方面“外施仁义” ，一方面又条定刑法，重用酷吏；汉宣帝更宣称汉家制度“霸王道杂之”，并且“所用多文法吏，以刑名绳下” 。
儒家的独尊，不但由董仲舒首倡其议，而且新儒学的思想内容，也由他奠立基石。董仲舒，广川（今河北枣强境）人，习《公羊春秋》，景帝时为博士。武帝时，他上《天人三策》，系统地阐明了他的哲学思想和政治思想。他著有《春秋繁露》一书。
董仲舒认为人君受命于天，进行统治，所以应当“屈民而伸君，屈君而伸天” 。如果人君无道，天即降灾异来谴告和威慑。如果人君在灾异之前不知改悔，就会出现“伤败”。因此人君必须“强勉行道” 。这就是他的“天人感应”学说。他认为《春秋》一书著录了长时期的天象资料，集中了天人相与之际的许多解释，所以后世言灾异要以《春秋》为根据。
董仲舒主张“道之大原出于天，天不变道亦不变”。这是他的形而上学的宇宙观。同时他又认为朝代改换，也有举偏补弊的问题。他说：“继治世者其道同，继乱世者其道变。”他认为秦朝是乱世，像“朽木粪墙”一样，无可修治，继起的汉朝必须改弦更张，才能“善治”，这叫做“更化”。更化不但应表现为改正朔，易服色，制礼乐，而且还应表现为去秦弊政。这就是他提出限民名田、禁止专杀奴婢等要求的理论根据。不过在他看来，“王者有改制之名，无易道之实” ，所以改制并不影响“天不变道亦不变”的理论。
董仲舒据《公羊春秋》立说，主张大一统。他说：“《春秋》大一统者，天地之常经，古今之通谊也。”他的所谓“大一统”，就是损抑诸侯，一统乎天子，并使四海“来臣”。但是如果“师异道，人异论，百家殊方，旨意不同”，人君就无以持一统。因此他要求罢黜百家，独尊儒术。
对于人君应当如何实行统治的问题，他主张效法天道。“天道之大者在阴阳，阳为德，阴为刑”，所以人君的统治必须阴阳相兼，德刑并用。天道以阳为主，以阴佐阳，因此人君的统治也应当以德为主，以刑辅德。他的所谓德，主要是指仁义礼乐，人伦纲常。他以君臣、夫妻、父子为“王道之三纲”，并认为三纲“可求于天” ，与天地、阴阳、冬夏相当，不能改变。他主张设学校以广教化，因为这是巩固统治的最可靠的堤防。
董仲舒的学说，基本上是借用阴阳家的思想重新解释儒家经典。这种新的儒家学说，适应文景以来政治、经济发展的要求，对于巩固国家的统一，有其积极作用。他的更化和任德的主张，有助于防止暴政，缓和对人民的剥削压迫。董仲舒思想的核心是维护统治秩序，神化专制皇权，并力图把政权和族权、神权、夫权紧密结合起来。由于这种原因，董仲舒的学说在以后曾长期地为历代王朝的统治者所拥护。
武帝以来，儒学传授出现了一个昌盛的局面。博士官学中不但经学博士完备，而且由于经学师承的不同，一经兼有数家，各家屡有分合兴废。宣帝末年，《易》有施、孟、梁丘，《书》有欧阳、夏侯胜、夏侯建（大小夏侯），《诗》有齐、鲁、韩，《礼》有后氏，《春秋》有公羊、穀梁，共12博士 。博士就是经师，他们的任务是记诵和解释儒家经典。他们解经繁密驳杂，有时一经的解释达百余万言。博士有弟子，武帝时博士弟子50人，以后递增，成帝时多至3000、人，东汉顺帝时甚至达到30000人。经学昌盛和博士弟子众多，主要是由于经学从理论上辩护王朝的统治，因此，统治者对儒生广开了“禄利之路” 的缘故。
在儒学发展的同时，也出现了搜集与整理图书的热潮。汉武帝“敕丞相公孙弘广开献书之路” ，还设写书官抄写书籍。当时集中的图书数量颇多，“外则有太常、太史、博士之藏，内则有延阁、广内、秘室之府” 。以后成帝命陈农访求天下遗书，又命刘向总校诸书。刘向校经传、诸子、诗赋，任宏校兵书，尹咸校数术（占卜之书），李柱国校方技（医药之书）。每一书校毕，都由刘向条成篇目，写出提要。刘向子刘歆继承父业，完成了这一工作，并且写出了《七略》 一书。《七略》是我国第一部目录书，它著录的书目，大致都保存在《汉书·艺文志》中。
刘歆在校书的过程中，发现了一些经书的不同底本，因而导致了经学内部今文经和古文经的区分和两派的争论。原来西汉博士所用经书，是根据老儒口授，用当时通行的隶书写成的，而民间却仍有用秦以前的古文字写成的经书。后来刘歆宣称他发现了古文《春秋左氏传》，并利用它来解《春秋经》。他还说发现《礼》39篇（《逸礼》），《尚书》16篇（《古文尚书》），这两种书是鲁共王坏孔子旧宅而得到，由孔子12世孙孔安国献入秘府的。刘歆要求把这些书立于学官，并与反对此议的博士进行激烈辩论，指斥他们“因陋就寡”，“保残守阙”，“信口说而背传记，是末师而非往古”，“挟恐见破之私意，而无从善服义之公心” 。这场论战之后，经学中出现了今文和古文两个流派，各持不同的底本，各有不同的经解。王莽当政时，为了托古改制的需要，曾为《古文尚书》、《毛诗》、《逸礼》等古文经立博士。王莽命甄丰摹写几种古文经典，镌刻石上。这是我国最早的“石经”。东汉初年，取消古文经博士，复立今文经博士，共14博士 。东汉时期民间立馆传经之风很盛，某些名学者世代传经，形成了经书的“家法”，著录生徒成千上万人。在民间传播的经学，有很多是古文经。
西汉末年，又出现了一种谶纬之学。谶是伪托神灵的预言，常附有图，故称图谶。据说秦始皇时卢生入海得图书，写有“亡秦者胡也”，这是关于图谶的最早记载。纬是与经相对而得名的，是假托神意解经的书。东汉初年，谶纬共有81篇。当时的儒生以《七纬》 为内学，以《五经》为外学，他们为了利禄，都兼习谶纬。谶纬的内容有的解经，有的述史，有的论天文、历数、地理，更多的则是宣扬神灵怪异，其总的思想属于阴阳五行体系。这些内容，除包含一部分有用的自然科学知识和古史传说以外，绝大部分都是荒诞不经的迷信妄语，极便于人们引用来穿凿附会，作任意的解释。王莽、刘秀称帝，都曾利用过谶纬。刘秀把谶纬作为一种重要的统治工具，甚至发诏班命，施政用人，也要引用谶纬，谶纬实际上超过了经书的地位。中元元年（公元56年），光武帝“宣布图谶于天下” ，更使图谶成为法定的经典。汉章帝会群儒于白虎观，讨论经义，由班固写成《白虎通德论》（又称《白虎通义》、《白虎通》）一书，这部书系统地吸收了阴阳五行和谶纬之学，形成今文经学派的主要论点。《白虎通》的出现，是董仲舒以来儒家神秘主义思想的进一步发展。
谶纬的流行，今文经的谶纬化，使经学的内容更为空疏荒诞，所以一些较有见识的士人如桓谭、尹敏、郑兴、张衡等，都表示反对谶纬。桓谭陈说：“诸巧慧小才伎数之人，增益图书，矫称谶记，以欺惑贪邪，诖误人主。” 他力言谶不合经，表示自己不读谶书。桓谭在神秘主义思想统治一切的时候，提出了“精神居形体，犹火之然（燃）烛矣” 的见解，在哲学史上有可贵的意义。
在反谶纬思潮的影响下，许多儒生专攻或兼攻古文经。古文经治学重在训诂，解经举其大义，不像今文经那样徒重章句推衍。东汉古文经大师贾逵、服虔、马融等人，在经学上都有过一定贡献。古文经学家许慎为了反对今文经派根据隶定的古书穿凿附会而曲解经文，于是编成一部《说文解字》，共收小篆及其他古文字9353个，逐字注释其形体音义。郑玄兼通今古文经而以古文经为主，他网罗众家之说，为《毛诗》、《三礼》等书作出注解。许慎、郑玄的著作，除起了抑制今文经和谶纬发展的作用外，对于古史和古文字、古文献的研究，也有贡献。熹平四年，蔡邕参校诸体文字的经书，用隶书书写五经（或云六经）经文，镌刻石碑，立于太学，这是我国最早的官定经本，后世称为“熹平石经”。这对于纠正今文经学家臆造别字，对于维护文字的统一，起了积极作用。
古文经学家用训诂的方法反对今文经学和谶纬，虽然取得了一些成就，但是他们局限于探索经文本义，除了桓谭以外，在理论上都没有重大的发挥。他们不可能超越于儒家思想体系之外，而且有复古倾向。在这场反对今文经学和谶纬的斗争中，只有王充跳出了经学的圈子，以唯物主义思想攻击了今文经和谶纬。
王充，会稽上虞人，生于建武三年（公元27年），死于和帝永元年间。王充出身于“细族孤门” ，早年曾在太学受业，常在洛阳书肆中博览百家之言。后来，他作过短时期的州郡吏，其余的岁月，都是“贫无一亩庇身”，“贱无斗石之秩” ，居家教授，专力著述，写成了《论衡》85篇（今存84篇）二十余万言。
王充自称其思想“违儒家之说，合黄老之义” 。他以道家自然之说立论，而对自然作了唯物主义的解释。在论证方法上，他强调“引物事以验其言行” 。他反对儒者的“天地故生人”之说，主张“天地合气，人偶自生” 。他认为儒家天人感应说是虚妄的，因为“天道，自然也，无为；如谴告人，是有为，非自然也” 。在他看来，天之所以无为，可以从天无口目，不会有嗜欲得到证明。他说：“六经之文，圣人之语，动言天者，欲化无道，惧愚者之言” ，揭露了统治者神道设教的目的。
王充认为精神依存于形体，他说：“形须气而成，气须形而知，天下无独燃之火，世间安得有无体独知之精？” 根据这种道理，他反对人死为鬼之说。他说：“人之所以生者，精气也，死而精气灭。能为精气者，血脉也。人死血脉竭，竭而精气灭，灭而形体朽，朽而成灰土，何用为鬼？” 他从无鬼论出发，反对厚葬，提倡薄葬。
王充对于传统的思想和成见，具有批判精神。他甚至对孔、孟和儒家经典，也敢于提出怀疑和批判。他在《论衡·问孔》中反对世俗儒者对孔子的片言只语进行无穷无尽的推衍，因而对孔子反复提出问难。他说：“夫贤圣下笔造文，用意详审，尚未可谓尽得实，况仓卒吐言，安能皆是？”他还说：“苟有不晓解之问，迢难孔子，何伤于义？诚有传圣业之知，伐孔子之说，何逆于理？”他在《论衡》的其他部分，还分别对孟子、墨子、韩非、邹衍等人进行了分析，所涉及的问题，有许多与汉朝的政治、文化设施有直接关系。
王充受当时生产水平和知识水平的限制，对于他自己引为论据的某些自然现象，有时理解错误。他同中国古代的许多思想家一样，无法透彻阐明复杂的社会历史现象和客观规律，不能正确说明人的主观作用。所以他不得不用天命来解释社会事物变化的终极原因，用骨相来解释个人的贵贱夭寿，因而陷入了宿命论。这是王充思想的重大缺陷。
由于《论衡》对汉代占统治地位的思想进行了无情的攻击，所以这部著作在很长时间内无法公诸于世，直到东汉末年才流传开来。
佛教产生于印度，经由中亚传入我国新疆地区，西汉末年传入内地 。
佛教人中国后，最早的信徒多为帝王贵族，如楚王英“喜黄老，学为浮屠（佛）斋戒祭祀” ，桓帝“宫中立黄老浮屠之祠” 。当时的人把佛当作一种祠祀，近于神仙方术 ；并且把佛教教义理解为清虚无为，“省欲去奢” ，与黄老学说相似，因此浮屠与老子往往并祭，而“老子人夷狄为浮屠” 的传说也颇流行。
桓、灵之世，安息僧安世高、大月氏僧支谶等相继来中国，在洛阳翻译佛经，汉人严浮调（他是见于记载的最早出家的汉人）受佛学于安世高，参与译事。从此以后，佛教经典翻译，才算正式开始。不过汉代所译佛经，仍然掺杂了许多祠祀的道理，佛教与道家仍然被联系在一起。所以东汉末年的《牟子理惑论》虽然反对神仙方术，但仍用老庄无为思想来发挥佛教教义。
初平四年（193年），丹阳人笮融为徐州牧陶谦督广陵等郡漕运，他断盗官运，大起浮屠祠，造铜浮屠像，用复免徭役来招致信徒，“由此远近前后至者五千余人户，每浴佛，多设酒饭，布席于路，经数十里，民人来观及就食且万人，费以巨亿计” 。这是我国佛教造像和大规模招致信徒之始。
东汉时期，民间流行的巫术与黄老学说的某些部分结合起来，逐渐形成了道教。顺帝时，琅琊宫崇“上其师于吉于曲阳泉水上所得神书百七十卷”，号为《太平清领书》，“其言以阴阳五行
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