黄巾大军被镇压下去后，各地农民反对统治者的斗争，一度沉寂下来。中平五年（188年），并、青、徐、益等州黄巾又起，他们力量分散，没有再次形成反对汉朝统治的高潮。
在镇压农民起义的过程中，豪强地主原有的私家武装由隐蔽转为公开，并且大大加强了；州郡官吏也纷纷扩充势力，同东汉王朝保持若即若离的关系。长期以来地主经济发展所导致的分裂形势，进一步明朗起来，东汉王朝实际上已无法维持对全国的统治。
为了防范农民军和加强对州郡的控制，东汉把一些重要地区的刺史改为州牧，选择有名望而又可靠的宗室和其他的列卿、尚书充任，给以一州的军政大权。改设州牧不但没有加强中央的控制，反而使某些地区的分散的割据势力按地区集中起来，更便于实行割据。
在斗争转入低潮的形势下，东汉统治集团中外戚、宦官的斗争又趋激烈。中平六年（189年），汉灵帝死，刘辩（少帝）继立，大将军何进掌握大权。何进联络大族地主的代表人物袁绍，起用一批名士，并且杀掉统领西园八校尉军的宦官蹇硕 。他还密召并州牧董卓入京，帮助他铲除宦官势力。正在这时，宦官杀何进，袁绍又勒兵发动政变，把宦官一网打尽。接着，董卓带兵进入洛阳。
董卓本是陇西豪强，他同羌中豪帅有很多联系，曾镇压羌人和黄巾的起义斗争。灵帝死前，董卓出任并州牧，驻军河东“以观时变” 。他入京后，并吞何进兄弟和执金吾（中尉改名）丁原的军队，尽揽东汉朝政。他废黜少帝，立陈留王刘协为帝（汉献帝），并逼走袁绍、曹操等人。董卓的专横，洛阳的混乱，使各地的分裂割据活动迅速扩大。州郡牧守各树一帜，招兵买马，讨伐董卓，混战立即在北方各地展开了。
初平元年（190年），关东各路讨伐董卓的军队以袁绍为盟主，进屯洛阳周围各地。董卓为了躲避关东兵锋，避免并州黄巾截断后路的危险，挟持汉献帝西迁长安，并驱迫洛阳一带百姓西行。他行前大肆烧掠，使洛阳周围室屋荡尽，一空如洗。关东联军本来都是乌合之众，尔虞我诈，彼此并吞，很快就分崩离析了。
不久以后，长安发生政变，董卓被杀。董卓死后，关中成了他的部将李傕、郭汜等彼此攻杀的战场，长安附近居民死亡逃散，关中行旅断绝。
经过五六年复杂的分合过程后，全国逐渐形成许多割据区域：袁绍占据冀、青、并三州，曹操占据兖、豫二州，公孙瓒占据幽州，刘备、吕布在陶谦之后相继占据徐州，袁术占据扬州的淮南部分，刘表占据荆州，刘焉占据益州，孙策占据江东，韩遂、马腾占据凉州，公孙度占据辽东，等等。北方的割据形势特别严重，割据者烧杀掳掠，混战经年，使社会生产受到空前的大破坏，出现了“白骨纵横万里” 的惨象。
在割据者展开混战的时候，北方和长江流域各地的黄巾，继续活跃。青州黄巾群辈相随，众至百万，转战青、兖各地，势力很盛，往往“父兄歼殪，子弟群起” 。但是不久以后，他们陆续被一些强大的割据者镇压下去了。
曹操（155—220年）是沛国谯（今安徽亳州）人；父曹嵩，宦官曹腾养子。董卓入京后，他逃至陈留，聚兵5000，同各地的“名豪大侠，富室强族” 一起，参加了讨伐董卓的关东联军。初平三年（192年），他在济北诱降黄巾军30余万，男女百余万口，选其精锐，改编为自己的主要队伍，名叫青州军。一些豪强地主如李通、任峻、许褚、吕虔、李典等，也先后率领宗族、部曲、宾客，追随曹操。在当时的割据者中，曹操对东汉黑暗统治和农民起义威力有较深的认识，是地主阶级中的一个有远见的人物。建安元年（196年），他把汉献帝迎到许县，取得了“挟天子以令诸侯”的地位，扩大了政治影响。他在许县和其他地方设立屯田，积蓄军资，巩固了军事势力。因此他得以陆续消灭黄河以南许多割据势力，隔黄河与袁绍抗衡。那时袁绍又并有幽州，是北方最强大的割据力量。
建安五年，袁曹两军发生了官渡（在河南中牟境）会战。袁绍兵多粮足，而统治混乱，军心涣散。曹操虽然力寡粮绌，后方不稳，但是他采用各个击破和偷袭粮囤的战术，迅速击溃了袁军，全歼袁军主力，奠定了统一中原的基础。官渡战后，曹操利用袁绍之子袁谭、袁尚的矛盾，相继占领青、冀、幽、并四州，统一了中原。建安十二年，曹操率军出卢龙塞（今河北喜峰口），打败了与袁氏残余势力勾结的乌桓蹋顿单于，这对于巩固中原统一，保障人民安居生产，起了积极作用。
建安十三年（208年），曹操挥军南下，企图夺取刘表之子刘琮据有的荆州（今湖北襄樊），然后再进占江东，逐步统一全国。在中原活动失败的刘备，正依托于荆州，他在曹军的追逐下自樊城南奔江陵，行抵当阳，为曹军所败。那时，孙权已经继孙策统治江东，他与刘备的谋士诸葛亮结盟于柴桑（今江西九江），共与曹军相持于赤壁（今湖北赤壁市西北）。一场大战在赤壁展开，在这一战役中，曹军将近30万人，号称80万；而孙刘联军只有5万左右，处于绝对的劣势。但是曹军远道疲惫，军中又流行时疫，战斗力不强。孙吴军主帅周瑜乘东南风纵火焚烧曹军水师，
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