馳報捷音。而總督李侍堯亦信之，入告。乃越數日，竟不得諸羅音問。遣人探之，道路仍阻。始稍稍知官兵失機矣。有旨授柴大紀為參贊，賜號年長阿巴圖魯，賞其固守諸羅之功也。
八月庚申（二十五日），恆瑞至鹽水港，聞官兵不利，賊勢益張，眾日往來攻擾鹽水港、鹿仔草。乃以所帶兵分五百人，檄遊擊劉越領之，防守鹿仔草。癸亥（二十八日），賊攻鹿仔草，陷之。
初，柴大紀以鹽水港、鹿仔草為往來府城要路，遣遊擊楊起麟、邱能成分兵守。至諸羅被圍久，撤鹽水港、鹿仔草之兵隨貴林等赴縣城，惟董秉璨帶老弱四百餘人守鹿仔草，而鹽水港亦唯守備黃象新帶兵八百人守之。會恆瑞至鹽水港，鹽水港兵勢稍振，賊益攻擾鹿仔草。
賊目葉省妻黃玉娘者，諸羅娼也，家月眉潭。葉省率眾寇諸羅，黃玉娘往往為後殿。諸羅東門之戰，葉省斃于砲，其下推黃玉娘為主，為葉省復仇。自貴林等援兵失利，乘勢寇鹿仔草。守鹿仔草遊擊董秉燦與守備林士元分守南北柵。林士元守南柵，聞賊至，以火藥實砲待之。既而見賊數十人吶喊，將近柵，林士元輕之，率兵出逐。賊皆伏密箐中，一時並起。林士元急收兵，閉柵，發大砲擊之。黃玉娘為娼時，與鹿仔草亡賴子多往來；亡賴子聞黃玉娘至，私以水灌砲，砲不能發。賊人扳柵入，官兵皆潰回鹽水港。陣亡千總張射斗，兵數十人。
先是恆瑞聞鹿仔草急，遣遊擊劉越帶兵五百人協守。甫至而鹿仔草陷。恆瑞劾失守鹿仔草之罪，董秉燦、林士元、劉越等革職、鐫級各有差。
甲子（二十九日），總兵梁朝桂統領杭州協領花沙布、佐領富昌、糾金保、防禦伊克坦布、色成、都司楊拜颺、蕭應得、驍騎校五人、千總、把總九人，杭乍駐防兵五百、廣東綠營兵五百，自關帝廳赴鹽水港。
先是恆瑞赴鹽水港，請梁朝桂同行，會南路賊犯草店尾，官兵禦之，陣亡千總徐日光。常青以南路賊方窺伺郡城，大營兵單，不欲遣朝桂行。至是添調滿漢兵皆至，常青念鹽水港賊眾而官兵新敗，恐恆瑞不能當，故遣朝桂。恆瑞既至鹽水港，數日之內，賊焚劫附近民村樹林、頭後鎮、上帝廟，又陷鹿仔草，鹽水港一日數驚，而新店海口賊尤屢擾之。恆瑞令謝廷選領兵八百人守新店。或言宜進兵解諸羅圍者，恆瑞曰：『今四面皆賊，不惟進不能解圍，即欲退回郡城，其可得乎』？日致書常青告急。既聞梁朝桂帶兵千人至，心乃稍安。
九月戊辰（初四日），賊犯鹽水港，恆瑞率兵禦之，侍衛富克精額中砲死。戊寅（十四日），賊復至，守備黃象新、蕭應得、李自昌帶兵擊走之。恆瑞賞黃象新、蕭應得、李自昌戴用花翎，以獎勵之。辛巳（十七日），總兵普吉保領兵攻笨港，克之，退屯元長莊。
初，常青屢檄普吉保援諸羅。普吉保以兵單，且藍元枚新卒，未可輕動。頃之，守備宋國興率千總、把總十二人，漳州兵千名；遊擊夏承熙帶千總、把總九人，兵千名；先後至鹿仔港。而廣東總兵李化龍、參將張朝龍、守備劉光國、王德俊、余飛鴻、胡瑛、千總以下二十一人，帶廣東兵二千，繼至鹿仔港。兵勢既振，恆瑞再檄普吉保令統兵援諸羅分賊勢。上亦切責普吉保坐視諸羅受圍，不能進取。而鹿港義民首林湊等又言兵有可進之機，不宜失事會。于是普吉保將興師。九日丁卯（初三日），廣東遊擊張會元、守備馬得驄又帶千把總十一人、兵千名至鹿仔港。會李化龍奉旨署水師提督，普吉保乃請李化龍駐鹿港，分廣東兵六百人，令遊擊張會元領之，守馬鳴山。己卯（十五日），普吉保部分諸將，以參將張朝龍領廣東兵，以參將海亮領福建陸提興協長福各營兵，以遊擊琢靈阿領浙江兵，以遊擊夏承熙領漳州兵。將弁七十餘人，征兵五千，發鹿仔港。維時沿海麥仔寮各民莊尚為官守。于是普吉保由馬鳴山興師，沿海行。辛巳（十七日），至笨港。笨港為賊焚毀略盡，不能守，退屯元長莊。常青遣千總王國志、董國瑞帶兵二百名，府城義民二千，赴鹽水港；從恆瑞之請也。
壬午（十八日），泉州城守營遊擊張無咎帶兵五百人至臺灣。癸巳（二十九日），都司吳壯圖帶兵五百人至。初，總督李侍堯聞諸羅被圍久，常青派大營兵赴援，幾萬人，圍不解。恆瑞至鹽水港，每稱賊眾兵單，不能進。因奏遣總兵鄭國卿帶兵三千人直渡鹽水港。時上諭李侍堯在泉州招新兵補缺額，新兵大集。李侍堯即以所募新兵千五百人充是役。遊擊張無咎、吳壯圖帶兵至關帝廳。常青乃令赴鹽水港。
十月辛丑（初七日），常青遣副將丁朝雄帶兵二千人復東港。東港在鳳山南四十里，濱海，為南路商舶出入要口。自鳳山陷于賊，商舶不通者幾月餘。而東港最近竿林，各粵莊義民有事至郡城，皆道東港。六月以來，南路賊皆至南潭與大兵相持。至是竿林莊粵民糾眾攻新園賊巢，乘勢至東港。守港賊目張基光等回水底寮。義民首林成赴府城請發兵守東港，通糧道。
先是常青奏東港不通，糧道阻絕。總督李侍堯聞之，奏遣遊擊倪賓、守備查城帶千總以下八人，兵千名復東港。至是常青分其半守鯤身，別遣副將丁朝雄統領革職參將
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