地震，慕容备德受到惊吓而死，临终前果然把帝位授予慕容超。慕容超也没对那些远房慕容们太提防，任命慕容法为征南将军，慕容钟为大都督，一道治理朝政。
慕容超从小没过过好日子，这回一下子当了皇帝，舌头都不知道放哪儿好了。大臣公孙五楼趁机卖力奉承，马屁高拍，慕容超一听说的句句在理，把公孙五楼当作自己的心腹来看待。
公孙五楼在南燕诸大臣中口碑不好，以前慕容备德在的时候都很讨厌他。这回换了主子，规矩就改过来了。慕容钟知道慕容超信任公孙五楼，觉得没自己的好处，就申请到青州当太守。大臣封孚劝阻慕容超说：“慕容钟是国家的宗亲，应当留居朝内辅政，公孙五楼功勋不足，不宜在朝中担当重臣，如今慕容钟在外，公孙五楼在内，微臣认为不妥。”这话公孙五楼可不爱听，他就趁机劝说慕容超不听封孚的意见。慕容钟听说后，就对徐州刺史段宏说：“黄狗的皮毛，难道要拿来修补狐裘吗？”
正好兖州刺史慕容法也对慕容超和公孙五楼都没一点好印象，慕容超就抢先派军队进攻青州慕容钟、兖州慕容法和徐州段宏。三个太守都没防备皇帝会突然翻脸，只好四下流亡。
慕容超除掉了三个政敌，感觉排除了重大隐患，就开始荒废朝政，把国家大事都交给公孙五楼来办理，自己成天喝酒打猎，又下令恢复肉刑等，南燕很快就让这对君臣活宝搞得乌烟瘴气。当时公孙五楼兼任侍中、尚书、卫将军，把持军政人事大权，兄长为冠军将军，叔叔为武卫将军，一家都吃定慕容超。其他官员都望风即避。慕容镇对慕容超说：“微臣听说悬赏加封的时候，没立功者不能封侯。如今公孙一家一门五侯，请陛下多考虑考虑。”慕容超大怒，朝慕容镇发了一阵子火。至此文武百官都不敢再乱说公孙一家的坏话了。
既然说实话不能升官，那么阿谀公孙一家就成了南燕官员们的热门途径。大臣们纷纷到公孙五楼那里行贿，百姓看不顺眼，编个顺口溜说：“欲得侯，事五楼。”
把皇位坐稳的慕容超倒念念不忘流落在长安的呼延氏。姚兴听说那个疯乞丐就是南燕皇帝，就把呼延氏软禁起来，责令南燕称藩，进攻乐师若干。慕容超一听可以把老婆要回来，也不管什么正统，进贡给姚兴一百二十名乐师，尊奉姚兴为君主，把老婆讨了回来，加封呼延氏为皇后。
有了皇后在旁，喝酒娱乐就有伴了。但慕容超马上就觉得少了一百多号乐师，宫廷音乐的水准降低不少，准备从东晋掠夺点南朝百姓当乐师。百官听说慕容超有如此大胆的创意，都吓了一跳，纷纷阻止慕容超不要去惹东晋的麻烦。慕容超不听，派军到南方掠夺了两千多人回来供其享乐。
南燕的第二任君主慕容超继位后，不甘寂寞，公然掠夺东晋的百姓，挑起边境冲突。东晋和慕容家族十几年没打过仗了，慕容超的恶劣行为这引起了东晋官员里的的新贵、也是东晋的最后一任大权臣刘裕的注意。
刘裕出身微贱，靠军功逐渐成长为东晋重臣，这在注重门第出身的江南官僚圈子里真个是凤毛麟角。刘裕的母亲生他时难产而死，他父亲因此认为刘裕是不祥之人，准备丢到荒野里。幸亏刘裕的大婶可怜他留下来抚养大。由于从小寄养在外，他的小名就叫寄奴。因为家里无钱无势，也上不起学，不识字，长大后就成为无业游民，成天赌博打架，后来实在是混不下去了，就以卖草鞋为生。后来前秦讨伐东晋，刘裕应征入伍，参加了刘牢之领导的北府兵，小伙子长的高大魁梧，擅用一柄长刀，被东晋冠军将军孙无终相中，当上了孙无终帐下的一名勤务兵。生活质量比别的小兵要好一些。
淝水之战后，北方一片大乱，东晋乱民孙恩卢循也趁机造反，烽火席卷整个江东，北府兵也投入到剿匪的战斗中。一次刘牢之的儿子刘敬宣领兵讨伐一支几千人的乱民部队，刘裕被派出和几十人一起去侦察敌情，半路被敌人发现遭到围殴，其他人都死个光光，只剩刘裕一人，刘裕只好跳到河里躲起来，几个敌人准备下河杀他，被刘裕用长刀连杀数人，然后一跳到岸上，大声呼喝，长刀一排排砍去，敌人成片片地倒下。乱军都被刘裕的神勇所震慑，刚才还在头顶上跳跃的气势一泄到底，竟然一齐撒丫子扭头就跑，刘裕就提着长刀在后面猛追。恰好刘敬宣心里惦记侦察兵的下落，亲自出来打探情况，正巧看到刘裕一人追杀几千人满地乱跑的壮观景象，不禁大为赞叹，连忙让手下帮忙，杀死一千多敌人胜利回师。刘裕从此得到重用。
孙恩卢循起义逐渐成为东晋朝廷的心腹大患，他们聚居在舟山群岛，伺机就往大陆反扑，浙江一带身深受其害，江东又发生大旱灾，会稽(今杭州)的死亡率就超过了40%，临海、永嘉几乎全部死绝。当地的富人有钱也买不到吃的东西，大都身穿锦缎，手抱金玉，闭门相望而饿死。孙恩军倒靠搜刮死尸狠发了一笔。东晋朝廷见孙恩实在猖獗，就派给刘裕一些军队前往浙江沿海剿匪。刘裕临危授命，在和孙恩的作战中屡立战功，最后逼迫孙恩跳海自杀，孙恩的妹夫卢循接过造反的大旗，见刘裕实在难对付，只好辗转往南，一直乘船到了广州，浙江沿海才算暂时平定。刘裕也依靠战功被提拔为下邳太守。
荆州刺史桓玄是桓温的儿子，控制着东晋鄱阳湖以东的领地，也是个野心勃勃的家伙。其人不满东晋的待遇起兵造反，东晋朝廷派刘牢之来讨伐，竟被桓玄说动缴械投降。桓玄军在毫无抵抗的大好形势下攻陷了建康，自称丞相，逼迫刘牢之自杀。不久桓玄就废掉东晋的无脑皇帝安帝司马德宗，自称楚帝，征召东晋各地大臣进京见新主子，刘裕也在官员之中接受桓玄的视察。
上下级见面会中，桓玄一下就感到位居末座的刘裕是个人才，有心笼络，每次举办宴会必定召集刘裕陪同。但刘裕心中早打算要收拾桓玄，经常和内弟何无忌一道商量如何如何造反。不久他就找了个借口渡江到了京口，逃回了北府兵的势力范围。
这时的东晋早已四分五裂，鄱阳湖以东地区都是桓玄的势力范围，长江以北的淮河流域作为前线，一直受北府兵出身的军部势力管辖。东晋朝廷的命令只在江南一带还有点用，这还是在三方联合打压了孙恩卢循游民军的战役后才管点用，后来桓玄占领了建康，逼迫东晋皇帝退位，东晋朝廷已是名存实亡了。不过亡了也好，回头看整个东晋一百多年历史，共出十一个皇帝，没有任何一个皇帝有过实权。这也算创中国历史上最好记录了。
刘裕回到京口，就联络广陵太守刘毅，三个人通知亲戚朋友，纠集了一百多人宣布造反。京口离建康只有一江之隔，桓玄的大臣们听说刘裕等一百多人就敢于造反，都不把他们放在眼里，只有桓玄非常担心地说：“刘裕是当世的英雄，从前赌博的时曾输得让别人当街打屁股，刘毅从前家里穷得一担米都没有，赌博的时候还敢下百万的赌注，何无忌和刘裕脾气相投，从小就是一块的赌友，三个人都是赤裸裸的赌徒，这次造反，要么就稳吃全庄，要么就全部赔光，怎么能不让人担心啊？”就派出重兵渡江前来围剿。
没几天功夫，就有一千七百多杂七杂八的和刘裕臭味相投的游民无赖加入了叛军，大都是从前北府兵里退役的老兵油子。虽然刘裕的主力都是流氓，但这些人都绝对服气刘裕的领导，打起仗来个个奋勇，而原本战斗力很强的桓玄军在建康经过长期腐化堕落，早就锐气尽失，根本不是对手，被杀个全军覆没。经此一战，刘裕的叛军声势大振，吸引到方圆千里的散兵游勇都来到京口投奔他。
桓玄性情苛刻，喜欢听奉承话，大臣们嘴上歌功颂德，内心却是连声诅咒，巴不得这个家伙早点下台，但顾忌桓玄为人狠毒，没几个敢说朝廷如何如何不好的。经过这次大败，桓玄才知道自己从荆州带来的嫡系部队早已不是百战百胜的了。赶紧求神拜佛，乞求上天给它好运。不料老天也不开眼，连算几卦都是大凶。桓玄心里惶恐，连声嘟囔说：“难道朕今天要灭亡了么？难道朕今天要灭亡了么？...咦？不对啊？你们昨天还说我的军队是荆州来的子弟兵，是不可战胜的么？国家是经济稳定，民心安乐的么？”
那些平时满嘴马屁的大臣现在都不敢吱声，只有吏部郎曹靖之朗声说道：“如今的国家并不是一片祥和，社会稳定，而是民怨神怒，危机四伏，微臣实在寒心。”
桓玄大为惊讶，问道：“既然如此，你为什么事先不说出来呢？”
曹靖之长叹一声道：“朝中大臣，齐声颂扬说此刻天下太平，社会从来没有这么稳定过，就算是尧舜再世也自愧不如，微臣稍微有些异议就被指责为破坏安定团结的大好局面，怎么敢多说话呢？”
桓玄无词可答，不一会有探马来报说刘裕全军渡过江来进攻建康。桓玄只得召集全部兵力两万人前来抵抗。刘裕在战船上就下令士兵饱餐一顿，把剩下的粮食都扔到长江里，以示有去无回，两军在建康城外展开决战。桓玄军虽然人多，但军官很多都是北府兵出身，知道刘裕的厉害，任桓玄怎么催就是不上前。刘裕军站位在上风，趁机放火，遮天蔽日的大火把桓玄军全给笼罩住，桓玄军自相践踏，人越多越乱，刘裕军趁机追杀，桓玄知道难以挽回，只好放弃建康往江陵方向逃跑。不久众叛亲离，被荆州附近忠于东晋的游击队所杀。
桓玄一死，平定桓玄叛乱的刘裕一党顿时咸鱼翻身，摇头一变成了给晋安帝复辟的大功臣，这个晋安帝司马德宗的白痴程度比著名的何不食肉糜的晋惠帝司马衷还要严重，司马衷好歹还会发表一下意见，而安帝却是个先天性聋哑儿，晋书上别的皇帝的传记里都详细地记录了那些皇帝的生平言行，只有这位仁兄的传记例外，都是写的他在位时候的风土人情。因为他一辈子从来没说过话，也不知道冷热饥饱，就算有翻天妙笔也难以为他树碑立传。
这么个木偶正是权臣大显神威的好基础。刘裕加封刘毅为左将军，主管淮河一带，何无忌为右将军，负责江东一带，自封车骑将军兼扬徐兖豫青冀幽并荆司梁益宁秦雍凉十六州大都督，主抓中央。从桓玄手中抢到了东晋大权的接力棒。
战将出身的刘裕成为东晋新贵，手下人才济济，东晋朝政顿时耳目一新。盘踞广州的卢循非常畏惧，就派人向刘裕求和，刘裕正准备休养生息，不想打仗，就下决心招安卢循，任命他为广州太守，为了报答，卢循送来广州特产益智粽，刘裕也赠送给卢循续命汤，(这些好东东怎么现在都没了？)伤痕累累的东晋总算得到暂时的喘息，也没有心思和精力去管刚刚叛变的西蜀谯纵了。
经过数年休整，东晋总算恢复了点元气。为了检验取得的成绩，刘裕就派遣刘敬宣带兵五千来拿西蜀演练演练，刘敬宣一直打到黄虎岭。(今重庆)谯纵听说东晋来讨伐自己，赶紧向后秦求援，愿意向其称臣进贡。(这样后秦名义上的附属国就达到了五个)姚兴就派遣军队联合西蜀拒守。经过长时间的对峙，刘敬宣始终没找到漏洞，军粮耗尽后只好退兵，回来路上被后秦西蜀联军追击，军队损失过半，刘裕的第一次对外战争以失败收场。
当然这只是一次试探，经过这次敲打，西蜀五千人的军队尚要求援，兵力空虚的弱点就暴露出来。刘裕正准备亲征西蜀，南燕边境却传来慕容超掳掠边境人口的急报。这可给了准备检验自己训练成果的刘裕一个口实。刘裕就亲自带军讨伐南燕。
决议传出来，大家的意见是西南没平定不宜冒险向北出兵。但刘裕认为西蜀空虚，一时无法形成强大压力，只要速战速决，拿下南燕没问题，就带领大军乘船北上，一直坐到下邳上岸，步行到了琅琊(今山东临沂)准备进攻。(这里就体现出南军的优势了，南方缺少北方常见的战马，很难组织起强大的骑兵部队，但有着类似铁路网的四通八达的水运交通线。军队和辎重都能通过船来运送，日夜兼程的话速度也不慢。而且士兵不会象骑兵那样经过长途行军会感到疲劳，水军下了船就能马上投入作战。还有就是水军和陆军作战时也具备很大优势，船是天然的防御工事，士兵可以在船舱里向外自由射击。并且粮食放在船上，一般不必担心敌人偷袭，还能打持久战。只是一旦没有了水路，南军的好运就到头了。北方的骑兵在河网密布的南方无法发挥优势，而南方的水军受地形限制无法尽情北上，这也是中国历史上屡次出现南北对峙的原因吧。要解决这个问题，在新式武器或战法出现的
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