地主豪绅输租 。在城市中，行会的手工业工人，也因为钱贱物贵，生活困难，纷纷组织起来，向东家要求增加工资 。规模更大的反抗是在宦官征商以后，各大城镇的居民因不能容忍明朝的苛政，先后掀起了多次反矿监、税监的斗争。
湖广人民反对宦官陈奉的斗争是各地反对宦官征商的先声。万历二十七年（1599年），陈奉在荆州征商。商民恨奉入骨，一呼而聚者数千人，向他抛掷砖石，陈奉逃窜武昌。万历二十八年（1600年），陈奉又在武昌征商，武昌商民聚众万余人，甘与奉同死。暴动的群众把陈奉的同党五六人抛入长江中，迫使陈奉从武昌逃跑。当时，仅在湖广各城镇，前后因征商引起的激变，就有十余次之多。
次年，宦官孙隆在苏州征商。他规定机户“每机一张，税银三钱”，又创立新法：“凡缯之出市者，每匹纳银三分。” 此法颁行后，“机户皆杜门罢织”，于是机工失业，生活无着。这年六月，苏州的织工、染工约两千余人在织工葛贤、钱大、徐元、陆满等四人的领导下，于苏州玄妙观誓神焚香，宣言“欲为吴民剿乱”。他们前后击毙了宦官孙隆的爪牙二人，捶死了税官多人，又火焚了豪富皂隶等十家住宅，并在城郊遍贴榜文，“必欲得宦官乃已”，孙隆害怕，连夜往杭州躲避。
反宦官的怒潮在其他各地也此起彼伏。万历三十年（1602年），宦官潘相在江西景德镇征商，引起了当地窑工的激变。三十一年（1603年）宦官王朝在北京门头沟征商，一支由窑工和运煤脚夫组成并有一部分窑户参加的队伍向北京城进发，他们在京城内“填街塞路”，举行大示威，迫使明朝皇帝不得不把王朝撤掉。在同一时期，陕西、直隶、福建，以至辽东、云南等地，也纷纷起来驱逐宦官，云南商民还把税监杨荣当众杀掉以泄愤。
全国城市居民反矿监、税监的斗争主要是由于明朝政府加强对城市工商业者的掠夺所造成的，这样的暴动在中国历史上还是第一次见到。参加这一斗争的基本群众是城市的手工业工人、小商人、手工业者和城市贫民，其中有很多是流入城市从事佣工、小贩的破产农民。这种斗争，反映了在商品经济日益发展的情况下，城市的贫民、特别是手工业工人已经开始作为一支力量参加到反压迫的斗争中来了。由于宦官的征商，一些居住城市的地主兼工商业者、中产以上的商人、作坊主、窑主等类人，也有一部分参加到斗争中来，因为他们的利益也受到一定的损失。这些说明了当时的社会矛盾是极端复杂和尖锐的。
张居正去世后，万历初的改革成果迅速化为泡影。此后神宗大权独揽，最初还比较勤政，但从万历十四年（1586年）后，开始怠政，万历二十年后更是晏处深宫，溺志财货，留中章奏，不问政事，从而使王朝统治体系失去重心。行政效率的低下，官员贪污受贿已成为普通风气，政局一发不可收拾。面对国家中枢的瘫痪和吏治的彻底腐败，面对社会各种矛盾的尖锐化，一些正直、开明、清醒官僚士大夫以“家事国事天下事，事事关心”的态度，于万历中期起，渐渐团结成受到社会各阶层关注的政治势力，积极参与中央决策、官吏黜陟，反对无能的大官僚和专擅虐民的宦官，力图挽救陷于严重危机的明王朝。这就是东林党议。
万历三十二年（1604年），被明朝政府革职的吏部郎中顾宪成，与同好高攀龙、钱一本、薛敷教、于孔兼、史孟麟、顾允成等人，在他的故乡无锡东门东林书院讲学。顾宪成认为：“官辇毂，志不在君父，官封疆，志不在民生，居水边林下，志不在世道，君子无取焉。”因此他们经常“讽议朝政，裁量人物”，抨击当权派。一时“士大夫抱道忤时者，率退处林野，闻风响附”，一部分在职官吏如李三才等也“遥相应合” 。一时间东林书院成为对在朝官员声誉、行动有重大影响的舆论中心。东林党就是以此而得名的。
与东林党同时，另一批官吏士绅又组成浙、齐、楚、宣、崑各党派。这些党派相互之间也有矛盾，但他们都与在朝权贵相勾结，“务以攻东林排异己为事” 。宣党首领汤宾尹是宣城人，崑党首领顾天峻是崑山人，其他各党皆各以乡里命名。在这些党派之中，以浙党声势较大，浙党首领沈一贯、方从哲都先后出任内阁首辅，本身就是当权派的人物。
明神宗皇后无子，王恭妃生子常洛（即光宗），郑贵妃生子常洵（即福王），常洛为长。但神宗宠爱郑妃，欲立常洵，乃迁延不立太子。内阁大学士王锡爵、沈一贯、方从哲等又先后依违其间。东林党人上疏反对，各党派又群起反对东林。于是有“国本”之争、三王并封之争、福王就国之争、“三案”之争 ，东林党和它的反对派在立太子的问题上展开了长达二十余年的争论。
顺天人李三才，以右佥都御史总督漕运，并巡抚凤阳，作官颇有政迹。他曾先后多次上疏反对矿监、税监，指出矿监、税监的出使是由于神宗的“溺志货财”。他警戒神宗要罢撤征商，否则“一旦众畔土崩”，“即黄金盈箱，明珠填屋，谁为守之” 。李三才的呼吁得到东林党人的支持，顾宪成等欲造成舆论，推荐他入阁为相，但立即遭到各党派的攻击。李三才入阁的事件，也成为当时党争的中心。
在党争的过程中，东林党人反对以皇帝为首的当权派的胡作非为，反对王公、勋戚对土地的掠夺，反对矿监、税监的横征暴敛，他们这些主张基本上是符合人民要求的，他们的抗争也发生了一些作用。在东林党的反对下，神宗终于立常洛为太子，勋戚郑氏的权势受到一定的压抑。又如神宗欲赐福王400万亩土地，东林党人激烈反对，结果只给了一半。但是在很多问题上，东林党人的反对是无效的，东林党反对征商，明统治者一直没有停止过征商。东林党推李三才为相的愿望也没能实现。
熹宗天启时，统治阶级内部的党争愈演愈烈。最初，东林党人叶向高、邹元标、杨涟、赵南星等人得到执政的机会，浙、崑、宣各党派一度受到排斥。为时不久，以魏忠贤为首的阉宦与浙、齐、楚、宣、崑各党中的一部人结成联盟，被东林称为“阉党”。魏忠贤是司礼秉笔太监，又提督东厂，爪牙有五虎、五彪、十狗、十孩儿、四十孙等名目。不仅如此，魏忠贤还“自内阁、六部、四方总督、巡抚，遍置死党” ，内阁首辅顾秉谦“曲奉忠贤，若奴役然” 。他们排斥异己、专权擅政，荼毒人民，无恶而不为。当时京城内外，都遍布魏忠贤的暗探，只要有人说魏忠贤一句坏话，被暗探听到，就立刻惨遭捕杀。
东林党人杨涟因为上疏劾魏忠贤二十四大奸恶，被锦衣卫缇骑逮捕。左光斗、魏大中、周顺昌、黄尊素等人也都被捕来京，囚禁狱中，受酷刑而死。但是这些人都能视死如归，坚持与阉党作斗争。天启六年（1626年），魏忠贤派遣缇骑至苏州搜捕周顺昌，苏州居民极为愤慨，聚众达数万人，群趋殴打缇骑，当场击毙缇骑一人。巡抚报告“吴人尽反”，并逮捕了为首的颜佩韦、周文元、杨念如、沈扬、马杰等五人，五人遇难壮烈牺牲。这一事件说明，东林党人反宦官的正义行动，得到当时城市居民普遍的支持与同情。
明朝末年，各地的农民纷纷利用白莲教组织起义，向腐朽的明政权进行猛烈的进攻。苏州皮工王森，领导白莲教的秘密活动，教徒遍布河北、山东、山西、河南、陕西和四川等地，各有会主、大头目、小头目的称号，组织极为严密。“徒党输金钱，称朝贡，飞竹筹报机事，一旦数百里。” 万历二十三年（1595年），王森从滦州来北京领导秘密活动，白莲教声势日盛，分出教派达十六七支。
万历二十七年（1599年），浙人赵一平与孟化鲸、马登儒等在徐、颍一带传教，建官设号，“以矿税故”，号召远近农民，约定“明年二月诸方并起” 。因事泄，一平逃至宝坻被捕。赵一平的起义，可能与苏州王森有一定的联系。
万历三十四年（1606年），又有刘天绪等49人，以善知三世，号召农民，约定同年冬至攻入南京城。这次起义又因事机不密，在南京被明军镇压 。
熹宗天启二年（1622年），山东郓城一带爆发了徐鸿儒领导的起义。徐鸿儒是王森的弟子，在巨野等地传教多年，对组织起义已有充分的酝酿。起义军以红巾为号，先后攻下郓城、峄县、滕县、峄县等地，众至数万人。河北的武邑、衡水、枣强、景州等地的农民也纷起响应。徐鸿儒的起义切断了江南到北京的粮道 ，明朝政府不得已把镇守关外的军队调来镇压。同年，徐鸿儒被擒，但他的余部坚持了三年才被镇压下去。
与徐鸿儒起义的同时，各地的兵变也不断发生，甚至连北京、通州的京营操军也起来“哗变” 。暴动的士兵往往杀长官，攻州县，占府库，有些后来即逃亡山泽，参加了起义的队伍。士兵的到处哗变，标志着明朝的统治已经动摇了。
佃农抗租的斗争在天启以后更加激烈了。在福建泉州，由于地主豪绅要增加农民租额，并用大斗来加强对农民的剥削，愤怒的群众执彩旗，鸣鼓吹，声称查看斗斛，不断闯入豪绅大户之家 。在南直隶苏州，农民刑牲聚神，往往鼓众至千余家，“约佃农勿得输租业主，业主有征索，必沉其舟毙其人” 。有些地区的佃农在地主欺凌下，已经“揭竿而起”，但很快被镇压下去。
在地主豪绅对家奴的残酷剥削下，奴婢的索契斗争也日益激烈。崇祯三年（1630年），麻城的“世仆”假托“有旨赎仆”，群集教场张贴了“叛主”的榜文，奴仆们在树上高悬起“万人一心”的红旗，表示了团结起来为争取挣脱人身束缚而斗争的决心 。不久，江南苏州、松江等地的奴仆也纷纷起来，“一呼千应，各至主门，立逼身契”，并且“负耒荷梃，大呼报仇” 。
这些各种各样的斗争，都是明末农民大起义的前奏。
明熹宗天启七年（1627年），陕西大饥，白水农民王二，率领饥民冲进澄城县，杀死县官张斗耀，揭起了反抗的旗帜。明末农民大起义在陕西开始爆发了。
起义首先在陕北暴发，是因为陕北土地贫瘠，生产落后，工商业不发达，而王公、官绅、地主对该地农民的剥削，政府的征商和辽饷加派也很重。失掉土地的陕北农民在当时只有两条出路，一是投为边兵，一是充当驿卒。但当兵则兵饷长期积欠不放，驿卒所得的工银也不足以糊口。加以崇祯初年，明朝政府又议裁驿卒，农民的生路就完全断绝了。再加以连年水旱天灾，草根树皮都被饥民吃光，以致被迫吃山中的泥土和石块上的青苔。然而就在这样的荒年，县官催租，依然急如星火，广大农民不能忍耐，起义很快就遍及陕西中部和北部地区。思宗崇祯元年（1628年），府谷王嘉胤、汝南王大梁、安塞高迎祥和王左卦等人，先后在陕西举行起义，参加起义的群众有饥民、逃兵和驿卒，他们各自作战，彼此并无联合。崇祯三年（1630年），在陕西又有神一元、不沾泥、红军友、点灯子等“所在蜂起”。张献忠也在延安起兵，称八大王。
崇祯四年（1631年），各支农民军纷纷从陕西往山西转移，号称为36营，部众至20余万，并先后拥立王自用、高迎样等为盟主。
面对农民大起义的局势，明朝政府于崇祯二年（1629年）以杨鹤为三边总督，对农民军采取“剿抚兼施”的政策，更主要是招抚。崇祯四年（1631年），招抚失败，杨鹤下狱，明朝政府起用洪承畴为陕西三边总督，改“招抚”政策为急剿政策。
崇祯六年（1633年）冬，农民军冲破明军的包围，会集于黄河以北，彰德府一带，然后履冰渡过黄河。这次渡河是在渑池县境内，史称“渑池渡”。此后农民军转战于河南、湖广、南直隶、四川、陕西诸省，开始形成全国性的大起义。
崇祯八年（1635年）正月，明朝政府命洪承畴出陕西，朱大典出山东，从两面夹击农民军。为了迎击明朝政府的进攻，农民军13家、72营会于河南荥阳，商讨对敌作战方略。在这次会议中，高迎祥的部将李自成，排解了张献忠和老回回在战略上的分歧意见，提出了联合作战、分兵迎击的办法。决定把农民军13家72营分为东、西、南、北四路出击，另外一路往来策应，把主力放在明军最薄弱的东路，以便集中力量击溃明军的夹攻。
荥阳大会以后，东路军由高迎祥、李自成、张献忠率领，向明军发起猛烈的攻势。农民军从河南入安徽，占领明朝的中都凤阳，烧毁了明朝皇室的祖坟。以后农民军因意见不合，高迎祥、李自成率兵回河南。张献忠继续南进，破芦州，堕麻城，扫荡了长江以北广大地区。农
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