有噶当派（红教）、噶举派（白教）、萨迦派（花教）和盆布派（黑教）等，每派又分为若干小派，而以噶举派帕木竹巴法王的权力为最大。明朝在帕木竹巴设万户府，并封帕木竹巴法王为“国师” 。以后每一代的帕木竹巴法王都由明朝政府册封为阐化王。这些事实说明西藏与明朝政府始终保持着隶属关系。
明朝前期，西藏喇嘛教中出现了一个新兴教派格鲁派，因其僧侣戴黄色僧帽，俗称黄教。格鲁派的创始人宗喀巴（1357—1419年）出生于青海西宁地区，于洪武五年（1372年）到西藏求佛法。他在西藏进行了宗教改革，要求僧人严守戒律，禁止其娶妻生子和从事世俗活动，同时加强对经典的研究，以知识服众。黄教在明中叶后势力日大，信仰的人也愈来愈多。宗喀巴有很多弟子，其中最著名的两个弟子，即达赖喇嘛和班禅额尔德尼，他们世世转生，叫“呼毕勒汗”。
宗喀巴弟子释迦也失曾于永乐、宣德时两度来到北京，明朝封他为“大慈法王”。万历时，三世达赖锁南坚错长期居留在西宁等地，使喇嘛教黄教在蒙古得到广泛的传播。达赖三世与蒙古俺达汗十分友好，与明朝的大学士张居正也有书信往还，他在调处蒙古俺达汗与明朝皇帝之间的关系方面，作出过一定的贡献。
在明代，各派的喇嘛僧侣都来北京朝贡。据礼部统计，宣德、正统年间每年有三四十人，景泰时增加十倍，天顺间增加百倍 。当明中叶，北京新建的佛寺达百余所，喇嘛僧侣有数千人，汉人也有信奉喇嘛教的 ，明武宗即通晓藏语。明神宗万历间，帕木竹巴法王在西藏的地位已日益动摇，而噶马噶举的势力日大，于万历四十六年（1618年）推翻了帕木竹巴法王的统治。噶马噶举的第二世祖师哈立麻于永乐初也曾来南京，被封为大宝法王。此后噶马法王又屡次派人来北京。神宗派宦官杨英册封该派法王时所立的碑还保存在西藏大招寺院里 。
从永乐五年（1407年）至十二年（1414年）间，明朝政府与阐化王合作修通了从雅州到乌斯藏的驿路，除去以前由甘肃到乌斯藏的旧有道路外，又开辟了一条新的捷径 。从此，西藏地方与内地的联系更加密切了。
明朝在四川、甘肃等地设茶马互市与藏人贸易，但这种互市只限于官府，私人贸易是严格禁止的。尽管如此，汉藏两族人民之间的贸易关系始终不断。藏人经常以马匹、氆氇等物来内地换取盐、茶叶和布匹，四川的许多“番”人也“专务贸贩碉门乌茶，蜀之细布，博易羌货，以赡其生” ，当时雅安和打箭炉等地，已成为藏汉人民互市的场所。甚至有的人还越山涉水，深入藏族地区，从事贸易活动 。
崇祯十四年（1641年），格鲁派首领达赖五世和班禅四世借青海蒙古部固始汗的兵力，推翻了噶马噶举在西藏的统治，从此黄教在西藏的政治地位日益巩固，并且得到青海、蒙古各地喇嘛僧侣的支持。崇祯十五年（1642年），达赖五世又和班禅四世联名派遣使节到沈阳去见清太宗皇太极，西藏与清朝政府也开始有了联系。
畏吾儿（亦作畏兀儿，即今维吾尔族）是明代居住在新疆地区的一个主要的民族。在畏吾儿人聚居的地区除去别失八里和撒里维吾儿仍旧从事游牧外，其他居住在于阗、喀什噶尔、哈密、吐鲁番、火州、柳城等地的畏吾儿人都以农业为主要的生产。明朝人说于阗“桑麻禾黍，宛如中土” ，又说柳城的锁子葡萄，甘美无核，是很好的酿酒原料 。畏吾儿人地区的手工业也很发达，于阗的胡锦、花蕊布，火州的白 布，哈密的镔铁器都是畏吾儿人精美的手工艺品。
畏吾儿族地区的耕地和牧场大部分掌握在领主（蒙古族或畏吾儿族）的手中，一般农户只有很少的土地或无土地，他们受到领主的残酷剥削。正德时，哈密的蒙古族领主向每家农户征麦三石、马一匹，还抢掠畏吾儿人的牛羊，强奸他们的妻女。畏吾儿农民的生活非常痛苦，阶级矛盾和民族矛盾都非常尖锐 。
居住在天山南路与北路西部的畏吾儿人，在明初已普遍改信了伊斯兰教，只有住在东部的畏吾儿人，有些仍信佛教。到了15世纪末至16世纪，哈密、吐鲁番等地的畏吾儿族也全都信奉伊斯兰教了。
畏吾儿族地区的城市都是各自为政，互不相属，“地大者称国，小者只称地面” 。洪武、永乐间，这些“小国”或“地面”很快与内地恢复了联系，以后向明朝称臣奉表的有“七八十部”之多 。明朝政府先后在撒里维吾儿、哈密等地设立了蒙古赤斤、沙州、哈密、安定、曲先、阿端、罕东、罕东左卫等八卫，卫设指挥。此外在柳州、火城等地又一度设有都指挥等官。在这些卫所之中，以哈密与明朝政府的关系最为密切，明朝政府封哈密统治者为忠顺王，命他总管西域的贡事。
畏吾儿族地区的领主之间常常相互争战，哈密等地又经常遭受蒙古瓦剌等部的侵扰。景泰时，吐鲁蕃势力强大，攻占哈密城，合并了瓜、沙二州，兵锋及于嘉峪关内的甘州、肃州等地。从此明朝对西域的控制日益松弛，不得不在嘉靖八年（1529年）放弃了哈密 。但是当时的哈密仍然是通向“西域之襟喉”，经过这里来北京和甘肃贸易的使者，始终没有中断。
畏吾儿人善于经营商业。他们或“行贾诸番”，或随同使者来内地贸易，有些人并久留不归，与汉人经常往来。另一方面，畏吾儿族地区也有不少汉人，他们大都是被蒙古统治者掳掠和转卖而来的 。
住在云贵两广地区的有苗、瑶、彝、侗、壮、黎、傣等族人民。在明代，这些地区因为长期受到汉族先进经济文化的影响，社会经济都有着不同程度的发展。在农业中尤为显著，并普遍使用犁耕。住在高寒山区的一些部落，生产力比较低下，社会变化不甚明显。生产力较发展、与汉族交往比较频繁的地区，社会已有明显的变化。土地不断向大土地所有者手中集中。英宗天顺时，彝族大地主杨辉在贵州北部共占有庄田145所，茶园26处，蜡崖28处，猎场11处，渔场13处，役使佃户以千百计 。世宗嘉靖时，贵州一个安姓的土司，积垒资财在50万金以上，被列为全国第一等富人 。
洪武、永乐时期，明朝政府对云贵两广地区的管理体制基本确立。这些地区的省级机构与内地一样，设都、布、按三司。少数民族地区则沿袭元朝的制度设立土司。土司有的属武职系统，其名目有宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使等，属文职系统的有土知府、土知州、土知县等官职。土官多为世袭其职，不受朝廷迁调，但要负责谨守疆界，缴纳赋税，修护驿道。在西南土司中，女土司占有一定的数量，“大略诸蛮……多女子为政，其袭替多女土官，异于他族” 。如贵州宣慰使彝族女土司奢香，在洪武时率领所部建龙场九驿，并畅通了四川通向云贵的道路。明朝人论这次修路的功绩，“视古唐蒙而无不及” 。当时明政府注意对西南各民族实施怀柔政策，在当地整肃吏治，兴办学校，并移内地军民前往屯种，推动了西南地区民族经济和文化的发展。
明朝设立土司的目的是要通过各族的首领来管理各族人民，但各地的土司与明朝也时有矛盾，他们经常发动叛乱。永乐六年（1408年）有贵州思南等三宣慰使的叛乱。正统三年（1438年）有云南麓川（怒江附近）宣慰使思任发的叛乱。万历二十七年（1599年）有播州土司杨应龙的叛乱。明朝政府在平定叛乱之后，往往把这些地区的土司裁撤，改设流官，叫做“改土归流”。永乐十一年（1413年），明朝改思南等宣慰司为思南、思州、铜仁、石阡、黎平等府，并设立了贵州布政使司。万历时又改播州地为平越、遵义二府。明朝政府推行改土归流的目的是为了建立对少数民族地区的直接管理，但是在客观上打破了农奴制度，促进了这些地区地主经济的发展。云贵各地也常有各族人民反抗明政府的起义，如正统十四年（1449年），由于汉官的勒索和明朝连年征讨麓川在沿途向各族人民勒派夫马，使云贵地区米粮艰难，人多死亡，就发生了苗族人民反抗明政府的武装起义。又如景泰、天顺、成化时，广西大藤峡的壮族和瑶族人民也掀起了声势浩大的起义，这次起义的发生，主要是反对“衣食租税”的汉族地主和卫所军官 。
随着明朝政府对西南地区管理的加强，大量的汉人也向云贵等地迁移，他们往往全家迁来落户，有的是随军而来的军户，有的是逃避赋役的民户 。他们中的许多人以后就住在瑶区、彝区成为彝户、瑶户。贵州等地卫所的士兵，因为躲兵役，也往往逃入苗寨 。在琼州的“熟黎”中，有一半都是从闽广各地逃亡来的汉人 。这些汉人把进步的生产工具（铁工具）和生产技术带到了苗、瑶等族聚居的地区，并在这里耕作、开矿、采茶、兴修水利，对于这些地区的开发起了很大的作用。
女真族是满族的前身，长久以来居住在今松花江南北及黑龙江一带。早在11世纪时，女真族的完颜等部已经建立金朝，以后又从东北迁入黄河流域，另一些部落直到明初仍然留住在东北，分为海西、建州和野人三部。女真三部社会经济的发展是不平衡的，“野人”部比较落后，“无市井城廓，逐水草而居”，以射猎为业 。海西、建州两部虽然还过着渔猎的生活，但也从事畜牧与农耕，由于与汉族地区接近，社会进步较快。
女真族一向与汉族、蒙古族和朝鲜族有密切的联系，他们经常以貂皮、牲畜、药材换取内地和朝鲜族的铁制农具，刀、剑、箭镞等武器，缝纫用针以及其他各种手工业品。女真各部之间也彼此进行交换，“野人”部也用皮毛与建州部换米。
洪武时，明朝在辽东压服了蒙古贵族的残余势力，同时设立了辽东指挥使司，开始控制女真族的各个部落。永乐七年（1409年），明朝政府在东北地区设置了奴儿干都司，还先后设置了184个卫所，通过这些卫所对东北各少数民族人民进行管理。卫所的长官全都是各族的首领，由明朝政府赐以印信和官号，并许其持敕书定期来内地贸易。
女真建州部在明初住在牡丹江上源长白山东南一带。永乐时，明朝封建州部首领阿哈出为建州卫都指挥使，猛哥帖木儿为建州卫左都督。猛哥帖木儿就是后来清朝皇室的祖先。这时，住居黑龙江流域的野人部力量强大，南下压迫建州，阿哈出孙李满住率众西走，猛哥帖木儿被野人部所杀，其弟凡察及子童仓、董山等也被迫率部西迁。正统以后，建州部众几经迁徙，相继来到赫图阿拉地方（今辽宁新宾县境）。这一地区物资丰饶，又与明朝的辽、沈连界，从此，建州部与内地的接触更加频繁了。
建州部定居在赫图阿拉以后，他们的首领董山和凡察彼此争夺领导权，明朝政府即以董山为建州左卫都指挥使，凡察为建州右卫都指挥使，令其分领部众，与李满住的建州卫都指挥使合为建州三卫，而皆臣属明朝。建州部的首领很得到明统治者的信任，他们“与大明看边，忠顺有年” ，只要有机可乘，就联合海西等部对辽东大肆劫掠，而且这种情况随着明朝的衰败腐朽日益严重。定居在赫图阿拉以后的建州部，与内地的经济联系更为密切。英宗天顺八年（1464年），明朝政府除去原有的广宁、开原两马市外，又开抚顺关专与建州部贸易。在广宁、抚顺这些地方，每当贡期，使节和商人络绎于途。建州等部与明朝的贸易和战争是交错进行的，有时，一面派贡使来内地贸易，一面又在沿边掠夺和骚扰。
明朝中叶，有很多汉族人民迁来东北落户，其中一部分人是被女真各部掠来的，他们沦为女真贵族的奴隶，替女真贵族耕种土地，对女真各部社会的发展起了重要的作用。
16世纪后期，隆庆、万历间，女真建州部的社会生产力已有显著的发展。在建州部居住的费阿拉（旧老城）和赫图阿拉等地区，“土地肥饶，禾谷甚茂，旱田诸种，无不有之” ，一般都使用铁制农具和牛耕，农业在当时已成为主要的生产部门。手工业也很发达，“银、铁、革、木，皆有其工” 。女真族人民为了满足商业的需要，还改进了人参的制作技术。在以前，建州部采集的人参多以水浸，不能持久，至是采取了煮熟晾干的办法，可以长期保存。他们以大量的土产药物和珍贵的兽皮等与汉族贸易，原来的商场只有抚顺一处，万历四年（1576年）又增加了清河、宽甸、叆阳三处 。
与这一生产力相适应的社会组织是八旗制度，这是在努尔哈赤作建州部首领时期开始建立起来的。八旗制度从表面看是一种军事制度，但它却反映了建州部整个社会经济结
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