南北大运河的重新沟通加强了南北经济的联系，同时也为许多农田提供了灌溉之利。
洪武时，明政府在南京和全国各州县设立了“预备仓”，规定府州县各置东西南北四仓，储粮备荒，“多者万余石，少者五千石” ，遇有水旱，即用以贷给贫民。永乐、宣德间又下令各州县的官吏随时注意修补。宣德七年（1432年），巡抚周忱和苏州府知府况锺在苏州各县设济农仓，以官钞籴米储存，共积粮29万石，修建水利和赈贷农民之费都由此出 。周忱还对江南田赋制度进行了改革，创立了“平米法”，将重赋官田与民田的加耗（指抵补损耗的附加税粮）摊平征收，在一定程度上缓和了田赋不均和逃赋现象，使济农仓得以长期维持，终周忱在任的二十余年，“江南数大郡，小民不知凶荒，两税未尝逋负” 。
明朝也推行了一些有利于工商业的措施。明初，手工业工人分为轮班匠和住坐匠两种。他们除去规定时间内为官府服役外，其余时间可以“自由趁作”，与元代一部分工匠终年拘留在官营手工作坊中劳作的情况有了很大改善。当时政府商税征收也有严格限制。洪武、永乐时，一般的商税是三十税一，农具以及军民嫁娶丧葬之物，舟车丝布之类全都免税 。洪武十三年（1380年），朱元璋下令裁撤了全国的税课司局354所，改由各府州县直接征税 。这些措施不同程度地起到了保护工商业发展的作用。明朝政府又限制官营的矿业，许可民间开采，矿税一般是三十税二。这些都有利于农业、手工业和商业的发展。
明初还整顿了元末以来币制混乱的状况，钱钞兼行，既铸造“洪武通宝”的铜钱，又统一发行“大明宝钞”。不过后来宝钞印发失控，逐渐贬值，民间流通日少，白银日渐成为与铜钱并行的主要货币。
明初，农民的垦荒有很大的成就。耕地的数量显著增加。洪武时，各州县每年垦田，少者亩以千计，多者至20万。据不完全统计，从洪武元年至十六年（1368—1383年），各地新垦田土共达1805216顷，约合当时全国土地数额的一半 。根据明朝政府的普遍丈量和农民的继续开垦，到了洪武二十六年（1393年），全国的田土包括官田、民田、旧额、新垦已达8507623顷，比元末增长了4倍有余。永乐、宣德时，屯田面积更加扩大。于是“东自辽左，北抵宣大，西至甘肃，南尽滇蜀，中原则大河南北，在在兴屯矣” 。
粮食的总产量也在逐步提高，这从明朝政府税粮的增长也可以看出。洪武十八年（1385年），全国收入麦、米、豆、谷20889617石，到二十六年增加为32789800石，比元代差不多增长了两倍。洪武末年军屯的上缴粮不过500余万石，永乐时已达2300余万石 。全国各地的仓储都极为充裕。史载永乐时，福建、陕西某些地区的仓储可支当地的俸饷10年、20年、30年或40年，四川长寿县的仓储足支当地俸饷百年 。《明史·食货志》也说：“是时宇内富庶，赋入盈羡，米粟自输京师数百万石外，府县仓廪蓄积甚丰，至红腐不可食。”这显然有夸张，但也反映了在某些地区有足够的粮食储备。
宋、元以来，棉花的种植多在湖广、江南一带，到了明初，山东、河南、河北等地也开始大量植棉了。洪武二十五年（1392年），开封、大名等地的棉花得到了丰收，产量高达1180万斤 。桑枣果木的种植也很普遍，其中果木一项已超过了10亿株。永乐时，布帛、丝绢、棉花绒和果（课）钞已成为明朝赋税的重要部分，据永乐十七年（1419年）统计，该年共征收布帛1206887匹、丝绵246507斤、棉花绒583324斤、果钞15945601锭 。除布帛外，其他都是当时收入的最高额。这表明了农村家庭的副业已日益恢复，经济作物的种植比以前增多了。
明初的官营手工业如采铁、铸铜、造船、制瓷、织染、军器、制盐等，生产规模庞大，分工细密，工匠对国家的人身依附关系比元朝有所松动，手工业产品在质量上已超过了前代的水平。南京的龙江造船厂，北京的军器局、宝源局，遵化铁厂，苏州的织染局，饶州的御窑厂所设的工场都有细致的分工。洪武时，官办铁冶的定额每年已达一千八百四十七万余斤 ，钱币年铸最高量已达一亿九千九百八十四万余文 。宣德时，饶州传造的瓷器一次达443500件 ，其他绫罗纱绸、彩缎、雕漆等消费品的制造更是不可胜数。郑和下西洋时所乘宝船皆为官营船厂所造，其规模不仅超过前代，在当时的世界上也是首屈一指。现存北京大钟寺永乐年间所造的大钟，高5.8米，重8.4万多斤，上铸《金刚经》、《华严经》等经文20余万字，充分展示了明朝前期官营手工业的技术水平。
由于农业和手工业生产的发展，商业活动也更加频繁。明初整顿驿站，设立递运所、急递铺等官方交通设施，永乐时疏通运河，都为商业发展创立了便利条件。南、北两京，江南苏州、杭州，以及运河沿岸的淮安、济宁、临清、德州等地，“四方百货，倍于往时” 。北京不仅成为全国的都城，还是一个最大的商业城市。宣德时，明朝政府在全国33个城市增收商税，这些城市的工商业也日趋繁荣 。
明初社会生产力比以前发展了，社会矛盾也有一定的缓和。但是，农民和手工业工人仍然没有、也不可能摆脱地主阶级的压迫和剥削。
皇帝、勋戚和一般地主继续占有广大的土地。据洪武三十年（1397年）统计，全国占地7顷以上的地主共有14241户之多 。明朝的新贵6国公、28侯，早在洪武四年（1371年）就已拥有佃户38194家了 。永乐时，勋臣李增枝“于各处多立庄田，每庄蓄佃仆无虑千百户” 。永乐时，在北京的黄垡，已出现了第一个“皇庄” 。明初功臣之家的佃农由皇家随田赐给，这一类佃农的身份还是很不自由的。
明朝政府把赋税额规定得较低，一般是官田五升三合，民田三升三合。但各地的征收实额并不一致，如苏州、浙西等地每亩要征至二三石 。其中部分地主“大户”，例不纳粮，粮无赠耗（即附加税），又都有免役的特权，于是官府便把赋役转嫁到贫苦农民的头上。有些农民仍过着贫困的生活，一般的年景尚且不能自给，遇到灾荒就不免于流亡。永乐年间，山东邹县、滕县地区的农民吃的是稗子、草根和树皮。宣德时，苏州一带的农民在重租重税的剥削下逃亡的愈来愈多，积欠的税粮达790万石。社会不安定的因素依然存在。永乐十八年（1420年）二月，山东地区爆发了以唐赛儿为首的农民起义，农民军据益都卸石棚寨，攻下了即墨城。这一切都说明了在明初70年中，社会矛盾虽比元代有所缓和，但有时依然很激烈。
明太祖即位后，一方面加快统一战争的步伐，另一方面创制立法，建立新王朝的各项制度。
首先是完善中央和地方的官制。中央官制最大的变化是废除中书省和丞相。明太祖认为皇帝怠政、中书省丞相专权是元朝衰亡的重要原因，建国后虽沿元制设中书省，但丞相多不满员，僚属也不全设。洪武十三年（1380年）以谋反罪杀中书省左丞相胡惟庸，并宣布废除中书省，从此不设宰相，由皇帝直接统领吏、户、礼、兵、刑、工六部。六部分割了原宰相事权，地位上升，并与中央其他权力机构分理庶务，形成牵制之局。军政由兵部和五军都督府分掌，五军都督府负责军队的日常管理，兵部负责武官选授和军队的调发；刑政由刑部、都察院和大理寺分典，刑部受理天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正、平反案件，使其互相牵制，一切兵刑大权都总揽于皇帝。在地方官制中，洪武九年（1376年）废除了沿元制设立的行中书省，在全国设十三布政使司（俗称省） 。各省的兵、民、钱、谷分别由布政使、按察使、都指挥使管理，布政使掌民政，按察使掌刑，都指挥使掌兵，叫做“三司”。元朝行中书省的丞相无所不统，明初则分权于三司。明太祖为了加强监察机构的职能，在都察院下设监察御史。监察御史出为巡按御史，代皇帝巡视地方，弹劾官吏，监察民情。此外，还设立通政司处理臣民的章奏，规定除田土、诉讼之争，一般民户皆可上书言事。上述对官制的调整和改革，表明了专制皇权在明初有了进一步的发展。
明代又施行了比唐、宋更为完备的学校制度和科举制度。官办学校分为国子学和府州县学两种。国子学在洪武十五年（1382年）改名国子监，学生通称监生，其中品官勋贵子弟、土司子弟及外国生为官生，地方保举的民间俊秀和府州县学生员为民生。洪武初年，官生人数较多，以后民生占有压倒多数。监生在学校结业后可直接作官或通过科举作官。洪武时，很多监生经过短期的学习，即调往各地“历事”（历事是结业后在各衙门见习的意思），有的被超擢为布政使、按察使等官吏。府州县学的学生叫生员。明初规定府学生员40名，州学30名，县学20名，皆给廪膳。他们不能直接做官，必须参加科举考试，或是经由“岁贡”入国子监，才可能有做官的机会。此外，民间乡村则有民办社学和私塾，几乎做到“无地而不设之学”，故史称“明代学校之盛，唐、宋以来所不及也” 。
明朝科举制度始于洪武三年（1370年），因效果不尽理想，一度停罢。洪武十五年重开科举，十七年颁布科举程式。科举考试每三年一行，分乡试、会试、殿试三级。乡试每逢子、卯、午、酉年在各省举行，中试者为举人。会试于乡试第二年在京师举行，中试者可参加由皇帝主持的殿试，分三甲发榜，统称进士。一甲三人，称进士及第，依次为状元、榜眼、探花。二甲若干人，称进士出身。三甲若干人称同进士出身。进士即可以直接做官。科举考试的内容有四书义、经义、论、判、诏（或诰、表）、经史时务策等。其中最重要的是四书义和经义，即从四书五经命题，四书要以朱熹的注为依据。这样就把知识分子的思想限制在程朱理学之内。明朝政府还不断扩充科举的名额，洪武十八年（1385年）一次会试录取至472人 ，从此有更多的庶民子弟通过考试参加到政府的机构中来。
为了加强国家的武装力量，明太祖创设了卫所制度。明朝的军队约有180万，都编制在卫所之中，卫所遍布全国各地，大抵5600人为1卫。1120人为1千户所，112人为1百户所，卫所设有卫指挥、千户、百户等官。军士皆别立户籍，叫做军户，军户是世袭的，一经签派为兵，就不能随意脱籍 明朝规定，军户皆由国家分给土地，令其屯田自养，平时军士由卫所军官负责操练、屯田，一遇国家有事，则拨归兵部派遣的总兵官统领，这样，兵部、都督府、总兵官都不能独专军权。明代卫所有实土、非实土之分，上面提到的卫所为非实土卫所，设于府州县境内，其屯田与民田相杂，不完全自成区域。实土卫所设在尚未设立府州县的边区，拥有固定辖区，如辽东都司下的卫所，全是实土卫所。边疆少数民族地区的卫所，与实土卫所、非实土卫所均不相同，长官由当地民族首领担任，称羁縻卫所。
洪武时期也是明朝法制建设的开创阶段。明太祖制定了多种法典、法规，包括律、令、诰、榜文、条例等，其中最主要的是《大明律》和《大诰》。《大明律》是一部综合性刑法典，以《唐律》为蓝本，但又“因时以定制，缘情以制刑”，具有自己的特点。全书分30卷，律文460条，按六部分类编排相关律条，较之《唐律》简核，是对传统法典结构的一次改革。《大明律》的特点是“重其重罪，轻其轻罪” 。重罪是指危害国家的谋反及重大经济犯罪，量刑比《唐律》要重，连坐范围也广。轻罪指一般犯罪行为，惩处要比《唐律》为轻。《大明律》还加大了对官吏和勋贵违法的打击力度，较《唐律》新增死罪27条，大部分是针对这些人的。至于官员贪污受贿律文中条目最多，仅受赃一项《刑律》中就单列一卷。《大诰》是洪武中后期朱元璋亲自撰写、刊发的刑事法规，分大诰、大诰续编、大诰三编、大诰武臣4个部分，共236条。诰文包括“官民过犯”判例，法令法规，以及朱元璋对臣民的训戒之辞。朱元璋颁布《大诰》是想通过“不循朕教”，“自取灭亡”的判例，张扬刑威，向臣民灌输“趋吉避凶”之道。由于相当多的判例采用了律外刑罚，几成重刑恫吓。朱元璋死后《大诰》基本不再行用。
明初经战乱之后，户籍散佚，赋役征调也面临着重重困难。为此朱元璋非常重视户籍的重建工作。最初是根据元朝册
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