当明末农民起义军胜利进军之时，崛起于东北的满洲贵族已经在关外建号大清，势力日益强大。满洲贵族看到明朝政府内部的危机日益激化，早就蓄有覆灭明朝的野心。他们一方面招降纳叛，对明朝的官僚尽力收买，另一方面又经常派兵打进长城，在河北、山东等地大肆劫掠。农民军占领西安后，满洲贵族曾经致书李自成，招诱农民军，要和农民军“协谋同力，并取中原” 遭到农民军拒绝。李自成进兵北京，推翻了明朝，满洲贵族也大为震动，这时，他们便乘机大举入关。
驻守山海关的明朝总兵吴三桂，在李自成占领北京时投降了清朝。他向清摄政王多尔衮“乞师”共同镇压农民军。同时又发布檄文，号召汉族军民支持满洲贵族对农民军发起反攻。满洲贵族与吴三桂的结合，给农民军造成了不利的形势。
李自成曾派人招降吴三桂，在吴三桂拒绝后，他立即率兵东征。大顺永昌元年（1644年）四月二十三日，李自成与吴三桂军激战于山海关，由于清军的猝然袭击，农民军失利。山海关败后，北京不能守，四月三十日，农民军放弃北京向陕西撤退。五月一日，清军进占北京。同年九月，清顺治帝从沈阳迁来北京，定北京为清朝的首都。
清朝定鼎北京后，即以全力追击农民军。他们采用各种手段拉拢明朝汉族官僚士人，宣称“倡先投顺者”给以高官厚爵，并为崇祯帝发丧，替明朝“报君父之仇”，又宣布废除三饷加派，这对原明朝治下的官民具有一定的影响力。当时北方的官僚士绅纷纷迎降，与清朝合作镇压农民军。
同年五月，明朝一部分官僚在南京拥立福王朱由崧为帝，年号弘光。弘光政权一方面要抵抗清朝军队南下，同时又要继续剿灭农民军。
这时农民军领导的内部发生了分裂，李岩请分兵河南，为牛金星谮杀。尽管如此，李自成还是拥有几十万军队，仍然在河北真定、山西井陉、河南怀庆、陕西潼关等地继续抗击清兵和明朝残余的军队。清朝统治者在巩固北京统治的同时，对汉族人民施行了圈地、剃发和屠杀等等民族高压的措施。各地人民都起来反抗清统治者。北京近郊的昌平、三河，以及冀中、苏北、山东、山西、河南等地人民的反清斗争，风起云涌，如山东西部的榆园军，山东东部的青州起义军，山西西部吕梁山区的起义军，河南怀庆、卫辉等地的起义军，在河北各地也有很多小规模的农民武装。在这些起义军中都有被清军打散的李自成旧部参加，他们或是独立作战，或是策应李自成的军队抗击清兵 。
清顺治二年（1645年）初，清统治者集中军力分两路攻入陕西，一路由阿济格率领，吴三桂为前锋，一路由多铎率领，孔有德为前锋。李自成迎击清军于潼关，经过激烈的战斗，农民军放弃西安，东下湖广。这年四月，农民军来到湖北通山县，李自成遭到当地地主武装的袭击，死于通山县九宫山。
李自成死后，除去由郝摇旗、刘体纯等继续统率农民军余部之外，另一支由李过、高一功等统率的农民军十余万人也由陕西赶到。他们决定与南明的抗战将领何腾蛟、堵胤锡的军队联合，在湖广抵抗清兵。
同样，清统治者诱降在四川的张献忠领导的农民军，也遭到拒绝。李自成败退陕西时，张献忠便和李自成相约共抗清兵。顺治三年（1646年）冬，张献忠迎击清军于川北西充的凤凰山，遇伏而死。
张献忠死后，他的部将李定国、刘文秀、孙可望等人，也在川南云贵一带与南明桂王政府合作，继续抗清。
顺治二年（1645年）春，由多铎率领的另一支清军，开始攻打南京的弘光政府。这时弘光政府内部正在进行激烈的党争和内战，朝政把持在马士英、阮大铖等阉党余孽的手中，这些人只知排斥异己，卖官鬻爵。镇守江北四镇的四个总兵刘泽清、高杰、刘良佐、黄得功在大敌当前之时，互相争权夺利，彼此仇怨极深，都不以国事为重。只有兵部尚书史可法督师江北，坚决抗战。但史可法内受朝廷的牵制，江北四镇又不听指挥，处处遭掣肘。顺治二年（1645年）四月，清军围扬州，史可法困守孤城，誓死不降。多铎曾先后给史可法五封书信，史可法都不启封。二十五日，清兵攻破扬州，大肆屠杀居民，死者不可胜数，史可法战败被俘，不屈牺牲。
五月二十四日，清军占领南京，朱由崧被俘。接着江南苏松所属的各城镇，也先后被清军占领。
同年六月，清廷下令江南人民剃发。蓄发是汉族人民传统的风俗，要强迫剃发，是汉族人民不能接受的。清军入关时，曾在北方下令剃发，三河县等地的人民就举行过反剃发的斗争。至此，江南各地的人民也纷纷起来反抗，其中以江阴、嘉定两地人民的斗争为最激烈。江阴人民推阎应元、陈明遇为领袖，立下“头可断，发不可剃”的誓言，在24万清军的攻击下，苦战了81天 。嘉定人民也组织乡兵，据城不降。在江阴、嘉定相继失陷后，两地的人民都遭清军的屠杀。这两次人民的抗清斗争，对后来东南各地人民的坚持抗清起了很大的鼓舞作用，并且牵制了一部分清军的主力，使得在浙江的鲁王政府和在福建的唐王政府得以从容建立起来。
顺治二年（1645年）六月，明朝官绅张国维等迎鲁王于绍兴，不久，礼部尚
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