击李殿臣、罗源营游击王良翰、福州城守营都司李经世、将军标左营守备黄元溥、水师提标后营守备何重申、桐山守备闫威、长福营守备王晏、协同副将罗光干、左营游击陈国星、守备邱延祚等，督官兵防守澎湖。其余继至者，皆令赴施世骠、蓝廷珍军前从征。
先是周应龙逃回泉州，为陆路提督穆廷栻获送总督军前。而施世骠至澎湖，亦将台变逃回将弁张彦贤等十余员押解之厦。总督满保将按军法，数人者皆请死于敌，冒矢石立功赎罪，许之。令千总游全兴管押征台。至是亦到澎听调遣。则周应龙、张彦贤、王鼎、王国祥、万奏平、凌进、杨进、朱明、刘清、郑耀、陈福、尹成、李硕、陈奇通等，合之牛龙、许自重，为台变逃回十六员是也。
而澎协右营把总吴良在台湾修理战舰，台陷从贼，为贼谋取澎湖，领伪札百张，白金五百两，偕其党十二人至澎。施世骠故纳之。夜使人醉其同行者酒，逆谋颇露。搜得伪札，穷治之，遂尽吐贼中情形。知贼党相攻，百姓不附。蓝廷珍言于世骠曰：『群盗皆穿窬乌合，畏死胁从，乖离涣散，一攻即靡。但其众至三十万，不可胜诛。且多杀生灵无益。以某愚见，止歼巨魁数人，余反侧概令自新，勿有所问，则人人有生之乐，无死之心，可不血刃平也』。世骠曰：『善』。戒将弁登岸之日，无得妄杀，贼来降者悉纵还家，门户旗帜书「大清良民」者即为良民，惟拒敌者乃斩之。
癸卯，发澎湖，以林亮、董方为前锋。令外委洪就、洪选等善水者十二人驾小舟，同前锋先行，于鹿耳门清港插标，记明舟行路径。丙午黎明，舟师咸抵鹿耳门外。贼目苏天威率众据鹿耳门炮台，迭发大炮。又以小舟扼险迎敌。前锋林亮、董方以六船冒死直进，亦施大炮攻击。遥望炮台火药堆积累累，亮命炮专攻，火药桶中之火起，燔毙贼无算，贼溃，遂入鹿耳门。
维时海灵助顺，潮水涨高八尺，蓝廷珍率王万化、林政等四百余艘，连樯并进。林亮、董方乘胜掩杀，毁贼船。把总苏荣争先，亦同登岸，夺取鹿耳门炮台，焚其营垒。游击林秀、薄有成、守备魏大猷、叶应龙追杀逸贼。苏天威逃入安平镇城，与贼目郑定瑞列兵迎敌。林亮、董方奋勇先登，复陷贼阵。蓝廷珍率参将王万化、林政、游击魏天锡、边士伟、朱文、谢希贤、郑耀祖、胡璟、郭祺、王绍绪、齐元辅、金作砺、范国斗、李祖、陈允升、守备吕瑞麟、洪平、郑文祥、刘永贵、康陵、苏明良等各弁兵继之。贼败走。林亮、董方复登安平镇城，竖立大军旗帜，延珍出示安民，盖日犹未晡也。
安平既得，令郑耀祖、王绍绪专守安平城，许华守鹿耳门，王万化、林政、林秀、边士伟、李祖、康陵、苏明良驻札鲲身头，列守要害。安平百姓喜王师至止，老幼趋跄，争给军食，少壮者自充乡兵，愿导官军杀贼。是夕，施世骠船到鹿耳门。丁未，乘潮入安平。
朱一贵遣杨来、颜子京、张阿山、翁飞虎率贼众八千余人犯安平。林政、王万化、边士伟、林秀、王绍绪、郑耀祖、李祖等各率兵迎敌。千总游全兴以张彦贤等十四员同在四鲲身与战。蓝廷珍指挥攻击。我兵鎗炮连环如雨。复遣朱文、魏天锡、谢希贤、胡璟、林亮、魏大猷、吕瑞麟、叶应龙、刘永贵等驾小船，沿岸夹击。贼大败。追至七鲲身濑口。戊申，魏天锡、谢希贤、魏大猷率把总牛龙、外委守备陈章等，以轻舟载枪炮硝磺烈焰，于涂墼埕、水仔尾等处烧贼巨舰凡四。
己酉，朱一贵复遣李勇、吴外、张阿山、翁飞虎、陈印、杨来、郭国正等率贼众数万人，驾牛车，列盾为阵，复犯安平。乃以齐元辅、金作砺、吕瑞麟、苏明良、范崇勋率弁兵为左拒，王万化、林政、边士伟、李祖、康陵率弁兵为右拒，郑耀祖、王绍绪为后应。贼目翁飞虎率所部乌龙旗为前锋，驱车拥盾冒炮火冲突，群贼大队并至。左右两军边士伟、吕瑞麟等大战于二鲲身。蓝廷珍亲督大炮，连环齐发，倒贼乌龙旗，破牛车阵。林秀、王良骏、朱文、谢希贤、胡璟、林亮、魏大猷、蔡勇、刘永贵各乘小舟，驾大炮，附岸夹攻。贼众大败，入水死者千余人，斩获杀伤不计。自是贼人退保府治，不敢再至鲲身，惟沿岸列炮，昼夜固守。我军分驾小舟，迫岸攻击，与贼相持。
有西港仔士民，具羊酒到安平镇，叩迎王师，载家属为质，愿引大兵从西港仔登岸杀贼。提督施世骠然之。庚戌夜，密遣林亮、魏大猷、洪平、董方以兵一千二百名往西港仔。次日，蓝廷珍知其事，急言于世骠曰：『谋算必出万全，不可怙胜轻举。闻贼多在萧垄、麻豆间，西港仔乃其肘下；且距府不远，呼召立应；又多竹林可埋伏，彼若以数千人分布要害，四面掩击，亮等一军危矣』！世骠瞿然曰：『如何』？廷珍曰：『当用全力，以大军继之』。世骠曰：『谁当行者』？延珍曰：『此非他人所能任，某不敢辞。公当分遣将备，于濑口、涂墼埕等处尽力攻击。贼闻我师北来，必弃营遁，府治恢复，在此一二日间耳』。
辛亥初昏，蓝廷珍留所部官兵三分之一会攻府治，率舟师五千五百余人夜向西港仔进发。翼日黎明，在竿寮乡登岸，令诸舟悉回安平。诸将曰：『登岸弃舟，何也』？曰：『示军士必死无还心！今日战胜，明当直抵府治耳』。言未已，谍者报贼在苏厝甲，与林亮、魏大猷决战，势甚张。廷珍分兵八队：以魏天锡、金作砺、叶应龙、武举倪鸿范等率兵千人，副林亮、魏大猷、洪平、董方为前锋；林政、李祖兵千人为左翼；王万化、边士伟兵千人为右翼；复以胡璟、刘永贵、范国斗、范崇勋分兵千人为左、右奇兵；苏明良兵四百为后应；吕瑞麟兵七百为游兵；廷珍亲率陈允升、陈章、林君卿、周宣、蓝弘沛、何期有等领亲丁精锐五百人为中军；并进。贼目林曹、江国论、黄殿、林骞、林琏等率众来迎。前锋军奋力冲杀，左右两翼奇兵绕贼阵后，首尾夹击。游兵突出竹林，横冲贼阵。中军虓阚杀进，鎗炮震天。贼大败，溃乱奔窜，追斩俘获，纵横遍地。薄暮至犁头标。廷珍料贼必夜劫营，漏初下，传令撤账房，卷旗帜，露刃伏芒蔗间。贼果至，不见大营，大惊。须臾，我军突出冲杀，贼大败奔散。自是胆落，不复有战心矣。
癸丑，廷珍督大兵南下，复败贼于木栅仔，追杀至茑松溪，直捣台郡。朱一贵率群贼数万遁去。廷珍收复府治，出示安民，驻札万寿亭。水师提督施世骠于先一日传令水陆官兵并进。游击林秀、王良骏、薄有成、齐元辅、郭祺、王绍绪、郑耀祖、守备郑文祥、千总游全兴与张彦贤等十四员，从七鲲身陆路至濑口，攻府治之南；游击朱文、谢希贤、守备高得志、蔡勇等分坐小船，于盐埕、涂墼埕、大井头攻府治西南。贼尽驱精锐拒战。我军贾勇争先，遂夺涂墼埕，毁贼营。至晚屯南较场。癸丑，与总镇蓝廷珍俱会府治。万姓欢呼，复见天日，家家户外设香案，拜迎王师。廷珍一一慰抚之。遣外委守备陈章飞航至厦，赴总督觉罗满保军前报捷。乙卯，提督施世骠登岸，率大兵屯较场，蓝廷珍仍驻万寿亭。
据弁兵先后报获杀害欧阳总兵之达家勇、杀害许副将之黄龙、杀害罗参将之陈碧、各付其子欧阳敏、许方度、罗世正等，自行处死，以报父仇，凌迟、剖肝、碎尸、扬骨，听从其便。台人快之。
闰六月朔日庚申，陈章报捷至厦门。总督满保檄蓝廷珍署理台湾镇总兵官事。会巡抚吕犹龙缮疏以捷闻，则施世骠在台湾军中，已先自题奏上达矣。
初，台湾警报于六月至京师，皇帝恻然不忍加诛，乃为谕曰：『谕台湾众民：据督臣满保等所奏，并伊等进折家人所言，台湾百姓似有变动。又奏称满保于五月十日领兵起程等语。朕思汝等俱系内地之民，非贼寇之比，或因饥寒所迫，或因不肖官员刻剥所致。一二匪类唱诱，众人杀害官兵，情知罪不能免，乃妄行强拒，其实与众何涉。今若遽行征剿，朕心大有不忍。故谕总督满保，令其暂停进兵。汝等若即就抚，自谅原尔罪；若执迷不悟，则遣大兵围剿，俱成灰烬矣。台湾止一海岛，本地所产，不敷所用，祗赖闽省钱粮养生。前海贼占踞六十余年，犹且剿服，不遗余孽；今匪类数人，又何能为？谕旨到时，即将困迫情由诉明，改恶归正，仍皆朕之赤子。朕知此事非汝等本愿，必有不得已苦情，意谓坐以待毙，不如苟且偷生，因而肆行掳掠。原其致此之罪，俱皆不肖官兵。汝等俱系朕历年豢养良民，朕不忍剿除，故暂停进兵。若总督、提督、总兵官统领大兵前往围剿，汝等安能支持？此旨一到，谅必就抚，不得执迷不悟，妄自取死！特谕』。又敕浙江将军塔拜，以甲二千赴闽协防。巡抚吕犹龙按察使董永芠迎劳于浦城，办理夫船。永芠素有才名，方严不阿，一路问民疾苦，捐俸钱恤灾伤，多方抚慰，故兵行而民不扰。浙兵至闽，欲借宿民居，吕犹龙不可。召两司计议。永芠曰：『靖乱以安民为本，若宿民居，民不堪也』！命署福州府冯璼分拨诸佛寺居之。于是浙兵驻闽者数月，得相安一无所苦。
上谕至闽，则六月二十有五日也。总督满保檄委兴泉道陶范亲赍谕旨，往台湾安抚百姓，并署理台厦道事。调汀州知府高铎知台湾府，分委建宁通判孙鲁往署台湾府同知并台湾知县事，海澄知县刘光泗往凤山，漳浦知县汪绅文往署诸罗，俱随大兵安辑流亡，慰抚各庄社民番。
伊时台郡既平，提督施世骠、总兵官蓝廷珍分遣大兵扩清南北二路。以至王万化、林政、边士伟、魏天锡带领官兵剿抚南路逸贼，收复南路营凤山县，擒斩贼目颜子京、郑定瑞等，安抚下淡水、大昆麓各处人民社番，而南路五百里地方俱皆平复矣。以林秀、薄有成、范国斗、齐元辅、郭祺、胡璟、李祖、郑文祥、刘永贵、董方、林君卿及游全兴带同张彦贤等十四员往北路剿抚逸贼。原任游击刘得紫先于壬子乘间投大师，施世骠、蓝廷珍嘉其抗贼不屈，优待之。得紫募丁壮百五十人，请杀贼报仇雪耻，是行与焉。戊午，败贼于大穆降，斩获甚多，贼党降者散者十之九。朱一贵率数千人走湾里溪。大军追至茅港尾、铁线桥，收复盐水港。朱一贵走下加冬。
俸满千总林君卿率外委千总张佛等二十人先大军二十里前行，追杀贼众，夺牛车、马匹、炮械。与陈尚珍、杨秀计议，潜通张岳，欲擒朱一贵，先谋去伪军师王君彩。一贵收君彩杀之。而漳浦人王仁和素往来沟尾庄，与庄民杨石友善，知其族杨旭、杨雄等为一方巨擘，可与谋。以言餂之，石许焉。仁和密告于蓝廷珍。廷珍给仁和外委守备，并杨旭、杨石、杨雄等守备、千总各衔札，令谋擒朱一贵。复有苏山、黄遵为李祖赍书与杨旭，亦令计擒一贵。于是杨旭与王仁和、杨石、杨雄、陈尚珍、杨秀等密纠沟尾前庄、后庄、小槺榔、新埤、佳走、后潭等庄乡壮以待。
闰六月五日甲子，一贵率千人至沟尾庄索饭食，杨旭等椎牛饷之，许号召六庄乡壮相助。一贵往月眉潭，乏食。乙丑夜，其党散去六百余人。丙寅，杨雄绐一贵复回沟尾庄。薄暮霖雨，旭备馆舍，将一贵等分宿民家，传集六庄乡壮，佯为守护。潜以水灌贼炮。夜五鼓，大哗，称官兵至，金鼓火炮齐鸣。诸贼仓皇惊起，不知所措。杨雄、杨旭、杨石、王仁和等遂擒朱一贵、王玉全、翁飞虎、张阿山等四人，散其余众。吴外、陈印各率党逸出。旭缚一贵等置牛车，赴八掌溪交游击林秀，王仁和驰报蓝廷珍。廷珍令解赴施世骠军前，而自往会讯。一贵尚自尊大，欲与提军抗礼，昂然而立。廷珍至，叱之跪，一贵犹妄称「孤家」，词甚不逊。廷珍怒，命捶其足。于是一贵及其党皆跪，伏罪请死。乃槛送厦门，听总督觉罗满保解京正法。又有大排竹人民斩杨来首级献林秀，秀函至府，竿示藁街。复据林秀等官兵、李必第、杨雄等乡壮报获吴外、陈印、李勇、陈正达、卢朱及就抚之林曹、林骞、林琏、郑惟晃、张看等，俱先后解至军前。
分遣朱文、谢希贤、吕瑞麟、洪平及自澎调至之守备闫威，以兵收复北路营诸罗县，擒斩贼目万和尚等。北路营千总陈徽、把总郑高率乡兵来迎。先是陈徽等于六月丙辰起民兵攻复诸罗县，斩贼目赖元改头祭罗参将，因王师未至，县治复为翁飞虎、江国论所夺，仍入山。至是乃出。招抚贼目曾贤、李德，随朱文等安辑各庄社民番。
分遣汀州镇中营游击景慧带领官兵收复笨港。又遣林亮、魏大猷、洪平以舟师赴笨港接应，平定沿海上下。而援淡之游击张駥、守备李燕、刘锡
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