晚近历史的研究，已经进入科学的阶段，对于纪传体的历史方法，当然不能满足。实际上，这种古典的方法，有一个最大的弊病，就是要把历史割裂为无数的碎片，令人只看见个别人物的活动，看不见人类社会的历史之全面的运动。此种弊病，虽有八书、十表，亦不能完全补救。虽然，在司马迁当时，他并不是用纪传体割裂历史；反之，而是连串历史。因为在当时，并没有整然有系统的历史著作，摆在司马迁的面前，让他去任意割裂；只有片断零碎的史料，散见于古典文献之中，等待他去编纂。纪传体的历史方法，就是为了连串这些零碎的历史资料而开创出来的。
纪传体的历史方法，有一定的公式，自然是过于拙笨。但是在这个方法的创始者运用起来，却能变而通之，神而化之。过细研究过司马迁的历史方法的人，就会知道他之运用纪传体的方法，正如骑着一匹不羁之马，纵横驰骋，无往而不适，无适而不可。
司马迁能够发明纪传体的方法，也能驾驭他自己所发明的方法。他绝不用公式来摆布历史，而是用历史去活用他的公式。他唯一的活用方法，就是依据具体历史的资料而或为专篇，或为合篇。
首先，就本纪而论。本纪在原则上，是以帝王名篇，即一个帝王一篇本纪。但是司马迁于夏以前的传说时代，则五帝合为一纪。于夏，于殷，于周，则合一代的帝王，并为一纪。于秦则一代分为两纪，而两纪所分配的帝王，又不平均。于始皇以前，则合所有秦代的先王为一纪；于始皇、二世，则二人合为一纪。而始皇、二世的合纪，又以始皇为主，二世为附。自秦以后，项羽、汉高、吕后、孝文、孝景、武帝，才是一个人一篇专纪。由此而知本纪并不绳于一人一纪的公式，而有其活用之变体。
本纪何为而有此变体？非常明白，司马迁的原则，是事少者纪略，事多者纪详。事详者，则一个帝王为一纪；较略者，则一个朝代为二纪；更略者，则一个朝代为一纪；最略者，则五帝合为一纪。五帝者，即特征中国史前社会中某一阶段的五个神话人物，所以五帝合为一纪，就是把整个史前时代合为一纪。
司马迁说过，“五帝三代之记尚矣”。“尚矣”就是遥远的意思。当时对于遥远的古史，虽已有传说，但据他实地考察的结果，各地所传不同。当时学者虽已多称五帝，百家虽亦曾言“黄帝”，但“其文不雅驯，荐绅先生难言之”，而“儒者或不传”。司马迁对于当时流传之古史的传说，完全抱着怀疑的态度，所谓“疑者传疑，盖其慎也”。他于其所致疑者，皆曰“尚矣”；曰“不可纪已”；曰“靡得而记云”。例如他考历法，则曰：“神农以前尚矣。”考龟策，则曰：“唐虞以上，不可记已。”考平准，则曰：“自高辛氏之前尚矣，靡得而记云。”考诸侯世系，则曰：“殷以前尚矣。”如果要他相信，除非与古文相合。他说：“总之，不离古文者近是。”他说：在古文中，虽然“书缺有间矣”，而“《尚书》独载尧以来”，是以虞、夏之文，尚可知也。至于虞、夏以前，则于传说中，“择其言尤雅者”以为史料。因为史料不多，所以于整个史前时代，并为一纪。
至于夏、殷的史料，孔子已不能考。孔子曰：“夏礼吾能言之，杞不足征也；殷礼吾能言之，宋不足征也。”自孔子至司马迁，其间并无新的史料发现。而且经过秦始皇一度焚书，故孔子之所不得而征的史料，司马迁亦不能征之。因此，司马迁对夏、殷两纪，仅就传说，录其世系，而不纪年。若周代史料，虽有《诗》、《书》可征，然史料亦简略；且自共和以前，年代尚不可纪，何况其详？所以司马迁于夏、于殷、于周，皆并一代的帝王为合纪。
秦之先世，出自西羌，春秋时，尚不与于中国之盟会。其时代既属远古，而活动范围，又僻在西陲，亦无详细论著之历史资料，故亦并为一纪。至于始皇，则秦族已统一中国，典章制度、人物活动，其录于文书、流为传说者至多。但秦代的历史至二世，已成尾声，史实不多，不能自成一纪。所以司马迁于秦代则分二纪，其一纪，纪秦之先王；其一纪，纪始皇而附以二世。
自楚、汉之际至于汉武，则为司马迁之近代，有若干历史事实都在司马迁的眼前继续发展，耳之所闻，目之所见者，无往而非史料。当此之时，一个帝王的史料，多于夏、殷、周一代的史料，乃至整个史前时代的史料，故司马迁以一帝为一纪。由此看来，司马迁绝不略其所详，而详其所不详，以维持其一个帝王一篇本纪的公式；反之，而是依据史实的繁略，以变通其公式。
其次，说到世家。世家，在原则上，是以诸侯之始封祖先或辅相名篇，亦以一人一世家为正规。前者如于吴则以太伯名篇，于齐则以太公名篇，于鲁则以周公名篇，于燕则以召公名篇，于卫则以康叔名篇，于宋则以微子名篇，于越则以勾践名篇。后者如萧何、曹参、陈平、周勃等，皆以人名篇，而且皆系一人一世家。但是司马迁于陈、杞、晋、楚、郑、赵、魏、韩等世家，则以其封国名篇，换言之，即并一个封国世代的诸侯合为一篇世家，是世家的写法，也有变体。
世家何为而有变体？顾名思义，我们可以想到世家的主要任务，是在叙述诸侯的世系，即对贵族作集团的描写。
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