册籍来抄报户籍。洪武三年（1370年），在人口登记的基础上创设户帖。洪武十四年（1381年），明朝政府在社会日趋稳定的形势下，开始编制黄册，详细登记了各地居民的丁口与产业情况。平时人口的增减、产业的变迁都要呈报政府登入黄册备案，每年由政府审定一次 。洪武二十年（1387年），明朝政府又经过普遍丈量土地，编制了鱼鳞册，详细记载每乡每户土地的亩数和方圆四至，并绘制成图 。鱼鳞册与黄册相互配合，“鱼鳞册为经，土田之讼质焉，黄册为纬，赋役之法定焉” 。明朝政府正是通过这两种册籍建立起一套比前代更加详备的户籍和赋役管理制度，在巩固明朝专制国家经济基础方面发挥了重要作用。此外，明政府还在全国推行了里甲制和关津制。里甲是以110户为1里，1里又分为10甲，里设里长，甲设甲长。里甲内的人民都要互相知保，不得隐藏户口，亦不得任意流徙。关津制是在全国“冲要去处”分设巡检司盘查行人，没有政府颁行的路引不能放行，越渡者以逃民律论。里甲制和关津制把人民牢固束缚在土地上，强制他们屈从于专制国家的统治，不能离开乡土一步。
明太祖在创制立法的过程中，对某些地区的豪强地主进行了打击，他曾经籍没苏州、嘉兴、松江、湖州等地的豪族富民的土地 ，并把他们中的几万户强行迁徙到南京、临濠地方。又在南京抄杀了豪民一百七十余家，这些人在京城与官府勾结，私设公堂，隐匿逃犯，这当然不为专制政权所容 。为了扫除君主集权的障碍，明太祖对功臣曾两次大肆杀戮。洪武十三年（1380年）丞相胡惟庸一案，牵连被杀的功臣达三万余人。洪武二十六年（1393年）蓝玉一案，牵连被杀的也有一万五千余人。明太祖对贪官污吏也进行了严厉的惩罚。洪武十八年（1385年），户部侍郎郭桓等吞没浙西秋粮事发，官吏数百人被处死刑，下狱的达数万人，追赃达数百万石 。这一系列的措施，大大加强了中央政府和皇帝的权力，打击了豪强势力，整肃了吏治，也起了抑制兼并、缓和社会矛盾的作用。
明太祖在加强专制皇权的同时，还把他的24个儿子和1个从孙分封在全国各地。一部分授以兵权，如燕王棣、晋王 、宁王权等，命他们驻守北方，抵御蒙古；另一部分则驻于内地各省，如周王 、齐王榑等，使他们监督地方的官吏。在诸王中，以北方诸王的势力最大。宁王“带甲八万，革车六千，所属朵颜三卫骑兵皆骁勇善战” 。燕、晋二王更是长期在北方筑城兴屯，训练兵丁，中央派来的将领如宋国公冯胜、颍国公傅友德等皆听其节制 ，甚至“诏二王军务大者始以闻” 。为了避免权臣擅政，明太祖又规定诸王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利 。但是他又怕诸王权势日大，威胁了中央集权的统治，申明诸王“惟列爵而不临民，分藩而不锡土” 。这种分封制度虽与西汉初年的分封王国不同，但仍然会造成割据的局面，与强化专制皇权的目的背道而驰。
洪武三十一年（1398年），明太祖死，太孙朱允坟（即建文帝）继位，朱允坟及其大臣齐泰、黄子澄等人，鉴于北方诸王势力太大，决定采取削藩的办法。当时晋王已死，他们打算先废去一些力量较小的藩王，然后再及于拥重兵的燕王朱棣。朱棣是朱元璋第四子，《明史》说他“智勇有大略” ，他曾节制沿边兵马，并多次战败蒙古统治者，在边方“屡建奇功”。建文元年（1399年），朱棣以入京诛奸臣为名，向南京进兵，于是明朝统治集团内部的斗争演变为武装的冲突，这就是“靖难之役”。
经过三年的战争，燕王棣打败了建文帝，夺取了明朝政权，建元永乐，是为明成祖。
明成祖朱棣在巩固专制皇权方面进行了一些重大的改革：
第一，继续执行了削藩的政策，先后把被封在北方的诸王迁徙至南方，有的被废为庶人。如徙谷王于长沙，徙宁王于南昌，削去代王、辽王的护卫等等。从此分裂割据的势力更加削弱，军政大权再度集中于皇帝。
第二，对中央行政机构作了进一步的调整，正式设立秘书咨询机构内阁。内阁的成员由皇帝亲自从翰林院官僚中选拔，入直文渊阁，参预机密，协助皇帝办理政事。内阁臣僚一般在五至七人，这是在废除丞相后为了加强皇权的又一次改革 。明成祖又重用司礼监宦官，并给予宦官“出使、专征、监军、分镇、刺官民隐事”等大权 。在当时，宦官与内阁的权势相抗衡，重大政务最后取决于皇帝，皇权进一步巩固了。
洪武十五年（1382年），明朝政府在南京设立了一个保卫皇帝、并从事侦缉活动的军事机构，叫做锦衣卫。到了永乐十八年（1420年），又设立了“东厂”，由皇帝信任的宦官统领。锦衣卫和东厂合称为“厂、卫”。厂、卫专门在南北两京搜捕所谓“妖人”、“叛逆”和“大奸恶” ，在厂、卫中有特设的监狱和法庭。厂、卫的出现，标志着君主专制统治的加强。
第三，永乐十九年（1421年），明成祖把都城从南京迁到北京。在当时的形势下，迁都北京有利于抗击从北边袭来的蒙古骑兵的威胁，又能进一步控制东北地区，这对于巩固边防以及维护全国的统一都是有积极意义的。永乐迁都北京后有反复，直到正统初年明朝才正式定都北京。南京作为留都，依然保持一套中央机构，明朝实行的是两京制。
明初，蒙古地区分为鞑靼、瓦剌和兀良哈三大部，其中以鞑靼的势力最为强大。永乐元年（1403年），元顺帝后裔坤帖木儿为鞑靼别部首领鬼力赤所杀，鬼力赤称可汗。不久，阿鲁台又杀鬼力赤，立本雅失里为可汗。他们“与瓦剌相仇杀，数往来塞下” 。明朝政府对各部采取了羁縻和防御并用的政策，在兀良哈地区设置了兀良哈三卫，封其首领为都督、指挥、千户、百户等官。又先后封瓦剌部马哈木为顺宁王、太平为贤义王，把秃孛罗为安乐王，封鞑靼部阿鲁台为和宁王，许各部与明朝贸易或迁来内地居住 。同时明朝又积极加强北方的兵备，屯田练兵，防止他们南侵。
明成祖在位时期，兀良哈部的首领与明朝的关系极为密切，贸易也十分频繁，彼此没有发生过战争，但鞑靼和瓦剌部却经常在北边纵兵骚扰。从永乐八年（1410年）到永乐二十二年（1424年）之间，明成祖曾亲自率兵五次出塞，先后打败了本雅失里、阿鲁台和马哈木的蒙古骑兵，使鞑靼、瓦剌两部统治者都遭受很大的挫折。
永乐元年（1403年），明朝政府在今东北地区设置了建州卫和兀者卫，二年（1404年）设置奴儿干卫，七年（1409年）又设置奴儿干都司 。建州等卫和奴儿干都司的设立，对东北地区的开发起了很大的作用。
永乐二十二年（1424年）七月，明成祖病死，明仁宗朱高炽即位。第二年五月，仁宗也病卒，明宣宗即位。仁宣两帝一共在位11年，其间明朝统治走上了正常轨道。
宣德初，汉王朱高煦在乐安（今山东广饶）举兵反叛，宣宗亲率大军平叛。平叛后各地藩王护卫相继裁减，势力削弱，再也不能构成对中央的威胁，皇权进一步加强。
仁宣时期文武官员的地位也有所变化，洪、永时期用人文武并进，武将在国家政治生活中有较大的发言权，仁宣时期文臣独重，文官政治的格局完全形成，特别是内阁地位明显上升，他们通过票拟参与议政，影响皇帝批红。（票拟，亦称拟票、调贴、条旨，即代皇帝草拟对臣下章奏的处理意见，用小票墨书，贴各疏面上进。批红是指皇帝根据阁票用朱笔批示最终决定。）在地方管理上，针对三司分权，互不统属，遇重大问题造成事权不一的现象，采取中央派“巡抚”管理地方的制度。巡抚是中央官，也是文官，他们在地方长驻久任，或督理税粮，或总制河道，或协调地方三司，又都有监察官吏、安抚百姓的职责。以后巡抚逐渐固定挂都察院官衔，与正统初年出现的总督共同成为位居三司之上的方面大员，进一步加强了中央对地方的控制。
仁、宣两帝与大臣之间的关系极为融洽，君主不专断，内阁与六部同心辅政，改变了洪、永时期大臣动辄得咎的现象。当时明政府提倡节俭，专心内治，与民休息，使社会经济持续繁荣。史称“仁宣致治”。
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